View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5384-Insertion-3 (Length: 556)

Name: NF5384-Insertion-3
Description: NF5384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5384-Insertion-3
NF5384-Insertion-3
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (8-382)||(5482164-5482538)
chr2 (25-554)||(5496023-5496552)
chr2 (107-554)||(5490320-5490767)
chr2 (114-554)||(5467570-5468010)
chr2 (141-426)||(5485384-5485669)
chr2 (109-435)||(5501139-5501462)
chr2 (21-537)||(5477112-5477625)
chr2 (21-56)||(5467477-5467512)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 382
Target Start/End: Original strand, 5482164 - 5482538
Alignment:
Q  8 taaatttgggtagtaatcaactaactgggaaattgcctcattctttagggcaatttaacagtttgctctttcttgatcttccaaacaactctgtcaattc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5482164 taaatttgggtagtaatcaactaactgggaaattgcctcattctttagggcaatttaacagtttgttctttcttgatctttcaaacaactctgtcaattc 5482263  T
Q  108 acactcaggtatctcaggtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5482264 acactcaggtatctcaggtcatataccaacctctataggaaacttatcaaatctaaatcatctgagcttggagaataacatgatgactggtataattcct 5482363  T
Q  208 gaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacc 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5482364 gaatgtatcagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacc 5482463  T
Q  308 tagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccacctttta 382  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5482464 tagtgagtttaactctgtcataaaaaaacaacacatttgcattgaaattgacaaatgactgggttccacctttta 5482538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 25 - 554
Target Start/End: Original strand, 5496023 - 5496552
Alignment:
Q  25 caactaactgggaaattgcctcattctttagggcaatttaacagtttgctctttcttgatcttccaaacaactctgtcaattcacactcaggtatctcag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || | || |    |||||  |  |||  ||| | || ||||||||||||||| ||||||    
T  5496023 caactaactgggaaattgcctcattctttagggaagtttaccaatctgtttaggcttgacatatcaagaaacacagtaaattcacactcaggtgtctcag 5496122  T
Q  125 gtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcctgaatgtataagtcaact 224  Q
    |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||  || |||   ||| ||    || | ||||| ||| | |||||||||| ||||  |||||||    
T  5496123 gtccaataccaacatctataggaaacttatcaaatctacgttctctttacttggaaggcaacatgatgaatggaacaattcctgaaagtattggtcaact 5496222  T
Q  225 taccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtgagtttaactatg 324  Q
     ||||| |||| ||  ||| | |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  || ||    
T  5496223 aaccaaattgttttccctacacctacttgagaatgattggaaaggtataatgacaaatattcattttcataatcttacaaacctagtcagtttctctgtg 5496322  T
Q  325 tcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatacatgattgtcaagttggcc 424  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||| | |||||||||| |||| |    
T  5496323 tcatctaaaaagagcacacttgctttgaaagtgacaaataactgggttccaccttttaaggatttgcaatatgttgaaattcgtgattgtcaaattggtc 5496422  T
Q  425 cagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagataccccactggctttacaatat 524  Q
    |   ||||||| | ||||| ||||||| ||    |||||    |||| |||||||||||||||||||||  |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5496423 cgatatttcctaattggcttagaaaccaaatccccttgacggagataatcctaaaaaatgttggaatttttggggagataccccattggctttacaatat 5496522  T
Q  525 gtcctcccaaattagcaatctagatctttc 554  Q
    |||||||||||||   || |||||||||||    
T  5496523 gtcctcccaaattcagaacctagatctttc 5496552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 107 - 554
Target Start/End: Original strand, 5490320 - 5490767
Alignment:
Q  107 cacactcaggtatctcaggtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcc 206  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||    || | | ||| ||| | ||||||    
T  5490320 cacactcaggtgtctcaggtcctataccagcatctataggaaacttatcaaatttgaattctctgagcttggaaggcaacatgttgaatgggacaattcc 5490419  T
Q  207 tgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaac 306  Q
    |||| ||||  ||||||| ||  |||||| || ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5490420 tgaaagtatcggtcaactaacagatttgttttctctaaacttacttgacaattattgggaaggtataatgacaaatattcattttcataatctctcaaac 5490519  T
Q  307 ctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatac 406  Q
    |||   |||||| || ||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||| |    
T  5490520 ctacgtagtttatctgtgtcatctaaaaagaatacacttgctttgaaagtgacaaatgactgggttccagcttttaagaatttgtcttatgtcgaaattc 5490619  T
Q  407 atgattgtcaagttggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagatacc 506  Q
     ||||||| ||||||| ||  | |||||| | ||||| | ||||| |    | || | |   ||| ||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||    
T  5490620 gtgattgtaaagttggtccgacctttcctaattggctcacaaaccaagtccagttaaatgacataatcctagaaaatgctggaatttccggtgagatacc 5490719  T
Q  507 ccactggctttacaatatgtcctcccaaattagcaatctagatctttc 554  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| |||| | | ||||||||||||    
T  5490720 ccattggctttacaatatatcctcccgaattggaattctagatctttc 5490767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 114 - 554
Target Start/End: Original strand, 5467570 - 5468010
Alignment:
Q  114 aggtatctcaggtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaat-aataggatgactggtataattcctgaatg 212  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | | | ||   || |||||  || | ||||| ||| | |||||||||| |    
T  5467570 aggtatctcgggtcctataccagcatctataggaaatttatcaaatctagaatttttgtattt-gagaaacaacatgatgaatgggacaattcctgaaag 5467668  T
