View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5364_high_9 (Length: 336)

Name: NF5364_high_9
Description: NF5364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5364_high_9
NF5364_high_9
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (21-326)||(22767368-22767673)
chr5 (44-317)||(15988883-15989156)
chr5 (44-317)||(20204735-20205008)
chr5 (93-303)||(41940920-41941130)
chr5 (44-317)||(8387866-8388139)
chr5 (96-317)||(30222985-30223206)
chr5 (44-202)||(12660211-12660369)
chr5 (90-317)||(27533086-27533314)
chr5 (45-317)||(4267891-4268151)
chr5 (44-237)||(26597591-26597784)
chr5 (45-227)||(27292304-27292486)
chr5 (44-217)||(25730688-25730861)
chr5 (44-193)||(11375647-11375796)
chr5 (154-236)||(16074597-16074679)
chr5 (182-326)||(34653864-34654007)
chr5 (44-194)||(37448028-37448178)
chr5 (234-317)||(12660124-12660207)
chr5 (212-250)||(37447990-37448028)
chr5 (99-164)||(34652442-34652507)
chr5 (282-315)||(25730623-25730656)
chr5 (281-317)||(27292226-27292262)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (21-327)||(9328713-9329018)
chr7 (44-313)||(16731717-16731986)
chr7 (44-313)||(17709851-17710120)
chr7 (44-317)||(22289021-22289294)
chr7 (92-317)||(1581395-1581620)
chr7 (43-260)||(17877245-17877462)
chr7 (45-202)||(16098385-16098542)
chr7 (55-317)||(29201100-29201356)
chr7 (92-253)||(30493791-30493952)
chr7 (238-317)||(16098263-16098342)
chr7 (69-170)||(34578437-34578538)
chr7 (104-199)||(30824668-30824763)
chr7 (222-318)||(11745953-11746049)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (21-327)||(32577159-32577463)
chr4 (21-327)||(49119511-49119804)
chr4 (21-327)||(28425965-28426259)
chr4 (44-313)||(49951097-49951366)
chr4 (28-316)||(37245970-37246262)
chr4 (44-317)||(21321307-21321580)
chr4 (44-317)||(29655800-29656072)
chr4 (44-315)||(18442279-18442549)
chr4 (44-327)||(2064623-2064906)
chr4 (44-317)||(28537921-28538192)
chr4 (44-317)||(55734789-55735062)
chr4 (21-308)||(51735082-51735370)
chr4 (44-317)||(51259663-51259937)
chr4 (44-317)||(56065409-56065682)
chr4 (59-253)||(43840456-43840650)
chr4 (44-225)||(41835445-41835626)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (44-317)||(88339-88612)
chr2 (45-315)||(12130773-12131043)
chr2 (20-317)||(34696014-34696309)
chr2 (20-317)||(34718426-34718721)
chr2 (44-315)||(18345621-18345879)
chr2 (59-250)||(44017467-44017658)
chr2 (48-317)||(26198471-26198742)
chr2 (44-116)||(9709910-9709982)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (21-316)||(7127004-7127299)
chr8 (44-317)||(478190-478463)
chr8 (21-313)||(8451234-8451526)
chr8 (44-317)||(40588864-40589122)
chr8 (45-315)||(23853726-23853984)
chr8 (44-207)||(13414913-13415076)
chr8 (21-163)||(185702-185842)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (21-317)||(36733473-36733772)
chr1 (44-317)||(25682431-25682704)
chr1 (44-317)||(51113095-51113368)
chr1 (44-317)||(4394939-4395211)
chr1 (44-301)||(48949858-48950115)
chr1 (63-327)||(24538279-24538544)
chr1 (99-317)||(5609119-5609337)
chr1 (45-317)||(44527045-44527305)
chr1 (44-227)||(52109324-52109507)
chr1 (44-185)||(48166149-48166290)
chr1 (44-219)||(16816934-16817108)
chr1 (199-247)||(17507308-17507356)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (44-317)||(14679939-14680215)
chr6 (45-317)||(28106919-28107191)
chr6 (22-236)||(15606106-15606320)
chr6 (146-250)||(11731885-11731989)
chr6 (149-317)||(30802209-30802377)
chr6 (44-181)||(15053309-15053446)
chr6 (181-317)||(19364217-19364352)
chr6 (239-317)||(29368365-29368443)
chr6 (45-118)||(30802126-30802199)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (44-316)||(42340411-42340682)
chr3 (45-317)||(53496824-53497084)
chr3 (45-250)||(46007148-46007354)
chr3 (44-250)||(55199358-55199564)
chr3 (150-260)||(1070850-1070960)
chr3 (44-249)||(2615341-2615546)
chr3 (95-202)||(48227308-48227415)
chr3 (212-317)||(36310798-36310903)
chr3 (44-184)||(647345-647485)
chr3 (45-177)||(27941129-27941261)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (44-260)||(23-239)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 21 - 326
Target Start/End: Original strand, 22767368 - 22767673
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22767368 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 22767467  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767468 cccgggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatgattactgtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 22767567  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22767568 ccaaactgagttgttaccttgcactctattttggccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaat 22767667  T
Q  321 gatgtc 326  Q
    | ||||    
T  22767668 gttgtc 22767673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 15988883 - 15989156
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||  |  |  | ||||| ||| ||||     
T  15988883 gagtaaggttactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgctcgcgaaagtctctgacataacac 15988982  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15988983 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccatatttcacttcaacaacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 15989082  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||||||  |||||  |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15989083 ctctattatgctcgtgttgcacaaccgctagtgaaggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 15989156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 20205008 - 20204735
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||  ||  |||| |||||| ||||| ||    
T  20205008 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcctggataaatttcccgcgggagtctctagcacaaaat 20204909  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  20204908 gtaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcatttggtttctcccaaactgagttattaccttaca 20204809  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| ||   ||||  ||||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20204808 ctctattttgcttgtgttgcacaaccaagggtgagggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 20204735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 93 - 303
Target Start/End: Original strand, 41940920 - 41941130
Alignment:
Q  93 catttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 192  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41940920 catttcgtttgagctcgaataaatttcccacgggagtctttaacactacacacaaaagatgtaagatagttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 41941019  T
Q  193 acttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaac 292  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||| || | || || |||||||||||    
T  41941020 acttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaattgggttgataccttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggcgagggttgtttatgaac 41941119  T
Q  293 ctcttgccatt 303  Q
    |||||||||||    
T  41941120 ctcttgccatt 41941130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 8388139 - 8387866
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||  | || ||||||||||||||     
T  8388139 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacac 8388040  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8388039 gcgaaagatgtaatattttaacggtcatgaaacgcggcatccacattgtacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccagactgagttgttagcttgca 8387940  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8387939 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatct 8387866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 96 - 317
Target Start/End: Original strand, 30222985 - 30223206
Alignment:
Q  96 ttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||||    
T  30222985 ttcgtttgagcccgaataaattgcccatggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcgacgtccatgttgcact 30223084  T
Q  196 tcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctc 295  Q
    |  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||   | |||| || ||||||||||||||    
T  30223085 ttgaccacgtctcgcacggtttctcccaaacagagttgttaccttgcactctattctgcccgtgttgcacaactgttggtgagggctgtttatgaacctc 30223184  T
Q  296 ttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||| ||||| || |||||||||    
