View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5385_high_3 (Length: 403)

Name: NF5385_high_3
Description: NF5385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5385_high_3
NF5385_high_3
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-336)||(16656412-16656748)
chr2 (114-321)||(12244329-12244536)
chr2 (126-281)||(43626329-43626484)
chr2 (114-321)||(12235767-12235974)
chr2 (192-322)||(12257918-12258048)
chr2 (114-322)||(14705431-14705639)
chr2 (126-334)||(16661004-16661212)
chr2 (195-321)||(7543246-7543372)
chr2 (195-280)||(12000343-12000428)
chr2 (353-388)||(16656749-16656784)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (112-331)||(4677464-4677683)
chr1 (129-293)||(15596056-15596220)
chr1 (113-286)||(34465173-34465346)
[»] chr7 (30 HSPs)
chr7 (114-292)||(1302309-1302487)
chr7 (114-302)||(7876760-7876948)
chr7 (114-301)||(8647690-8647877)
chr7 (114-292)||(8660242-8660420)
chr7 (114-331)||(8668424-8668641)
chr7 (114-321)||(6790379-6790586)
chr7 (114-321)||(13332076-13332283)
chr7 (114-286)||(3148375-3148547)
chr7 (117-329)||(8630189-8630401)
chr7 (123-321)||(10492936-10493134)
chr7 (135-321)||(8602703-8602889)
chr7 (126-330)||(8584474-8584678)
chr7 (129-292)||(8610662-8610825)
chr7 (117-268)||(8655371-8655522)
chr7 (191-302)||(8591386-8591497)
chr7 (195-302)||(8582651-8582758)
chr7 (186-321)||(17261361-17261496)
chr7 (183-322)||(27829340-27829479)
chr7 (192-302)||(8635503-8635613)
chr7 (195-292)||(8572588-8572685)
chr7 (195-290)||(8546675-8546770)
chr7 (204-288)||(8104067-8104151)
chr7 (129-321)||(17269069-17269261)
chr7 (192-302)||(29576993-29577103)
chr7 (192-321)||(8538773-8538902)
chr7 (192-321)||(29581169-29581298)
chr7 (189-292)||(8577287-8577390)
chr7 (253-302)||(8382295-8382344)
chr7 (204-288)||(8016309-8016393)
chr7 (222-292)||(8568836-8568906)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (114-331)||(9322990-9323207)
chr4 (114-331)||(9377469-9377686)
chr4 (114-331)||(9334962-9335178)
chr4 (129-292)||(35133452-35133615)
chr4 (113-331)||(30776076-30776294)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (112-321)||(42554111-42554320)
chr5 (115-331)||(28220906-28221122)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (123-321)||(43745793-43745988)
chr8 (201-301)||(12529857-12529957)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (241-331)||(28911273-28911363)
chr6 (207-278)||(11159652-11159723)
chr6 (190-248)||(11198234-11198292)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 16656412 - 16656748
Alignment:
Q  1 gttttatttttcgaaatgacaaatgcattctagttattatttgatctatgctcttattttaagaaatgannnnnnnnnnnn-gttttagttgaaagatta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             | ||||||||||||||||    
T  16656412 gttttatttttcgaaatgacaaatgcattctagttattatttgatctatgctcttattttaagaaatgatttttgtttttttggtttagttgaaagatta 16656511  T
Q  100 tggcnnnnnnncatgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcat 199  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||    
T  16656512 tggcaaaaaaacatgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttgctgtgtggatggaccgtcacaacagagcagagatcat 16656611  T
Q  200 acacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaac 299  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16656612 acacaatgaccagggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagttgccgctaac 16656711  T
Q  300 ccacaaaacaccatctttggtatgtttctattctcga 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16656712 ccacaaaacaccatctttggtatgtttctattctcga 16656748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 321
Target Start/End: Original strand, 12244329 - 12244536
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || |||  |||||| ||     | || || ||||| ||||| || || |    
T  12244329 gaaggacgtgccgtgggaatagaccttggtacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaggaacaacactctcgtgttgaaatcattcacaacgatcagg 12244428  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||||||  |    
T  12244429 gcaacagaacaacaccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaagctgctgctaactctcaaaacactgt 12244528  T
Q  314 ctttggta 321  Q
    ||||||||    
T  12244529 ctttggta 12244536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 126 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 43626484 - 43626329
Alignment:
Q  126 gtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| | ||  |  | |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  43626484 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacagaacta 43626385  T
Q  226 caccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaag 281  Q
    |||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  43626384 caccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaag 43626329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 114 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 12235974 - 12235767
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||  || |||  |||||| ||     |||| |||||||| ||||| || ||||    
T  12235974 gaaggacttgctgtggggatagaccttggtacaacatattcatgtgttgcagtatggcaggaacagcactctcgagttgagatcattcacaacgatcaag 12235875  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||| |    
T  12235874 gcaatagaacaaccccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgcttccaacccgcaaaacaccgt 12235775  T
Q  314 ctttggta 321  Q
    ||||||||    
T  12235774 ctttggta 12235767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 192 - 322
Target Start/End: Original strand, 12257918 - 12258048
Alignment:
Q  192 gagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctg 291  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12257918 gagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgccttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctg 12258017  T
