View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5338_low_1 (Length: 710)

Name: NF5338_low_1
Description: NF5338
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5338_low_1
NF5338_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (9-693)||(38608799-38609483)
chr8 (9-693)||(38793582-38794266)
chr8 (91-693)||(38120719-38121324)
chr8 (136-246)||(34592844-34592957)
chr8 (9-68)||(34592970-34593029)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (91-693)||(28730296-28730898)
chr4 (8-204)||(33078483-33078658)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (412-475)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 38609483 - 38608799
Alignment:
Q  9 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609483 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 38609384  T
Q  109 aaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609383 aaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 38609284  T
Q  209 accattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 308  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609283 accattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 38609184  T
Q  309 tcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609183 tcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 38609084  T
Q  409 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609083 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 38608984  T
Q  509 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaaccggaagcttctcaagat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38608983 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 38608884  T
Q  609 cggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatc 693  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608883 cggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatc 38608799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 38794266 - 38793582
Alignment:
Q  9 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794266 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactac 38794167  T
Q  109 aaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794166 aaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctca 38794067  T
Q  209 accattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 308  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794066 accattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccg 38793967  T
Q  309 tcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793966 tcgcctgacctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgc 38793867  T
Q  409 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793866 aataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctc 38793767  T
Q  509 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaaccggaagcttctcaagat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38793766 atcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagat 38793667  T
Q  609 cggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaagatc 693  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793666 cggcgatcgacaagtaataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatc 38793582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 693
Target Start/End: Original strand, 38120719 - 38121324
Alignment:
Q  91 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacagg 187  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  38120719 tgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacagg 38120818  T
Q  188 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaa 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  38120819 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcag 38120918  T
Q  288 gagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaa 387  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| |||||  | || |||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38120919 gagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaa 38121018  T
Q  388 tatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 487  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121019 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 38121118  T
Q  488 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121119 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 38121218  T
Q  588 caaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatataga 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121219 caaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatataga 38121318  T
Q  688 aagatc 693  Q
    ||||||    
T  38121319 aagatc 38121324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 136 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  136 agaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatg 232  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  233 ggagacacacctgc 246  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 34593029 - 34592970
Alignment:
Q  9 agcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcacttt 68  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34593029 agcacaaagccacaaactaaacaacaatgcaagttaactacaaattcagagtttcacttt 34592970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 693
Target Start/End: Original strand, 28730296 - 28730898
Alignment:
Q  91 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggcca 190  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  28730296 tgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagagaaagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggcca 28730395  T
Q  191 tggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctcaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgactccagcagcacaaccaccacgtccatcaagag 290  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28730396 tggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagacacacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagag 28730495  T
Q  291 cagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggagaatctaataaagtagatgatccggctctaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatat 390  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| |||||  | || |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  28730496 cagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagat 28730595  T
Q  391 agtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaact 490  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||     
T  28730596 agtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcacc 28730695  T
Q  491 ctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 590  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730696 ctaacatagttaatcctcatcggtgctaatgtcactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 28730795  T
Q  591 ccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaag 690  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730796 ctggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaacgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaag 28730895  T
Q  691 atc 693  Q
    |||    
T  28730896 atc 28730898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 8 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 33078658 - 33078483
Alignment:
Q  8 gagcacagagccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaacta 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      ||||||||||||||||    
T  33078658 gagcacaaagccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcacttttgtacatgaacaacagt------gtaaacttattaacta 33078565  T
Q  108 caaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 204  Q
    |||||||                  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078564 caaattt------------------cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 412 - 475
Target Start/End: Original strand, 18224363 - 18224426
Alignment:
Q  412 aggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacg 475  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||    
T  18224363 aggattaatatgtggaaatggcaagtacacactgtgcacgacgatcttgacgttgcggatgacg 18224426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University