View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5379-Insertion-6 (Length: 770)

Name: NF5379-Insertion-6
Description: NF5379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5379-Insertion-6
NF5379-Insertion-6
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-736)||(15616639-15617361)
chr4 (8-756)||(16563164-16563906)
chr4 (507-730)||(33573957-33574180)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-756)||(37636286-37637021)
chr7 (381-756)||(10373753-10374110)
chr7 (331-380)||(10373724-10373773)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (31-756)||(36309030-36309749)
chr2 (31-756)||(5918755-5919474)
chr2 (556-599)||(13894446-13894489)
chr2 (556-599)||(14035073-14035116)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (31-756)||(16545256-16545975)
chr6 (499-756)||(17832639-17832895)
chr6 (373-455)||(17832530-17832612)
chr6 (208-276)||(17832358-17832426)
chr6 (331-380)||(17832509-17832558)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (31-756)||(22478947-22479667)
chr5 (393-455)||(16840562-16840624)
chr5 (556-599)||(33230903-33230946)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (31-756)||(35571838-35572557)
chr1 (22-162)||(818140-818284)
chr1 (635-679)||(4343976-4344020)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (369-726)||(16248712-16249062)
chr3 (208-276)||(16248545-16248613)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 15617361 - 15616639
Alignment:
Q  8 caaacaggttctgtaagatgctctattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||| ||||||    
T  15617361 caaacaggttctgtaagatgctctgttacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaacacatctacatacaggacatccttttgtatc 15617262  T
Q  108 ttagcacaaactggttcacacttgtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||    
T  15617261 ttagcacaaactggttcacacttgtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacag 15617163  T
Q  208 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaaatcacaaggcataatacataggtttatatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  15617162 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaattcataaggcataatacataagtttatatcaccatactacttgagttcttaatagagaatttctaga 15617063  T
Q  308 ggaaaatcaaaacatatagtgcgacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaa 407  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15617062 ggaaaatccaaacacatagtgcggcataatgaagatctaaacacaaaccaatcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaa 15616963  T
Q  408 agcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15616962 agcataagctaagtccaagacacatcactaaaccaattcttgagccaatttttt-----ttccaaattacggcctcatgaatagagtatgattgaatgat 15616868  T
Q  508 gcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtat 607  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15616867 gcaaatttgagccaaatcaaccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagttggcttaaacatcattaagttacaacacattgtat 15616768  T
Q  608 gaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15616767 gaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagt 15616668  T
Q  708 ctccgcaataacattaacagcctcagcta 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15616667 ctccgcaataacattaacagcctcagcta 15616639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 16563906 - 16563164
Alignment:
Q  8 caaacaggttctgtaagatgctctattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatc 107  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||   ||| ||| || | |    
T  16563906 caaacaagttctgtaagatgctttattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacaaatctacatacagtacatccttttgcagc 16563807  T
Q  108 ttagcacaaactggttcacacttgtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatag 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||| ||    
T  16563806 ttagcacaaactagttcacacttgtctgccagacacaatagtttccattaccatttaataatttaaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacag 16563708  T
Q  208 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||     
T  16563707 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaattcacaaggcataatagataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacggaatttataa 16563608  T
Q  307 aggaaaatcaaaacatatagtgcgacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaa 406  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  16563607 aggaaaatcctaacacatagtgcgacataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaa 16563508  T
Q  407 aagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatga 506  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  16563507 aagcataagctaagtccaagacacatcactaagccaattcttgagccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatga 16563413  T
Q  507 tgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgta 606  Q
    || ||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16563412 tgtaaaatttagccaaatcaaccttctttcctcaaaaccccacagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgta 16563313  T
Q  607 tgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16563312 tgaaactctaaatcagaagtaactgcctcaatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaag 16563213  T
Q  707 tctccgcaataacattaacagcctcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  16563212 tctccgcaataacattaacagcctcagctattgacgtt-gaaggagtagc 16563164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 507 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 33574180 - 33573957
Alignment:
Q  507 tgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgta 606  Q
    ||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| || ||| ||    
T  33574180 tgcaaatttgagctaagtcaaccttttttcctcaaaaactcgtagcgatacaaacatctcccttgctggcttaaacatcattagttgacagcatatttta 33574081  T
Q  607 tgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaag 706  Q
    | ||| |||  ||||   |||||| |  ||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||    
T  33574080 taaaattcttgatcacgggtaacttcatccatgttttgaatctcaccaatcacttcacaaataggtgcattagttatggcctcatttcgtgacttacaag 33573981  T
Q  707 tctccgcaataacattaacagcct 730  Q
    | |  ||||| |||||||||||||    
T  33573980 tttttgcaatcacattaacagcct 33573957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 37637021 - 37636286
Alignment:
Q  8 caaacaggttctgtaagatgctctattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatc 107  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||   ||| ||| || | |    
T  37637021 caaacaagttctgtaagatgctttattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacacatctacatacagtacatccttttgcagc 37636922  T
Q  108 ttagcacaaactggttcacacttgtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatag 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||        || ||    
T  37636921 ttagcacaaactagttcacacttgtctgccagacacaataatttccattaccatttaataatataaccaataagtcatataaaaaat--------aacag 37636830  T
Q  208 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | | ||||| ||     
T  37636829 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacgaaatttataa 37636730  T
Q  307 aggaaaatcaaaacatatagtgcgacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaa 406  Q
    ||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  37636729 agggaaatcctaacacatagtgcgacataatgaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaa 37636630  T
Q  407 aagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatga 506  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  37636629 aagcataagctaagtccaagacacatcactaagccaattcttgagccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatga 37636535  T
Q  507 tgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgta 606  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37636534 tgcaaatttgagccaaatcaaccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgta 37636435  T
Q  607 tgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37636434 tgaaactctaaatcagaagtaactgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaag 37636335  T
Q  707 tctccgcaataacattaacagcctcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  37636334 tctccgcaatatcattaacagcctcagctattgacgtt-gaaggagtagc 37636286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 381 - 756
Target Start/End: Original strand, 10373753 - 10374110
Alignment:
Q  381 caaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggc 480  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||                 |||| | |    
T  10373753 caaccaaatacataaactaagtccgaaagcataaactaagtccaagggacatcactaagccaattcttgagccaa-----------------attaagac 10373835  T
Q  481 ctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaa 580  Q
     |||| || | |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373836 ttcataaacatagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcagccttctttcctcaaaaccccgcaatgatacaaacatctccctagctggcttaa 10373935  T
Q  581 acatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattact 680  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10373936 acaacattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaactgcatccatggtttgaatctaagccatcacttaaccaatagatgcattact 10374035  T
Q  681 tatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcctcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  10374036 tatagcctcattccgcgacttgcaagtctctgcaatcacattaacagcctcaactattgaagtt-gaaggagtagc 10374110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 380
Target Start/End: Original strand, 10373724 - 10373773
Alignment:
Q  331 acataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaag 380  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  10373724 acataatgaagatctcaacacaaattaaacaaccaaatacataaactaag 10373773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 36309749 - 36309030
Alignment:
Q  31 tattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatcttagcacaaactggttcacactt 130  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||| ||| || | ||||||||||||| || |||||||    
T  36309749 tattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacacatctacataaagtacatccttttgcagcttagcacaaactagtacacactt 36309650  T
Q  131 gtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatagaggcaaccatgtaacaaattcac 230  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  36309649 gcctgccagacacaatagtttccattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacagagacaaccatgtaacaaattcac 36309551  T
Q  231 ttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctagaggaaaatcaaaacatatagtgc 329  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || ||| |||||  |||| |||||||    
T  36309550 ttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacggaatttataaagggaaatcctaacacatagtgc 36309451  T
Q  330 gacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 429  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36309450 gacataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 36309351  T
Q  430 cgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatcc 529  Q
    | |||| |||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36309350 catcactaagccaattcttgagccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcaacc 36309256  T
Q  530 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36309255 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 36309156  T
Q  630 tgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36309155 tgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 36309056  T
Q  730 tcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  36309055 tcagctattgacgtt-gaaggagtagc 36309030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 756
Target Start/End: Original strand, 5918755 - 5919474
Alignment:
Q  31 tattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatcttagcacaaactggttcacactt 130  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||| ||| || | ||||||||||||| || |||||||    
T  5918755 tattacctgacacagatgataattttgttgtagtctcaatcttcaacacatctacataaagtacatccttttgcagcttagcacaaactagtacacactt 5918854  T
Q  131 gtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatagaggcaaccatgtaacaaattcac 230  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5918855 gcctgccagacacaatagtttccattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacagaggcaaccatgtaacaaattcac 5918953  T
Q  231 ttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctagaggaaaatcaaaacatatagtgc 329  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||   ||| |||||||    
T  5918954 ttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacggaatttataaaggaaaatcctcacacatagtgc 5919053  T
Q  330 gacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 429  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5919054 gatataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagacg 5919153  T
