View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5347-Insertion-1 (Length: 1140)

Name: NF5347-Insertion-1
Description: NF5347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5347-Insertion-1
NF5347-Insertion-1
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (304-1026)||(34071266-34071989)
chr2 (8-224)||(34070988-34071206)
chr2 (314-642)||(21084909-21085238)
chr2 (304-777)||(20470867-20471341)
chr2 (305-728)||(31426189-31426613)
chr2 (304-629)||(27072201-27072527)
chr2 (531-618)||(18777126-18777213)
chr2 (317-620)||(7861451-7861751)
chr2 (897-946)||(7861112-7861161)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (305-1017)||(5609412-5610126)
chr7 (314-774)||(5086289-5086750)
chr7 (305-728)||(33972824-33973249)
chr7 (305-642)||(27243955-27244292)
chr7 (314-774)||(21824071-21824532)
chr7 (308-647)||(21588056-21588396)
chr7 (317-717)||(664901-665304)
chr7 (304-691)||(13783648-13784036)
chr7 (439-717)||(32535019-32535300)
chr7 (317-620)||(29526676-29526980)
chr7 (317-620)||(7097334-7097638)
chr7 (320-623)||(19016945-19017249)
chr7 (429-620)||(15455653-15455845)
chr7 (304-417)||(19541860-19541973)
chr7 (314-370)||(9697284-9697340)
chr7 (317-372)||(15455891-15455946)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (304-928)||(14504021-14504645)
chr3 (314-728)||(34934829-34935244)
chr3 (304-738)||(2439220-2439655)
chr3 (305-618)||(9734353-9734667)
chr3 (304-635)||(2651709-2652041)
chr3 (304-803)||(8968288-8968788)
chr3 (304-620)||(15789891-15790208)
chr3 (304-526)||(26307318-26307540)
chr3 (317-488)||(32073521-32073692)
chr3 (317-434)||(46091971-46092088)
chr3 (675-774)||(2652050-2652149)
chr3 (593-653)||(20820534-20820594)
chr3 (417-468)||(29704651-29704702)
chr3 (871-933)||(2439026-2439088)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (304-774)||(15065599-15066070)
chr4 (314-774)||(17459094-17459556)
chr4 (304-803)||(25552914-25553414)
chr4 (308-651)||(20088962-20089307)
chr4 (317-620)||(47782839-47783143)
chr4 (317-481)||(13200828-13200992)
chr4 (317-467)||(4946607-4946757)
chr4 (314-370)||(13563661-13563717)
chr4 (879-958)||(15065416-15065495)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (308-932)||(11985753-11986376)
chr6 (317-945)||(10515680-10516306)
chr6 (314-618)||(21698560-21698865)
chr6 (309-524)||(1638176-1638390)
chr6 (314-524)||(1641209-1641417)
chr6 (314-618)||(30063577-30063882)
chr6 (317-620)||(15950648-15950952)
chr6 (423-614)||(7090441-7090633)
chr6 (543-618)||(15923692-15923766)
chr6 (439-616)||(23631438-23631616)
chr6 (426-524)||(30147965-30148063)
chr6 (308-372)||(33169604-33169668)
chr6 (516-594)||(33169417-33169496)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (304-774)||(234615-235086)
scaffold0007 (879-958)||(235190-235269)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (304-777)||(25594727-25595201)
chr1 (304-774)||(38532607-38533078)
chr1 (304-690)||(27527068-27527460)
chr1 (308-777)||(22161442-22161912)
chr1 (309-812)||(4179627-4180131)
chr1 (317-642)||(21182463-21182788)
chr1 (325-600)||(11644617-11644893)
chr1 (394-722)||(29600754-29601083)
chr1 (317-620)||(26418702-26419006)
chr1 (317-620)||(32108274-32108578)
chr1 (317-488)||(11420275-11420446)
chr1 (675-962)||(11644318-11644604)
chr1 (317-426)||(44464605-44464714)
chr1 (420-467)||(8860182-8860229)
[»] scaffold0114 (1 HSPs)
scaffold0114 (314-738)||(11444-11869)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (314-774)||(25732251-25732711)
chr8 (314-738)||(28161868-28162293)
chr8 (317-647)||(7995006-7995337)
chr8 (324-647)||(12784017-12784339)
chr8 (317-618)||(3989372-3989676)
chr8 (539-618)||(12246937-12247016)
chr8 (420-618)||(25133023-25133221)
chr8 (304-394)||(22974831-22974922)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (317-728)||(11619086-11619498)
chr5 (304-605)||(20587500-20587802)
chr5 (305-642)||(20705942-20706280)
chr5 (314-812)||(19609067-19609566)
chr5 (304-777)||(42764970-42765444)
chr5 (304-620)||(13065372-13065689)
chr5 (304-642)||(8724536-8724875)
chr5 (304-629)||(36961876-36962202)
chr5 (417-614)||(18521640-18521837)
chr5 (456-618)||(31291564-31291727)
chr5 (317-409)||(31291752-31291844)
chr5 (317-409)||(38640008-38640100)
[»] scaffold1689 (1 HSPs)
scaffold1689 (314-774)||(607-1068)
[»] scaffold0445 (1 HSPs)
scaffold0445 (314-639)||(13933-14261)
[»] scaffold0388 (1 HSPs)
scaffold0388 (329-609)||(14381-14661)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (304-620)||(2138-2455)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (317-620)||(52524-52828)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (317-392)||(215522-215597)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 304 - 1026
Target Start/End: Original strand, 34071266 - 34071989
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34071266 gagagaaagtaaattatatcatttcattaaaaatcagatcagtaatacatgttggaatatcatcaaagacctagaagctagaactagatgtggctgcctt 34071365  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||     
T  34071366 agctaaagtgtgtgcaacctcattcgtttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggataccactatctataatt 34071465  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcccaaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34071466 gaaccaaattcggtgacatctcccaaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 34071565  T
Q  604 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgag 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34071566 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggttcccatctgag 34071665  T
Q  704 tctcggatacacattccaaaacctaatttg-tttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatcta 802  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34071666 tctcggatgcatattccaaaacctaatttgttttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatcta 34071765  T
Q  803 acatttgtatctccattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattagcatttctctaaccttct 902  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  34071766 acatttgtatccccattgtggtgagatgaactt-ggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattaacatttctccaaccttct 34071864  T
Q  903 aggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaactcgttgccataatc-taggtt-ctagcttccaataaactccaacatgatggta 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  34071865 aggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaacttgttgccataatcttaggttcctagctttccataaactcc-acatgatggta 34071963  T
Q  1001 acaata-tctcaatttgaagctgcaga 1026  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||    
T  34071964 acaatattctcaatttg-agctgcaga 34071989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 224
Target Start/End: Original strand, 34070988 - 34071206
Alignment:
Q  8 gttctccattcatcacaaacactcttttcatcaccaccaaaaccttttcttccaaattctagaattagatactgcaaaaaccttcaccgaattacttcaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34070988 gttctccattcatcacaaacactcttttcatcaccaccaaaaccttttcttccaaattctagaattagaaactgcaaaaaccttcaccgaattacttcaa 34071087  T
Q  108 ttcgtccccataaaattcccctcctgttgagcca--agtgtctctagaatcgatcagattggaaagggtaaaaaagaattaagggaatctggagagaaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34071088 ttcgtccccataaaattccccttccgttgagccatccttgtctctggaatcgatcagattggaaaggataaaaaagaactaagggaatctggagagaaat 34071187  T
Q  206 ttgaaatgaatgctcaaag 224  Q
    |||||||||||||||||||    
T  34071188 ttgaaatgaatgctcaaag 34071206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 314 - 642
Target Start/End: Original strand, 21084909 - 21085238
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||      
T  21084909 aaatcatatcatttcattaaaaatcagatcggtaatacatgttggaatatcatcaaagacctgaaaggtagtactagatgtggctgccttagctaaagca 21085008  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||| ||| ||||  ||||| ||||| || |    
T  21085009 tgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgataaatttgtgttacaaaattggacactactatccataatagaaccgaact 21085108  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  21085109 cggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatggatccaccgaat 21085208  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaac 642  Q
     || |||| |||   ||| |||||||||||    
T  21085209 cgcgtgatataatgtcagagcctccccaac 21085238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 304 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 20471341 - 20470867
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||| ||| || |||||||||||||||||| || | |  | ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||    
T  20471341 gagaggaagaaagttatatcatttcattaaagattagagaactaatacatgtaggaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgcggctgcctt 20471242  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| ||| || ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||| ||| || ||||||||  |||  |||||     
T  20471241 agctagagtatgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactctacatgagagtttgttaagtaaatgtgacacaattggatactattatccataatg 20471142  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||| |||||||||| ||||||    || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  20471141 gaaccgaattcggtgatatctccatggcctttgttgaaatagtcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagttagttgaagttcttgta 20471042  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||| | |||||| | ||||||||  || || || ||||| |  || |||  ||||||||||  ||||||||| ||||  |||||| |||| |||||    
T  20471041 tccaccgtagtgcatggtataaacccaaagcttctcctacgtctaccgagcagactggagagaaactcataattttggagcgtacatggttcccttctga 20470942  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacct 777  Q
    ||||||||| || ||||| |  || |  ||||| |  |   ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  20470941 gtctcggatgcagattcccagcccgaccttgttggaatcacttggaaaggatgcatcaacattacacttatacct 20470867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 305 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 31426613 - 31426189
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||  |||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| ||| |||    
T  31426613 agagaaggtaaattatatcatttcattaaaaattagattggtaatacatgctggaatatcatcaaacacctggaagctagtactagatgtggctgcttta 31426514  T
Q  405 actaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcg 504  Q
      ||||   || ||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||  | || || || |||| ||| || |  ||||| |    
T  31426513 gttaaaacatgagcaacctcatttgcttgcctcttaataaactcgacatgagagtttgttaaataattattgcagaattggacactactgtccataatag 31426414  T
Q  505 aaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    | |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  31426413 agccaaattcggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactctttttgagtccacttcaaaatcaacatttaaaagttgaagttcatgaat 31426314  T
Q  604 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgag 703  Q
    ||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||| || | ||| || |||||    ||  ||||| |||| ||||  |||||  ||||||| |||    
T  31426313 ccaccgaatcgcatggtgtaatgccagagcctccccaacatctacagagcaagttgggttaaaccacatagtttttgagcgaacatgattcccatccgag 31426214  T
Q  704 tctcggatacacattccaaaaccta 728  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||    
T  31426213 tctctgatacacattccaaagccta 31426189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 304 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 27072527 - 27072201
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  ||||| |||| |||||||||||||| | || |||| ||| |||||||| || ||||||    
T  27072527 gagagaaagaaaattatatcatttcattaaaaattagatcgctaatacatgtaggaatatcatcaaaaatctggaagctagtactagatgcggctgcctt 27072428  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
      ||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||| |||  | ||||||||  |||  |||||     
T  27072427 ggctagagtgtgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcaacatgagagtttgttaagtaactgtgacaccattggatactcttatccataatg 27072328  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || || |||||||||| ||||||    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |    
T  27072327 gagccgaattcggtgatatctccatggcctttgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgttatttgaagttcttgta 27072228  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaaccca 629  Q
    ||||||  ||||| || | ||||||||    
T  27072227 tccaccttattgcttggtataaaccca 27072201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 18777213 - 18777126
Alignment:
Q  531 cattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||  | ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  18777213 cattattgaaataatcagctacttttttcgaatcaacctcgaaatcaacatttgtgaacttaaggtcatggatccaccgaattgcatg 18777126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 7861751 - 7861451
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||| ||||||||||  |  ||||||| |    || ||||||||||| ||||    ||     
T  7861751 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaactatatgctgaaatttcatcaaagatgtgaaagttaggatataatatggttgccttagctaactcatga 7861652  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||    |||||||||||||||||| || | || ||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||| ||    
