View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5356-Insertion-2 (Length: 960)

Name: NF5356-Insertion-2
Description: NF5356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5356-Insertion-2
NF5356-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-955)||(35354454-35355406)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 955
Target Start/End: Original strand, 35354454 - 35355406
Alignment:
Q  8 atatgcacaaaggtcttgttgcatgaagattgggtcctgatttttctgctagggtggagtgctattcaagggaaacctgcgagggcaagcttctaaaagt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35354454 atatgcacaaaggtcttgttgcatgaagattgggtcccgatttttctgctagggtggagtgctattcaagggaaacctgcgagggcaagcttctaaaagt 35354553  T
Q  108 tatgataagatatcaaagagattgcaagtatgccatatttctgtttcatttcttaagtgtgtttttgagtttttccatgttgaaataacttctgaactag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35354554 tatgataagatatcaaagagattgcaagtatgccatatttctgtttcatttcttaagtgtgtttttgagtttttccatgttgaaataacttctgaactag 35354653  T
Q  208 atatttgcataacatttgttataggataaatttggagatgaatacaggcttttccttctagtcaatcctgaggatgataagccagtggccgttgtcgttc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35354654 atatttgcataacatttgttataggataaatttggagatgaatacaggcttttccttctagtcaatcctgaggatgataagccagtggccgttgtcgttc 35354753  T
Q  308 caagaactactttacaaccagagacaactcgtacttacttaactccttcaaaattgtggatcattgtgttgnnnnnnnnnnnnagaaaatagtgatgctt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||    
T  35354754 caagaactactttacaaccagagacaactcgtacttacttaactccttcaaaattgtggatcattgtgttcttttttatttttagaaaatagtgatgctt 35354853  T
Q  408 atggttgtacttatgctattacttttcttttttagctgtacctgagtggtttggtgctgcgtcttttggaatcgtcacagtgtttaccttactgcttcgc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35354854 atggttgtacttatgctattacttttcttttttagctgtacctgagtggtttggtgctgcgtcttttggaatcgtcacagtgtttaccttactgcttcgc 35354953  T
Q  508 aatgtccccaatttgcaatccgatttattgtgagcatttttcttgcaccttttcttgtcacttcatactccattatctcttaggggaagtgtattgccct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35354954 aatgtccccaatttgcaatccgatttattgtgagcatttttcttgtaccttttcttgtcacttcatactccattatctcttaggggaagtgtattgccct 35355053  T
Q  608 acaaaacattgtcatgtggttttgttttctgtgctgatctggctatatgcgctcattccttcaagtaaattttaaggatagtcctaacaaataccatgtt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35355054 acaaaacattgtcatgtggttttgttttctgtgctgatctggctatatgtgctcattccttcaagtaaattttaaggatagtcctaacaaataccatgtt 35355153  T
Q  708 cgggtacaaaattattgatcttttaggatttatgtttatttaacaggatgttctcagtaaatgctttagctatcaataatgaaatctgttccacctttca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35355154 cgggtacaaaattattgatcttttaggatttatgtttatttaacaggatgttctcagtaaatgctttagctatcaataatgaaatctgttccacctttca 35355253  T
Q  808 taggaataaatcatacaaccctgtctttactctggttgactaatattttttcatatcatagatgcatttttgaggtttcacc-aaatattattattgatg 906  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35355254 taggaataaatcatacaa-cctgtctttactctggttgactaatattttttcatatcatagatgcatttttgaggtttcaccaaaatattattattgatg 35355352  T
Q  907 ttccagatc-actgttgac-atctaa--ttgtaaaaggat-gcctacctggagc 955  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||    
T  35355353 ttccagatcaactgttgacaatctaaatttgttaaaggatggcctacctggagc 35355406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University