Q  430 cgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatcc 529  Q
    | |||| |||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5919154 catcactaagccaattcttgagccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcaacc 5919248  T
Q  530 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5919249 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 5919348  T
Q  630 tgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5919349 tgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 5919448  T
Q  730 tcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5919449 tcagctattgacgtt-gaaggagtagc 5919474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 13894489 - 13894446
Alignment:
Q  556 acaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaaca 599  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  13894489 acaaacatctccctagctggcttgaacatcattagttgacaaca 13894446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 14035116 - 14035073
Alignment:
Q  556 acaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaaca 599  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  14035116 acaaacatctccctagctggcttgaacatcattagttgacaaca 14035073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 16545975 - 16545256
Alignment:
Q  31 tattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatcttagcacaaactggttcacactt 130  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||| ||| || | ||||||||||||| || |||||||    
T  16545975 tattacctgacacagataataattttgttgtagtcccaatcttcaacacatctacataaagtacatccttttgcagcttagcacaaactagtacacactt 16545876  T
Q  131 gtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatagaggcaaccatgtaacaaattcac 230  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16545875 gtctgccagacataatagtttccattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacagaggcaaccatgtaacaaattcac 16545777  T
Q  231 ttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctagaggaaaatcaaaacatatagtgc 329  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || ||| |||||  |||| |||||||    
T  16545776 ttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacggaatttataaagggaaatcctaacacatagtgc 16545677  T
Q  330 gacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 429  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16545676 gacataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 16545577  T
Q  430 cgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatcc 529  Q
    | |||| |||||||||||||  ||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16545576 catcactaagccaattcttgtcccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcaacc 16545482  T
Q  530 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16545481 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 16545382  T
Q  630 tgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16545381 tgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 16545282  T
Q  730 tcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  16545281 tcagctattgacgtt-gaaggagtagc 16545256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 499 - 756
Target Start/End: Original strand, 17832639 - 17832895
Alignment:
Q  499 ttgaatgatgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaac 598  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17832639 ttgaatgatgcaaatttgagccaagtcatccttctttcctcaaaaccccgcaatgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaac 17832738  T
Q  599 acattgtatgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtga 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17832739 acattgtatgaaactctaaatcagaagtaactgcatccatggtttgaatctcagccatcacttcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcga 17832838  T
Q  699 cttgcaagtctccgcaataacattaacagcctcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  17832839 cttgcaagtctccgcaatcacattaacagcctcagctattgaagtt-gaaggagtagc 17832895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 373 - 455
Target Start/End: Original strand, 17832530 - 17832612
Alignment:
Q  373 aaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaa 455  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||    
T  17832530 aaactaaacaacccaatacataaactaagtccgaaagcataaactaagtccaagggacatcactaagccaattcttgagccaa 17832612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 208 - 276
Target Start/End: Original strand, 17832358 - 17832426
Alignment:
Q  208 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaaatcacaaggcataatacataggtttatatcatcata 276  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17832358 aggcaaccatgtaagaaattcacttcattcaaattccaaagacataatacataggttcatatcaccata 17832426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 331 - 380
Target Start/End: Original strand, 17832509 - 17832558
Alignment:
Q  331 acataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaag 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  17832509 acataatgaagatctaaacacaaactaaacaacccaatacataaactaag 17832558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 22479667 - 22478947
Alignment:
Q  31 tattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatcttagcacaaactggttcacactt 130  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||| ||| || | ||||||||||||| || |||||||    
T  22479667 tattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacacatctacataaagtacatccttttgcagcttagcacaaactagtacacactt 22479568  T
Q  131 gtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatagaggcaaccatgtaacaaattcac 230  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22479567 gcctgccagacacaatagtttccattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacagagacaaccatgtaacaaattcac 22479469  T
Q  231 ttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctagaggaaaatcaaaacatatagtgc 329  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| || ||| |||||  |||| |||||||    
T  22479468 ttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatactacttgagttcttaatacggaatttataaagggaaatcctaacacatagtgc 22479369  T
Q  330 gacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 429  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22479368 gacataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 22479269  T