T  7861651 gcaatctcatttgcttgcctcctaataaa----acatgagagtttgttaaaaagatattgcaaaactggatagtattctccataatggatccaaatttgg 7861556  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    |   |||||| |   | ||||| || |||||||||| | ||||  | || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  7861555 tattatctcctctggctttgttaaaataatcagctattgttttcaaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgc 7861456  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  7861455 atgat 7861451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 897 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 7861161 - 7861112
Alignment:
Q  897 ccttctaggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctga 946  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||| |||||    
T  7861161 ccttctaggagatgttttgctctttccagaattgtgactgtcgactctga 7861112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 305 - 1017
Target Start/End: Original strand, 5609412 - 5610126
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  | ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||| |||    
T  5609412 agagaaagtaaattatatcatttcattaaaaatcagatcattaatacatgcagaaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtagctgcttta 5609511  T
Q  405 actaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcg 504  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||      
T  5609512 gctaaagtgtatgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaggtgttacagaagtggatactgctatccataataa 5609611  T
Q  505 aaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  5609612 aaccaaattcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctactcttttagagccaacctcgaaatcaacatttgtgagttgaagttcttgtat 5609711  T
Q  604 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgag 703  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||   |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  |||||| |||     
T  5609712 ccaccgagttgcgtgatgtaaacccaaggcctcccctatatcaatagaacaacctggagagaaacacatagttttagagcggacatgattcccatttgaa 5609811  T
Q  704 tctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatctaa 803  Q
    |||||||| | |||||||||||||| |||||||  ||  |||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||| |  ||| | ||||||||| ||    
T  5609812 tctcggatgcccattccaaaacctactttgtttaagttatttggaaatgatgcatcaacattgcatttatatctaccagtactcgatttcctccatcgaa 5609911  T
Q  804 catttgtatctccattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattagcatttctctaaccttcta 903  Q
    | || ||||| ||||| || ||||| |||| | ||| |||||||||||||||| ||||  | || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5609912 cgttcgtatccccattatgatgagaagaac-tcggagtggaagatgaattgtcatgccataaaggagcttgcttacgattagcacttctccaaccttcta 5610010  T
Q  904 ggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaactcgttgccataatct-aggtt-ctagcttccaataaactccaacatgatggtaa 1001  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| ||| ||||||| | | | ||||| ||||||| | ||| ||||| |||| |||||||    
T  5610011 gtagatgttttgctcttttcagaatggtgaaagttgaatctgacacttgttgccaaagtttcaggttcctagctttccatatactcc-acattatggtaa 5610109  T
Q  1002 caata-tctcaatttga 1017  Q
    ||||| |||||||||||    
T  5610110 caatattctcaatttga 5610126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 314 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 5086750 - 5086289
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||  |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| |||| || ||| |||     
T  5086750 aaattatatcatttcattaaatatcaaatcagaaatacatgcaggaatatcatcaaagatctggaagctagtactagatgtggctgccctagctagagta 5086651  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||   |||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  5086650 tgtgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaatgggtcttggtaaagtaaatactactattcataatagaaccaaatt 5086551  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||  ||||| |||||    
T  5086550 cggtgacatcaccacagccattgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaagttgaagttcatatatccatcgaat 5086451  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     || ||||||| ||| ||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||| | ||||||  ||||||| || || || ||     
T  5086450 cgcgtgatgtagaccaagggcctcccctatatcaatggaacaggctggagagaagaacatggttttagaccggacatgattcccatcagaatcacgaatg 5086351  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    |||||||||||||||| || ||| | || |||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  5086350 cacattccaaaacctacttggttagagttgtttgggaaggatgcatcaacattacatttata 5086289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 305 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 33973249 - 33972824
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||  | |||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| | |||||    
T  33973249 agagaaagtaaattacatcatttcattaaaaatcagattggaaatacatgttgaaatatcatcaaagatctggaagctagtactagatgtggctacctta 33973150  T
Q  405 actaaa-gtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
     ||||| || |||||||||||||| | |||  || ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||  ||| ||||||     
T  33973149 gctaaacgtatgtgcaacctcatttgtttgtctcttaataaacttgacatgagagtttgttaaataagtgttacaaaattgtaaactattatctataatg 33973050  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  33973049 gaaccaaactcggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcgttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgta 33972950  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||| |||| |||||||||||  ||| |||||||||||| || | ||| ||   | |||  ||  ||||  ||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  33972949 tccactgaatcgcatgatgtaacgccatggcctccccaacatcgacagagcaaactagagtaaaccacatggttttagagcggacatggttcccatccga 33972850  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaaccta 728  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||    
T  33972849 atctcggatgcacattccaaagccta 33972824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 305 - 642
Target Start/End: Original strand, 27243955 - 27244292
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||| | |||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  27243955 agagaaagtaaattatatcatttcattaaaatt-agatcggaaatacacgttggaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgcctta 27244053  T
Q  405 actaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcg 504  Q
     ||||  | |||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||| ||||  ||||| |    
T  27244054 gctaacatatgtgcaacctcatttgtttggttcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtattacaaaattgtaaactactatccataatgg 27244153  T
Q  505 aaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    ||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||    
T  27244154 aaccaaactcggtgacatttccacgaccattgttgaaataatcaactactctttttgagtcaacctcgaaatcaatatttgagagttgaagtttatgtat 27244253  T
Q  604 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaac 642  Q
    ||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  27244254 ccatcgaatcgcatgatgtaacgctagggcctccccaac 27244292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 314 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 21824532 - 21824071
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| |||| ||     
T  21824532 aaattatatcatttcattaaaaatcaaattggaaatacatgctggaatatcatcaaagacttggaagctagaactacatgtggctgccttagctaacgta 21824433  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttaca-aaagtggatactgctatttataatcgaaccaaat 512  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||    |||||  || | ||  || ||||  ||||| || || ||     
T  21824432 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaatcattacagtaacttga-gctactatccataatagagccgaac 21824334  T
Q  513 tcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaa 611  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |    
T  21824333 tcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgtatccaccgga 21824234  T
Q  612 ttgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggat 711  Q
    | ||||||| || | |||||||||| || |  || | ||| ||||  |||| | || |||| |||||||||| ||||||| ||||||| || ||||| ||    
T  21824233 tcgcatgatatagagccagggcctctcctatatcgacagagcaggaaggagtgtaacacatgattttagagcggacatggttcccatccgaatctcgaat 21824134  T
Q  712 acacattccaaaacctaatttgtttg-tgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
     ||||||||||| ||||  ||||||| ||||| | ||||||||  |||||| |||||| |||||    
T  21824133 gcacattccaaatcctacattgtttgctgtgg-tgggaaaggaagcatcaatattacacttata 21824071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 308 - 647
Target Start/End: Original strand, 21588056 - 21588396
Alignment:
Q  308 gaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaact 407  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||   | ||| ||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  21588056 gaaagtaacttatatcatttcattaaaaattaaatcaggaatatatattggaatttcatcaaagatacaaaagctagtactagatgtggctgcgttagct 21588155  T
Q  408 aaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaac 507  Q
    ||    |||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||   || | || |||||||| || |  ||||| ||||    
T  21588156 aattcatgtgcaacctcatttgattgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataggaactatagaattggatactactgtccataatggaac 21588255  T
Q  508 caaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatcca 606  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | |||| || |||||||| ||||||||  | |  ||||||||||||||||||||    
T  21588256 caaattcggtaacatctcctcaacctttgttgaaataatcagctattattttcgaatcaacctcaaaatcaacgattgcaagttgaagttcatgaatcca 21588355  T
Q  607 ccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaa 647  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  21588356 ccgaattgcatgatatagaaccagggcctccccaatgtcaa 21588396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 317 - 717
Target Start/End: Original strand, 664901 - 665304
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagta---atatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| ||||| |||| |||||||| |    |||| ||  |||||||||||||| |||| ||||        
T  664901 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagtagtaatacatgtttgaatttcatcaaaaattcggaagctactactagatgtggttgtcttagctaattca 665000  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||  ||||  |||||  |||||||||    
T  665001 tgtgcaacctcatttgcttgtctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataggtactgcaaaattggatacaactatccataatataaccaaatt 665100  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
     |||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || |  |||||||||||||| || ||||||||    
T  665101 tggtgacatgtcctcgacctttgttgaaataatcagctactctttttgaatcaacctcaaaatcaacgtttgcaagttgaagttcatgtattcaccgaat 665200  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | ||||   ||||| |||  ||||| |||| |||||||||||| | || ||||| ||||| ||     
T  665201 tgcatgatataaacccagggcct-cccaatgtcaacataacacaatggagtgaaccacatagtttttgagcagacatggtttccttctgaatctcgaatg 665299  T
Q  713 cacat 717  Q
    |||||    
T  665300 cacat 665304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 304 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 13784036 - 13783648
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||| ||| || || ||||||||| ||||||| || ||||||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  13784036 gagagaaagaaacttaaatcatttcataaaagattaattcagtaatacatgttgggatttcatcaaagatacggaagctagaactagatgtggctgcctt 13783937  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |    |||||| ||||| || || |  || ||     
T  13783936 agctagagtatgtgcaacctcattcgcttgcctcctagtaaactcgacatgagattttgttaaaaatgaccgacaaaaatggatgctactgtccattatg 13783837  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  13783836 gaaccaaattcggtgacatctccacggcctttgttgaaataatccgctactcgtttcgagtcaacttcaaaatcaacatttttgagttgaagttcatgga 13783737  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatgg 691  Q
    ||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||    ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  13783736 tccaccgaattgcatgatacagtcccagcgcctctccaacatcaacagagcacaacggagagaaacacataattttggatcggacatgg 13783648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 439 - 717
Target Start/End: Original strand, 32535019 - 32535300
Alignment:
Q  439 taataaattcgacatgagag--tttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattg 535  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||  || || ||||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  32535019 taataaactcgacatgagagagtttgttaaataagtgctacaaaagtggatgctattatccatgatagaaccaaattcggtgacatctccacgacctttg 32535118  T
Q  536 ttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcct 635  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32535119 ttgaaataatcagctactctttatgagttaacctcgaagtcaacatttgtaagttgaagttcatgtatccaccgaattgcatgatgtaagcccagggcct 32535218  T
Q  636 ccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggatacacat 717  Q
    ||||||| || | |||||||   |||| ||   ||||  ||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  32535219 ccccaacatcgacagaacagaccggagtgacccacatggttttttagcagacatggtttccatctgagtctcggatgcacat 32535300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 29526980 - 29526676
