View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5383-Insertion-2 (Length: 994)

Name: NF5383-Insertion-2
Description: NF5383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5383-Insertion-2
NF5383-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-987)||(27802088-27803073)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 839; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 987
Target Start/End: Original strand, 27802088 - 27803073
Alignment:
Q  7 aaaactctgctgacaaatttaaatccacaaaatttaaatcgcgatattcattaggaggaatcaagttacctaccaaacattcgtatcatgttggcataca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27802088 aaaactctgctgacaaatttaaatccacaaaatttaaatcgcgatattcattaggaggaatcaagttacctaccaaacattcgtatcatgttgtcataca 27802187  T
Q  107 atggtgtgagtgtgtctttaannnnnnnn-ggtaaagtaatgtatctttaagcgcaaacatccaatgatcgaacctagatcaaattaagagatcaaaata 205  Q
    |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27802188 atggtgtgagtgtgtctttaatttttttttggtaaagtaatgtatctttaagcgcaaacatccaatgatcgaacctagatcaaattaagagatcaaaata 27802287  T
Q  206 tatgcagcttgtgtaactgtgttaacaaaacattatttgtgtagtctttgtaatagcggttagagttactaaattactcttgtcaaggnnnnnnnnnnnn 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||                 
T  27802288 tatgcagcttgtgtaactgtgttaacaaaacattatttgtgtagtctttgtaatagcggttagagttactacattactcttgtcaagttttttttttttt 27802387  T
Q  306 atcttattacataaatataaagggaaagaaattgaattgagagggacatggtagtacaattgtaaaaatatccctaattatactaattacgaaccatttt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27802388 atcttattacataaatataaagggaaagaaattgaattgagagggacatggtagtacaattgtaaaaatatccctaattatactaattacgaaccatttt 27802487  T
Q  406 aaagttattgatgggtttatgatgtgtgataatggaacaattgcatgaaaattaaactcaccttccataaatctcttatttatttacatttttatacaaa 505  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27802488 aaagttattgatgggtttgtgacgtgtgataatggaacaattgcatgaaaattaaactcaccttccataaatctcttatttatttacatttttatgcaaa 27802587  T
Q  506 atttaccttaatcaatacgcatagttgcaaggctgaaacacatcaaaaaactgtttatcagtgcgtacattgcaggannnnnnnacatgtttattgttcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  27802588 atttaccttaatcaatacgcatagttgcaaggctgaaacacatcaaaaaactgtttatcagtgcgtacattgcaggagggggggacatgtttattgttcc 27802687  T
Q  606 ttcttttctctaaatatgatgagaaattatatggctactaccaggtccgatgaaggtgttattccttctggatgttgtacaagctccattcaataccttc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27802688 ttcttttctctaaatatgatgagaaattatatggctactaccaggtccgatgaaggtgttattccttctggatgttgtacaagctccattcaataccttc 27802787  T
Q  706 tgaacacgcagatgaaagacgtagctttcaaacatcaccttacccgacgacacgaaaattttattgttaatatgttttccattcactctgtttcttcctt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27802788 tgaacacgcagatgaaagacgtagctttcaaacatcaccttacccgacgacacgaaaatttgattgttaatatgttttccattcactctgtttcttcctt 27802887  T
Q  806 caggtggactaattttcatttctgtataaagaaaaaagaatagcaggcataaggaaactaaaactgatttgcattttc-aaacagtcag---caaatata 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||    
T  27802888 caggtggactaattttcatttctgtataaagaaaaaagaatagcaggcataaggaaaccaaaactgatttgcattttcaaaacagtcagagaaaaatata 27802987  T
Q  902 ggaggaattacatcgatagagccaatgaaatgcataccttcgtttgtaattttacatttaaggggagtttctgtttcagcatcaca 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27802988 ggaggaattacatcgatagagccaatgaaatgcataccttcgtttgtaattttacatttaaggggagtttctgtttcagcatcaca 27803073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University