T  30223185 ttgtcattgttgtcatgcatct 30223206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 12660369 - 12660211
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||     
T  12660369 gagtaagactactgcctcccgctctaacactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgtccatgaaagtctctaacacaacac 12660270  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12660269 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 12660211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 90 - 317
Target Start/End: Original strand, 27533086 - 27533314
Alignment:
Q  90 taccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaa-gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccaca 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  27533086 taccatttcgtttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaaagatgtaaactggttacgatcatggaacgcgacatccaca 27533185  T
Q  189 ttgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttat 288  Q
    || |||||||  |  ||||||| || ||||||||||||| |  | |||||||||||| |||| || | ||||  ||||||| || |||| ||||||||||    
T  27533186 ttacacttcagtcgcgtctcgcgcgatttctcccaaactaaactattaccttgcactatattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggatgtttat 27533285  T
Q  289 gaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  27533286 gaacctcttgtcattgttgccatgcatct 27533314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4268151 - 4267891
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  | || |||||||||||||| |    
T  4268151 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcctgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacacg 4268052  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  4268051 caaaagatgtaatatggttacaatcaagaaacgcggcgtccacgttgcactttaaccatgactcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 4267964  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||| || ||||||  |||||||  | ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4267963 tctattctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 4267891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 237
Target Start/End: Original strand, 26597591 - 26597784
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||     
T  26597591 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaattgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgtccacgggagtctctaacacaacac 26597690  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttac 237  Q
    || |||||||||| ||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||||||| ||||||||    
T  26597691 gcgaaagatgtaatatgttgatgatcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtcttacacgatttctcccaaactgtgttgttac 26597784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27292486 - 27292304
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||| |  ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||    
T  27292486 agtaaggctattgcctcccccttcaaaacaataatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacatg 27292387  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 227  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  27292386 caaaatatgtaatatggttactatcatggaacgtgacatccacattgcacttcaaccatgactcgttcggtttctcccaaact 27292304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 44 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 25730861 - 25730688
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||  ||  | ||  |||||||||||||     
T  25730861 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagctcgaataaatttcccgcgtgagactctaacacaacac 25730762  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggttt 217  Q
    |  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25730761 gtgaaaattgtaatatggttacggtcatggaacgcggaatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggttt 25730688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 193
Target Start/End: Original strand, 11375647 - 11375796
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||   |   | || |||||||||||||||    
T  11375647 gagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttactcgctgccatttcgtttgagtccgaataaatcacctgcgagagtctctaacacaacat 11375746  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgca 193  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11375747 gcaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacgcagcatccacattgca 11375796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 154 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16074679 - 16074597
Alignment:
Q  154 taagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgtta 236  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16074679 taagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcactttgaccacgtctcgcacggtttctcctaaactaagttgtta 16074597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 182 - 326
Target Start/End: Original strand, 34653864 - 34654007
Alignment:
Q  182 atccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgga 281  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||  |||||  ||||||  ||  ||| ||     
T  34653864 atccacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaacttagttgttgcc-tgcactctattctgcacgtgttgcacaactggtgttgagggt 34653962  T
Q  282 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtc 326  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  34653963 tgtttatgaatcttttgccattgttgccatgcatctagtgatgtc 34654007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 37448178 - 37448028
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  || || ||| | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |||||||  | || |||||||||||||||    
T  37448178 gagtaaggctaccgcctcccctttcaacactgtcatgtttgcacgctgccattttgtttgagtccgaatacattgtccacgagagtctctaacacaacat 37448079  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 194  Q
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  37448078 ataaacgatgtaagatggttatggtcatggaacacgacatccacatcgcac 37448028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 12660207 - 12660124
Alignment:
Q  234 ttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  ||||||| || || |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  12660207 ttaccttgcactctattatgtccatgttgcacaaccggtggtaatgcctgtttatgaatctcttgccattactgccatgtatct 12660124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 37448028 - 37447990
Alignment:
Q  212 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 250  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37448028 cggtttctcccaaactgagctgttaccttgcactctatt 37447990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 164
Target Start/End: Original strand, 34652442 - 34652507
Alignment:
Q  99 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtta 164  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  34652442 gtttgagaccggataaattgcccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggtta 34652507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 25730656 - 25730623
Alignment:
Q  282 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 315  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25730656 tgtttatgaacctcttggcattgctgccatgcat 25730623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 281 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 27292262 - 27292226
Alignment:
Q  281 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27292262 atgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatct 27292226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Original strand, 9328713 - 9329018
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9328713 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatattttcccgttgccatttcgtttgagctcgaataaattgtc 9328812  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328813 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaatgatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 9328911  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9328912 ccaaactgagttgttaccttgcactctattctagccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacatcttgccattgctgccatgcatctaat 9329011  T
Q  321 gatgtcc 327  Q
    | |||||    
T  9329012 gttgtcc 9329018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 44 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 16731986 - 16731717