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  29526980 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 29526881  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  29526880 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggatagtattctccataatggacccaaattcgg 29526781  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | |||||||| |||||||||| | |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  29526780 tgttatctcctcttgctttgttgaaataatcagctattgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgc 29526681  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  29526680 atgat 29526676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Original strand, 7097334 - 7097638
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttaga-actagatgtggttgccttaactaaagtgtg 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||  | |||| |||  | || |||||| ||||||| ||||    ||    
T  7097334 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttggaatttcattaaagatgtggaagctaggtaata-atgtggctgccttagctaactcatg 7097432  T
Q  416 tgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcg 515  Q
     ||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| | |||| |  |||  ||||| || |||||||||    
T  7097433 agcaacctcatttgcttgcctcttaataaactcgacataagagtttattaaaaaggtattacaaaacttgatatttttatccataatggatccaaattcg 7097532  T
Q  516 gtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattg 614  Q
    |||  |||||| |  || ||||| || ||| |||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  7097533 gtgctatctcctctgcctttgttaaaataaccagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgaattg 7097632  T
Q  615 catgat 620  Q
    ||||||    
T  7097633 catgat 7097638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 320 - 623
Target Start/End: Original strand, 19016945 - 19017249
Alignment:
Q  320 tatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgtgca 419  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||     ||| ||| | | ||||| |||||||||  |||    || |||    
T  19016945 tatcattttattaaaaattaaatcagtaatatatgctggaatctcatcaaagatacgaaagctaggatttgatgtagttgccttagttaattcatgggca 19017044  T
Q  420 acctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtga 519  Q
    ||| |||| |||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||| |  ||||| || || |||||  |||  || || |||||||| |||||||    
T  19017045 accacatttgcttgcctcctaataaactcaacacgagagtttgttaaatatgaattacagaaatgtatactattatccatgatggaaccaaactcggtga 19017144  T
Q  520 catctcccaaccat-tgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
     |||||||  |  | | || || |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  19017145 tatctcccttctctctattaaaataatcagctacttttttcgagtcaacctcaaaatcaacatctgtgggttgaagttcatgtatccactaaattgcatg 19017244  T
Q  619 atgta 623  Q
     ||||    
T  19017245 gtgta 19017249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 429 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15455845 - 15455653
Alignment:
Q  429 gcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatctcc-c 527  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||||  |||||| |    
T  15455845 gcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggatagtattctccataatggacccaaattcggtgttatctcctc 15455746  T
Q  528 aaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatgat 620  Q
       | |||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  15455745 ttgccttgttgaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgcatgat 15455653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 304 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 19541973 - 19541860
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19541973 gagagaaagtaacttatatcatttcattaaaaattaattcagtaatacatgttagaatttcatcaaatgtacagaagctagaactagatgtggttgcctt 19541874  T
Q  404 aactaaagtgtgtg 417  Q
    |  |||||| ||||    
T  19541873 agttaaagtatgtg 19541860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 370
Target Start/End: Original strand, 9697284 - 9697340
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaa 370  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9697284 aaattatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttggaatctcatcaaa 9697340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 15455946 - 15455891
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaaga 372  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||    
T  15455946 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaaga 15455891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 304 - 928
Target Start/End: Original strand, 14504021 - 14504645
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| || |||    
T  14504021 gagagaaaataaattatgtcatttcattaaagatcaaatcactaatacatgcaggaatatcatcaaagaccaggaagctagtactagatgtggctgtctt 14504120  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||| ||||||||| | ||||  |||||     
T  14504121 agctagagcgtgtgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagaattttttaagtatgtgttacagaagtggatattactatccataata 14504220  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
     ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  14504221 aaaccaaattcggtgacatctccatgacctttgttgaaataatcagctattcttttaaagtcaacctcgaaatcaacatttgtgagttgaagttcttgta 14504320  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||| ||   |||| | ||  ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  14504321 tccaccgaagtgcatgatataaacctagagcctccccaacatcaatagagcaaaatggataaaagcacatagttttagagcggacatgattcccatctga 14504420  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatcta 802  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    ||||| ||||||||  |    
T  14504421 gtctcggatacacattccaaaacccactttgtttgagttatttggaaaggatgcatcaacattgcatttatatctaccaacgctcggtttcctccattga 14504520  T
Q  803 acatttgtatctccattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattagcatttctctaaccttct 902  Q
    || || || || ||||| |||||||| |||| | | | |||||||||||||||| ||||| | || ||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||    
T  14504521 acgttcgtgtccccattttggtgagaagaac-tcgtattggaagatgaattgtcatgccttaaaggagcttgcttgcaattagcaattctccaaccttct 14504619  T
Q  903 aggagatgtcttgctctttccagaat 928  Q
    || |||||| || |||||||||||||    
T  14504620 agcagatgtttttctctttccagaat 14504645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 314 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 34935244 - 34934829
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||| |||||||||  ||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||  |     
T  34935244 aaattatatcatttcattaaaaataaaatcggaaatacatgctggaacatcatcaaatgcctggaagctagtactacatgtggctgccttagctaactta 34935145  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||  | ||| ||||  ||||| || ||||| |    
T  34935144 tgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataatcgttacagaagtttaaactactatccataatggagccaaact 34935045  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  34935044 cggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcttttttagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgtatccaccgaat 34934945  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||||| |||  ||| |||||||||||| || | ||| ||||| ||||  ||  |||| |||||||| | ||||||| ||||||  |||||||||||     
T  34934944 cgcatgatttaatgccaaggcctccccaacatcgacagagcaggtcggagtaaaccacatgattttagaacggacatggttcccattcgagtctcggatg 34934845  T
Q  713 cacattccaaaaccta 728  Q
    ||||||||||||||||    
T  34934844 cacattccaaaaccta 34934829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 304 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 2439655 - 2439220
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  | |||| ||| |||||||| ||||||||| | |||| ||| |||| |||||| ||||||    
T  2439655 gagagcaagtaaattatatcatttcattaaaaattaaattggaaatacatgctggaatattatcaaagacttggaagctagtactacatgtggctgcctt 2439556  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaag-tggatactgctatttataat 502  Q
    | ||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||| ||| | || ||| ||||  |||||    
T  2439555 agctaaagtatgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataaccattacagaagcttga-actactatccataat 2439457  T
Q  503 cgaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatga 601  Q
     || ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  2439456 ggagccaaactcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgt 2439357  T
Q  602 atccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctg 701  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| || || || | ||| ||||  |||| | || |||| |||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  2439356 atccaccgaatcgcatgatttaaagccagggcctctcctacatcgacagagcaggaaggagtgtaacacatgattttagagcggacatggttcccatccg 2439257  T
Q  702 agtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgt 738  Q
    ||||||| || ||||| || || ||||  ||||||||    
T  2439256 agtctcgaatgcacataccgaatcctaccttgtttgt 2439220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 305 - 618
Target Start/End: Original strand, 9734353 - 9734667
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  9734353 agagaaataaaatcatatcatttcattagaaatcagattggtaatatatgtaggaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgcctta 9734452  T
Q  405 actaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcg 504  Q
     ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| |||  |||  || || |    
T  9734453 gctaaagcatgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaattggtattacagaattggacactattatccatgatag 9734552  T
Q  505 aaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    | ||||| ||||||||||||||   |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
T  9734553 agccaaactcggtgacatctccatgaccattgttgaaatagtcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatggat 9734652  T
Q  604 ccaccgaattgcatg 618  Q
    ||||| ||| |||||    
T  9734653 ccacctaatcgcatg 9734667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 304 - 635
Target Start/End: Original strand, 2651709 - 2652041
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| |    
T  2651709 gagagaaagtgaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatacatgcaggagtatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgccct 2651808  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||  || |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||| || | |  |||||     
T  2651809 agctagtgtatgtgcaacctcattcgtttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtgttagaaaagtaaatattgttgtccataata 2651908  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || |||||||||||  ||||||| |  || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||| || |    
T  2651909 gagccaaattcggtagcatctccgcggcctttgttgaaataatcagctactcttttatagtcaacttcaaaatcaacaattgtaagttgaagttcttgta 2652008  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcct 635  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  2652009 tccaccgaattgcgtggtgtagacccagggcct 2652041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 304 - 803
Target Start/End: Original strand, 8968288 - 8968788
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||   ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  8968288 gagagaaagaaaatcatatcatttcattagaaatcaaattgttaatacatgtaggaatatcatcaaagacttggaagctagtactagatgtggctgcctt 8968387  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| |||  |||  || ||     
T  8968388 agctaaagcatgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaattggttttacagaattggacactattatccatgata 8968487  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||| || |||||  ||||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  8968488 gaaccgaactcggtaccatctccacggccgttgttgaaatagtcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgga 8968587  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    |||||||||| ||||| | |||  | || || |||||||| || | ||| ||   |||||  ||  ||||| ||||||| |  | |||| ||||||| ||    
T  8968588 tccaccgaatcgcatggtataatgcaagagcttccccaacatccacagagcaaactggagtaaaccacatagttttagaacgaaaatggttcccatccga 8968687  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatcta 802  Q
    |||||| |||||||| |||| ||| |  || |||||   ||| ||||| ||  |||| ||||||||||| |||| |||||||   ||| |||||||||||    
T  8968688 gtctcgaatacacatgccaagacccaccttatttgttgtgttaggaaaagaggcatcgacattacatttgtaccgaccactttctggtttcctccatcta 8968787  T
Q  803 a 803  Q
    |    
T  8968788 a 8968788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 304 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15790208 - 15789891
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||| || || ||||||||| ||||||| || ||||||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15790208 gagagaaagaaacttaaatcatttcattaaagattaattcagtaatacatgttgggatttcatcaaagatacggaagctagaactagatgtggctgcctt 15790109  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||   |    ||| || || || || || |  || ||     
T  15790108 agctagattatgtgcaacctcattcgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaagtgatcgacagaaatgaatgctactgtccattata 15790009  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| |    
T  15790008 gaaccaaattcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatctgctactcgtttcgagtcaacttcaaaatcaacattttcgagttgaagttcatgga 15789909  T
Q  603 tccaccgaattgcatgat 620  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15789908 tccaccgaattgcatgat 15789891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 304 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 26307540 - 26307318
