View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5356-Insertion-5 (Length: 720)

Name: NF5356-Insertion-5
Description: NF5356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5356-Insertion-5
NF5356-Insertion-5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-720)||(25176186-25176898)
chr1 (93-154)||(25237774-25237835)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 25176898 - 25176186
Alignment:
Q  8 cacaccacgttcgttcaaattccatgttaaccaagccaaactcactcaattcaacttcaccaacaacaacaccaccttaaactataacctagtactcaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25176898 cacaccacgttcgttcaaattccatgttaaccaagccaaactcactcaattcaacttcaccaacaacaacaccaccttaaactataacctagtactcaac 25176799  T
Q  108 ttcactgctcaaaaccctaacaaaaaactcaaaatctactacgatgtcgttgaagccaacgctttctataagggatgcaatttctctgccacggatatga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25176798 ttcactgctcaaaaccctaacaaaaaactcaaaatctactacgatgtcgttgaagccaacgctttctataagggatacaatttctctgccacggatatga 25176699  T
Q  208 tcaagccattgcgcacccttcaggaaactagaagtgtggattaccgtatgagtgctgtttttattggtcaacatgtgatgatgcttgatcgtgatgaggt 307  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25176698 acaagccattgcgcacccttcaggaaaccaaaagtgtggattaccgtatgagtgctgtttttattggtcaacatgtgatgatgcttgatcgtgatgaggt 25176599  T
Q  308 tgatgagttccaggaagattacaaaactgggatttttcgttttgatattaagatttattttagtataaggtttaggcttggagattttatatttggtgac 407  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25176598 tgatgagtttcaagaagattacaaaaatggtatttttggtattgatattaagatttattttagtataaggtttaggcttggaaattttatatttggtgac 25176499  T
Q  408 accaaagtccaagcaaaatgtgattttaaggttcctattagttctaataatagtgggaaaatggttgatccgtttgatcccaccaagtgtgtggtggatt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25176498 accaaagtccaagcaaaatgtgatctaaaggttcctcttagttctaataatagtgggaaaatggttgatccgtttgatcccaccaagtgtgtggtggatt 25176399  T
Q  508 tctgattcgcattataggtactactactaccatgttattaatttctaagcttgtatcacgttaatttgattgatttaatttgtatacatgttcaaaaatc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25176398 tctgattcgcattataggtactactactaccatgttattaatttctaagcttgtatcacgttaatttgattgatttaatttgtatacatgttcaaaaatc 25176299  T
Q  608 taagattaatgttgtttagtacgatgaccattttaacgaagattaatgttgtttagtattactcatttatccatcacacatcgtttctatattatccttg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25176298 taagattaatgttgtttagtacgataaccattttaacgaagattaatgttgtttagtattactcatttatccatcacacatcgtttctatattatccttg 25176199  T
Q  708 tatggcaagtggt 720  Q
    |||||||||||||    
T  25176198 tatggcaagtggt 25176186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 25237835 - 25237774
Alignment:
Q  93 aacctagtactcaacttcactgctcaaaaccctaacaaaaaactcaaaatctactacgatgt 154  Q
    ||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25237835 aacctcgtactcaacttcacggcccgtaatccaaacaaaaaactcaacatctactacgatgt 25237774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University