View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5355_high_7 (Length: 384)

Name: NF5355_high_7
Description: NF5355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5355_high_7
NF5355_high_7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-348)||(8372792-8373122)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (33-325)||(31174551-31174843)
chr8 (20-240)||(3399790-3400010)
chr8 (32-323)||(3408407-3408698)
chr8 (33-278)||(3263660-3263905)
chr8 (33-318)||(7165759-7166044)
chr8 (37-324)||(3326069-3326356)
chr8 (33-240)||(3392756-3392963)
chr8 (32-278)||(13786337-13786583)
chr8 (33-284)||(3287581-3287832)
chr8 (33-240)||(3362920-3363127)
chr8 (33-278)||(3268358-3268603)
chr8 (33-284)||(3313550-3313801)
chr8 (39-220)||(13807603-13807784)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (35-358)||(20837164-20837486)
chr5 (33-358)||(20810807-20811131)
chr5 (33-240)||(15801684-15801891)
chr5 (33-220)||(30416633-30416820)
chr5 (33-240)||(12596432-12596646)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-323)||(14768004-14768295)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (33-220)||(7446-7633)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (34-245)||(6907015-6907226)
chr3 (33-220)||(32412153-32412340)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-106)||(31060156-31060244)
chr6 (293-361)||(31060090-31060158)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-220)||(4135080-4135215)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 8373122 - 8372792
Alignment:
Q  18 agaagatcatacattaaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggactt 117  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  8373122 agaagattatacagaaaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagttgatgtcacagagatccttaatggttgtggactt 8373023  T
Q  118 catgctgatattggaatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaa 217  Q
    ||||||||||||||| || |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8373022 catgctgatattggagtatctgttcttatagagcgtagcctcataaaagttgataagaataacaagtttcagatgcatgatttactacgcgacatgggaa 8372923  T
Q  218 gagctattgttggcgaaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaag 317  Q
    |||| || ||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8372922 gagcaatcgtcagcgaaagttcagcaaaagagcctgaaaagcatagtcgattgtggtgtcatgaggacgtgttggatgtcttgtcaaaaaaaactgtaag 8372823  T
Q  318 agcttttgagcatcttctgtaatcttatcaa 348  Q
    |  |||| |||||  ||| ||||||||||||    
T  8372822 aattttttagcatactctataatcttatcaa 8372792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 33 - 325
Target Start/End: Original strand, 31174551 - 31174843
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  31174551 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatggctgtgggcttcatgctgatattgga 31174650  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
T  31174651 atagttgtcctcattgagcgcagcctcataaaagttgataaaaataacaagcttcaaatgcatgatttgctcagagacatgggaagagcaattgttggcg 31174750  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttttg 325  Q
    ||| |||||  |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||    
T  31174751 aaatttcagtcaaagagcctgcaaagcatagccgattgtggtttcatgatgatgtgctggatgttttgtcaaaaaaaaccgtaagaacttttg 31174843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3400010 - 3399790
Alignment:
Q  20 aagatcatacattaaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttca 119  Q
    ||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  3400010 aagattatacacaaaaggacatatttcttgacatatgttgtttcttgattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgcatgtggacttca 3399911  T
Q  120 tgctgatattggaatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaaga 219  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  3399910 tgctgatattggaatatctattctcatagagcgcagcctcctaaaagtcgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttgctcagagacatgggaaga 3399811  T
Q  220 gctattgttggcgaaagttca 240  Q
    || |||| ||| |||||||||    
T  3399810 gcaattgctggtgaaagttca 3399790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3408698 - 3408407
Alignment:
Q  32 taaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgg 131  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | || ||  ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3408698 taaaggatatatttcttgacatttgttgtttctttattggtaaggacagggcctatgttacagagatactaaatggctgtggactttatgctgatattgg 3408599  T
Q  132 aatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggc 231  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||  || | |||||||||||||  |||||  |     
T  3408598 aatagcggtcctcatagaccggagcctcctaaaagttgagaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgtccgt 3408499  T
Q  232 gaaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttt 323  Q
    ||||||||||||| ||  ||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || |  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  3408498 gaaagttcagcaagagaacctgggaagcgtagtcgattgtggtttcacgaggatgtacatgatgttttggcaaaaaatactgtaagaacttt 3408407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3263905 - 3263660
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||| | || || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  3263905 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttctttatcggcaaagacagagcttacgtaacagagatacttaatggctgtggacttcatgctgttattgga 3263806  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    |||||  |||||||||| || ||||| |||||| | || ||||||||||   ||  ||||||||||||  || | |||||||||||||  |||||| | |    
