View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5348-Insertion-3 (Length: 784)

Name: NF5348-Insertion-3
Description: NF5348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5348-Insertion-3
NF5348-Insertion-3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (380-784)||(27716962-27717365)
chr1 (8-385)||(27710892-27711273)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 380 - 784
Target Start/End: Original strand, 27716962 - 27717365
Alignment:
Q  380 aaggaactcgtaggaagctgagataaccaggaacaacaccattcttagaagtcgtggccaacctcttcacactgagaaagttacgatgataggtaacagt 479  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27716962 aaggaactcgtaggaagctgag-taactaggaacaacaccattcttagaagtcgtggccaacctcttcaaactgagaaagttacgatgataggtaacagt 27717060  T
Q  480 gtcaagagaaaaagtaattaacgtgttagcaaaaggggtttcacaagtgaattatctaagaaataagggaggtttgtgcttagcaaaaataaggggagga 579  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717061 gtcaagagaaaaagtaattaacgcgttagcaaaaggggtttcacaagtgaattatctaagaaataagggaggtttgtgcttagcaaaaataaggggagga 27717160  T
Q  580 tgacgtaattttctccatagtttatggttttatttttaaaattgatatttgattgttttaagaaatgagagggacgattcattacatattttacaaatga 679  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717161 tgacgtaattttcgccatagtttatggttttatttttaaaattgatatttgattgttttaagaaatgagagggacgattcattacatattttacaaatga 27717260  T
Q  680 tttgaagtatgaaaaacaatatcacgaattggaacaaaattcatttacagcgcattatctatatgttctctctaatgaaatacttcgctcaagggtaatc 779  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717261 tttgaagtatgaaaaacaatttcacgaattggaacaaaattcatttacagcgcattatctatctgttatctctaatgaaatacttcgctcaagggtaatc 27717360  T
Q  780 ttgtt 784  Q
    |||||    
T  27717361 ttgtt 27717365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 385
Target Start/End: Original strand, 27710892 - 27711273
Alignment:
Q  8 ttttatcctctgaaccctatcacttgaaacgactgaattaccacaaccatacccaaattgaaagactgattataagcaaacatcttaggtgaattcttcg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27710892 ttttatcctctcaaccctatcacttgaaatgactgaattaccacaaccatacccaaattgcaagactgattataagcaaacatcttaggtgaattcttcg 27710991  T
Q  108 gaataactacatctcaacaaatcaatagacaaacttgtaattcttgcaagattcgacgcc----tcatttagggtgatattgataattttgaatgaaagg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27710992 gaataactacatctcaacaaatcaatagacaaacttgtaattcttgcaggattcaactctgtcgtaatttagggtgatattgataattttgaatgaaagg 27711091  T
Q  204 gatatccaaataacccttgtttgaactatgtagacattttgcatgataaaacctaagatcaaatcattgttaagaaaattaacaacacatcaaatgaaag 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27711092 gatatccaaataacccttgtttgaactatgtagacattttgcatgataaaacctaagatcaaaacattgttaagaaaattaacaacacatcaaatgaaag 27711191  T
Q  304 aatatgacaaagatattgtttgaattaatcgagttagtagacggttcaatttttccttagttattgaattgatcttaaggaa 385  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27711192 aatatgacaatggtattgtttgaattaatcgagttagtagacggttcaatttttccttagttattgaattgatcttaaggaa 27711273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University