Q  292 ccgctaacccacaaaacaccatctttggtat 322  Q
    | || ||||| ||| ||||  ||||||||||    
T  12258018 ctgccaaccctcaacacactgtctttggtat 12258048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 114 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 14705639 - 14705431
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  || |||  |||||| ||  |  |||| || ||||| ||||| || ||||    
T  14705639 gaaggatgtgctgtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaag 14705540  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||  |    
T  14705539 gcaatagaacaactccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcgaaacactgt 14705440  T
Q  314 ctttggtat 322  Q
    |||||||||    
T  14705439 ctttggtat 14705431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 334
Target Start/End: Original strand, 16661004 - 16661212
Alignment:
Q  126 gtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaa 225  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| ||| ||| ||||| |  | |||||||| ||||| || ||||| ||  |||| |||| ||  |    
T  16661004 gtgggcatagacctaggaacaacatactcatgtgttgctgtttggttggaagagaaaaacagagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaatta 16661103  T
Q  226 caccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggtatgtt 325  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||| |||| |||||    ||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  16661104 caccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatcaagctgctatcaacccacaaaacaccgtctttgctatatt 16661203  T
Q  326 tctattctc 334  Q
    |||||||||    
T  16661204 tctattctc 16661212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 195 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7543372 - 7543246
Alignment:
Q  195 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccg 294  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||| |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||      
T  7543372 atcattcacaacgaccaaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgctt 7543273  T
Q  295 ctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||||    
T  7543272 ccaaccctcaaaacactgtctttggta 7543246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 12000428 - 12000343
Alignment:
Q  195 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaa 280  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12000428 atcattcacaacgatcaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggtttgttggtgatgctgctaa 12000343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 353 - 388
Target Start/End: Original strand, 16656749 - 16656784
Alignment:
Q  353 ccggcccaataatttttagggttaatcaagtaaatg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16656749 ccggcccaataatttttagggttaatcaagtaaatg 16656784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 112 - 331
Target Start/End: Original strand, 4677464 - 4677683
Alignment:
Q  112 atgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgacca 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||| ||||| ||  ||||||| ||    
T  4677464 atgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaaca 4677563  T
Q  212 aggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacacc 311  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| | ||| |  |||||||     
T  4677564 aggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaacact 4677663  T
Q  312 atctttggtatgtttctatt 331  Q
     |||||||||  ||||||||    
T  4677664 gtctttggtaaatttctatt 4677683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 129 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 15596220 - 15596056
Alignment:
Q  129 ggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacac 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | ||  | ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  15596220 ggaatagaccttggaacaacgtattcttgtgttgctgtgtggcttgatgaacagaatagagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacac 15596121  T
Q  229 cttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgcc 293  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15596120 cttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtcaagctgcc 15596056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 113 - 286
Target Start/End: Original strand, 34465173 - 34465346
Alignment:
Q  113 tgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaa 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  || |||  |||||| || |  ||||||||||| ||  |||||||||||    
T  34465173 tgaaggacgtgctgtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtagagtagagattattgacaatgaccaa 34465272  T
Q  213 ggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 286  Q
    || |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  34465273 ggtaacacaaccacaccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatca 34465346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 30)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 114 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 1302487 - 1302309
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||  |||| |||||||    
T  1302487 gaaggacgtgctgttggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatagagtagagatcatctacaacgaccaag 1302388  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1302387 gcaacaaaacaacaccgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaggctgc 1302309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 114 - 302
Target Start/End: Original strand, 7876760 - 7876948
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | ||  | || || ||||| || || || |||||||| ||||    