T  3263805 atagcgatcctcatagaacggagccttgtaaaaatggaaaagaataacaaaattggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgtttgtg 3263706  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttca 278  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  3263705 aaagttcaacaaaagagcctggaaagcttagtcgactatggtttca 3263660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 7166044 - 7165759
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  |||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  7166044 aaaggatatatttcttgatatatgttgtttctttatcggcaaggatagagcctatgttactgagatactaaatggttgtggactttatgctgacattgga 7165945  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| | |||||| ||||||| ||||| || ||| |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||  | |||||||||||||  |||||| ||     
T  7165944 ataacggtcctcgtagagcggagccttgtgaaaattgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttgcttagagacatgggaagagaaattgttcgcc 7165845  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaaga 318  Q
    ||||||||||||||   || |  ||||  |||||||| |||||||| ||||| || |  ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  7165844 aaagttcagcaaaaaatccagggaagcgcagtcgattatggtttcacgaggatgtacatgatgttttgacaaaaaatacggtaaga 7165759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 3326356 - 3326069
Alignment:
Q  37 gatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattggaatag 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||  |||||||||||     
T  3326356 gatatatttcttgacatatgttgtttctttataggcaaggatagagccgaagttacagagatactaaatggctgtggactttatgcaaatattggaataa 3326257  T
Q  137 ctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcgaaag 236  Q
     ||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||| ||||  |||||||  |||| || | |||||||||||||  ||| || | |||||    
T  3326256 gtgttctcatagagcggagccttgtaaaaattgaaaagaataacaagcttggaatgcattgtttgataagagacatgggaagagaaattattcgtgaaag 3326157  T
Q  237 ttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagctttt 324  Q
    ||| ||||||| |||||  |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||  | ||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  3326156 ttctgcaaaagagcctgggaagcgtagtagattgtggtttcatgaggatgtgcatgacattttgacaaaacatactgtaagaactttt 3326069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3392963 - 3392756
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || ||  |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392963 aaaggatatatttcttgatgtctgttgtttctttatcggcaaggatagagcttatgttacaaagatactaaatggttgtggacttcatgctgatattgga 3392864  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| | ||  | |||||| |||||||| |||||||||| |||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||| | |    
T  3392863 ataacagtgttgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataaaaagcttggaatgcatgatttgctacgagacatgggaagggaaattgttcgtg 3392764  T
Q  233 aaagttca 240  Q
    ||||||||    
T  3392763 aaagttca 3392756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 32 - 278
Target Start/End: Original strand, 13786337 - 13786583
Alignment:
Q  32 taaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgg 131  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||  |  | | |||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  13786337 taaaggctgtatttcttgacatatgttgtttctttattggtgaggacaaagcctatgttacagagatactaaatggctgtggactttgtgctgatattgg 13786436  T
Q  132 aatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggc 231  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||  |||  ||||||| | ||  || | |||||||||||||  |||||| |     
T  13786437 aatagctgtcctcatagagcggagcctcttaaaagttgaggacaataacacccttggaatgcataagttaataagagacatgggaagagaaattgttcgt 13786536  T
Q  232 gaaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttca 278  Q
    |||||||||||||||| ||| |   ||| ||||||||||||||||||    
T  13786537 gaaagttcagcaaaagagccaggggagcgtagtcgattgtggtttca 13786583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 3287832 - 3287581
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | ||| |  |||| || |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| | ||||    
T  3287832 aaaggatatatttcttgacatttgttgtttctttattggtaaggacagaacctatgtcacagagatactaaatggctgtggacttgatgctgacactgga 3287733  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| | |||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||  |||||| |||| |||||||||||||  || | || ||||||||||  |||||| | |    
T  3287732 ataacagtcctcgtagagcggagcctcctaaaagttgacaattataacaagcttgaaatgcatgatttaataagagatatgggaagagaaattgttcgtg 3287633  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggagga 284  Q
    |||||||||||||||  || |  ||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  3287632 aaagttcagcaaaagaaccagggaagcgcagtcgattgtggtttcatgagga 3287581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Original strand, 3362920 - 3363127
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||| |||||||||||||  | || |||||||| || || ||  |||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3362920 aaagaatatatttcttgatgtctgctgtttctttatcggtaaggatagagcttatgttacaaagatactaaatggttgtggacttaatgctgatattgga 3363019  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| | ||  | |||||| |||||||| |||||||||| |||||||| | ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| |  |||||| | |    
T  3363020 ataacagtgttgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataaaaagcttggaatgcatgctttgctacgagacatgggaagggaaattgttcgtg 3363119  T
Q  233 aaagttca 240  Q
    ||||||||    
T  3363120 aaagttca 3363127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 33 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3268603 - 3268358
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | |||||  ||||| | |||||  |  |||||||||   || |||||| |||||||    