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  16731986 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 16731887  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16731886 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 16731787  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 313  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16731786 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 16731717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 44 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 17710120 - 17709851
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  17710120 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 17710021  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17710020 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 17709921  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 313  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17709920 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 17709851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 22289294 - 22289021
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||     
T  22289294 gagtaaggcaaccacctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtctgagtccgaatgaattgcccacgggaatctctaacacaacac 22289195  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22289194 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttaaaccacgtctcacgcggcttctcccaaactgagttgttagcttgca 22289095  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22289094 ctctattctgcccgtgttgcacaaccgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatct 22289021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 92 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 1581620 - 1581395
Alignment:
Q  92 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 191  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||   ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1581620 ccatttcgtttgagcccggataaactatccgctggagtctctagcacaacacgcaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcagcatccacattg 1581521  T
Q  192 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaa 291  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||  |||||   ||||||  | |||| |||||||||||||    
T  1581520 cacttcaaccacatctcgctcagtttctcccaaactgagttgttacgttgcactatactttgttcgtgttgtacaaccgatggtgagggatgtttatgaa 1581421  T
Q  292 cctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1581420 cctcttgccattgttgccaagcatct 1581395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 17877462 - 17877245
Alignment:
Q  43 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 142  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | | ||||||||||||| ||||| || |  || ||||| ||| |||| | |||    
T  17877462 tgagtaaggctacttcctccccctccaatactgtcatatttccccgctgcgatttcgtttgagcacgaatgaacttcccatgggagtctataacgccaca 17877363  T
Q  143 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 242  Q
     |||| | |||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17877362 cgcaacaaatgtaatatggttacaatcatggaacgcgacatccacattgcatttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaattgagttgttaccttgc 17877263  T
Q  243 actctattatggccgtgt 260  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  17877262 actcgattatgcccgtgt 17877245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16098542 - 16098385
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |    
T  16098542 agtaaggctactacctctccctccaaaattgtcatatttgttcgtttccatttcgtttgagcccgaataaattgcctatgggagtctctaacacaacacg 16098443  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 202  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  16098442 caaaagaagtaatatggttacggtcatggaacgatgcgtccacattgcacttcaacca 16098385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 317
Target Start/End: Original strand, 29201100 - 29201356
Alignment:
Q  55 ctacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgg--gaatctctaacacaacatgcaaaagat 152  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||||||||||| || ||      || ||||||| ||||||||||||||||    
T  29201100 ctacctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgtcatttcgtttgagcccgaataaactggccacacatgagtctctaatacaacatgcaaaagat 29201199  T
Q  153 gtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattat 252  Q
     ||| ||||        |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |    
T  29201200 ataatatgg--------atggaaagcggcatcaacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaactgagctattaccttgcactgtatttt 29201291  T
Q  253 ggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    | ||||||  |||||||  | |||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  29201292 gtccgtgttgcacaaccgatggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgctgtcatgcatct 29201356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 253
Target Start/End: Original strand, 30493791 - 30493952
Alignment:
Q  92 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 191  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  30493791 ccatttcgtttgagcctgagtaaattgcccatgagaatttctaacacaacacgcaaaatatgtaagttggttacagtcatggaatgcgacatccatattg 30493890  T
Q  192 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 253  Q
    ||||| ||||| || ||| ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30493891 cactttaaccacgtttcgttcgatttcttccaaactgtgttgttatcttgcactttattatg 30493952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16098342 - 16098263
Alignment:
Q  238 cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16098342 cttgcactctattatgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttaggaacctcttgccattgatgccatgcatct 16098263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 69 - 170
Target Start/End: Original strand, 34578437 - 34578538
Alignment:
Q  69 aaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggt 168  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||    
T  34578437 aaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtctgagcccgaataaattgcccacgggaatttcgaacacaacacgcaaaagatgtaatatgttaacggt 34578536  T
Q  169 ca 170  Q
    ||    
T  34578537 ca 34578538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 199
Target Start/End: Original strand, 30824668 - 30824763
Alignment:
Q  104 agcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaa 199  Q
    |||||||||||||| | |  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  30824668 agcccgaataaattattcgcggcagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatgactacagtcatgaaatgtagcatccacattgcacttcaa 30824763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 222 - 318
Target Start/End: Original strand, 11745953 - 11746049
Alignment:
Q  222 caaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctg 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||  ||||||| || |||| || |||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||    
T  11745953 caaactgagttgttactttgcactctattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggttgtttatgcacctgttgccattattgtcatgcatctg 11746049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Original strand, 32577159 - 32577463
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32577159 acatcagcaaagtaaatagcagcgagtaaggctagtacctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 32577258  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32577259 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggttaaggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctc-ctcggtttctc 32577356  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  32577357 ccaaactgagttgttaccttgcactatattctggccgtgttgcacaaacggtagtgacggatgtttatgaacctcttgccattgccgccatgcatctaat 32577456  T
Q  321 gatgtcc 327  Q
    | |||||    
T  32577457 gttgtcc 32577463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Original strand, 49119511 - 49119804
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  49119511 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 49119601  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  49119602 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 49119697  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgat 320  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49119698 ccaaactgggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaat 49119797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 28426259 - 28425965
