View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5332-Insertion-2 (Length: 821)

Name: NF5332-Insertion-2
Description: NF5332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5332-Insertion-2
NF5332-Insertion-2
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (7-821)||(39813275-39814089)
chr2 (28-817)||(39921055-39921845)
chr2 (7-817)||(39909736-39910547)
chr2 (29-821)||(39824784-39825579)
chr2 (29-821)||(39804747-39805548)
chr2 (20-456)||(39926705-39927141)
chr2 (20-319)||(39901889-39902185)
chr2 (330-813)||(39882371-39882861)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 795; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 795; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 39814089 - 39813275
Alignment:
Q  7 aacatatacatagaatagggtagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39814089 aacatatacatagaatagggtagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagaga 39813990  T
Q  107 aacactccaaccataactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813989 aacactccaaccataactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttct 39813890  T
Q  207 atttcatctccaaatacagattccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813889 atttcatctccaaatacagattccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatca 39813790  T
Q  307 ttttcatcatgtggtttagtttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattgg 406  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813789 ttttcttcatgtggtttagtttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattgg 39813690  T
Q  407 accctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaaca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813689 accctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaaca 39813590  T
Q  507 ctaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaaaattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  39813589 ctaagagagacataaacatcgaacacggcactgacacatagtaaaattgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaat 39813490  T
Q  607 ccggaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatata 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813489 ccggaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatata 39813390  T
Q  707 taaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagctttt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39813389 taaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagctttt 39813290  T
Q  807 gagcctccccagtat 821  Q
    |||||||||||||||    
T  39813289 gagcctccccagtat 39813275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 39921845 - 39921055
Alignment:
Q  28 agcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaaccataactgtt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39921845 agcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccatctagagcaacactccaaccataactgtt 39921746  T
Q  128 cttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcatctccaaatacagat 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39921745 cttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcacctccaaatacagat 39921646  T
Q  228 tccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcatcatgtggtttagtt 327  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  39921645 tccaatagcttcctccaagaccaacttgttttttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcttcatgtggtgtagtt 39921546  T
Q  328 tgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaa 427  Q
    | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39921545 tctcttcctcttttaattgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaacggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaa 39921446  T
Q  428 gaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcg 527  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||  ||||||| ||| | |||| || ||||||||    
T  39921445 gaatttactcaactctgatcctgatacctgggatgagttaattattaaacacattagtcagttttctatctatgaaatactgacagaggcacaaacatcg 39921346  T
Q  528 aacacggcactaacacatagtaaaattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaagccggaaagtaccgacactgga 627  Q
    |||||| | |  ||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  39921345 aacacgacgccgacacatagtgaagttgtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaaataccgacactgga 39921246  T
Q  628 gctcctcctccaatatagaaagactac-aacatataaacaagccata----ttaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattga 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    | |||  ||| | ||||||||||  |||||||||||||||    ||||     
T  39921245 gctcctcctccaatatagaaagactacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattatatataaaggt----attgc 39921150  T
Q  723 ttatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctcccca 817  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39921149 ttatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcccca 39921055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 39910547 - 39909736
Alignment:
Q  7 aacatatacatagaatagggtagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagaga 106  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39910547 aacatataaatataataggctagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacaccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagc 39910448  T
Q  107 aacactccaaccataactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39910447 aacactccaaccataactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttaatattttct 39910348  T
Q  207 atttcatctccaaatacagattccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatca 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39910347 atttcatttccaaatacagattccaatagcttcctccaagaccaacttgtcttttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgaatca 39910248  T
Q  307 ttttcatcatgtggtttagtttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattgg 406  Q
    ||||| ||||||| |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39910247 ttttcttcatgtgatgcaatttctcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacgtgtacaattgg 39910148  T
Q  407 accctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaaca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||| |||  ||||||| |    
T  39910147 accctcatgtttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattattaaacatattagtcagttttctatctatgaaata 39910048  T
Q  507 ctaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaaaattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaag 606  Q
    || | |||| || | ||||| ||| |  |||  ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  39910047 ctgacagaggcacagacatcaaactcaacaccgacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaat 39909948  T
Q  607 ccggaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactac-aacatataaacaagccata----ttaattcattcgaaagattaatcgtatt 701  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||    | |||  ||| | || |||||||  |||    
T  39909947 ccggaaaataccgacactggagctcctcctccaatatagaatgactacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaatt 39909848  T
Q  702 atatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaag 801  Q
    ||||||||||||    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  39909847 atatataaaggt----attgattatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaag 39909752  T
Q  802 cttttgagcctcccca 817  Q
     |||||| ||||||||    
T  39909751 tttttgaccctcccca 39909736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 39825579 - 39824784
Alignment:
Q  29 gcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaaccataactgttc 128  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  39825579 gcgtaccggtttgagattgacatgataaatgccaatgccataacttttgagtggagaataatcagaaccgtctagagcaacactccaaccataactattt 39825480  T
Q  129 ttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcatctccaaatacagatt 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || | ||| ||||| | |||| |||||| ||| ||||  |||||||||||||    
T  39825479 ttgaaatctggttttctatcatagaggttgcaagagtgaggggatttgtgggtaactttgtcgtatttcttattttttatctcattgccaaatacagatt 39825380  T
