View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5385-Insertion-2 (Length: 934)

Name: NF5385-Insertion-2
Description: NF5385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5385-Insertion-2
NF5385-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-928)||(43909050-43909979)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 928
Target Start/End: Original strand, 43909050 - 43909979
Alignment:
Q  8 cttagtacctgaaatgatgaggacaacaaccacagggcatgtgcatcctagtctaccagattatgaggacttgtcggatcgtctagcatctctcagaaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43909050 cttagtacctgaaatgatgaggacaacaaccacagggcatgtgcatcctagtctaccagattatgaggacttgtcggatcgtctagcatctctcagaaga 43909149  T
Q  108 acataatgccctatgatattttttgtaaatttggattggatatttcttatgtttgttcattctccatatgggtactgtatagactctattgctatgtttg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  43909150 acataatgccctatgatattttttgtaactttggattggatatttcttatgtttgttaattctccatatgggtgctgtatagactctattggtatgtttg 43909249  T
Q  208 tattttaagatttgaatcaggatatatgataaattgatcgtctagactatag-ttttgacccaattagtcagtacaattttttataaggcatttcagttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43909250 tattttaagatttgaatcaggatatatgataaattgatcgtctagactatagtttttgacccaattagtcagtacaattttttataaggcatttcagttg 43909349  T
Q  307 ttatcttatgtgttgtagtccaatgtaagtaatcaattcttcattcttacatacatcagttatctaacatttccctttacaattttataaatagcaaatg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43909350 ttatcttatgtgttgtagtccaatgtaagtaatcaattcttcattcttacatacatcagttatctaacatttccctttacaattttataaatagcaaatg 43909449  T
Q  407 ctctcaaacctttatatacaaacatggttgtctgtaagattttgacatgatacaatcaccatgctaatttcaacaaaatgcaattttgtaatattttagc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43909450 ctctcaaacctttatatacaaacatggttgtctgtaagattttgacatgatacaatcaccatgctaatttcaac-aaatgcaattttgtaatattttagc 43909548  T
Q  507 aattcaaatacaagattggtttatgatgttgattagcccagtccacttaatggaataaaatttgattgttgttgtataatttaaatggactgagttcaaa 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  43909549 aattcaaatacaagattggtttatgatgttgattagcccagtccacttaaaggaataaaacttgattgttgttgtataatttaaatggac-gaattcaaa 43909647  T
Q  607 ttcatgattagtatatgattgaaaatcttg-------------taatgagagaattagagtggtgcaccatcaagtatcacaaaattagaaaagatggac 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43909648 ttcatgattagtatatgattgaaaatcttgcaataattaattttaatgagagaattagagtggtgcaccatcaagtatcacaaaattagaaaagatggac 43909747  T
Q  694 caagaccaactctatctttccaagttctttttgtttgaaaacttgatatttgactcgaattttttcaagttatgttatgggatcatccttttttgtcccg 793  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  43909748 caagaccaactctatctttccaagttctttttgtttgaaaacttgatatttgactcgaattttttcaagttatgttatgggatcctcc-tttttgtcccg 43909846  T
Q  794 aatcatgttatgtaatttatacctcttaaaatggagatgagatttgaactttgaattcttacatacattttaagagtttagtctcttatgctagaccaac 893  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       
T  43909847 aatcatgttatgtaattcgtacctcttaaaat-gagatgagatttgaactttgaattcttacatacattttaagagtttagtctcttctgctagacccga 43909945  T
Q  894 cttcatcatttatacgaagtatttttacttcactt 928  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43909946 cctcatcatttatacgaagta-ttttacttcactt 43909979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University