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  28426259 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 28426169  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  28426168 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 28426073  T
Q  221 ccaaact-gagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctga 319  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28426072 ccaaactggggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaa 28425973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 44 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 49951366 - 49951097
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||    
T  49951366 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattggccgcgagaatctctaacacagcat 49951267  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49951266 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccaaaactgagttgttaccttgca 49951167  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 313  Q
    |||||||||| | ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49951166 ctctattatgcctgtgttgcacaactggtggtgagcgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 49951097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 316
Target Start/End: Original strand, 37245970 - 37246262
Alignment:
Q  28 caaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct-ggg 126  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  37245970 caaagtgaatagcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgtgcccgaataaatt-tccctcggg 37246068  T
Q  127 aatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 226  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37246069 agtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacgattacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 37246168  T
Q  227 tgagttgttac----cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 316  Q
    | |||||||||    ||||||| |||||  || | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37246169 taagttgttacgtaccttgcaccctattccggtcatgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 37246262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 21321580 - 21321307
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  | || ||||||| |||||||    
T  21321580 gagtaaggctattgtctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaatttcccgcgagagtctctaatacaacat 21321481  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  21321480 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcaacatccacattgcacttcaaccacgtttcgctcgatttctcccaaactgtgttgttgccttgca 21321381  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  21321380 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgctgccaagcatct 21321307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 29655800 - 29656072
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||     
T  29655800 gagtaaggctactgcctctccctccaaaacagtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgggagcctctaacacaacaa 29655899  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
     |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  29655900 -caaaagatgtaagagggttacgatcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcactcggtttcttccaaactgagatattaccttgca 29655998  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
     ||||||||| || |||  |||| || || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29655999 ttctattatgcccatgttgcacacccggtggtgatgaatgtttatgaacctctttccattgctgccatgcatct 29656072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 315
Target Start/End: Original strand, 18442279 - 18442549
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  18442279 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgcttccatttcgtttgagcccgaataaattgcccatgggagtctctaacacaacac 18442378  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18442379 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccgcattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaacagagttgttaccttgca 18442478  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 315  Q
    ||||||| || | || |  ||||||| ||  ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  18442479 ctctattttgtctgtattgcacaaccggtgatga-ggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatgcat 18442549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2064906 - 2064623
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||  || || ||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||     
T  2064906 gagtaaggctactgcctcccccttcaatactgtcatatttgcccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattatccgcgggagtctctaacacaacac 2064807  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064806 gcagaggatgtaatatggttacggtcatggaacgtggcgtccacattgcacttcaaccacgactcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgca 2064707  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 327  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  | |||| || |||||| |||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||    
T  2064706 ctctattttgtccgtgttgcacaaccgatggtgaaggttgtttacgaacctcttgccattgttgtcatgcatctaaagatgtcc 2064623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 28537921 - 28538192
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||  || ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  28537921 gagtaaggctactgcctccccctc--aaactatcatattttcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgtgggagtctctaacacaacac 28538018  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28538019 gcaaaatatgtaatatggttacgatcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaactgaattgttaccttgca 28538118  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||| | || ||||||   |||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  28538119 ctctactgtgcccgtgttgtacaatcggtggtgagtggtgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatct 28538192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 55735062 - 55734789
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||     
T  55735062 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgctcgcttccatttcgtttgagcccgaacaaattgctcatgggagtctctaacacaacac 55734963  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55734962 gcaaaagatgtaatatggttgagatcatggagcgcgacatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaaccgagttgttaccttgca 55734863  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || | || |  |||||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  55734862 ctctattttgtctgtattgcacaaccgatgatgatggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatacatct 55734789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Original strand, 51735082 - 51735370
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  51735082 acatcagcaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcacgctgtcatttcgtttaagcccgaataaattgtc 51735181  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
       || | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  51735182 aacggaagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacaatcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcgctcggtttcgc 51735281  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaa-ccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 308  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||| || |  |||  ||||| | |   | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51735282 ccaaactgagatgttacattgcaccctattctgcctatgttgcacaatcgatgggggagggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 51735370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 51259663 - 51259937
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccc-tctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 142  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||||||||||    
T  51259663 gagtaaggcaactgcctcccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaaca 51259762  T
Q  143 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 242  Q
    | | |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51259763 tacgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcagttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgc 51259862  T