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||  ||| ||||||||||| |||| |    
T  26307540 gagagaaaaaaatttatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttggaatatcatcaaagacatggaaactagtactagatgtggctgccct 26307441  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||| |  ||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| |||| || || ||||| ||||  |||||     
T  26307440 agctaatgcatgtgcaacctcatttacttgcctcctaataaactcgacaggagagtttattaaataagtgctacataattgaatactactatccataata 26307341  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc 526  Q
    || |||||||| |||||||||||    
T  26307340 gagccaaattccgtgacatctcc 26307318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 317 - 488
Target Start/End: Original strand, 32073521 - 32073692
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  32073521 ttatatcattttattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 32073620  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggata 488  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||    
T  32073621 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggata 32073692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 317 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 46092088 - 46091971
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    |||||| |||||| |||| || | ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||| |||| |||| || |||    
T  46092088 ttatattatttcactaaagataagatcagcaatacatgctggaacatcatcaaagatctggaagttagtactagatgtagttgtcttagctaatgtatgt 46091989  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgc 434  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  46091988 gcaacctcatttgcttgc 46091971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 675 - 774
Target Start/End: Original strand, 2652050 - 2652149
Alignment:
Q  675 ttttagagcagacatggctcccatctgagtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    ||||||| | ||||||  ||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| ||| || | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2652050 ttttagaccggacatgattcccatcagaatctcggatgcacatcccaaaacctactttattggagttgtttggaaaggatgcatcaacattgcatttata 2652149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 593 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 20820594 - 20820534
Alignment:
Q  593 agttcatgaatccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaac 653  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  20820594 agttcatgtatccaccgaattgcatgatatagacccggggcctccccaatgtcaacagaac 20820534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 417 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 29704702 - 29704651
Alignment:
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaat 468  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  29704702 gcaaccacattcgcttgcctcctaataaattcaacatgagagttttttaaat 29704651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 871 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 2439088 - 2439026
Alignment:
Q  871 cttgcttacgattagcatttctctaaccttctaggagatgtcttgctctttccagaatggtaa 933  Q
    ||||||||||||| ||| | ||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2439088 cttgcttacgatttgcagtcctccacccttcaagcagatgccttgctctttccagaatggtaa 2439026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 304 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 15066070 - 15065599
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| |    
T  15066070 gagagaaagtaaattatatcatttcattaaagatcaaatcagtaatacatgcaggaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgccct 15065971  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||| ||||||  |||||| | |  |||||     
T  15065970 agctagtgtatgtgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaagtattagaaaagtaaatactgttgtccataata 15065871  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |  || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||  | |    
T  15065870 gaaccaaattcggtagcatctccacggcctttgttgaaataatcaactactcttttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaagttgaagttctcgta 15065771  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||  ||||||| ||    
T  15065770 tccaccgaattgcgtggtgtagacccagggcctcccctacatcaatagaacagcctggagagaaaaacatggttttagaccggacatgattcccatcaga 15065671  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15065670 atctcggatgcacatcccaaaccctactttgttggagttgtttggaaaggatgcatcaacattgcatttata 15065599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 314 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 17459556 - 17459094
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaa-atcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagt 412  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |  | ||||| | || ||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| ||||||  ||| |      
T  17459556 aaattatatcatttcattaaagatcacgagtactaatacacgtaggaatatcatcaaagacccggaagctagtactagatgtggctgcctttgctagaac 17459457  T
Q  413 gtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaat 512  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||  ||||| |||||||||    
T  17459456 atgtgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaagtgttacaaaagtggatattactatccataatagaaccaaat 17459357  T
Q  513 tcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaa 611  Q
    ||||||| ||||||   ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||||    
T  17459356 tcggtgatatctccatgacctttgttgaaataatcaactactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgttaattgaagttcttgtatccaccgaa 17459257  T
Q  612 ttgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggat 711  Q
     |||||| | ||||||||  ||||| || || || |   ||||   ||||||||||  ||||||||||||||  |||||  ||||||||| |||||||||    
T  17459256 gtgcatggtataaacccaaagcctctcctacatctaccaaacaaactggagagaaactcataattttagagcgtacatgattcccatctgggtctcggat 17459157  T
Q  712 acacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||  |  |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17459156 acacattccaagccctactttgtttgaattatttggaaaggatgcatcaacattacacttata 17459094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 304 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 25553414 - 25552914
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  25553414 gagagaaagaaaatcatatcatttcattagaaatcagattggtaatacatgtaggaatatcatcaaagacttggaagctagtactagatgtggctgcctt 25553315  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||| |||  |||  || ||     
T  25553314 agctaaagcatgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcaacatgagagtttgttaaattggttttacagaattggacactattatccatgata 25553215  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || || || ||||| |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  25553214 gagccgaactcggtaacatctccacggccattgttgaaatagtcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgga 25553115  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    |||||||||| || || | |||| | || || |||||||| || | ||| ||   |||||  ||  ||||| ||||||| |  | |||| ||||||| ||    
T  25553114 tccaccgaatcgcgtggtataaagcaagagcttccccaacatccacagagcaaactggagtaaaccacatagttttagaacgaaaatggttcccatccga 25553015  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatcta 802  Q
    |||||| |||||||| |||| ||| |  || |||||   ||| ||||| ||  |||| ||||||||||| |||| |||||||   ||| |||||||||||    
T  25553014 gtctcgaatacacataccaagacccaccttatttgttgtgttaggaaaagaggcatcgacattacatttgtaccgaccactttctggtttcctccatcta 25552915  T
Q  803 a 803  Q
    |    
T  25552914 a 25552914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 308 - 651
Target Start/End: Original strand, 20088962 - 20089307
Alignment:
Q  308 gaaagcaaattatatcatttcattaaaaa-tcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaac 406  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    || | ||| |||| ||||||||||||||      
T  20088962 gaaagtaacttatattatttcattaaaaaattaaatcagtgatacatgttggaatttcatcaaagatacggaggctagtactaaatgtggttgccttaga 20089061  T
Q  407 taaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaa 506  Q
    |||    |||| |||||||||  ||||  || ||||||| | ||||||||||||| ||||||| |   | || || ||||||||  |||  ||||| ||     
T  20089062 taattcatgtgtaacctcatttacttgtctcgtaataaacttgacatgagagtttattaaatatgaactgcataattggatactattatccataatggac 20089161  T
Q  507 ccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatcc 605  Q
    |||||||||||||||||||| | | | |||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||    
T  20089162 ccaaattcggtgacatctcctcgatctttgttgaaatagtcagttactctttttgagtcaacctcaaaatcaacatttgcaagttgaagttcatgaatcc 20089261  T
Q  606 accgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaataga 651  Q
    |||||||||||||||  | || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  20089262 accgaattgcatgataaagacacagggcctctccaacatcaataga 20089307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 47783143 - 47782839
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  47783143 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 47783044  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||  |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  47783043 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggattgtattctccataatggatccaaattcgg 47782944  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | |||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  47782943 tgttatctcctcttgctttgttgaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagttaaagttcattgatccaccgaattgc 47782844  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  47782843 atgat 47782839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 317 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 13200992 - 13200828
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| | |||||||| |  | |||| |||||    || ||||||||||| ||||    ||     
T  13200992 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagtgatacatgttggactttcatcaaaaatgtggaagctagaaaataatatggttgccttagctaactcatga 13200893  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaa 481  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  13200892 gcaacctcatttgcttgcctcctaatgaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaa 13200828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 317 - 467
Target Start/End: Original strand, 4946607 - 4946757
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||| | |||||||| || |||| ||| ||   |||||| || |||| ||||    ||     
T  4946607 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgctggaattttatcaaagatctggaagctaggacataatgtggctgtcttagctaactcatga 4946706  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaa 467  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  4946707 gcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgatatgagaatttgttaaa 4946757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 370
Target Start/End: Original strand, 13563661 - 13563717
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaa 370  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  13563661 aaattatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttggaatctcatcaaa 13563717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 879 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 15065495 - 15065416
Alignment:
Q  879 cgattagcatttctctaaccttctaggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaactcgttgcca 958  Q
    ||||||||| ||| | | |||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | |||||| ||||| ||| |||||||    
T  15065495 cgattagcacttcgccagccttctagaagatgttttgctctttccaaaatggtgaaagtcgagtctgacacttgttgcca 15065416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 308 - 932
Target Start/End: Complemental strand, 11986376 - 11985753
Alignment:
Q  308 gaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaact 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||| ||    
T  11986376 gaaagtaaattatatcatttcattaaaaatcaggtcggtaatacatgttggaatatcatcaaagacctggaagttagtactagacgtggctgccttagct 11986277  T
Q  408 aaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaac 507  Q
    | ||  ||||||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||  ||||| ||||    
T  11986276 agagcatgtgcaacctcgtttacttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtgttacaaagttggacactactatccataatggaac 11986177  T
Q  508 caaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatcca 606  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  11986176 caaactcggtgacatttccacgaccattgttgaaataattagctactctttttgagtcaatctcgaaatcaacatttaagagttgaagttcatgaatcca 11986077  T
Q  607 ccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtct 706  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||  |||| | | |||  |||||  ||  ||||| |||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  11986076 ccgaatcgcatgatgtaacgccagggcctccccaatatcaacatagcagactggagtaaaccacatagttttagagcgaacatggttcccatcggagtct 11985977  T
Q  707 cggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatctaacat 806  Q
    ||||| ||||||||||||||||  || |||||   ||| ||||| ||    || |||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||||||| ||    
T  11985976 cggatgcacattccaaaacctaccttatttgttgtgttgggaaaagaggtgtcgacattacatttatatctaccacttcttggttttctccatctaagat 11985877  T