T  3268603 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttctttattggtaaggacagagcatatgtttcagagattatagatggttgtgacttttatgctggtattgga 3268504  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||| |||||  |||  |||||||  ||||||| | |||||||||||||  |||||| |      
T  3268503 ataactgtcctcatagagagaagcctcctaaaaattgaaaagagtaacaaacttggaatgcatagtttgctaagagacatgggaagagagattgttcgta 3268404  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttca 278  Q
    |||| |||  ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  3268403 aaagatcaataaaagagcctgggaagcgtagtcgattgtggtttca 3268358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 33 - 284
Target Start/End: Original strand, 3313550 - 3313801
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || ||  |||||||  |||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3313550 aaaggatatatttcttgatgtgtgttgtttctttatcggtaaggatagagcatatgtcacaaatatactaaatggttgtggacttcatgctgatattgga 3313649  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| | || || || |||||||||||  ||||| |||| ||| |||||| ||||  |||||||||||| || || ||||||||| |||  |||||  | |    
T  3313650 ataacagtgctgattgagcgaagcctaataaaaattgaaaagtataacaagcttggaatgcatgatttactgcgagacatgggacgagaaattgtccgtg 3313749  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggagga 284  Q
    |||||||| |  | | ||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  3313750 aaagttcacctgaggagcctgaaaagcgtagtcgattgtggtatcatgagga 3313801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Original strand, 13807603 - 13807784
Alignment:
Q  39 tatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattggaatagct 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||  ||||| | ||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  13807603 tatatttcttgacatttgttgtttctttatcggaaagaagagagcctatgtttcagagattctagatggttgtggacttaatgctgatatgggaataact 13807702  T
Q  139 gtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagag 220  Q
     ||||||||||||| |||||  ||||||| || |||||| | |  |||  |||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  13807703 atcctcatagagcggagccttctaaaagtcgaaaagaatgataaacttggaatgcatggtttactacgagacatgggaagag 13807784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 35 - 358
Target Start/End: Original strand, 20837164 - 20837486
Alignment:
Q  35 aggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattggaat 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20837164 aggacatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgggtgtggacttcatgctgatattggaat 20837263  T
Q  135 agctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcgaa 234  Q
    | || | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||| ||||||||  | |||||||||||| | |||| ||| |||    
T  20837264 atctattctcatagagcgcagcctcgtaaaagtcgaaaagaataacacgcttggaatgcacgatttgctcagagacatgggaagatcaattgctggtgaa 20837363  T
Q  235 agttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttttgagcatcttc 334  Q
    ||||||   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||   |||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| ||    
T  20837364 agttcaatcaaagagcctgcaaagcatagtcgattgtggtttcatgacgatgtgaacgatgtcttgttaaaaaaaaatgtaagaacttttgagcatcctc 20837463  T
Q  335 tgtaatcttatcaagattataaga 358  Q
    |  ||| |||||||||||||||||    
T  20837464 taaaat-ttatcaagattataaga 20837486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 33 - 358
Target Start/End: Original strand, 20810807 - 20811131
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  20810807 aaaggacatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatgggtgtggacttcatgcttatagtgga 20810906  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||| || | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||  |||||| ||||||||  | |||||||||||| | |||| ||| |    
T  20810907 atatctattctcatagagcgcagcctcgtaaaagtcgaaaagaataacacgcttggaatgcacgatttgctcagagacatgggaagatcaattgctggtg 20811006  T
Q  233 aaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttttgagcatct 332  Q
    ||||||||   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||   |||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||     
T  20811007 aaagttcaatcaaagagcctgcaaagcatagtcgattgtggtttcatgacgatgtgaacgatgtcttgttaaaaaaaaatgtaagaacttttgagcatcc 20811106  T
Q  333 tctgtaatcttatcaagattataaga 358  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||    
T  20811107 tctaaaat-ttatcaagattataaga 20811131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Original strand, 15801684 - 15801891
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||| |||||||||||||  | ||||||||||| || || ||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15801684 aaagaatatatttcttgatgtctgttgtttctttatcggtaaggatagagcttatgttacagagatactaaatgggtgtggacttcatgctgatattgga 15801783  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcg 232  Q
    ||||  || || |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||  |||||||| | ||||||| |||||||||||||  |||||| | |    
T  15801784 atagaagtgctgatagagagaagcctcctaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgctctgctacgagacatgggaagagaaattgttcgtg 15801883  T
Q  233 aaagttca 240  Q
    ||||||||    
T  15801884 aaagttca 15801891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Original strand, 30416633 - 30416820
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  | |||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||||  ||||  |||||||    
T  30416633 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttctttatcggcaaggacagagcttatgttactgagattctaaatggctgtggactttttgctagtattgga 30416732  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagag 220  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||  || | |||||||||||||    
