View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5355-Insertion-6 (Length: 747)

Name: NF5355-Insertion-6
Description: NF5355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5355-Insertion-6
NF5355-Insertion-6
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-747)||(27755613-27756345)
chr1 (369-740)||(27766639-27767010)
chr1 (38-219)||(27766296-27766477)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 747
Target Start/End: Original strand, 27755613 - 27756345
Alignment:
Q  15 tctttgctccaccttggtattcgacgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgctttcttgctatagtcgccatag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27755613 tctttgctccaccttggtattcgacgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgcttccttgctatagtcgccatag 27755712  T
Q  115 gtgctattgccaccacctctagtcctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataaccgtatctgaact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755713 gtgctattgccaccacctctagtcctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataaccgtatctgaact 27755812  T
Q  215 cttcaagaaaatcgaagcattgaccttaggtttaccattaatattcctcgacgacccttccaagaagtttggtgctagggtttcaagctatgaggatctg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755813 cttcaagaaaatcgaagcattgaccttaggtttaccattaatattactcgacgacccttccaagaagtttggtgctagggtttcaagctatgaggatctg 27755912  T
Q  315 atcagggagtcatacaatagctccgatgatattccggtgaacagagatgtgtctcaatccgacgtggcggcgattctttactcttcaggcacaacgggga 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27755913 atcagggagtcatacaatagctccgatgatattccggtgaacagagatgtgtctcaatccgacgtggcggcgattctttactcttcaggcacaacgggga 27756012  T
Q  415 gaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgggagcggtggatcaggaccagaacggcgaggggaagaacgtgtttgt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756013 gaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgggagcggtggatcaggaccagaacggcgaggggaagaacgtgtttgt 27756112  T
Q  515 gtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgcagctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttggtggtagatttgat 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756113 gtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgcagctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttggtggtagatttgat 27756212  T
Q  615 ttggagaagatttttgcggcggtggagaagtttaaggcgacgcatttgtatgttgcaccgccggtcatggtggagctgatcaagcggcgtgaatttgtga 714  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |    
T  27756213 ttggagaagacttttgcggcggtggagaagtttaaggtgacgcatttgtatgttgctccgccggtgatggtggagctgatcaagcggcgtgaggttgtta 27756312  T
Q  715 gtggttacgagttgtcgtcgctgaagtatctcg 747  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756313 tcggttacgagttgtcgtcgctgaagtatctcg 27756345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 369 - 740
Target Start/End: Original strand, 27766639 - 27767010
Alignment:
Q  369 caatccgacgtggcggcgattctttactcttcaggcacaacggggagaagcaagggagtgatgctgactcaccagaacttaatagctacagcggtggcgg 468  Q
    |||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| || ||| | || |    
T  27766639 caatccgacgtggcggtgattctgtattcctcaggcaccacggggaaaagtaagggagtgatgttgactcatcggaacttcatagcgacggcgatagcag 27766738  T
Q  469 gagcggtggatcaggaccagaacggcgaggggaagaacgtgtttgtgtgttttgtgccaatgcaccacgtgatggggttagtggggataacgtacacgca 568  Q
    | | || |||||||||     |||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| || |||||||| || | || ||||   ||||||||    
T  27766739 gtgtggcggatcaggatttttacggcgaggggaagaatgtgttcctttgtttggtgccgatgcatcatgtgatgggattggcggtgatattatacacgca 27766838  T
Q  569 gctgcggagagggaacacggtggtgtcgtttggtggtagatttgatttggagaagatttttgcggcggtggagaagtttaaggcgacgcatttgtatgtt 668  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  27766839 gctgaggagagggaacacggtggtgtccatggcgggtagatttgatttggagaagactttggcggcggtggagaagtttagggtgacgcatttgtttgtt 27766938  T
Q  669 gcaccgccggtcatggtggagctgatcaagcggcgtgaatttgtgagtggttacgagttgtcgtcgctgaag 740  Q
    || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  27766939 gctccgccggtgatggtggagctggtcaagcggcgtgaggttgtgagtggttatgatttgtcgtcgctgaag 27767010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 219
Target Start/End: Original strand, 27766296 - 27766477
Alignment:
Q  38 acgaggcgacgtggttttgctattagcacctaactcaatacgcttccctgtttgctttcttgctatagtcgccataggtgctattgccaccacctctagt 137  Q
    ||||||||| || ||| ||||||  ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27766296 acgaggcgatgtcgttatgctatacgcaccaaactccatacgtttccccgtctgcttcctcgctgtcgccgccataggtgctattgccaccacctgtagt 27766395  T
Q  138 cctttatacaccctctccgaactctctaggcaaatccatgactccaaacctaagcttgttataaccgtatctgaactcttca 219  Q
    |||||||||||| |||| |||||| | | |||| |  | || |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  27766396 cctttatacaccgtctctgaactcacgaagcaacttgaagattccaaacctaagcttgttgtaacggtatcagaactcttca 27766477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University