Q  243 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||| || ||||||  | ||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51259863 actctattctgcccgtgttgcgcaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 51259937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 56065682 - 56065409
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  56065682 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 56065583  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56065582 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 56065483  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |   || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  56065482 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgacgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 56065409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 59 - 253
Target Start/End: Original strand, 43840456 - 43840650
Alignment:
Q  59 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 158  Q
    ||||||||| || || ||| ||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  43840456 ctccccctccaacactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgaccccgaataaattgtccacgggagtctctaacacaaaacgcaaaagatgtaaga 43840555  T
Q  159 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 253  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43840556 tggttatgctcatagaacgcggcatccacgttgaacttcaaccacgtctcgtgcggtctctcccaaactaagttgttgtcttgcactctattatg 43840650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 44 - 225
Target Start/End: Original strand, 41835445 - 41835626
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||  | |  ||||| ||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||     
T  41835445 gagtaaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgccagctgtcattttgtttgagcccgaataaattgtctgcgagagtctctaacacaacac 41835544  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaa 225  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  41835545 gcaaaagttgtaatatggttacgttcaaggaacgtggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaa 41835626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 88612 - 88339
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||    
T  88612 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccattgccatttcatttgagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacat 88513  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  88512 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgtgttgttgccttgca 88413  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  88412 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgttgtcatgcatct 88339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 315
Target Start/End: Original strand, 12130773 - 12131043
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||||| || |  |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||      
T  12130773 agtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttgctcgctgtcatttcgtttgagcccgaataatttgcccgcgggagtctctaacacaacacc 12130872  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12130873 caaaagatagaatatggttacggtcatggaacggggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaattgagttgttaccttgcac 12130972  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 315  Q
    ||| ||    ||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12130973 tctgtttgtcccgtgttgcacaaccggtggtgatggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 12131043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 34696014 - 34696309
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 119  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34696014 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34696111  T
Q  120 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 219  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34696112 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34696211  T
Q  220 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34696212 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 34696309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 34718426 - 34718721
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 119  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34718426 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34718523  T
Q  120 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 219  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34718524 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34718623  T
Q  220 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34718624 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 34718721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 315
Target Start/End: Original strand, 18345621 - 18345879
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||  || | ||||||||||||||     
T  18345621 gagtaaggctactgcctccccctc-aaaactgtcatatttgtccgttaccatttcgtttgagttcaaataaattacccacggaagtctctaacacaacac 18345719  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||            ||||||    
T  18345720 gcaaaagaagtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcgttcggtttcttccaaa------------cttgca 18345807  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 315  Q
    ||||||| || ||||||  ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18345808 ctctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttatgaacctcttgccattactgccatgcat 18345879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 59 - 250
Target Start/End: Original strand, 44017467 - 44017658
Alignment:
Q  59 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 158  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  44017467 ctccccctccaaaactgtcatatttgcacggtgtcattttatttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaaga 44017566  T
Q  159 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 250  Q
    |||| | | |||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  44017567 tggtcatgatcacagaacgcggaattcgcattgcacttcaaccatgtctcgctcggcttcttcaaaacttagctgttaccttgcactttatt 44017658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 26198742 - 26198471
Alignment:
Q  48 aaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaa 147  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||  || ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||    || ||||||||||| ||  |||    
T  26198742 aaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgttcgctaccattttatttgagctcgaataaattgcccacatgagtctctaacacagcacacaa 26198643  T
Q  148 aagatgtaagatggttacggtcatg------gaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttg 241  Q
    |||||| || ||| ||| ||| |||      ||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| || |||||| |||    
T  26198642 aagatgcaatatgattatggtaatgaaaatggaacgcgacatccacaatacacttcaaccacgtctcgtgcaatttctcccgaactaagctgttactttg 26198543  T
Q  242 cactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    || |||||| ||  |||||  |||| ||||| |||| |||   |||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  26198542 cattctattctgttcgtgttgcacacccagtggtga-gga---ttatgaacctcttgtcattgatgtcatgcatct 26198471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 44 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 9709982 - 9709910
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaat 116  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9709982 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaataaat 9709910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 7127299 - 7127004
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||  |    
T  7127299 acatcagcaaagtgaatagcatcgagtaaggctactacctccccctccaaaactttcatatttgcccgtttccatttcatttgtgcacgaataaatttcc 7127200  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
    || | || |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7127199 cccgagagtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacggttacgttcatggaacgcggcatccacattccacttcaaccatgtctcgctcggcttctc 7127100  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 316  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7127099 ccaaactaagttgttaccttgccccctattctggctgtgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 7127004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 478190 - 478463