Q  430 cgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatcc 529  Q
    | |||| |||||||||||||  ||||            ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22479268 catcactaagccaattcttgtcccaatttttttc----tccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcaacc 22479173  T
Q  530 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22479172 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 22479073  T
Q  630 tgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22479072 tgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 22478973  T
Q  730 tcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22478972 tcagctattgacgtt-gaaggagtagc 22478947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16840624 - 16840562
Alignment:
Q  393 taaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaa 455  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||    
T  16840624 taaactaagtttaaaagcataatctaagtccaagagacatcactaagctaattcttgagccaa 16840562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 33230946 - 33230903
Alignment:
Q  556 acaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaaca 599  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  33230946 acaaacatctccctagctggcttgaacatcattagttgacaaca 33230903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 756
Target Start/End: Original strand, 35571838 - 35572557
Alignment:
Q  31 tattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgtatcttagcacaaactggttcacactt 130  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||| ||| || | ||||||||||||| || |||||||    
T  35571838 tattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacacatctacataaagtacatccttttgcagcttagcacaaactagtacacactt 35571937  T
Q  131 gtctgccagagacaatagtttctattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatatnnnnnnntaatagaggcaaccatgtaacaaattcac 230  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  35571938 gcctgccagacacaatagtttccattaccatttaataatataaccaataagtcataagacatataaaaaa-taacagagacaaccatgtaacaaattcac 35572036  T
Q  231 ttcattcaaaatcacaaggcataatacataggttt-atatcatcatactacttgagttcttaaaagggaatttctagaggaaaatcaaaacatatagtgc 329  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||| || ||| |||||  |||| |||||||    
T  35572037 ttcattcaaattcacaaggcataatacataggttttatatcaccatattacttgagttcttaatacggaatttataaagggaaatcctaacacatagtgc 35572136  T
Q  330 gacataatgaagatctaaacacaaaccaagcaaccaaatacataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 429  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35572137 gacataataaagatctaaacacaaactaagcaaccaaatacataaactaagaaaccaaatacataaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagaca 35572236  T
Q  430 cgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnncttccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatcc 529  Q
    | |||| |||||||||||||  ||||           |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35572237 catcactaagccaattcttgtcccaatttttt-----ttccaaatcacggcctcatgaatagagtagggttgaatgatgcaaatttgagccaaatcaacc 35572331  T
Q  530 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35572332 ttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccctagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaac 35572431  T
Q  630 tgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35572432 tgcctccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattacttatagcctcattccgcgacttgcaagtctccgcaataacattaacagcc 35572531  T
Q  730 tcagctattgatgttggaaggagtagc 756  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  35572532 tcagctattgacgtt-gaaggagtagc 35572557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 818284 - 818140
Alignment:
Q  22 aagatgctctattacttgacacaggtgataattttgttgtagtcacaatcttcaaaacatctacatacatggcattcttctgta----tcttagcacaaa 117  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||   |||  |||||||     |||||||||||    
T  818284 aagatgctatattacctgacacagatgataattttgttgtagtcccaatcttcaacccatctacatacagcacatcgttctgtagtccacttagcacaaa 818185  T
Q  118 ctggttcacacttgtctgccagagacaatagtttctattaccatt 162  Q
    | |||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  818184 caggttcgtacttgtctgcaagagacaatagtttccattaccatt 818140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 635 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 4344020 - 4343976
Alignment:
Q  635 ccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaatagatgcattac 679  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4344020 ccatggtgtgaagctcagccatcacttcaccaatagatgcattac 4343976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 369 - 726
Target Start/End: Original strand, 16248712 - 16249062
Alignment:
Q  369 acataaactaagcaaccaaatacgtaaactaagtccaaaagcataagctaagtccaagacacgtcaccaagccaattcttgagccaannnnnnnnnnctt 468  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||                 
T  16248712 acataaactaagcaatcaaatacataaattaagtccaaaagcataagctaagtccaagagacatcactaagccaattcttgatccaatttgag------- 16248804  T
Q  469 ccaaattacggcctcatgaatagagtacgattgaatgatgcaaatttgagccaaatcatccttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccc 568  Q
    | ||| |||    |||||||||  ||  | ||||| | |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16248805 ctaaaatacattttcatgaataaggttgggttgaaagctgcaaatttgagccaaattaatcttctttcctcaaaaccccgcagtgatacaaacatctccc 16248904  T
Q  569 tagctggcttaaacatcattaggttacaacacattgtatgaaactctaaatcagaagtaactgcccccatggtttgaatctcagccatcacctcaccaat 668  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||    
T  16248905 tagttggcttaaacatcattaggttacaacacatggtatgaagttctaaatcagaagtaactgcatccatggtctaaatctcaaccatcacttcaccaat 16249004  T
Q  669 agatgcattacttatagcctcattccgtgacttgcaagtctccgcaataacattaaca 726  Q
    | |||||||||||||  ||||||| || ||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  16249005 atatgcattacttatgacctcatttcgcgactgacaagtctctgcaatcacattaaca 16249062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 208 - 276
Target Start/End: Original strand, 16248545 - 16248613
Alignment:
Q  208 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaaatcacaaggcataatacataggtttatatcatcata 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16248545 aggcaaccatgtaacaaattcacttcattcaaattccaaaggcataataaataggtttatatcaccata 16248613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University