T  7876760 gaaggacgtgcggtgggaatagaccttggaacaacgtattcctgtgttgctgtgtggcttgatgaacacaatagagtcgaaattattcacaatgaacaag 7876859  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaaccca 302  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  7876860 gcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatcaggctgcctctaaccca 7876948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 114 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 8647877 - 8647690
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | ||  | || || ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  8647877 gaaggacttgcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcacaatgatcaag 8647778  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaaccc 301  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||    
T  8647777 gaaacagaactacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgctaaaaatcaggctgcttctaaccc 8647690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 114 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8660420 - 8660242
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||  |||| ||  |||| ||||||||  |||| |||||||    
T  8660420 gaaggacgtgctattggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaacgaccaag 8660321  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8660320 gaaacaaaacaacaccttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 8660242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 114 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 8668641 - 8668424
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | || || ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  8668641 gaaggacgtgcagtgggaatagatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 8668542  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  |||||||  ||||||| ||    
T  8668541 gaaaccgaataacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacactat 8668442  T
Q  314 ctttggtatgtttctatt 331  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  8668441 ctttggtaaatttctatt 8668424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 114 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6790586 - 6790379
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||  | || || ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  6790586 gaaggatgtgctgtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcacaatgaccaag 6790487  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    | |||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||| ||    
T  6790486 gtaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaacccgcaaaacactat 6790387  T
Q  314 ctttggta 321  Q
    ||| ||||    
T  6790386 cttcggta 6790379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 114 - 321
Target Start/End: Original strand, 13332076 - 13332283
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||| | ||  | ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  13332076 gaaggacgtgcagtgggaatcgaccttggaacaacctactcatgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 13332175  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||  ||||||| ||    
T  13332176 gaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacactat 13332275  T
Q  314 ctttggta 321  Q
    ||||||||    
T  13332276 ctttggta 13332283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 3148547 - 3148375
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||| | ||  | || |||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  3148547 gaaggatgtgcagtgggaatcgaccttggaacaacgtattcgtgcgttgctgtttggctcgatgagcacaacagagttgagattattcacaatgaccaag 3148448  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 286  Q
    | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3148447 gcaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatca 3148375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 117 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 8630401 - 8630189
Alignment:
Q  117 ggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaa 216  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||| ||||| || ||||||||  |||| |    
T  8630401 ggacatgctgtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaatgatgaaggca 8630302  T
Q  217 acagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctt 316  Q
    | | ||  |||||||| || |||||||| ||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  ||||    
T  8630301 ataaaatcacaccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatcaggctgccatcaacccacaaaacactgtctt 8630202  T
Q  317 tggtatgtttcta 329  Q
    |||||| ||||||    
T  8630201 tggtatatttcta 8630189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 123 - 321
Target Start/End: Original strand, 10492936 - 10493134
Alignment:
Q  123 gcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaa 222  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||| ||| | ||  | ||  | ||||| || || || |||||||| |||||||| ||||    
T  10492936 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcatgtgttgctgtatggcttgatgaacaccaaagagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaa 10493035  T
Q  223 caacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    | ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||  |||||||| |||||||||    
T  10493036 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtctttggta 10493134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 135 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8602889 - 8602703
Alignment:
Q  135 gaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttctt 234  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||  ||| ||  | ||||| | |||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  8602889 gaccttggaacaacctattcatgtgtagctgtttggcaggaccaaaacaacagggcagagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttctt 8602790  T
Q  235 ttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||   ||||| ||||||||||    
