View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5379-Insertion-2 (Length: 1037)

Name: NF5379-Insertion-2
Description: NF5379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5379-Insertion-2
NF5379-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-956)||(38736834-38737774)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 837; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 837; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 38737774 - 38736834
Alignment:
Q  6 catttccatgaatcctacatgctcctaacaaagtctgccaaaccatctcatccggctcgatcggcattttatcgataaatgcaactgcttcatccaagcg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737774 catttccatgaatcctacatgctcctaacaaagtctgccaaaccatctcatccggctcaatcggcattttatcgataaatgcaactgcttcatccaagcg 38737675  T
Q  106 gccaacgcggcctaacagatcgacaacacaagcataatgttccatttctggtaccacaccataggtgccctccatttgattaaaaatttccagaccatcc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737674 gccaacgcggcctaacagatcgacaacacaagcataatgttccatttctggtaccacaccataggtgccctccatttgattaaaaatttccagaccatcc 38737575  T
Q  206 tccaccattcctccatggctacaggcgaaaaggatacataacaatgtaacagcattggctttcacagctgactgttccatctttctgaagggttgaaggg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38737574 tccaccattcctccatggctacaggcgaaaaggatacataacaatgtaacagcgttggctttcacagctgactgttccatctttctgaagagttgaaggg 38737475  T
Q  306 catcttcaacaagaccgtgttgagcataagtggatataattgcagtccaggtaacagtatccgggttagatatcctttcaaatatattctttgcctctgt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737474 catcttcaacaagaccgtgttgagcataagtggatataattgcagtccaagtaacagtatcagggttagatatcctttcaaatatattctttgcctctgt 38737375  T
Q  406 tagattgccgcatttagagtacatgtcaattagagcactttcaatgcatgactcagcatccaagctagccttgcatatcagaccatgaatttgttggcca 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38737374 tagattgccgcatttagagtacatgtcaattagagcactttcaatgcatgactcagcatccaagctagccttgcatatcagaccgtgaatttgttggcca 38737275  T
Q  506 tattctattatacaaagaccaccgcatgctgtaatcacactagaaaaagtaaaatgattcggtgcaaagccttcgttgcacatctgtgagaagatagcca 605  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737274 tattctagtaaacaaagaccaccgcatgctgtaatcacactagaaaaagtaaaatgattcggtgcaaagccttcgttgcacatctgtgagaagatagcca 38737175  T
Q  606 aggctttcccccactcagaacattgacaatatgcagtcaccatggttgtccaagatactatatctttcttttccattttatagaataccttctctccagc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737174 aggctttcccccactcagaacattgacaatatgcagtcaccatggttgtccaagatactatatctttcttttccattttatagaataccttctctccagc 38737075  T
Q  706 ttcaagagactcacatttgacatatgcatcggcaagggcattcaatacactaatttccatcgcatcgaatccacattttagagccaccccatgcgcctcc 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38737074 ttcaagagactcacatttgacatatgcatcggcaagggcattcaatacactaatttccatcgcatcgaatccacattttagagccaccccatgcgcctcc 38736975  T
Q  806 ttttaaggatttcaaacacttcaaagcagcaattgagttgaacacacaaacaaaatgtgtaaaggatctggtttgaacaatcgttttggcacattcttgt 905  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||    
T  38736974 -tttaaggatttcaaacacttcaaaccagcaattgagttgaacacac-aacaaaatgtgtaaa-gatctggtttga--catcattttggcacattcttgt 38736880  T
Q  906 gaacattttcccaaagccttcaagggtgacaaccaagcttgtgaataaccc 956  Q
    ||||||||  |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  38736879 gaacattt--ccaaag-cttcaa-ggtgacaacc-agcttgtgaataaccc 38736834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University