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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5379-Insertion-3 (Length: 1021)
Name: NF5379-Insertion-3
Description: NF5379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5379-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] chr4 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 408 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 40116973 - 40116360
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
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| T |
40116973 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
40116874 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
607 |
Q |
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|
| T |
40116873 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
40116774 |
T |
|
| Q |
608 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatca-aataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatatggtatcatctgccttttagctta |
706 |
Q |
| |
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| T |
40116773 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatcagaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatatggtatcagaggccttttagctta |
40116674 |
T |
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| Q |
707 |
acagccatacgatccttaacctgtgcannnnnnnnnncccccctttcatcatgtcttccgcaaatactaataacaatagctcttccacaaataacaacaa |
806 |
Q |
| |
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| T |
40116673 |
acagccatacgatccttaacctgtgca-ttttttttccccccctttcaccatgtcttccgcaaatactaataacaatagctcttccacaaataacaacaa |
40116575 |
T |
|
| Q |
807 |
caatggttgcagtttcatggttggaaccaacactgtaactgtcctcaatacccaacattcactt-aactcaaaagtacaaattacccagctt-gaatgtc |
904 |
Q |
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| T |
40116574 |
caatggttgcagtttcatggttggaaccaacactgtaactgtcctcaatacccaacattcacttaaactcaaaagtacaaattacccagcttggaatgtc |
40116475 |
T |
|
| Q |
905 |
caaatgaatgctctttttcattgaatatgattcttaaa-ggttcattgatggcacaaaaccgtgtcctaccccaactgatccagaattttaattactgga |
1003 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
40116474 |
caaatgaatgctc-ttttcattggatatga-tcttaaagggttcatctatggcacaaaaccgtgtcctacccaaactgatccag-attttaattactgga |
40116378 |
T |
|
| Q |
1004 |
caagacaagatcaattga |
1021 |
Q |
| |
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| T |
40116377 |
caagacaagatcaattga |
40116360 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 408 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 40094263 - 40093987
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40094263 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
40094164 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
607 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40094163 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
40094064 |
T |
|
| Q |
608 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatca-aataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatat |
683 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40094063 |
ctataaatagagaggctaataaaacttatcagaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatat |
40093987 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 39160465 - 39160154
Alignment:
| Q |
8 |
taaaaaagttaaactcaccatgaaataaacgaaggg-------gatgcaaggggcaacgctgtgtacaatttaaacaaaaaagatatcagagggaagtat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39160465 |
taaaaaagttaaactcaccatgaaataaacgaagggaaagagcgatgcaaggggcaacgctgtgtacaatttaaacaaaaaagatatcagagggaagtat |
39160366 |
T |
|
| Q |
101 |
acatcaaagacaaaatttcaaagaatttttcagaagacttgcaaaagtgaaaaatgttgaatgcttactgccacataaaaccgccatccatataaaagaa |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39160365 |
acatcaaagacaaaatttcaaagaatttttcagaagacttgcaaaagtgaaaaatgttgaatgcttactgccacataaaaccgccatccatataaaagaa |
39160266 |
T |
|
| Q |
201 |
agatttcgaagtgaaacatctgttccaagctctttgacttgatcaaccttacaaccagggcagttctcataatactttttcttcaacagtggttgttcta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39160265 |
agatttcgaagtgaaacatctgttccaagctctttggcttgatcaaccttacaaccagggcagttctcataatactttttcttcaacaatggttgttcta |
39160166 |
T |
|
| Q |
301 |
atttttcctctt |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
39160165 |
atttttcctctt |
39160154 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 408 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 26103547 - 26103275
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26103547 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
26103448 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26103447 |
tagttatttacattgatatacattttattcattgtcttatgtatagtacatgtatagat---gaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
26103351 |
T |
|
| Q |
608 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatcaa-ataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctata |
682 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26103350 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatcaacataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctata |
26103275 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 408 - 585
Target Start/End: Original strand, 6407667 - 6407844
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6407667 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggcgtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
6407766 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctt |
585 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6407767 |
tagttatttacattgatatacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctt |
6407844 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 312 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 39160074 - 39159977
Alignment:
| Q |
312 |
ttgtatattgcttgattgatgttacacggttagttgtgcaaaagtaggccatacactattatctaccattggttatgctctaaccaatgtccccatta |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39160074 |
ttgtatattgcttgattgatgttacacggttagttgtgcaaaagtaggccatacactattatctaccattggttatgctctaaccaatgtccccatta |
39159977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 611 - 682
Target Start/End: Original strand, 6407844 - 6407915
Alignment:
| Q |
611 |
taaatagagaggctaatgaaacttatcaaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctata |
682 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6407844 |
taaatagagaggctaatgaaacttatcaaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctata |
6407915 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 2605407 - 2605320
Alignment:
| Q |
201 |
agatttcgaagtgaaacatctgttccaagctctttgacttgatcaaccttacaaccagggcagttctcataatactttttcttcaaca |
288 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
2605407 |
agatttcgaaatgaaacatcagttttgagctcttttgctttgtcaactttacaaccaggacaattctcatagtactttttcttcaaca |
2605320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 408 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 19990889 - 19990613
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19990889 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
19990790 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19990789 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacactacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
19990690 |
T |
|
| Q |
608 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatc-aaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatat |
683 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19990689 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatcaaaataattcaaaaacatttcattatattctctattattctctatat |
19990613 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 408 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 19292635 - 19292371
Alignment:
| Q |
408 |
tattgagtaattacgtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgacta |
507 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
19292635 |
tattaagtaattacgtaattatcatggagtcaagcatgagatcatgcacataattacaattgattacaattattgaagattttggttttgtgtttgacta |
19292536 |
T |
|
| Q |
508 |
tagttatttacattgatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaa |
607 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | | ||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
19292535 |
tagttatttacattgatgtatattttattatttgtcttacgtacagtacatgtatagctgaagcatatcaatactctttaatatattcggtcatctctat |
19292436 |
T |
|
| Q |
608 |
ctataaatagagaggctaatgaaacttatcaa-ataattcaaaaacatttcattatattctctat |
671 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
19292435 |
ccataaatagagaggctaatgaaacttctcaatacaattcaaaatcatttcattatactctctat |
19292371 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 422 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 19298547 - 19298302
Alignment:
| Q |
422 |
gtaatcatcatggagtcaaccatgagaacatgcacataactacaattgattataattattgaagatttcagttttgtgtttgactatagttatttacatt |
521 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
19298547 |
gtaaccatcatggagtcaaccatgagatcatgcacataactacaattgattacaattattgaagattttggttttgtgtttgactatagatatttacatt |
19298448 |
T |
|
| Q |
522 |
gatgtacattttattcattgtcttatgtacagtacatgtatagatgaagaatataattgctctttaatgtattcggtcatctctaactataaatagagag |
621 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
19298447 |
gatgtatattttattaattgcctta-----ggtacatgtatagctgaagcatattaatactctttaatgtattcagtcatctctatccataaatagagag |
19298353 |
T |
|
| Q |
622 |
gctaatgaaacttatcaa-ataattcaaaaacatttcattatattctctat |
671 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
19298352 |
gctaatgaaacttctcaatacaattcaaaatcatttcattatactctctat |
19298302 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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