T  8602789 ttgttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatcaggctgcttctaacccagtcaacactatctttggta 8602703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 126 - 330
Target Start/End: Original strand, 8584474 - 8584678
Alignment:
Q  126 gtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||| ||||| || ||||| ||  |||| || | ||  |    
T  8584474 gtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaaatca 8584573  T
Q  226 caccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggtatgtt 325  Q
    ||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    |||||| | |||||  |||||||||| ||    
T  8584574 caccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatcaggctgctatcaacccagagaacactgtctttggtatatt 8584673  T
Q  326 tctat 330  Q
    |||||    
T  8584674 tctat 8584678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 129 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8610825 - 8610662
Alignment:
Q  129 ggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacac 228  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||  ||||||  | |||||||  ||||| || || ||||| |||||||||||||| || |    
T  8610825 ggaattgatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtatggcaggaacaaaacaacagagctgagataatccataatgagcaaggaaacagaaccactc 8610726  T
Q  229 cttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  8610725 cttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagctgc 8610662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 117 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8655522 - 8655371
Alignment:
Q  117 ggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaa 216  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||  |||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||| |    
T  8655522 ggacgtgctgtcggaatagacctcggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgacgatcacaatagagttgagattattcacaatgatcaaggca 8655423  T
Q  217 acagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattgg 268  Q
    | ||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8655422 atagaactacaccttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattgg 8655371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 191 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 8591497 - 8591386
Alignment:
Q  191 agagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggct 290  Q
    |||||| || |||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  8591497 agagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgcaaaaaaccaggct 8591398  T
Q  291 gccgctaaccca 302  Q
    ||  ||||||||    
T  8591397 gcttctaaccca 8591386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 8582758 - 8582651
Alignment:
Q  195 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccg 294  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||      
T  8582758 atcatacacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctgctt 8582659  T
Q  295 ctaaccca 302  Q
    ||||||||    
T  8582658 ctaaccca 8582651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 186 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 17261496 - 17261361
Alignment:
Q  186 agagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatc 285  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||||||  || | ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17261496 agagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactccttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatc 17261397  T
Q  286 aggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    | ||||||   |||||| |||||||| |||||||||    
T  17261396 aagctgccataaacccagaaaacaccgtctttggta 17261361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 183 - 322
Target Start/End: Original strand, 27829340 - 27829479
Alignment:
Q  183 aacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaaga 282  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||  |  | || |||||||||||||||||||||||||    
T  27829340 aacagagtggagattattcacaatgaacaaggcaacaagacaacaccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaaga 27829439  T
Q  283 atcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggtat 322  Q
    | || |||||  | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  27829440 accaagctgcttccaaccctcaaaacactatctttggtat 27829479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 302
Target Start/End: Original strand, 8635503 - 8635613
Alignment:
Q  192 gagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctg 291  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||| || || ||||||     
T  8635503 gagatcatccacaatgagcaagggaacagaatcacaccttcttgtgttgctttcactgacgcacaaaggttgattggtgatgctgccaaaaaccaggctt 8635602  T
Q  292 ccgctaaccca 302  Q
    || ||||||||    
T  8635603 cctctaaccca 8635613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 195 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8572685 - 8572588
Alignment:
Q  195 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||| ||  |||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||    
T  8572685 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaactccctcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgatcggtgatgctgccaaaaatcaagctgc 8572588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 195 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 8546770 - 8546675
Alignment:
Q  195 atcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggct 290  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||   |||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  8546770 atcattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgctttcacaaattcccaaaggctgattggtgatgctgccaaaaatcaggct 8546675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 204 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8104151 - 8104067
