View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5375-Insertion-1 (Length: 944)

Name: NF5375-Insertion-1
Description: NF5375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5375-Insertion-1
NF5375-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-944)||(39530287-39531228)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (804-931)||(54596894-54597021)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 39531228 - 39530287
Alignment:
Q  7 agctccaactaccacaggatatcctgtcaacaacaagaagaatccaagctcagtgttccaggttcttcccaaagggcaacgagttccacggtccggccct 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39531228 agctccaactactacaggatatcctgtcaacaacaagaagaatccaagcttagtgttccaggttcttcccaaagggcaacgagttccacggtccggccct 39531129  T
Q  107 tcaaagcgcgtaaacgtcgctcaaaattgattacattgaagatcgtagaccaggaccatgctcttgactgaaaaagggaccaattcaaatcactatagtt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39531128 tcaaagcgcgtaaacgtcgctcaaaattgattacattgaagatcgtagaccaggaccatgctcttgactgaaaaagggaccaattcaaatcactatagtt 39531029  T
Q  207 gttgatgctttgtgtaaattcagccattcctattatatgatatgattaaggttatattttagttagttaccaattcatgnnnnnnnnnnnaggatggaga 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||    
T  39531028 gttgatgctttgtgtaaattcagccattcctattatatgatatgattaaggttatattttagttagttaccaattcatgttttttttattaggatggaga 39530929  T
Q  307 gtagtactctattcctcatttctacaagactattttgagatttctgtttatatttttataagannnnnnnagtattaattgttctgtcttcaaattactc 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39530928 gtagtactctattcctcatttctacaagactattttgagatttctgtttatatttttataagatttttttagtattaattgttctgtcttcaaattactc 39530829  T
Q  407 tcggttctttcaccatctttatggcatgaattggaataaaagatgtgatgtaatggattctaatccaaatcaagttaattacaaactaaattaacaattt 506  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39530828 tcggttctttcaccatctttctggcatgaattggaataaaagatgtgatgtaatggattctaatccaaatcaagttaattacaaactaaattaacaattt 39530729  T
Q  507 taaattttcatgaagagtagtactagctagttaaacgagtcttgtaatatcaaggggccaagggaatatcacaagggtttagtgaagtgtttgatgttta 606  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39530728 taaattttaatgaagagtagtactagctagttaaacgagtcttgtaatatcaagggaccaagggaatatcacaagggtttagtgaagtgtttgatgttta 39530629  T
Q  607 atgtgtgtgattattataaatttatgtgcggagtttgtttcctctattcataagaaaatggaaacaagggagtaaaatgataggaaaatatgttgacatg 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39530628 atgtgtgtgattattataaatttatgtgcggagtttgtttcctctattcataagaaaatggaaacaagggagtaaaatgataggaaaatatgctgacatg 39530529  T
Q  707 atgcaattaaacattaaatcaatttctcattttcagtttgccgatgatactcttgttttgg----nnnnnnnnngtgttggatctatgtgagggctaagc 802  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||             ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  39530528 atgcaattaaacattaaatcgatttctcattttcagtttgccgatgatacacttgttttggaaaaaaaaaaaaagtgttgggtctgtgtgagggctaagc 39530429  T
Q  803 gggttgtttagtttctttttggattgattactgacttaaaagttaatcttaataaaagcttgacggtgggagttaatgttaatgatttgtggttggtaga 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39530428 gggttgtttagtttctttttggattgattactgacttaaaagttaattttaataaaaacttgatgttgggagttaatgttaatgatttgtggttggcaga 39530329  T
Q  903 ggccacaattgttttgaattgtagaattgatcgttttctttt 944  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39530328 ggccacggttgttttgaattgtagaattggtcgttttctttt 39530287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 804 - 931
Target Start/End: Original strand, 54596894 - 54597021
Alignment:
Q  804 ggttgtttagtttctttttggattgattactgacttaaaagttaatcttaataaaagcttgacggtgggagttaatgttaatgatttgtggttggtagag 903  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |  |||||||| |||||| || | |||||||  ||||    
T  54596894 ggttgttttgtttctttttgaattgatttctgacttgaaaattaattttaataaaagcttgatgccgggagttattgttaacgactcgtggttgagagag 54596993  T
Q  904 gccacaattgttttgaattgtagaattg 931  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  54596994 gccgcaattgtttttaattgtagaattg 54597021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University