View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5368-Insertion-2 (Length: 1025)

Name: NF5368-Insertion-2
Description: NF5368
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5368-Insertion-2
NF5368-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (36-951)||(19343239-19344152)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 19344152 - 19343239
Alignment:
Q  36 agtatgagagagtagattatgtacttctgctgagagtgattcaatagcctcctccccaggatcttgtttgtcccaagggattccctttccatccacagaa 135  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19344152 agtatgaaagagtaaattatgtacttctgctgagagtgattcaatagcctcctccccaggatcttgtttgtcccaagggattccctttccatccacagaa 19344053  T
Q  136 agatcagaaacaagatcataagattctaaaggttgtggttcttgcttttcgatgctatcggttaaccatgcctccctaaccacaggtatgcccctctccc 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19344052 agatcagaaacaagatcataagattctaaaggttgtggttcttgcttttcgatgctgtcggttaaccatgcctccctaaccacaggtatgcccctctccc 19343953  T
Q  236 tatagtaagataggttgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattgaaagccaaaaaagtttatatagatgcatc 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19343952 tatagtaagataggttgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattgaaagccaaaaaagttaatatagatgcatc 19343853  T
Q  336 ttttctatgtgaccatgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagtttggatgttccacctcgatctcgctcgg 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343852 ttttctatgtgaccatgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagtttggatgttccacctcgatctcgctcgg 19343753  T
Q  436 caggtgaagccaccaaacaacttgctcctgaaaaatttgactaaccaggttatagaaattcctagcaacagaaggatgaaaaaagaaaattctatcacat 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  19343752 caggtgaagccaccaaacaacttgctcctgaaaaatttaactaaccaggttacagaaattcctagcaacagaaggatgaaaatagaaaattctattacat 19343653  T
Q  536 taccaatgatagagtttgccaccttccctccatgcttttcaattgnnnnnnnccaatattgctaagtaaccaaaaacaaaatccaatcaacaaaactcag 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19343652 taccaatgatagagtttgccaccttccctccatgcttttcaattgtttttttccaatattgctaagtagccagaaacaaaatccaatcaacaaaactcag 19343553  T
Q  636 tagcagttagttaattagttagttactaatgcaacaataacaacatagatgcatacatgtgttcgactaagacgacccatcaaagaaatcatcattccag 735  Q
    |||||||| |||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343552 tagcagttggttaa----ttagttactaatgcaacaataataacatagatacatacatgtgttcgattaagacgacccatcaaagaaatcatcattccag 19343457  T
Q  736 taaaaggctttattgctaagcct-aatccctttgaggccttttacttggatcctggtattttttcagcaactacatcacacacatgtaagtcataacaat 834  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19343456 taaaaggctttatagctaagcctaaatccctttgaggccttttacttggatcctggtatttcttcagcaactacatcacacacatgttagtcataacaat 19343357  T
Q  835 tcttaggtgacaagttacaacaaaactatacatatac-atgaagaaacaaagtagtnnnnnnntaaggagaaatcacatctgaaactggagagttctgaa 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   |        ||||   |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19343356 tcttaggtgacaagttacaacaaaactatacgtatacaatgaagaaacaaaaatggtgaaaaataagagaaaattacatctgaaactggagagttctgaa 19343257  T
Q  934 cagaatctggtagcttaa 951  Q
    ||||||||||||||||||    
T  19343256 cagaatctggtagcttaa 19343239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University