Q  807 ttgtatctccattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattagcatttctctaaccttctagga 906  Q
    ||| ||   ||||| | |  || | || | |||| || || ||  |||||| |||| |||| ||||||||| ||||| || |||||| |||| || || |    
T  11985876 ttgcattgtcattgagatttga-ggacctcggaaggggag-tggcttgtctggccttataggagcttgctttcgattggcctttctccaaccatcgagaa 11985779  T
Q  907 gatgtcttgctctttccagaatggta 932  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
T  11985778 ggtgtcttgctctttccagaatggta 11985753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 317 - 945
Target Start/End: Complemental strand, 10516306 - 10515680
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||  |||||| ||     
T  10516306 ttatatcattttattaaaaatcagatcggtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagctagtattagatgtggttgccttagttaaagtatgc 10516207  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
     ||||||||||  ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| || ||||  |||||  ||||||| | ||    
T  10516206 acaacctcatttccttacctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtgctacataattggatgctactatccataatacaaccaaacttgg 10516107  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    |||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10516106 tgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctacactttttgagacaacctcgaaatcaacatttatgagttgaagttcatgtatccaccgaattgc 10516007  T
Q  616 atgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggatacac 715  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  || | ||||||    ||||| ||  ||||  |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  10516006 atgatgtaatcccagggcctccccaa--tcgacagaacaaaccggagaaaaccacattgtttttgagcggacatgattcccatctgagtctcggatgcac 10515909  T
Q  716 attccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatctaacatttgtatctc 815  Q
    || |  || ||||  || || |||   ||||||| |||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| |   ||| | ||| |    
T  10515908 atacacaatcctaccttattagtggtatttggaatggaggcatcaacattacatttgtatctaccacttctcggtttcctccatttggaattagcatccc 10515809  T
Q  816 cattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttgcttacgattagcatttctctaaccttctaggagatgtcttg 915  Q
    | |||||||| || |  ||| ||||||||||||   || || |||||  ||| | |||||||||| ||||| |||||| |||||||||  || ||| |||    
T  10515808 cgttgtggtgggaagtgctt-ggaatggaagatatgttatcctgccttgtaggaacttgcttacggttagcgtttctccaaccttctaaaaggtgttttg 10515710  T
Q  916 ctctttccagaatggtaacagtcgaatctg 945  Q
    |||||| ||  || ||||||||||| ||||    
T  10515709 ctcttttcatgattgtaacagtcgagtctg 10515680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 314 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 21698865 - 21698560
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||       
T  21698865 aaattatatcatttcattaaaaattagatcagtaatacatgctggaatatcatcaaacacctggaagctagtactagatgtggctgccttagctaaaaca 21698766  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || |  || |||| ||| || |  ||||| || |||||||    
T  21698765 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataattattgcggaaatggacactactgtccataatagagccaaatt 21698666  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  21698665 cggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcttttttagtcaacttcaaaatcaacatttaaaagttgaatttcttgaatccaccgaat 21698566  T
Q  613 tgcatg 618  Q
     |||||    
T  21698565 cgcatg 21698560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 309 - 524
Target Start/End: Original strand, 1638176 - 1638390
Alignment:
Q  309 aaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaacta 408  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||  | |||| ||| ||||||||||| || |||| |||    
T  1638176 aaagtaaattatatcatttcattaaaaatcaa-tcagtaatacatgctggaatatcatcatagatttggaagctagtactagatgtggctgtcttagcta 1638274  T
Q  409 aagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaacc 508  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| || ||    
T  1638275 aagtatgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataattgttacataagtgtatactactatccataatagagcc 1638374  T
Q  509 aaattcggtgacatct 524  Q
    ||||||||||||||||    
T  1638375 aaattcggtgacatct 1638390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 314 - 524
Target Start/End: Original strand, 1641209 - 1641417
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||  | |||| ||| ||||||||||| || |||| |||||||     
T  1641209 aaattatatcatttcattaaaaatcaa-tcagtaatacatgctggaatatcatcatagatttggaagctagtactagatgtggctgtcttagctaaagta 1641307  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  1641308 tgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaattcgacatgagcgtttgtt-aataattgttacataagtgtatactactatccataatagagccaaatt 1641406  T
Q  514 cggtgacatct 524  Q
    |||||||||||    
T  1641407 cggtgacatct 1641417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 314 - 618
Target Start/End: Original strand, 30063577 - 30063882
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||  |||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||| ||  ||| |||||       
T  30063577 aaattatatcatttcattaaaaattagataggtaatacatgctggaatatcatcaaacacctggaaggtagtactggatgtggctgttttagctaaaaca 30063676  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || || || |||| ||| || |  || || || |||||||    
T  30063677 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataattattgcagaattggacactactgtccatgatagatccaaatt 30063776  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
     |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| |  || |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30063777 tggtgacatctccgcgaccattgttgaaataatcagctactattttttagtccatttcaaaatcaacatttaaaagttgaagttcatgaatccaccgaat 30063876  T
Q  613 tgcatg 618  Q
     |||||    
T  30063877 cgcatg 30063882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15950952 - 15950648
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  15950952 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 15950853  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  15950852 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggatagtattctccataatggacccaaattcgg 15950753  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | |||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  15950752 tgttatctcctcttgccttgttgaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgc 15950653  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  15950652 atgat 15950648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 423 - 614
Target Start/End: Original strand, 7090441 - 7090633
Alignment:
Q  423 tcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacat 522  Q
    ||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||  || ||||||||  |||  ||||| |||||||| ||||||| ||    
T  7090441 tcatttgcttgcctcctaataaactcaacatgagagtttgttaaatatgatttactgaattggatactagtatccataatggaaccaaactcggtgatat 7090540  T
Q  523 ctcccaa-ccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattg 614  Q
    ||||||  || ||||| ||  ||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  7090541 ctcccaggcctttgttaaaagaatcagctactattttttaatcaacctcaaaatcaacatttgtgagccgaagttcatgaatccaccaaattg 7090633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 543 - 618
Target Start/End: Original strand, 15923692 - 15923766
Alignment:
Q  543 aatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15923692 aatcaactactttttta-agtcaaccttaaaatcaacatttgtgagttgaagttcatgtatccaccaaattgcatg 15923766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 23631616 - 23631438
Alignment:
Q  439 taataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgtt 537  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| |  | |||||||| |||||| |  |||  ||||| || ||||||||||||  |||| | |  || |||||    
T  23631616 taataaactcgatatgagagtttgttaaaaatatattacaaaaatggatattattatccataatggatccaaattcggtgctatcttcgctgcctttgtt 23631517  T
Q  538 gaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgca 616  Q
     || |||||| ||||| |||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  23631516 aaaataatcaactactgttttcgaatctacctcaaaatcgacatttgtgagttgaagttcattgatccaccaaattgca 23631438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 30148063 - 30147965
Alignment:
Q  426 ttcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatct 524  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   |||  |||||| || ||| ||||||| ||||| |  ||||||||||||| ||||    
T  30148063 ttcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaacttgtggaacaaaactgtatattgctattcataatagctccaaattcggtgatatct 30147965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 33169668 - 33169604
Alignment:
Q  308 gaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaaga 372  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  33169668 gaaagtaacttatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttgaaattttatcaaaga 33169604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 516 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 33169496 - 33169417
Alignment:
Q  516 gtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaag 594  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||   |  |||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  33169496 gtgacatctcctcaacctttgttgaaataatcagctactctttccaaagcaacctcgaaatcaacgttagcaagttgaag 33169417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 304 - 774
Target Start/End: Original strand, 234615 - 235086
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| |||| |    
T  234615 gagagaaagtgaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatacatgcaggaatatcatcaaagatctggaagctagtactagatgtggatgccct 234714  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||  || |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||| ||||||  ||||| || |  |||||     
T  234715 agctagtgtatgtgcaacctcattcgtttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaagtattagaaaagtaaatactactgtccataata 234814  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| || |    
T  234815 gagccaaattcggtagcatctccgcaacctttgttcaaataatcagctactcttttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaggttgaagttcttgta 234914  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||  ||||||| ||    
T  234915 tccaccgaattgcgtagtgtagacccagggcctcccctacatcaatagagcagcctggagagaaaaacatggttttagaccggacatgattcccatcaga 235014  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
     |||||||| ||||| |||||||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  235015 atctcggatgcacatcccaaaacctactttgttggagttgtttggaaaggatgcatcaacattgcatttata 235086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 879 - 958
Target Start/End: Original strand, 235190 - 235269
Alignment:
Q  879 cgattagcatttctctaaccttctaggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaactcgttgcca 958  Q
    ||||||||| ||| | | ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| |||||||    
T  235190 cgattagcacttcgccagccttccagaagatgttttgctctttccagaatggtgaaagtcgagtctgacacttgttgcca 235269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 304 - 777
Target Start/End: Original strand, 25594727 - 25595201
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||  |||||||||||||||  || |||| ||| ||||||||||| |||| |    
T  25594727 gagaaaaagtaaattatatcatttcattaaatatcaaatcagaaatacatgcaggaatatcatcaaaggtctggaagctagtactagatgtggctgccct 25594826  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||  |||||||| |  || ||     
T  25594827 agttagagtatgtgcaacctcattcgcctgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataggtcttggtaaagtaaatactgctgtccattata 25594926  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    |||||||||||||||| ||| || | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||  |    
T  25594927 gaaccaaattcggtgatatcaccacgaccattgttgaaataatcagctgctcttttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaagttgaagttcatata 25595026  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||| |||  ||||||| | ||||||  ||||||| ||    
T  25595027 tccaccgaatcgcgtgatgtagacccagggcctcccctacatcaatggaacaggctggagagaaaatcatggttttagaccggacatgattcccatcgga 25595126  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacct 777  Q
     || || || |||||||||||||||| || ||| | || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25595127 atcacgaatgcacattccaaaacctacttggttggagttgtttgggaaggatgcatcaacattacatttatacct 25595201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 304 - 774
Target Start/End: Original strand, 38532607 - 38533078
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |  ||| ||| | ||||||||| | || |    
T  38532607 gagagaaagtaacttatatcattttattaaagatcaaatcagtaatacatgcaggaatatcatcaaagacatgtaagctagtattagatgtggctaccct 38532706  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | |||  || ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || || ||| ||||||  |||||||| |  |||||     
T  38532707 agctagtgtatgtgcaacctcattcgcttgcctcataataaactcgacatgagagtttgttaagtaagtattagaaaagtaaatactgctgtccataata 38532806  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || |||||||||||  ||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |    
T  38532807 gagccaaattcggtagcatctccacgacctttgttgaaataatcagctactctgttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaagttgaagttcttgta 38532906  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||  ||||||| ||    