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||     
T  478190 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccattttgtttgagcccggataaattgaccatggaaatctctaacacaacac 478289  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
     |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  478290 acaaaagatgttagatggttgtggtcatggaacgttgcatccacattacacttcaaccacatctcgcttggtttctcccaaattgagatgttaccttgga 478389  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || | ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  478390 ctctattttgcctgtgttgcacaaccactggtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 478463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 21 - 313
Target Start/End: Original strand, 8451234 - 8451526
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| | |||||||| |||  |||||| |||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  8451234 acatcagcgaagtgaatggaatcgagtaaagctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgcttcctttttgtttgagcccgaataaattgtc 8451333  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 220  Q
    |    || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8451334 cacaagagtctctaacacaacatccaaaagatgtaaaatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccacgtctcgcacggtttctc 8451433  T
Q  221 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 313  Q
    ||||| |||  | | ||||||||||||||| ||   ||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8451434 ccaaattgaactatgaccttgcactctattttgctggtgttgcacaacctgtggtgatggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 8451526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Original strand, 40588864 - 40589122
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||             | |||     
T  40588864 gagtacggctactgcctccccctccaaaactgttatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattg--cctg-------------ctacaa 40588948  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40588949 gcaaaagttgttatatggttacgttcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcactcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 40589048  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||| ||||| ||||||  ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40589049 ctctgttatgcccgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 40589122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 45 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 23853984 - 23853726
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||   || |  |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||| |    
T  23853984 agtaaggctactgcctcaccctccaaaactgtcatatttttccgctgtcatttcgtttgaacccgaataaattgcccacgggagtctctaacataacacg 23853885  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||            |||||||    
T  23853884 caaaagatgtaatatagttacggtcatggaacgcggcgtccacatcgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 23853797  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 315  Q
    ||||||||| | ||||  ||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23853796 tctattatgcctgtgttgcacaacctgtggtgaataatgtttatgaacctcttgccattgttgtcatgcat 23853726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 44 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 13415076 - 13414913
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |  | ||||||| | ||||     
T  13415076 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgaaagtctctaaaaaaacac 13414977  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtct 207  Q
     |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  13414976 acaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtct 13414913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 163
Target Start/End: Original strand, 185702 - 185842
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  185702 acatcaacaaagtgaatagtatcgagtaaggctacttcctcccc-tccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgagcccagataaatt-tc 185799  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtt 163  Q
    ||| ||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  185800 cctcggagtctcttacacaacgtgcagaagatgtaagacggtt 185842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 21 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36733772 - 36733473
Alignment:
Q  21 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||| ||||| | | ||||| | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36733772 acatcagcaaagtgaataacattgagtaagactactgcctccccctccaaaactgccatatttacccgttgtcattttgtttgagcccgaataaattgtc 36733673  T
Q  121 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccac--attgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 218  Q
    |  | || ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733672 cacgagagtctctaacacaacacacaaaaggtgtaagatggttatagtcatgaaacgcggcatccacatattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 36733573  T
Q  219 tcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtga-tggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733572 tccgaaactcagttattaccttgcattctattttggccttgttgcacaaccggtagtgaggggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 36733473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 25682704 - 25682431
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  25682704 gagtaaggctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccagataaattgcccacgggagtctctaacacaacac 25682605  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  25682604 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatgaaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcacacggtttctcccaaattgagttcttgccttgca 25682505  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| |  || |||  ||||| | |   | | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25682504 ctctattctacccatgttgcacaatcggcgataagggttgtttatgaatctcttgccattgctgccatgcatct 25682431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 51113368 - 51113095
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  51113368 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaacggttatatttgctcgttgccatttcgtttgagtccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 51113269  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51113268 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacggcatccacattgcactttaaccacgtctcacacgatttctcccaaactgagttgttagcttgca 51113169  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51113168 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 51113095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4395211 - 4394939
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||||  || ||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| |||    
T  4395211 gagtaaggctagtgcctccccttc-aaaactctcatatttgcccgctgccatttcgattgagcccggataaattgcccacgagagtctctaacacagcat 4395113  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  4395112 gcaaaagttgtgatatggttacggtcatggaacgcggcttccacattgcacttcagccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgtcttgca 4395013  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||| |||||   ||||  ||  ||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  4395012 ctctgttatgcatgtgttgcattaccggtagcgagggatgtttataaacctcttgccattgttgtcatgcatct 4394939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 44 - 301
Target Start/End: Original strand, 48949858 - 48950115
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |   |||| ||||||||||||||     
T  48949858 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactttcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgccaacgggagtctctaacacaacac 48949957  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48949958 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaatctgagttgttagcttgca 48950057  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgcca 301  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||    
T  48950058 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgcca 48950115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 24538544 - 24538279
Alignment:
Q  63 ccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggt 162  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||  |||||||| |||  ||||    
