View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5367_high_3 (Length: 452)

Name: NF5367_high_3
Description: NF5367
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5367_high_3
NF5367_high_3
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (27-443)||(7727283-7727701)
chr7 (98-442)||(7731444-7731791)
chr7 (95-443)||(7739601-7739952)
chr7 (95-443)||(7699421-7699766)
chr7 (104-443)||(7713766-7714102)
chr7 (26-84)||(7731814-7731873)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (99-306)||(12907694-12907901)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 27 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 7727701 - 7727283
Alignment:
Q  27 atacttatcacccaaacttgagtactctctcaacccaaactcaaaccacctcttcataagnnnnnnnnctccaaaattaagatgaagactcctccaaaca 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727701 atacttatcacccaaacttgagtactctctcaacccaaactcaaaccacctcttcataagaaaaaaa-ctccaaaattaagatgaagactcctccaaaca 7727603  T
Q  127 tgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgatgatgat---ttcttctgcaatgccaatgacaa 223  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |   |||| ||||||||||||||||||    
T  7727602 agtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgatgatgttgagttctcctgcaatgccaatgacaa 7727503  T
Q  224 agccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaacagtacagactgttgtagcgactggagctttgtc 323  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7727502 agccactctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctctccgattgggacaacagtacagactgttgtagcgactggagcttcgtc 7727403  T
Q  324 gggtgcggcaaacctgcacctggccgagtcaccgttgtcaccataagccgtggctggggtctttcgggtacgcttccagcagagtttggcgacctccctt 423  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7727402 gggtgtggcaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttctggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccat 7727303  T
Q  424 atcttaacttcctctcattg 443  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7727302 atcttaacttcctctcattg 7727283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 98 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 7731791 - 7731444
Alignment:
Q  98 caaaattaagatgaagactcctccaaacatgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgatgat 197  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  7731791 caaaattaagatgaagactactccaaacatgtttctcctactccacttgacactcctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgatgat 7731692  T
Q  198 gat---ttcttctgcaatgccaatgacaaagccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaacagta 294  Q
    | |   |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||    
T  7731691 gttgagttctcctgcaacgccaatgacaaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggta 7731592  T
Q  295 cagactgttgtagcgactggagctttgtcgggtgcggcaaacctgcacctggccgagtcaccgttgtcaccataagccgtggctggggtctttcgggtac 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7731591 cagactgttgtagcgactggagcttcgtcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtac 7731492  T
Q  395 gcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaacttcctctcatt 442  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731491 gcttccagtagagtttggcgacctcccttatcttaacttcctctcatt 7731444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 95 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 7739952 - 7739601
Alignment:
Q  95 ctccaaaattaagatgaagactcctccaaacatgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgat 194  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  7739952 ctccaaaattaagatgaagactactccaaacaagtttctcctactccacttgacactcctcttcctttcttccatctacttctccacatcaaatgctgat 7739853  T
Q  195 gatgat---ttcttctgcaatgccaatgacaaagccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaaca 291  Q
    |||| |   |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  7739852 gatgttgagttctcctgcaacgccaatgacaaagccaccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacg 7739753  T
Q  292 gtacagactgttgtagcgactggagctttgtcgggtgcggcaaacctgcacctggccgagtcaccgttgtcaccataagccgtggctggggtctttcggg 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  7739752 gtacagactgttgtagcgactggagcttcgtcgggtgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccgg 7739653  T
Q  392 tacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaacttcctctcattg 443  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7739652 tacgctaccagcggagtttggcgaccttccatatcttaacttcctctcattg 7739601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 95 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 7699766 - 7699421
Alignment:
Q  95 ctccaaaattaagatgaagactcctccaaacatgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgat 194  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |    
T  7699766 ctccaaaattaagatgaagacttctccaaacatgtttctcctactccacttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccaaatcaaacgcaagt 7699667  T
Q  195 gatgatttcttctgcaatgccaatgacaaagccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaacagta 294  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||  |    
T  7699666 gatgacttcttctgcaacgccgacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccatttcggtggtcccaaaggccgcctcgacgactgggacaacaaca 7699567  T
Q  295 cagactgttgtagcgactggagctttgtcgggtgcggcaaacctgcacctggccgagtcaccgttgtcaccataagccgtggctggggtctttcgggtac 394  Q
    | || ||||||   ||||||||||| ||||| ||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7699566 ccgaatgttgt---gactggagcttcgtcggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtac 7699470  T
Q  395 gcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaacttcctctcattg 443  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  7699469 gcttccagcggagtttggcaacctcccttatcttagcatgctctcattg 7699421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 104 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 7714102 - 7713766
Alignment:
Q  104 taagatgaagactcctccaaacatgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgatgatgatttc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | || |||    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   |||||| |||    
T  7714102 taagatgaagactcctccaaacatgtttatgctactcagcctaacactcttcttcctttcttccatctacttctccaaatcaaacgcaagtgatgacttc 7714003  T
Q  204 ttctgcaatgccaatgacaaagccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaacagtacagactgtt 303  Q
    |||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||   ||||||||||||||  || || ||||    
T  7714002 ttctgcaacgccgacgacaaagccgccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgtt 7713903  T
Q  304 gtagcgactggagctttgtcgggtgcggcaaacctgcacctggccgagtcaccgttgtcaccataagccgtggctggggtctttcgggtacgcttccagc 403  Q
    ||   ||||||| ||| || || ||||||| ||||   ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7713902 gt---gactggaacttcgtaggttgcggcagaccttatcctggccgagtcaccggcgtcaccatcggccgtggctggggtctttccggtacacttccagc 7713806  T
Q  404 agagtttggcgacctcccttatcttaacttcctctcattg 443  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  7713805 ggagtttggcgacctcccttatcttagcatgctctcattg 7713766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 7731873 - 7731814
Alignment:
Q  26 aatacttatcacccaaacttgagtactctctcaacccaaa-ctcaaaccacctcttcata 84  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  7731873 aatactaatcacccaaacttgagtactctcttaacacaaagctcaaaccacctcttcata 7731814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 99 - 306
Target Start/End: Original strand, 12907694 - 12907901
Alignment:
Q  99 aaaattaagatgaagactcctccaaacatgtttctccttctccatttaacacttctcttcctttcttccatctacttctccacatccaacgctgatgatg 198  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||  ||||||| |||| ||| |||||||| | ||| ||||||    | |    
T  12907694 aaaattaagatgaagacttctcctaacatgtttcttctactccagttaacactcatcttcctctctttcatatacttctctaaatcaaacgcttcaaacg 12907793  T
Q  199 atttcttctgcaatgccaatgacaaagccacccttctcaaaatcagagaccattttggtggccccaacggccgcctctccgactgggacaacagtacaga 298  Q
    |||| | |||| |  ||||||| |||||  | || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||| ||| || | ||||    
T  12907794 atttatcctgccaccccaatgataaagctgctctcctcaaaataagagaccatttcggcggccctaacggacccctatccgactggcacaccaatgcaga 12907893  T
Q  299 ctgttgta 306  Q
    ||||||||    
T  12907894 ctgttgta 12907901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University