Alignment:
Q  204 aatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcagg 288  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8104151 aatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcagg 8104067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269069
Alignment:
Q  129 ggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacac 228  Q
    |||||||||||||| || || || |||||||||| |||||||   ||| | ||    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || |    
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaacacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactactc 17269162  T
Q  229 cttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    | ||||||||||||||  || | ||| ||||||| || |||||| | ||||||||||| ||||||   |||||| |||||||| |||||||||    
T  17269161 cgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgccatgaacccagaaaacaccgtctttggta 17269069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 302
Target Start/End: Original strand, 29576993 - 29577103
Alignment:
Q  192 gagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctg 291  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||   | |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  29576993 gagatcatccacaatgatcaaggcaatagaaccacaccttctgttgtagctttcactgattcactaaggttaattggtaatgctgctaaaaatcaggctg 29577092  T
Q  292 ccgctaaccca 302  Q
    || | ||||||    
T  29577093 cctcaaaccca 29577103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 8538902 - 8538773
Alignment:
Q  192 gagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctg 291  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| | | ||  |||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||     
T  8538902 gagatcatacacaacgatcaaggaaacaaaaccacaccttcttgtgttggttttagtaattctcaacgattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctt 8538803  T
Q  292 ccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    || ||||||||  ||||||  |||||||||    
T  8538802 cctctaacccaacaaacactgtctttggta 8538773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 321
Target Start/End: Original strand, 29581169 - 29581298
Alignment:
Q  192 gagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctg 291  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| |    |  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  29581169 gagatcatccacaatgatcaaggcaatggaaccacaccttctgttgtagctttcactgactcactgaggttgattagtaatgctgctaaaaatcaggctg 29581268  T
Q  292 ccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||||||||    
T  29581269 ccgcaaacccaacaaacactatctttggta 29581298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8577390 - 8577287
Alignment:
Q  189 gtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcagg 288  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||  ||  |||||| |||||||| |||||||| || ||||| |    
T  8577390 gtagaaattatacacaatgatcaaggaaacagaaccactccttcttgtgttgcttttaccaattctcaaagattgattggcgatgctgccaaaaatcaag 8577291  T
Q  289 ctgc 292  Q
    ||||    
T  8577290 ctgc 8577287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 302
Target Start/End: Original strand, 8382295 - 8382344
Alignment:
Q  253 atcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaaccca 302  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8382295 atcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatcagactgcctctaaccca 8382344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 204 - 288
Target Start/End: Original strand, 8016309 - 8016393
Alignment:
Q  204 aatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcagg 288  Q
    ||||| ||||| ||| |||| || || |||| ||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8016309 aatgatcaagggaaccgaacgacgccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcagg 8016393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8568906 - 8568836
Alignment:
Q  222 acaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  8568906 acaacaccttcttgtgttgctttcactaaatctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctgc 8568836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 114 - 331
Target Start/End: Original strand, 9322990 - 9323207
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | || || ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  9322990 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9323089  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||  ||||||| ||    
T  9323090 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacactat 9323189  T
Q  314 ctttggtatgtttctatt 331  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  9323190 ctttggtaaatttctatt 9323207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 114 - 331
Target Start/End: Original strand, 9377469 - 9377686
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | || || ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  9377469 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9377568  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||  ||||||| ||    
T  9377569 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacactat 9377668  T
Q  314 ctttggtatgtttctatt 331  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  9377669 ctttggtaaatttctatt 9377686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 331
Target Start/End: Original strand, 9334962 - 9335178
Alignment:
Q  114 gaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaag 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | || || ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  9334962 gaaggacgtgcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaag 9335061  T
Q  214 gaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccat 313  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||  ||||||| ||    