T  24538544 ccctccaaaactgtcgtatttgcctgctgccaattcgtttgagcccgaataaattatccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatctaacttggt 24538445  T
Q  163 tacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtga 262  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |  |||      
T  24538444 tacggttatagaacgcggcatccacattgcatttcgaccaggtctcacttggtttctctcaaactgagatgttaccttgcactctattctgcctatgttg 24538345  T
Q  263 cacaaccagtagtgatggatgtttatg-aacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 327  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  24538344 cacaactggtggtgagggatgtttatgaaacctcttgccattgttgtcatgcatctaatgatgtcc 24538279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 99 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 5609337 - 5609119
Alignment:
Q  99 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttca 198  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || |||||| |||| || || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5609337 gtttgagcccgaataaattgctcgtgtgagtctctagcacagcacgcgaaagttgtaatatggttacagtcatggaacgcgacatccacattgcacttca 5609238  T
Q  199 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttg 298  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  |||  |||||  ||  ||||||||||||||||    
T  5609237 accacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgccttgcactctattatgcctgtgttgtattaccgatagtggaggccgtttatgaacctcttg 5609138  T
Q  299 ccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  5609137 ccattgctaccatgcatct 5609119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 44527305 - 44527045
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  44527305 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 44527206  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  44527205 caaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaa------------cttgcac 44527118  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||  | || |   || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44527117 tctattatgcccgtgttgcacaaccgatggtaaactatttttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 44527045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 52109507 - 52109324
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||   || ||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  52109507 gagtaaggctactgcatccccctccaaaatgatcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacaggagtctctaacacaacat 52109408  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 227  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||    
T  52109407 gcaaaagatataagatgattacggtcatggaacacaacgtccacattacacttcaaccacgtctttgtcggtttctcccaaact 52109324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 44 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 48166290 - 48166149
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  48166290 gagtaaggctattgtctcccactccaaaactgtcatatttgctcgctgccatttcatttgagcccgaataaattgaccacgggagtctctaacacaacac 48166191  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatcc 185  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48166190 acaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgtggcatcc 48166149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 219
Target Start/End: Original strand, 16816934 - 16817108
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||||| |  | |||||| | |||||| |||||||||||  |  | || ||||||| |||| |     
T  16816934 gagtaaggctactgcctcccc-tccaaaattgtcatatttgcccactgccattttgattgagctcgaataaattgcacgcgagagtctctaaaacaatac 16817032  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 219  Q
     |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  16817033 acaaaagatgtaatatggttacagacatggaacgcggcgtccgcattgcacttcaaccacatctcactcggtttct 16817108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 17507356 - 17507308
Alignment:
Q  199 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactct 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17507356 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagatattaccttgcactct 17507308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 14680215 - 14679939
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct---gggaatctctaacacaa 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||| ||||||||  ||||||||| ||     |||| ||||||||||||    
T  14680215 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgctgccatttcatttgagccataataaattgcccgccgcgggagtctctaacacaa 14680116  T
Q  141 catgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 240  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14680115 catgcaaaagatgtaatgtggttgcggtcatggaacgcggtatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 14680016  T
Q  241 gcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  14680015 gcactctattatgctcgtgttgcacaactagtggtgagagttgtttatgaacctctttccattgtggccatgcatct 14679939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 28107191 - 28106919
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||  || | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||      
T  28107191 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatctgtccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacgggagtctctaacacaacaca 28107092  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28107091 cgaaagatgtaagatggttacgatcatggaacgtggcttcctcgttgcacttcaaccacgtctcgtttggtttctcccaaactgagatgttaccttgcac 28106992  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||| ||   ||||  |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28106991 tctattttgcatgtgttgcacaaccaatggtgaaagatgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 28106919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 236
Target Start/End: Original strand, 15606106 - 15606320
Alignment:
Q  22 catcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtcc 121  Q
    ||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||| | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  15606106 catcaacaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatgttttcccgctgccattttgtttgagcccgaataagttgccc 15606205  T
Q  122 ctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcc 221  Q
     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15606206 atgggagtctctaacacaacacgaaaaagatgtaatatggttacgatcgtgaaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgtgcggtttctcc 15606305  T
Q  222 caaactgagttgtta 236  Q
    |||||||||||||||    
T  15606306 caaactgagttgtta 15606320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 250
Target Start/End: Original strand, 11731885 - 11731989
Alignment:
Q  146 aaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcact 245  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11731885 aaaagatgtaatattgttacagtcatggaatgcgtcatctacattgcacttccaccacgtctcgctcagtttctcccaagctgagttgttaccttgcact 11731984  T
Q  246 ctatt 250  Q
     ||||    
T  11731985 atatt 11731989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 149 - 317
Target Start/End: Original strand, 30802209 - 30802377
Alignment:
Q  149 agatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcta 248  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30802209 agatgtaagatggttacattcattgaatgcggcatccacaatgcactttaactacctctcgcttagtttttcccaaactgagttggtaccttgcactcta 30802308  T
Q  249 ttatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    || || | ||||  |||||||  | |||| || ||||||||||  |||| |||||| || |||||||||    
T  30802309 ttctgcctgtgttccacaaccgttggtgagggctgtttatgaatgtcttaccattgttgtcatgcatct 30802377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 181
Target Start/End: Original strand, 15053309 - 15053446
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||| | || |  ||| | |||||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||||     
T  15053309 gagtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttacccgctgtcatcttgtttgagcccgaataaattgtccactgaagtctctaacacaacac 15053408  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggc 181  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  15053409 gcaaaagatgtaagatggttaccgacatgaaacgcggc 15053446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 181 - 317
