View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5351-Insertion-3 (Length: 772)
Name: NF5351-Insertion-3
Description: NF5351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5351-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] chr4 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 46930540 - 46929775
Alignment:
| Q |
8 |
acatctagttactgaaaagaatttgatttatttccatcatccacagatgctcaaattcttaaaaaactcttcttttaaagttcatgaacaattaatgcat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46930540 |
acatctagttactgaaaagaatttgatttatttccatcatccacagatgctcaaattcttaaaaaactcttcttttaaagttcatgaacaattaatgcat |
46930441 |
T |
|
| Q |
108 |
aagtttaaatttgtgtatccctaatagttactactatatgcatagcagcaacaattgtataaaagccaggaaggtgaccgatttaccatacaaagagtag |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46930440 |
aagtttaaatttgtgtatccctaatagttactactatatgcatagcagcaacaattgtataaaagccaggaaggtgaccgatttaccatacaaagagtag |
46930341 |
T |
|
| Q |
208 |
tgagtcataagcagctttatagacaaaaaacaagtaggccaaaaatcaaacacacacaagatatcatgcaaatcagtgatcaactctctagatt-aagta |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
46930340 |
tgagtcataagcagctttatagacaaaaaacaagtaggccaaaaatcaaacacacacaagatatcatgcaaatcagtgatcaactctctagatttaagtg |
46930241 |
T |
|
| Q |
307 |
ctgttgtccaaatcaacatattcaactaactacagaagatacctctttcactcaaacacttatctaagagttcttcttaacctcgctcgaacaaaaacat |
406 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46930240 |
ccgttgtccaaatcaacatattcaactaactacagaagatacctctttcactcaaacacttatctaagagttcttcttaacctcgctcgaacaaaaacat |
46930141 |
T |
|
| Q |
407 |
attcaccatctaaccataccaatgatcgggtcatccagcacactaaaggatgctagaaagcacctcaattttcaacctaaaaaacacaaagaaaacgcct |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46930140 |
attcaccatctaaccataccaatgatcgggtcatccagcacactaaaggatgctagaaagcacctcaattttcaacctaaaaaacacaaagaaaacgcct |
46930041 |
T |
|
| Q |
507 |
gaagccaattttttctcattatcttcagcaagaatattagtcttttgaatcatcagtcattttaatctcatgattcaattgttgcaggtattgccatctc |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46930040 |
gaagccaattttttctcattatcttcagaaagaatattagtcttttgaatcatcagtcattttaatctcatgattcaattgttgcaggtattgccatctc |
46929941 |
T |
|
| Q |
607 |
tcactcaatccatggtcctgtctttgagaatttcatgcagaggtttgggatcctggaaaccagctgacgagctttcacaatgtgaactttcaccggactt |
706 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46929940 |
tcactcaatccatggtcctgtctttgagaatttcatgcagaggtttgggatcctggaaaccagctgacgagctttcacaatgtgaactttcaccggactt |
46929841 |
T |
|
| Q |
707 |
tttcttctcttcttttatttctgcaagagtcttgggccctgaaaatgcattggatttctgaataga |
772 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46929840 |
tttcttctcttcttttatttctgcaagagtcttgggccctgaaaatgcattggatttctgaataga |
46929775 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 47167766 - 47166980
Alignment:
| Q |
8 |
acatctagttactgaaaagaatttgatttatttccatcatccacagatgctcaaattcttaaaaaactcttctttt----------aaagttcatgaaca |
97 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | || |||| ||| || ||||||| |
|
|
| T |
47167766 |
acatctggttactgaaaagaatttgatttatttccatcattcacagatactcaaattcttgaaaaagtttttttttttttttttttaaaatttatgaaca |
47167667 |
T |
|
| Q |
98 |
attaatgca-taagtttaaatttgtgtatccctaatagttactactatatgcatagcagcaacaattgtataaaagccaggaaggtgaccgatttaccat |
196 |
Q |
| |
|
||| ||| | ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167666 |
attgatgtactaagtttaaatttctgtatccctgatagatacta---tatgcatagcagcaacagttgtataaaagccaggaaggtgaccgatttaccat |
47167570 |
T |
|
| Q |
197 |
acaaagagtagtgagtcataagcagctttatagacaaaaaacaagtaggccaaaaatcaaacacacacaagatatcatgcaaatcagtgatcaactctct |
296 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167569 |
acaaagagtagtgagtcataagcagctttatagacaaaaaacaagtagggcaaaaatcaaacacacacaagatatcatgcaaatcagtgatcaactctct |
47167470 |
T |
|
| Q |
297 |
aga-ttaagtactgttgtccaaatcaacatattcaactaactacagaagatacctctttcactcaaaca---cttatctaagagttcttcttaacctcgc |
392 |
Q |
| |
|
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167469 |
agatttaagtgtcgttgtccaaatcaacatattcaactaactacagaagatacctctttcactcaaacactgcttatctaagagttcttcttaacctcgc |
47167370 |
T |
|
| Q |
393 |
tcgaacaaaaacatattcaccatctaaccataccaatgatcgggtca------tccagcacactaaaggatgctagaaagcacctcaattttcaacctaa |
486 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
47167369 |
tcgaacaagaacatattcaccatctaaccataccaatgatagggtcatccaggtccagcacactaaaggatgctagaaagcacctcaattttcaaccaaa |
47167270 |
T |
|
| Q |
487 |
aaaaca--caaagaaaacgcctgaagcc--aattttttctcattatcttcagcaagaatattagtcttttgaatcatcagtcattttaatctcatgattc |
582 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167269 |
aaaaaaagaaaagaaaacggctgaagccaaaaaaaattctcattatcttcagcaaaaatattagtcttctgaatcatcagtcattttaatctcatgattc |
47167170 |
T |
|
| Q |
583 |
aattgttgcaggtattgccatctctcactcaatccatggtcctgtctttgagaatttcatgcagaggtttgggatcctggaaaccagctgacgagctttc |
682 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167169 |
aattgttgcaggtattgccatctctcactcaatccatggtcctgtctttgagaatttcatgcagaggtttgggatcctggaaaccagctgacgagctttc |
47167070 |
T |
|
| Q |
683 |
acaatgtgaactttcaccggactttttcttctcttcttttatttctgcaagagtcttgggccctgaaaatgcattggatttctgaataga |
772 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47167069 |
acaatgtgaactttcaccggactttttcttctcttcttttatttctgcaagagtcttgggccctgaaaatgcattggatttctgaataga |
47166980 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University