View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5347-Insertion-4 (Length: 670)

Name: NF5347-Insertion-4
Description: NF5347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5347-Insertion-4
NF5347-Insertion-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-668)||(38129767-38130419)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 668
Target Start/End: Original strand, 38129767 - 38130419
Alignment:
Q  15 ggcgccagctcttgatcattgattatagcctcaacactatgatatcttctgtacccataaaatagagcatataattccacgtaggtccagttttccctga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38129767 ggcgccagctcttgatcattgattatagcttcaacactatgatatcttctgtacccataaaatagagcatataattccacgtaggtccagttttccctga 38129866  T
Q  115 acaaataatcnnnnnnnnnnnnnnnntggttatgatttgttttagatgataattttcaaacaagcgtacagtaaaaagatcactaatacgtacatgggta 214  Q
    |||||||||                 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38129867 acaaataat-taaaaaataaaaaaaatggttatgatttgttttagataataattttcaaacaagcatacagtaaaaagatcactaatacgtacatgggta 38129965  T
Q  215 tttcatgcctgtaatttaattgaagccctagaggaaattgaacttgaggagctacttgagctgcaggaacaagaggtatttgaggtactggatggaacac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38129966 tttcatgcctgtaatttaattgaagccctagaggaaattgaacttgaggagctacttgagctgcaggaacaagaggtatttgaggtactggatggaacac 38130065  T
Q  315 attagtgtagtcccacgaggttctgttaacaggagaaatttgaagctcttcctcaaatctatttctcatggactcaagagattgcctaaccaggatgtac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38130066 attagtgtagtcccacgaggttctgttaacaggagaaatctgaagctcttcctcaaatctatttctcatggactcaagagattgcctaaccaggatgtac 38130165  T
Q  415 ccaagatggggatcaagctggatactgcggatattgcccctatatctcacaacgccgtggaacaaggcaaacatctccaagaatgtccaagaaattctga 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38130166 ccaagatggggatcaagctggatactgcggatattgcccctatatctcacaacgccgtggaacaaggcaaacatctccaagaatgtccaagaaattctga 38130265  T
Q  515 aagaagatatgaaaacattattgtaaaaaccttaatgtccaagaaattctcaaagaagatatgaaaacattattgcaaaaacttttaaaatttaggagga 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38130266 aagaagatatgaaaacattattgtaaaaaccttaatgtccaagaaattctcaaagaagatatgaaaacattattgcaaaaacttttaaaatttaggagga 38130365  T
Q  615 attgttaaagaacttacaaatgcattcggagaagatggtcaaagttcagccctc 668  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38130366 gttgttaaagaacttacaaatgcattcggagaagatggtcaaagttcatccctc 38130419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University