Target Start/End: Original strand, 19364217 - 19364352
Alignment:
Q  181 catccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgg 280  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||  ||||  |  | |||| ||    
T  19364217 catccacaatgcactttaaccac-tctcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcgattttgctcgtgttgcacatgcgttggtgaggg 19364315  T
Q  281 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  19364316 ttgtttatgaacctctcgccattgttgtcatgcatct 19364352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 239 - 317
Target Start/End: Original strand, 29368365 - 29368443
Alignment:
Q  239 ttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    |||||||||||| ||  ||||| ||||||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29368365 ttgcactctattgtgctcgtgttacacaaccgataatgaatgatgtttatgaacctcttgccattgctgtcatgcatct 29368443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 118
Target Start/End: Original strand, 30802126 - 30802199
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattg 118  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||| ||| ||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||    
T  30802126 agtaaggctactgcctcccccaccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttaagcccgaataaattg 30802199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 44 - 316
Target Start/End: Original strand, 42340411 - 42340682
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| || || ||| ||| ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||     
T  42340411 gagtagggctattgcctccccctccaacactgtcatatctgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacac 42340510  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||| |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  |    
T  42340511 gcaaaagatgtaagatggttgccgacatagaac-caacatccacattgcacttcaaccacgtctcgcacggtttctctcaaactgagttgttgccttaga 42340609  T
Q  244 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 316  Q
    ||||||| ||  |||||  ||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  42340610 ctctattctgcacgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaatctcttgccattgttgtcatgcatc 42340682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 53497084 - 53496824
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||  || |  ||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  53497084 agtaaggctactgcctccccctcaaaaactgtcacatttgtccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 53496985  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 244  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  53496984 caaaagatgtaatatggttacggtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaa------------cttgcac 53496897  T
Q  245 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 317  Q
    ||| || || ||||||  |||||||  | ||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53496896 tctgttctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgtcattgctgccatgcatct 53496824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 46007354 - 46007148
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaa-cacaacat 143  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||| || ||||     
T  46007354 agtaaggctactgtctccccctaaaaaattgtcgtatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattttccacgagagtctctaaacaaaacac 46007255  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  46007254 gcaaaagatataagatggttacaataatggaacacggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctttgtttttcccaaactgagttgttatcctgca 46007155  T
Q  244 ctctatt 250  Q
    || ||||    
T  46007154 ctttatt 46007148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 55199564 - 55199358
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| |||||    | |  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  55199564 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttatcagctgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 55199465  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55199464 gcgaaagatgtaatatattgacggtcatgaaacgtggcatccacattgcacgtcaaccacatctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgca 55199365  T
Q  244 ctctatt 250  Q
    || ||||    
T  55199364 ctttatt 55199358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 150 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 1070960 - 1070850
Alignment:
Q  150 gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctat 249  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  1070960 gatgtaagatggttacgatcatggaaggcaacatccacattgcagttcaaccatgtctcgcgcggtttctcctaaactgaggttttaccttgctctctat 1070861  T
Q  250 tatggccgtgt 260  Q
    |||| ||||||    
T  1070860 tatgtccgtgt 1070850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 2615546 - 2615341
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||     |  ||||||||||||      
T  2615546 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgcccgctgccaattcgtttgagcccgaatgaattgcccacaaaagcctctaacacaacgc 2615447  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
     ||||| |||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||||||||||   ||||| |||||    
T  2615446 acaaaaaatgtaatatggttatgatcatgaaacgcggtatccacattgcatttcaaccacgtcttgcacgatttctcccaaactgaaccgttactttgca 2615347  T
Q  244 ctctat 249  Q
    ||||||    
T  2615346 ctctat 2615341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 95 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 48227415 - 48227308
Alignment:
Q  95 tttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 194  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||    
T  48227415 tttcgtttaagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaacatggttacggtaatgaaatgcggcatccacattgtac 48227316  T
Q  195 ttcaacca 202  Q
    ||||||||    
T  48227315 ttcaacca 48227308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 212 - 317
Target Start/End: Original strand, 36310798 - 36310903
Alignment:
Q  212 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccat 311  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36310798 cggtttctttcaaactgaattgtcaccttgcactctattatggccgtgttgcacaatcagttgtgagggttgtttatgaacctcttgccattgctgcaat 36310897  T
Q  312 gcatct 317  Q
    | ||||    
T  36310898 gtatct 36310903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 184
Target Start/End: Original strand, 647345 - 647485
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaa-tctctaacacaaca 142  Q
    |||||||||| || |||||||||| | ||| ||| |||| || || | |||||||||||||||||| | |||||| ||  | ||| ||||||||||||||    
T  647345 gagtaaggctgctgcctccccctccataactgtcatattagcccgctgccatttcgtttgagcccggaaaaattg-cctagagaagtctctaacacaaca 647443  T
Q  143 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatc 184  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  647444 cgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgcggcatc 647485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 177
Target Start/End: Original strand, 27941129 - 27941261
Alignment:
Q  45 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 144  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||  || | |||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| |||||| |    
T  27941129 agtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgtccgctgccattttgtttgagtccgaataaattgtcctcgagaatctctaatacaacacg 27941228  T
Q  145 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacg 177  Q
    ||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||    
T  27941229 caaaaaatataatatggttacgatcatgaaacg 27941261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 44 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 239 - 23
Alignment:
Q  44 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 143  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  239 gagtaaggcaactgcctccccctcccaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 140  T
Q  144 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 243  Q
    || ||||||   | ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  139 gcgaaagatngtatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 40  T
Q  244 ctctattatggccgtgt 260  Q
     ||| || || ||||||    
T  39 gtctgttctgcccgtgt 23  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University