T  38532907 tccaccgaattgcgtggtgtagacccatggcctcccctacatcaatagaacagactggagagaaaaacatggttttagaccggacatgattcccatcaga 38533006  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
     || ||||| ||||| |||||||||  |||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  38533007 atcacggatgcacatcccaaaacctgctttgttggagttgtttggaaaggatgcatcaacattgcatttata 38533078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 304 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 27527460 - 27527068
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| |    
T  27527460 gagagaaagtaaattatatcatttcattaaagatcaaatcagtaatacatgcaggaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgccct 27527361  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattc-----gacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctattta 498  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||     |||||||||||||||||| || || ||| ||||||  |||||||| |  |    
T  27527360 aactagtgtatgtgcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgacatgagagtttgttaagtaagtattagaaaagtaaatactgctgtcca 27527261  T
Q  499 taatcgaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttc 597  Q
    |||| ||||||||||||||   |||||| |  || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  27527260 taatagaaccaaattcggtagtatctccacggcctttgtagaaataatcagctactcttttagagtcaacttcaaaatcaacatttgtaagttgaagttc 27527161  T
Q  598 atgaatccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatg 690  Q
     || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||    
T  27527160 ttgtatccaccgaattgcatggtgtagacccagggcctcccctacatcaatagagcagcctggagagaaaaacatggttttagaccggacatg 27527068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 308 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 22161912 - 22161442
Alignment:
Q  308 gaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaact 407  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| || | |  | ||||| |||| |||||||||||||||| || || | ||| |||||||| || ||||||| ||    
T  22161912 gaaagaaaactatatcatttcattaaagattagagaactaatacatgtaggaatatcatcaaagatctggaggctagtactagatgcggctgccttagct 22161813  T
Q  408 aaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaac 507  Q
    | | | || |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||  ||||| ||||    
T  22161812 agattatgagcaacctcattcgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaagtattacaaaattggatactactatccataatagaac 22161713  T
Q  508 caaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatcca 606  Q
    |||||| ||||| ||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||    
T  22161712 caaatttggtgatatctccatgacctttgttgaaataatcagctactcttttagagtcaatctcgaaatcaacatttgttaattgaagttcttgtatcca 22161613  T
Q  607 ccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtct 706  Q
    ||| | |||||| | ||||||||  || || || ||||| |  |||||   ||||||||||  ||||||||| ||||  |||||| |||| |||||||||    
T  22161612 ccgtagtgcatggtataaacccaaagcttctcctacgtctaccgaacaaactggagagaaactcataattttggagcgtacatggttcccttctgagtct 22161513  T
Q  707 cggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacct 777  Q
    ||||| || ||||| | |||||  ||||| |  |  ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||    
T  22161512 cggatgcagattcccagacctaccttgttagaatcatttggaaaatatgcatcaacattacacttatacct 22161442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 309 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 4180131 - 4179627
Alignment:
Q  309 aaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaacta 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| ||| |||  ||    
T  4180131 aaagtaaattatatcatttcattaaaaattagatcggtaatatatgctggaatatcatcaaacacctggaagctagtactagatgtggctgctttagtta 4180032  T
Q  409 aagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaacc 508  Q
    ||   || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || || || |||| ||| || || ||||| || ||    
T  4180031 aaacatgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataattattgcagaattggacactactgttcataatagagcc 4179932  T
Q  509 aaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccac 607  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  4179931 aaattcagtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcttttttagtcaacttcaaaatcaacatttaaaagttgaagttcatgaatccac 4179832  T
Q  608 cgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctc 707  Q
    ||||| ||||| |||||   ||| ||||||||||| |||| ||| || |||||    ||  ||||| |||| || |  |||||  || |||| |||||||    
T  4179831 cgaatcgcatggtgtaatgtcagagcctccccaacatcaacagagcaagttgggttaaaccacatagtttttgaacgaacatgattctcatccgagtctc 4179732  T
Q  708 ggatacacattccaaaacctaatttgtttgt-gtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatctaacat 806  Q
     ||||||||||||||| |||| ||| ||| |  ||||  ||||| ||  |||||||||| ||||| || |||||||||   ||| |||||||||||| ||    
T  4179731 tgatacacattccaaagcctactttatttatcatggtagggaaa-gaggcatcaacattgcatttgtatctaccactttctggtttcctccatctaatat 4179633  T
Q  807 ttgtat 812  Q
    ||||||    
T  4179632 ttgtat 4179627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 317 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 21182788 - 21182463
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| ||| ||||||||| | | |||||  ||| |  |||    
T  21182788 ttatatcatt--attaaaaattaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaaggcatgaaagctagtactagatgtagctcccttagttaatgcatgt 21182691  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| || ||||  ||||| ||||||||||| |    
T  21182690 gcaacctcatttgtttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtgctacataattggatgctactatccataatagaaccaaattcag 21182591  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagct-actcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattg 614  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  21182590 tgacatctccacaacctttgttgaaataatcggctaactctttttgagtcaaccttgaagtcaacatttgaaagttgaagttcatgtatccagcgaattg 21182491  T
Q  615 catgatgtaaacccagggcctccccaac 642  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21182490 catgatgtaagcccagggcctccccaac 21182463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 325 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 11644893 - 11644617
Alignment:
Q  325 tttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgtgcaacctc 424  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||  ||||||| ||||||| || ||||||||    
T  11644893 tttcattaaaaataaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagatctggaagttagtattagatgtgactgccttagctaaagtatgcgcaacctc 11644794  T
Q  425 attcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatc- 523  Q
    ||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || || |  ||||| |||||||| || ||||||||     
T  11644793 atttgtttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataagtgttacagaaatggatgctactgtgcataatagaaccaaagtcagtgacatct 11644694  T
Q  524 tcccaaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatg 600  Q
    || | ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  11644693 tcacgacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaaccttgaacacaacatttgtgagttgaagttcatg 11644617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 394 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 29601083 - 29600754
Alignment:
Q  394 tggttgccttaactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgct 493  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  29601083 tggttgccttagctaaagcatgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgataaattggtgttacagaattggacactgct 29600984  T
Q  494 atttataatcgaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttga 592  Q
     |  || || || || || |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  29600983 gtccatgatagagccgaactcggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctattcttttagagtctacctcgaaatcaacatttgagagttga 29600884  T
Q  593 agttcatgaatccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggc 692  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| |||  |||| ||||||||||| || | ||| ||| |||| |  ||  ||||| ||||||| |  | ||||     
T  29600883 agttcatgtatccaccgaatcgcgtgatataacgccagagcctccccaacatccacagagcagattggtgtaaaccacatagttttagaacgaaaatggt 29600784  T
Q  693 tcccatctgagtctcggatacacattccaa 722  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  29600783 tcccatccgagtctcgaatacacataccaa 29600754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Original strand, 26418702 - 26419006
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  26418702 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 26418801  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  26418802 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggatagtattctccataatggacccaaattcgg 26418901  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | |||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  26418902 tgttatctcctcttgccttgttgaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgc 26419001  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  26419002 atgat 26419006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 32108578 - 32108274
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  32108578 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttagctaattcatga 32108479  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  32108478 gcaacctcatttgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaactggatagtattctccataatggacccaaattcgg 32108379  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | |||||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  32108378 tgttatctcctcttgccttgttgaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccgagttgc 32108279  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  32108278 atgat 32108274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 317 - 488
Target Start/End: Original strand, 11420275 - 11420446
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||||||||    ||     
T  11420275 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatatatgttggactttcatcaaagatgtggaagctaggacctaatgtggctgccttaactaattcatga 11420374  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggata 488  Q
     ||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||    
T  11420375 acaacctcatttacttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaaaagatattacaaaattggata 11420446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 675 - 962
Target Start/End: Complemental strand, 11644604 - 11644318
Alignment:
Q  675 ttttagagcagacatggctcccatctgagtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    ||||||||| || |||  |||||| |||||||||||| |||||||| || ||||  || ||||||   |||| ||||||  |||| | ||| ||||||||    
T  11644604 ttttagagcggatatgattcccatatgagtctcggatgcacattcccaatcctaccttatttgtggtatttgaaaaggaggcatcgatattgcatttata 11644505  T
Q  775 cctaccacttgtcggtctcctccatctaacatttgtatctccattgtggtgagatgaacttgggaatggaagatgaattgtcttgcctgatagaagcttg 874  Q
     || |||||| ||||| |||||||||| |  |||  ||| |||||||||||  | |||||||| || |||||||| ||| |  |||||  |||||  |||    
T  11644504 tctgccacttctcggtttcctccatctgaagttttcatccccattgtggtggaaagaacttgg-aacggaagatgcatttttctgccttgtagaaatttg 11644406  T
Q  875 cttacgattagcatttctctaaccttctaggagatgtcttgctctttccagaatggtaacagtcgaatctgaaactcgttgccataat 962  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||| || ||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  11644405 cttacgattagcatttctccagccttctagaaggtgttttgctctttccaggattgtgacagtcgagtctgacacctgttgccataat 11644318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 426
Target Start/End: Original strand, 44464605 - 44464714
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||  |  ||||||  ||||||||||  ||||||| |||||   |||    
T  44464605 ttatatcatttcattaaaaattaaagcagtaatatatattggaattacatcaaagatatgaaagttaatactagatgtgactgccttagctaaaacatgt 44464704  T
Q  417 gcaacctcat 426  Q
    ||||||||||    
T  44464705 gcaacctcat 44464714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 420 - 467
Target Start/End: Original strand, 8860182 - 8860229
Alignment:
Q  420 acctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaa 467  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  8860182 acctcattcacttgcctcctaataaatttgacattagagtttgttaaa 8860229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0114 (Bit Score: 182; Significance: 8e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0114
Description:

Target: scaffold0114; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 314 - 738
Target Start/End: Original strand, 11444 - 11869
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||     
T  11444 aaattatatcatttcattaaaaatcaagtcggaaatacatgttgggatatcatcaaagacctggaagctagtactacatgtggctgccttagctaaagta 11543  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||| |||   | ||| |||   ||||| || ||||| |    