T  9335062 gaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacactat 9335160  T
Q  314 ctttggtatgtttctatt 331  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  9335161 ctttggtaaatttctatt 9335178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 129 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 35133615 - 35133452
Alignment:
Q  129 ggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacac 228  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  || |||   ||||| ||  |  |||| || ||||| ||||| || ||| | |||| ||||||||    
T  35133615 ggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaacaaaacaacac 35133516  T
Q  229 cttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgc 292  Q
    |||||| | ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  35133515 cttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgc 35133452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 30776294 - 30776076
Alignment:
Q  113 tgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaa 212  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | ||| ||| ||||  |  | |||||||| || || || ||||| ||  ||    
T  30776294 tgaaggacatgccgtggggatagaccttggaacaacgtactcgtgtgtggctgtttggctggaggagaaaaacagagttgaaattatccacaacgatgaa 30776195  T
Q  213 ggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacacca 312  Q
    || | || ||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||| | ||||||||    ||||| ||||||||      
T  30776194 ggcagcaaaatcacaccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaaggaccaggctgctatcaaccctcaaaacactg 30776095  T
Q  313 tctttggtatgtttctatt 331  Q
    |||||||||  ||||||||    
T  30776094 tctttggtaaatttctatt 30776076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 112 - 321
Target Start/End: Original strand, 42554111 - 42554320
Alignment:
Q  112 atgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgacca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||   ||  | || || ||||| ||||| || |||||||| ||    
T  42554111 atgaaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttactgtgtgggaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatca 42554210  T
Q  212 aggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacacc 311  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| | ||||| ||||||||     
T  42554211 aggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatcaaaccgccaccaacccccaaaacact 42554310  T
Q  312 atctttggta 321  Q
     |||||||||    
T  42554311 gtctttggta 42554320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 115 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 28221122 - 28220906
Alignment:
Q  115 aaggacgtgcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaagg 214  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||  | || || || || ||||| || |||||||| |||||    
T  28221122 aaggatgtgctgtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaagg 28221023  T
Q  215 aaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatc 314  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||  | |||   ||||| ||||| ||| ||    
T  28221022 caacaaaacaactccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaaacggccaacaacccccaaaataccgtc 28220923  T
Q  315 tttggtatgtttctatt 331  Q
    |||||||  ||||||||    
T  28220922 tttggtaaatttctatt 28220906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 123 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 43745988 - 43745793
Alignment:
Q  123 gcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttggtgtgtggatggaacatcagaacagagtagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||   ||  | || || ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||    
T  43745988 gcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaa 43745889  T
Q  223 caacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggta 321  Q
    ||||   ||||||||||||||| ||| || || |||||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  43745888 caac---ttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaacaccatctttggta 43745793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 12529957 - 12529857
Alignment:
Q  201 cacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacc 300  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||  ||| || ||||||||| ||||||| || ||||| ||| || ||||||    
T  12529957 cacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaagcttcctctaacc 12529858  T
Q  301 c 301  Q
    |    
T  12529857 c 12529857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 241 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 28911363 - 28911273
Alignment:
Q  241 ctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccgctaacccacaaaacaccatctttggtatgtttctatt 331  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||  | || ||||| ||||||||    
T  28911363 ctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccaccaaccccgaaaacactgttttaggtatatttctatt 28911273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 207 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 11159723 - 11159652
Alignment:
Q  207 gaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgattggtgatgctgct 278  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||| |   ||||||  |||||||||||||||||    
T  11159723 gaccaagggaatagaacaacaccttcttatgttgccttcactgactctcaaagaatgattggtgatgctgct 11159652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11198292 - 11198234
Alignment:
Q  190 tagagatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcact 248  Q
    ||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  11198292 tagagatcataccgaacgaccaagggaatagaacaacaccttcttatgttgccttcact 11198234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University