Q  229 ccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttact---tcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcatcatgtggtttag 325  Q
    |||| |  |||||||||| |||| ||||| ||||| |||||   || |||||  | || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39825379 ccaataagttcctccaagaccaacttgttttttgcattacttcatcatcttcttcttcttcttgttcttcatcttgcatcattttcatcatgtggtttag 39825280  T
Q  326 tttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39825279 tttgtcatcctcttttagttgaaggaattttgtccatatgtttgaagcacttggatgtgaacggcccacgtgtacaattggaccctcatgtttccttgtg 39825180  T
Q  426 aagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacat 525  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || | |||||||   ||||    
T  39825179 aagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgaattaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacgctgatagagacaaggacat 39825080  T
Q  526 cgaacacggcactaacacatagtaaaattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaagccggaaagtaccgacactg 625  Q
    |||||||  |||  ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||| ||    
T  39825079 cgaacacaacacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaggtactgacagtg 39824980  T
Q  626 gagctcctcctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgatta 725  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||    
T  39824979 gggctccacctccaatatagaaagactacaacatataaacaagctatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgatta 39824880  T
Q  726 tacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtat 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824879 tacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtat 39824784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 39805548 - 39804747
Alignment:
Q  29 gcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaaccataactgttc 128  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  39805548 gcgtactggtttgagattgacgtgataaatgccaatgccggaacttttgagtggagaatagtcagaaccgtctagagcaacactccaaccataactattt 39805449  T
Q  129 ttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcatctccaaatacagatt 228  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || | ||| |||||   |||  |||||| ||| ||||  ||||||||||| |    
T  39805448 tggaaatctggttttctatcatagaggttgcaagagtgaggggatttgtgggtaactttgtcgcatttattattttttatctcattgccaaatacagact 39805349  T
Q  229 ccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttctt---------cttgatcttgcatcattttcatcatgtg 319  Q
    |||| | ||||||||||| |||  ||||| ||||| ||||||| |||||  | || |||||||         |||||||||||||||||||| |||||||    
T  39805348 ccaataacttcctccaagaccaccttgttttttgcattacttcatcttcttcttcttcttcttgctcttggtcttgatcttgcatcattttcttcatgtg 39805249  T
Q  320 gtttagtttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttc 419  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39805248 gtttagtttctcatcctcttttagttgaaggaattttgtccatatgcttgaagaacttgcatgtgaacggcccacatgtacaattggaccctcatttttc 39805149  T
Q  420 cttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacat 519  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||| || | |||||||     
T  39805148 cttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctgtgatgagttaatcatttaacacattagtaagtttgctagcaatgaaacgctgacagagacaa 39805049  T
Q  520 aaacatcgaacacggcactaacacatagtaaaattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaagccggaaagtaccg 619  Q
      |||||||||||    |  |||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  39805048 ggacatcgaacacaatgccgacacgtagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccg 39804949  T
Q  620 acactggagctcctcctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgat 719  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39804948 acagtggggctccacctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattgatcgtattatatataaaggtattgat 39804849  T
Q  720 tgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagt 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39804848 tgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagt 39804749  T
Q  820 at 821  Q
    ||    
T  39804748 at 39804747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 39927141 - 39926705
Alignment:
Q  20 aatagggtagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaacca 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  39927141 aataggctagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtccagagcaacactccaacca 39927042  T
Q  120 taactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcatctccaa 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39927041 taactgtttttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaacattgtcctttttcatattttctatttcatctccaa 39926942  T
Q  220 atacagattccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcatcatgtg 319  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39926941 atacagattccaatagcttcctccaagaccaacttgtcttttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcttcatgtg 39926842  T
Q  320 gtttagtttgtcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttc 419  Q
     |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39926841 atgcaatttctcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccatgtgtacaattggaccctcatgtttc 39926742  T
Q  420 cttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacct 456  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39926741 cttgtgaataatttcttcaactctgatcctgatacct 39926705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 20 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39902185 - 39901889
Alignment:
Q  20 aatagggtagcgtaccggtttgagattgacgtgataaattccaacgccggaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaacca 119  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39902185 aataggctagcgtaccggtttaagattgacatggtaaattccaatgccagaacttttaagtggtgaataatcagaaccgtctagagaaacactccaacca 39902086  T
Q  120 taactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttctatttcatctccaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39902085 taactgttcttgaaatctggttttctgtcatagaggttgcaagagcgaggggatttatgtgcaaccttgtcctttttcatattttttatttcatctccaa 39901986  T
Q  220 atacagattccaaaagcttcctccaaggccaatttgttgtttgctttacttcttcttcaacgtcatcttcttcttgatcttgcatcattttcatcatgtg 319  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39901985 atactgattccaaaagctccctccaagaccaacttgttttttgctttacttcttcttcaa---catcttcttcttgatcttgcatcattttcttcatgtg 39901889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 330 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 39882861 - 39882371
Alignment:
Q  330 tcatcctcttttagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaaga 429  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39882861 tcatcctctttcagttgaaggaatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaagggcccacgtgtacaattggaccctcatttttccttgtgaaga 39882762  T
Q  430 atttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattattta--acacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcg 527  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  |||||||  |  |||| |||  ||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  39882761 atttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacagagacacaaacatcg 39882662  T
Q  528 aacacggcactaacacatagtaa----aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggatttgaggctcgaagccggaaagtaccgacac 623  Q
    |||||  | |  |||| |||| |    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||| || |     
T  39882661 aacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtactgataa 39882562  T
Q  624 tggagctcctcctccaatatagaaagactac-aacatataaacaagccata----ttaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |  ||||    |||||  ||| | ||||||||||  | |||||||||||||    |    
T  39882561 tggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaaggt----a 39882466  T
Q  719 ttgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctc 813  Q
    ||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  39882465 ttggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctc 39882371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University