T  11544 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaatattcattacagaagcttaaactactacccataatggagccaaact 11643  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  11644 cggtgacatctccactacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgtatccaccgaat 11743  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||| || | ||| ||||| |||| |||  |||| |||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  11744 cgcatgatttaaagccagggcctccccaacatcgacagagcaggtcggagtgaaccacatgattttaaaacggacatggttcccatccgagtctcggata 11843  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttgt 738  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  11844 cacataccaaaacctaccttgtttgt 11869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 5e-96; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 314 - 774
Target Start/End: Original strand, 25732251 - 25732711
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||      
T  25732251 aaattatatcatttcattaaaaatcaattcggaaatacatgctggaatatcatcaaagacctggaagctagtactacatgtggttgccttagctaaagca 25732350  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||| |||   | ||| ||||  ||||| || ||||| |    
T  25732351 tgtgcaacctcatttgcttacctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaatattcattacagaagcttaaactactatccataatggagccaaact 25732450  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    |||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  25732451 cggtgatatctccacgacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgaatccaccgaat 25732550  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||||| |||| |||||| ||||||||| || | |||  |||| |||| |||  |||| |||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  25732551 cgcatgatttaaagccaggg-ctccccaacatcgacagagtaggtcggagtgaaccacatgattttagaacggacatggttcccatccgagtctcggata 25732649  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttg-tgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||| ||||| | ||||||||  |||||| |||||| |||||    
T  25732650 cacataccaaaacctaccttgtttgttgtgg-tgggaaaggaggcatcaatattacacttata 25732711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 314 - 738
Target Start/End: Original strand, 28161868 - 28162293
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| || |||| |||| ||     
T  28161868 aaattatatcatttcattaaaaattaaattggaaatacatgctggaatatcatcaaagacctggaagctagtactacatgtggctgtcttagctaacgta 28161967  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||| |||   | ||| ||||  ||||| || ||||| |    
T  28161968 tgtgcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataaacattacagaagcttaaactactatccataatggagccaaact 28162067  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28162068 cggtgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgtatccaccgaat 28162167  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  ||  |||| |||||||| | || |||| ||||||| |||||||||||     
T  28162168 cgcatgatttaaagccagggcctccccaacatcgacagagcaggtcggagtaaaccacatgattttagaacggagatggttcccatccgagtctcggatg 28162267  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttgt 738  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||    
T  28162268 cacattccaaaacctaccttgtttgt 28162293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 317 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 7995337 - 7995006
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||     ||| ||  | ||||||||| ||||||| ||||    |||    
T  7995337 ttatatcattttattaaaaattaaatcagtaatacatgttgaaatttcatcaaagatacgaaagctaatattagatgtggctgccttagctaattcatgt 7995238  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||| ||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||   || |||| |||||||| ||||  ||||| ||||||||||||     
T  7995237 gcaacttcatttgtttgcttcataataaactcgacatgagagtttgttaaataggaactataaaattggatactactatccataatggaaccaaattcga 7995138  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    |||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||  |||||||| || |  |||||||||||||  |||||||||||||     
T  7995137 tgacatctcctcgatctttgttgaaataatcagctactcttttcgaatcaacctaaaaatcaacgtttgcaagttgaagttcatttatccaccgaattgg 7995038  T
Q  616 atgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaa 647  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  7995037 atgatatagacccagggcctccccaatgtcaa 7995006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 324 - 647
Target Start/End: Original strand, 12784017 - 12784339
Alignment:
Q  324 atttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgtgcaa-cc 422  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| || | ||||| ||||||||||    |||||||| | ||||||| ||||||||| ||||    ||||||| ||    
T  12784017 atttcattaaaaattaaatcggtaatacatatgggaatctcatcaaagatacggaagttagtattagatgtagttgccttagctaattcatgtgcaaacc 12784116  T
Q  423 tcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacat 522  Q
    ||||| | |||| | |||||||| || ||||||||||||  ||||||||   || | || |||||||| ||||  ||||| ||||| |||||||||||||    
T  12784117 tcatttgtttgccttctaataaactccacatgagagttt--taaataggaactatagaattggatactactatccataatggaacccaattcggtgacat 12784214  T
Q  523 ctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatgatg 621  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||   ||| |||| || ||| ||||| |||||||||||||     
T  12784215 ctcctcgacctttgttaaa-taatcagctactcttttcgaatcaacctcaaaagcaacatttacgagctgaaatttatgtatccatcgaattgcatgata 12784313  T
Q  622 taaacccagggcctccccaacgtcaa 647  Q
    || |||||||||||| |||| |||||    
T  12784314 tagacccagggcctctccaatgtcaa 12784339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 317 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 3989676 - 3989372
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagaccta--gaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgt 414  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||  ||  |||| ||| | | ||||||| | |||||  |||  | |    
T  3989676 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttggaatcctatcaaagagatacggaaggtaggaattgatgtggctaccttagataatttat 3989577  T
Q  415 gtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattc 514  Q
    | ||||||||||| |||||    |||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||| ||||  ||||| |||| ||| |     
T  3989576 gggcaacctcatttgcttgtcgtctaataaactccacatgagagtttgttaaataggaattacataattggatactactatccataatggaacgaaactt 3989477  T
Q  515 ggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaatt 613  Q
    ||||| |||||| | ||  || || || |||||||||||| |||| || |||| ||| |||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  3989476 ggtgatatctccacgacttttattaaaataatcagctactattttcgaatcaatctcaaaatcaacatttatgagttgaagtttatgtatccaccgaatt 3989377  T
Q  614 gcatg 618  Q
    |||||    
T  3989376 gcatg 3989372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 539 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 12247016 - 12246937
Alignment:
Q  539 aagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12247016 aagtaatcaactactctttttgaatcaatctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 12246937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 420 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 25133221 - 25133023
Alignment:
Q  420 acctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtga 519  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||| || | |||||||||| |||||||||  ||||| || |||||||| ||||  ||||| |||||||| ||  |||    
T  25133221 acctcattttcttgcctcctaataaactcaatatgagagtttattaaataggaattacataattggatactactatccataatggaaccaaactctctga 25133122  T
Q  520 catct-cccaaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
    ||||| ||| ||| ||||| || |||| ||||||| |||| || ||||| || ||| |||||||  |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||    
T  25133121 catctcccctacctttgttaaaataatgagctactattttcgaatcaacttcaaaaccaacatttatgagtt-atgttcatggatccaccaaattgcatg 25133023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 304 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 22974922 - 22974831
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaa-tcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgt 394  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  22974922 gagagaaaataaatcatatcattttattaaaaaatcagatcggtaatacatgttggaatatcatcaaagacctaaaagctagtactagatgt 22974831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 5e-90; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 317 - 728
Target Start/End: Original strand, 11619086 - 11619498
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |  ||     
T  11619086 ttatatcatttcattaaagattaaatcagaaatacatgttggaatatcatcaaagacatggaagctagtactagatgtggctgccttaactaatgcatgc 11619185  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  |||| || |||||| ||||||  | ||| |||||||||||||    
T  11619186 gcaacctcattcgtttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataatttctacataattggatattgctatccacaatagaaccaaattcgg 11619285  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    |||||||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| || || ||||||||||||||    
T  11619286 tgacatctccacgacctttgttgaaataatcggctactcttttagagtcaacctcgaagtcaacatttgaaagttgaagctcttgtatccaccgaattgc 11619385  T
Q  616 atgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggatacac 715  Q
    ||||| || |||| | ||||||||||| || | | ||||   |||||  ||  ||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  11619386 atgatatagaccctgagcctccccaacatcgacataacaaactggagtaaaccacattgttttagagcagacatgattcccatctgagtctcggatgcac 11619485  T
Q  716 attccaaaaccta 728  Q
    |||||||| ||||    
T  11619486 attccaaatccta 11619498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 304 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 20587802 - 20587500
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  20587802 gagagaaagaaaatcatatcatttcattagaaatcagatcggtaatacatgtaggaatatcatcaaagacctggaaggtagtactagatgtggctgcctt 20587703  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||||||  ||||||||||||||  ||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||| ||| ||||  || ||     
T  20587702 agctaaagcatgtgcaacctcattttcttacctcctaataaactcgacatgagagtttgataaattggtgttacagaattggacactactatccatgata 20587603  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  20587602 gagccgaactcggtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactcttttagagtctacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgga 20587503  T
Q  603 tcc 605  Q
    |||    
T  20587502 tcc 20587500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 305 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 20706280 - 20705942
Alignment:
Q  305 agagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctta 404  Q
    |||||||| |||| ||| ||||| |||| |||| | ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  20706280 agagaaagtaaatcatagcattttattagaaattagatcggtaatacatgttagaatatcatcaaagacctggaagctagtactagatgtggctgcctta 20706181  T
Q  405 actaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcg 504  Q
     ||||||  |||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||| ||| ||||  || || |    
T  20706180 gctaaagcatgtgcaacctcatttgcttgccttctaataaactcgacatgagagtttgataaattggtgttacagaattggacactactatccatgatag 20706081  T
Q  505 aaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaat 603  Q
    | || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
T  20706080 agccgaactcggtgacatctccacgaccattgttgaaataaccagctactcttttagagtctacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgtat 20705981  T
Q  604 ccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaac 642  Q
    |||| |||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  20705980 ccactgaatcgcgtgatataacgccagagcctccccaac 20705942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 314 - 812
Target Start/End: Original strand, 19609067 - 19609566
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| ||  ||||||||||| | | ||| |||||       
T  19609067 aaattatatcatttcattaaaaattagatcggtaatacatgctggaatatcatcaaacacctggaagctaatactagatgtggctactttagctaaaaca 19609166  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || || || |||| | | || |  ||||| || |||||||    
T  19609167 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataattattgcagaattggacattactgtccataatagagccaaatt 19609266  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    | ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19609267 cagtgacatctccacgaccattgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacttcaaaatcaacatttaaaagttgaagttcatgaatccaccgaat 19609366  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||| |||||  |||| ||||||||||| |||| ||| || |||||    ||  ||||| |||| || |  |||||  || |||| ||||||| ||||    
T  19609367 cgcatggtgtaatgccagagcctccccaacatcaacagagcaagttgggttaaaccacatagtttttgaacgaacatgattctcatccgagtctctgata 19609466  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttgt-gtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacctaccacttgtcggtctcctccatctaacatttgta 811  Q
    |||||| |||| |||| ||| ||| |  ||||  ||||| ||  |||||||||| ||||| || |||||||||   ||| |||||||||||| |||||||    
T  19609467 cacatttcaaagcctactttatttatcatggtagggaaa-gaggcatcaacattgcatttgtatctaccactttctggtttcctccatctaatatttgta 19609565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 304 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 42765444 - 42764970
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  42765444 gagagaaagaaaattatatcatttcattaaaaattagatcactaatacatgtaggaatatcatcaaagatctggaagctagtactagatgtggctgcctt 42765345  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
      ||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||| |||  | ||||||||  |||  |||||     