Q  213 tataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtg 312  Q
     ||  || |||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |     
T  5467669 cattggtaaactaaccaatttgtattttctagacctacttgagaatcattgggaaggtactatgacaaatattcatttccacaatctcacaaacctactc 5467768  T
Q  313 agtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatacatgatt 412  Q
    |||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    |||| |||||   | |||    
T  5467769 agtttatctgtgtcatctaaacaaaactcatttgctttgaaagtgacaaatgactgggttccaacttttaagggtttgtaccatgttgaaatttgtaatt 5467868  T
Q  413 gtcaagttggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagataccccactg 512  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || |||  | ||||| |   ||||||||| ||| || ||||||||| || |||||||| |||||    
T  5467869 gtcaagttggcccagcatttcctaactggtttagagacttaaattccttgactgatatattcctagaaagtgctggaatttctgaggagatacctcactg 5467968  T
Q  513 gctttacaatatgtcctcccaaattagcaatctagatctttc 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  5467969 gctttacaatatgtcctcccaaatttcgaatctagatctttc 5468010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 141 - 426
Target Start/End: Original strand, 5485384 - 5485669
Alignment:
Q  141 tataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattat 240  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||    || | ||||| ||| |||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||| |    
T  5485384 tataggaaacttatcaaatctatattctctgaacttggaaggcaacatgatgaatgggataattcctgaaagtattggtcaactaaccaatttgaattct 5485483  T
Q  241 ctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataaca 340  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||   |||     
T  5485484 ctaaacctacttgacaattattgggaaggtacaatgacaaatactcatttcaataatctcacaaacctaattagtttatctatttcatctaaactaaact 5485583  T
Q  341 catttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatacatgattgtcaagttggccca 426  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  | |||| || || | || ||||||||||||||||    
T  5485584 catttgctttgaaagtgacaaatgattgggttccaccttttaagaatttgtttcatgttgatattcgtggttgtcaagttggccca 5485669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 109 - 435
Target Start/End: Original strand, 5501139 - 5501462
Alignment:
Q  109 cactcaggtatctcaggtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcctg 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |   |||| ||| ||    || | ||||| ||| | |||||| |    
T  5501139 cactcaggtatctcaggtcctataccagcatctataggaaacttatcaaaactaggtgccctgaacttggaaggcaacatgatgaatgggacaattccag 5501238  T
Q  209 aatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacct 308  Q
    || ||||  ||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| ||    
T  5501239 aaagtattggtcaactaaccaatttgtattctctacacctacttggtaattattgggaaggtataatgacaaatattcatttcaat---ctcacaaagct 5501335  T
Q  309 agtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatacat 408  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||| ||     
T  5501336 agtcagtttcactgtgtcatctaaaaataacaaactttctttgaaagtgacaaatgattgggttcccccttttaagtatttgagtcgtatcgaaattcac 5501435  T
Q  409 gattgtcaagttggcccagcatttcct 435  Q
      |||| | ||||||||||||||||||    
T  5501436 agttgtaatgttggcccagcatttcct 5501462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 537
Target Start/End: Original strand, 5477112 - 5477625
Alignment:
Q  21 taatcaactaactgggaaattgcctcattctttagggcaatttaacagtttgctctttcttgatcttccaaacaactctgtcaattcacactcaggtatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||| | | ||||||| |  |||  ||| | || || |||||| |    |||    
T  5477112 taatcaactaactgggaaattgcctcattcattagggaaatttactagtttgttttatcttgatttgtcaacaaacccggtgaactcacacacg---atc 5477208  T
Q  121 tcaggtcatataccagcctctataggaaacttatcaaatctaaattatctgagcttagagaataataggatgactggtataattcctgaatgtataagtc 220  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||   ||||||||   | || || || | | ||| ||| | |||||| ||| | ||  ||     
T  5477209 tcaggtcctataccaacatctataggaaacttatcaaatcttgtttatctgaatgtggacaacaacaagttgaatgggaaaattccggaaagcattggta 5477308  T
Q  221 aacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtgagtttaac 320  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| | ||||  |||||||||||||| |||| | | |||||  | |||||  |||||||||||||||| ||   |||| |    
T  5477309 aactaaccaatttgcattctctacacctacgcgagaattattgggaaggtacacttacaaacttacatttccataatctcacaaacctggtatatttatc 5477408  T
Q  321 tatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatacatgattgtcaagtt 420  Q
    | ||||||||||||| ||  || || |||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||   | || | |||||   || |||| | |||    
T  5477409 tgtgtcatctaaaaaaaattcactttctttcaaagtgacgaatgattgggttccaccttttaagaatttatttcatcttgaaatcagtggttgtgatgtt 5477508  T
Q  421 ggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagataccccactggctttaca 520  Q
    || ||| |||||||| ||||||| ||| | ||||  | ||||| |   ||| |||||||||||| ||||||||| |     |||||||| ||||||||||    
T  5477509 ggtccaacatttcctaactggcttagagagctaaattccttgaatgacataatcctaaaaaatgctggaatttctgggataataccccattggctttaca 5477608  T
Q  521 atatgtcctcccaaatt 537  Q
    |||||||||||||||||    
T  5477609 atatgtcctcccaaatt 5477625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 56
Target Start/End: Original strand, 5467477 - 5467512
Alignment:
Q  21 taatcaactaactgggaaattgcctcattctttagg 56  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5467477 taatcaactaactgggaaattgcctcattcattagg 5467512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University