T  30416733 atatctgtcctcatagagcggagcctcttaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagag 30416820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Original strand, 12596432 - 12596646
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||  |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||| || |||||||||    
T  12596432 aaaggatatatttcttgatatttgttgtttctttatcggtaaggatagtgcttatgttacagagatactaaatgggtgtgatcttcaagcggatattgga 12596531  T
Q  133 atagctgt-------cctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctatt 225  Q
    ||| | ||       ||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||  |||||||||||||  |||    
T  12596532 ataacagtgctgatacctgatagagagaagcctcataaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgaatgctttgctacaagacatgggaagagaaatt 12596631  T
Q  226 gttggcgaaagttca 240  Q
    ||| |||||||||||    
T  12596632 gttcgcgaaagttca 12596646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14768295 - 14768004
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagc-tgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||||||| | | ||||| |||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  14768295 aaaggatatatttcttgacatatgttttttctttattggcaaggatagagcctaacgttacagagatattaaatggatgtggactttatgctgatattgg 14768196  T
Q  132 aatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggc 231  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||  |     
T  14768195 aatatctgtcctcatagaacggagcctcttaaaagttgtaaagaataacaagcttcaaatgcatgatttgatatgggacatgggaagagaaattgtccgt 14768096  T
Q  232 gaaagttcagcaaaagtgcctgcaaagcttagtcgattgtggtttcaggaggacgtgctggatgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttt 323  Q
     |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| || ||||| ||     |||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14768095 caaagttcaccaaaagagcctggaaagcgtagtcgattgttgttccacgaggatgtatctcatgttttggcaaaaaatactgtaagaacttt 14768004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7633 - 7446
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || || ||  | | ||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  7633 aaaggctatatttcttgatgtatgttgtttctttatcggcaaggacaaagactatgttaccgagatactaaatggttgtggactttttgctgatattgga 7534  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagag 220  Q
    |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||||||  || | |||||||||||||    
T  7533 atagctgtcctcatagagaggagccttctaaaagtcgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagag 7446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 6907226 - 6907015
Alignment:
Q  34 aaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattggaa 133  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||||| || || ||  | ||||   ||||||| |||||||| || ||||||||||||  ||||| ||| ||||    
T  6907226 aaggctatatttcttgatgtatgttgtttctttatcggcaaggacagagactatgttaccgagatactaaacggttgtggactttttgctggtataggaa 6907127  T
Q  134 tagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagagctattgttggcga 233  Q
    ||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||  || | |||||||||||||  |||||| | |     
T  6907126 tagctgtcctcatagagaggagccttttaaaagttgaaaagaataacaagcttggaatgcatgatttaataagagacatgggaagagaaattgttcgtgg 6907027  T
Q  234 aagttcagcaaa 245  Q
    ||||||| ||||    
T  6907026 aagttcaacaaa 6907015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32412340 - 32412153
Alignment:
Q  33 aaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattgga 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||  | || ||  |||||||  ||||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||    
T  32412340 aaaggatatatttcttgacatatgttttttctttatcggcaaggacagggcctatgttaccaagatactaaatgggcgtggactttatgctgacattgga 32412241  T
Q  133 atagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgcttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagag 220  Q
    ||| | || ||| |||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  |||  |||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  32412240 ataacggttctcgtagaacgaagccttgtaaaaattgaaaagaataacaaacttggaatgcatgatctgctaagagacatgggaagag 32412153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 31060244 - 31060156
Alignment:
Q  18 agaagatcatacattaaaggatatatttcttgacatatgttgtttcttcattggaaaaaatagagctgatgttacggagatacttaatg 106  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  31060244 agaagattatatgttaaaggatatattttttgacatatgttgtttcttcattggaaagaacagagctgatgttacagagatacttaatg 31060156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 293 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 31060158 - 31060090
Alignment:
Q  293 atgtcttgtcaaaaaatactgtaagagcttttgagcatcttctgtaatcttatcaagattataagactc 361  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||  ||||| || || ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  31060158 atgttttgtcaaaaattactgtaagaatttttgtgcgtcctctgtaatcttatcaggctcataagactc 31060090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 85 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 4135215 - 4135080
Alignment:
Q  85 gatgttacggagatacttaatggttgtggacttcatgctgatattggaatagctgtcctcatagagcgaagcctcgtaaaagttgataagaataacatgc 184  Q
    ||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||  |||||| || ||||||  ||||||  | ||||||||||| ||||   ||||| | || |||| ||    
T  4135215 gatgttatggatatattaaatggttgtggtctttttgctgaaatcggaataagtgtccttgttgagcgaagccttgtaactattgatgataaaaacaagc 4135116  T
Q  185 ttcaaatgcatgatttgctacgcgacatgggaagag 220  Q
    ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4135115 ttggaatgcatgatttgctacgagatatgggaagag 4135080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University