T  42765344 ggctagagtgtgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcaacatgagagtttgttaagtaattgtgacaccattggatactcttatccataatg 42765245  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || || |||||| ||| ||||||    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |    
T  42765244 gagccgaattcgatgatatctccatggcctttgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgttaattgaagttcttgta 42765145  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctga 702  Q
    ||||||  ||||| || | ||||||||  || || || ||||| |  || ||   |||||| |||  ||||||||| ||||  |||||| |||| |||||    
T  42765144 tccaccttattgcttggtataaacccaaagcttctcctacgtctaccgagcaaactggagaaaaactcataattttggagcgtacatggttcccttctga 42765045  T
Q  703 gtctcggatacacattccaaaacctaatttgtttgtgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttatacct 777  Q
    ||| |||||||| ||||| | ||| |  ||||| |  |   ||||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  42765044 gtcccggatacaaattcccagaccgaccttgttggaatcacttggaaaggatgcatcaacattgcacttatacct 42764970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 304 - 620
Target Start/End: Original strand, 13065372 - 13065689
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| || ||||||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  13065372 gagagaaagaaacttaaatcatttcattaaagattaaatcagtaatacatgttgggatttcatcaaagatacggaagctagaactagatgtggctgcctt 13065471  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |    ||| || ||||| || || |  || ||     
T  13065472 agctagagtatgtgcaacctcattcgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaatgaccgacagaaatggatgctactgtccattatg 13065571  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| |    
T  13065572 gaaccaaattcggtgacatctccactgcctttgttgaaataatccgctactcgtttcgagtcaacttcaaaatcaacattttcgagttgaagttcatgga 13065671  T
Q  603 tccaccgaattgcatgat 620  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13065672 tccaccgaattgcatgat 13065689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 304 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 8724875 - 8724536
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||| || || ||||||||| ||||||| || ||||||||||    |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  8724875 gagagaaagaaacttaaatcatttcattaaagattaattcagtaatacatgttgggatttcatcaaagatacggaagctagaactagatgtggctgcctt 8724776  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||   |    ||| || || || || || |  || ||     
T  8724775 agctagattatgtgcaacctcattcgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaagtgaccgacagaaatgaatgctactgtccattata 8724676  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||   |||||||| |||||| |    
T  8724675 gaaccaaattcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatctgctactcgtttcgagtcaacttcaaaatcaacattttcgagttgaaattcatgga 8724576  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaacccagggcctccccaac 642  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| ||||| |||||    
T  8724575 tccaccgaattgcatgatacaaccccagcgcctctccaac 8724536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 304 - 629
Target Start/End: Original strand, 36961876 - 36962202
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||    ||| |||| |||||||||||||| | || |||| ||| |||||||| || ||||||    
T  36961876 gagagaaagaaaattatatcatttcattaaaaattagatcgccgatacatgtaggaatatcatcaaaaatctggaagctagtactagatgcggctgcctt 36961975  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
      ||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||| |||  | ||||||||  |||  |||||     
T  36961976 ggctagagtgtgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcaacatgagagtttgttaagtaactgtgacaccattggatactcttatccataatg 36962075  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    || || |||||||||| ||||||    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |    
T  36962076 gagccgaattcggtgatatctccatggcctttgttgaaataatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacatttgttaattgaagttcttgta 36962175  T
Q  603 tccaccgaattgcatgatgtaaaccca 629  Q
    ||||||  ||||| || | ||||||||    
T  36962176 tccaccttattgcttggtataaaccca 36962202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 417 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 18521837 - 18521640
Alignment:
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
    ||||||||||| |||||| |  ||||||| |  |||||||| |||||||||||||  ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  18521837 gcaacctcatttgcttgccttgtaataaacttcacatgagaatttgttaaatagggattacagaattggatactactatttataat-gaaccaaattcag 18521739  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattg 614  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||| ||||  | |||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||||||    
T  18521738 tgatatctcctcaacctttgttgaaataattagctacttttttctaatcaacctcaaagtcaacatttgtgagctgaagtccatgtacccaccgaattg 18521640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 31291727 - 31291564
Alignment:
Q  456 gagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatctccca-accattgttgaagtaatcagctactc 554  Q
    ||||||||||||||||  ||||| || ||||||||  |||  || || |||||||| ||||||| |||||||  |||  | || || |||||| |||||     
T  31291727 gagtttgttaaataggaattacagaattggatactattatccatgatggaaccaaactcggtgatatctcccctacctctattaaaataatcaactactt 31291628  T
Q  555 ttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgcatg 618  Q
    ||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  31291627 ttttcaattcaacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcatgtatccactgaattgcatg 31291564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 31291844 - 31291752
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaa 409  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||  |||||| ||| | | |||||||||| |||| ||||    
T  31291844 ttatatcatttcattaaatattaaatcattaatacatgttggaatctcatcaaagatatagaagctaggaatggatgtggttgtcttagctaa 31291752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 317 - 409
Target Start/End: Original strand, 38640008 - 38640100
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| | || | ||||||||||  ||||||||||||    |||||| ||||||||||||    
T  38640008 ttatatcatttcattaaaaattaaatcggtgatacatgctagactttcatcaaagatgtagaagttagaaaataatgtggctgccttaactaa 38640100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1689 (Bit Score: 147; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold1689
Description:

Target: scaffold1689; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 314 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 1068 - 607
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||| | |||  ||| |||| |||||| ||||||| |||| ||     
T  1068 aaattatatcatttcattaaaaatcaaattggaaatacatgctggaatatcatcaaagacttggaaactagtactacatgtggctgccttagctaaggta 969  T
Q  414 tgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaatt 513  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||| || | ||  ||  |||  ||||| |||||||| |    
T  968 tgagcaacctcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaataatcattacagaaattgaagctattatccataatggaaccaaact 869  T
Q  514 cggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaat 612  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  868 cggtgacatctccacgacctttgttgaaataattagctactctttttgaatcaacctcgaaattaacatttgagagttgaagttcatgagtccaccgaat 769  T
Q  613 tgcatgatgtaaacccagggcctccccaacgtcaatagaacaggttggagagaaaaacataattttagagcagacatggctcccatctgagtctcggata 712  Q
     ||||||| |||| |||| | |||||| || |||| ||| ||||  |||| | || |||| |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  768 cgcatgatttaaagccagagtctcccctacatcaacagagcaggacggagtgtaatacatgattttagaacggacatggttcccatccgagtctcgaata 669  T
Q  713 cacattccaaaacctaatttgtttg-tgtggtttggaaaggatacatcaacattacatttata 774  Q
    ||||| ||||| ||||  ||| ||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  668 cacataccaaatcctaccttgcttgttgtgg-taggaaaggaagcatcaacattacacttata 607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0445 (Bit Score: 126; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0445
Description:

Target: scaffold0445; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 314 - 639
Target Start/End: Original strand, 13933 - 14261
Alignment:
Q  314 aaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaa--g 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||| | |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||  |    
T  13933 aaattatatcatttcattaaaaatcaaattggaaatacatgctggaatatcatcaaagactttgaagctagtactacatgtggctgccttagctaaaagg 14032  T
Q  412 tgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaa 511  Q
    | || |||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||    ||||| || |  | |||  |||  ||||| || |||||    
T  14033 tatgagcaacctcattttcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaagtaatcattacagaaatttaaactattatccataatggatccaaa 14132  T
Q  512 ttcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccga 610  Q
     |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  14133 ctcggtgacatctccacgacctttgttgaaataatcagctactctttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgagagttgaagttcatgaatccactga 14232  T
Q  611 attgcatgatgtaaacccagggcctcccc 639  Q
    || ||||||| |||| |||| ||||||||    
T  14233 atcgcatgatttaaagccagagcctcccc 14261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0388 (Bit Score: 118; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0388
Description:

Target: scaffold0388; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 329 - 609
Target Start/End: Original strand, 14381 - 14661
Alignment:
Q  329 attaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgtgcaacctcattc 428  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||     
T  14381 attaaaaatcagatccgtaatacatgttggaatatcattaaagatattgaagttagtactagatgtgattgtcttagctaaagtatgtgcaacctcattt 14480  T
Q  429 gcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcggtgacatctcc-c 527  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||  |||  || ||  |||||||||||| ||||||||| |    
T  14481 gcttgcctcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataattgttacagaaatggatgctattatcaatgataaaaccaaattcgg-gacatctccac 14579  T
Q  528 aaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccg 609  Q
     ||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  14580 gacctttgttgaaataattagcaactatttttgagtcaacctcgaaatcaacatttgtaaattgaagttcatgtatccaccg 14661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 110; Significance: 7e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 304 - 620
Target Start/End: Original strand, 2138 - 2455
Alignment:
Q  304 gagagaaagcaaattatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgcctt 403  Q
    |||||||||  | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||    |||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  2138 gagagaaagagacttaaatcatttcattaaaaattaaatcagtaatacatgttgggatttcatcaaagatacggaagctagaactggatgtggctgcctt 2237  T
Q  404 aactaaagtgtgtgcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatc 503  Q
    | ||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |    ||| || ||||| || || |  || ||     
T  2238 agctagagtatgtgaaacctcattcgcttgcctcctagtaaactcgacatgagagtttgttaaaaatgaccgacagaaatggatgctactgtccattatg 2337  T
Q  504 gaaccaaattcggtgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||   ||||||||||||||| |    
T  2338 gaaccaaattcggtgacatctccactgcctttgttgaaataatccgctactcgtttcgagtcaacttcaaaatcaacattttcgagttgaagttcatgga 2437  T
Q  603 tccaccgaattgcatgat 620  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2438 tccaccgaattgcatgat 2455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 317 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 52828 - 52524
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagatgtggttgccttaactaaagtgtgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||  | |||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||    ||     
T  52828 ttatatcatttcattaaaaattaaatcagaaatacatgctggaatttcatcaaagatgtggaagctaggacataatgtggctgccttagctaactcatga 52729  T
Q  417 gcaacctcattcgcttgcttcctaataaattcgacatgagagtttgttaaataggtgttacaaaagtggatactgctatttataatcgaaccaaattcgg 516  Q
     |||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | || ||||| |||||| |  | |  ||||| || ||||||||||    
T  52728 acaacgtcatttgcttgcctcctaataaactcgacatgagagtttgttaaaaatatattgcaaaactggatagtattctccataatggatccaaattcgg 52629  T
Q  517 tgacatctcc-caaccattgttgaagtaatcagctactcttttagagtcaacctcgaaatcaacattagtgagttgaagttcatgaatccaccgaattgc 615  Q
    ||  |||||| |   | ||||  || |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||| | ||||    
T  52628 tgttatctcctctggctttgtgaaaataatcagctactgttttcgaatctacctcaaaatcaacatttgtgagctgaagttcattgatccaccaagttgc 52529  T
Q  616 atgat 620  Q
    |||||    
T  52528 atgat 52524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 48; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 317 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 215597 - 215522
Alignment:
Q  317 ttatatcatttcattaaaaatcaaatcagtaatatatgttggaatatcatcaaagacctagaagttagaactagat 392  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||    
T  215597 ttatatcatttcactaaaaatcagatcagtaatacatgttggaatatcatcaaagacatggaagctagtactagat 215522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University