View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5387_low_19 (Length: 299)

Name: NF5387_low_19
Description: NF5387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5387_low_19
NF5387_low_19
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (8-274)||(26121227-26121492)
chr7 (8-274)||(26129482-26129747)
chr7 (23-276)||(26180010-26180262)
chr7 (13-231)||(19102559-19102777)
chr7 (8-276)||(26156103-26156369)
chr7 (11-202)||(26243315-26243506)
chr7 (13-176)||(26278613-26278776)
chr7 (10-176)||(26192179-26192345)
chr7 (13-169)||(26204802-26204958)
chr7 (10-110)||(26302723-26302823)
chr7 (23-176)||(26298375-26298528)
chr7 (10-202)||(26251762-26251954)
chr7 (13-169)||(26224439-26224595)
chr7 (10-137)||(26208331-26208458)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-216)||(44904179-44904373)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 274
Target Start/End: Original strand, 26121227 - 26121492
Alignment:
Q  8 tagcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactataga 107  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26121227 tagcgaaggccgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgatgatgagagcaaagaaacttggtgaggctgccaagaggattataga 26121326  T
Q  108 ggaaggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagt 207  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26121327 ggaacgtggacattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttggtgagaaagcagattagataagt 26121426  T
Q  208 caaatgaaggagtaatgtttgatgctttcaggagatgtatctgaagaagtctttcaataagatgaaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26121427 caaatgaaggagtaatgtttgatgc-ttcaggaggtgtatctgatgaaggctttcaataagatgaaa 26121492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 274
Target Start/End: Original strand, 26129482 - 26129747
Alignment:
Q  8 tagcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactataga 107  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  26129482 tagcgaaggctgtagagattttgatgggaagcggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaaaaagcttggtgaggctgccaagaggactattga 26129581  T
Q  108 ggaaggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagt 207  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26129582 ggaaggtggagattcttacaacaacttgattcaattgattgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttggtgagaaagcagattagataagt 26129681  T
Q  208 caaatgaaggagtaatgtttgatgctttcaggagatgtatctgaagaagtctttcaataagatgaaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  26129682 caaatgaaggagtaatgtttgatgc-ttcaggaggtgtatttgatgaaggcttttaataagatgaaa 26129747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 276
Target Start/End: Original strand, 26180010 - 26180262
Alignment:
Q  23 agattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacagtc 122  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||    
T  26180010 agattttgatgggaagtgaccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgcttccaagaggactattgaggaaggtggagattc 26180109  T
Q  123 ttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagtcaaatgaaggagtaa 222  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26180110 ttacaacaacttgattcagttgattgatgagctgaaatcattaaagaaatctaaggcacttggtgtgaaagcagattagataagtcaaatgaaggagtga 26180209  T
Q  223 tgtttgatgctttcaggagatgtatctgaagaagtctttcaataagatgaaaca 276  Q
    |||||||||| |||||||| |||| | || |||| |||||||||||||||||||    
T  26180210 tgtttgatgc-ttcaggaggtgtagcagatgaaggctttcaataagatgaaaca 26180262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19102777 - 19102559
Alignment:
Q  13 aaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaag 112  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  19102777 aaggctgtggagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgcaaagaggactatagaggagg 19102678  T
Q  113 gtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagtcaaat 212  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19102677 gtggacactctcacaacaacttgattctgttgattgatgagctgaaatcattgaagaaatctaagtcacttggtgagaaagcagattagataattcaaat 19102578  T
Q  213 gaaggagtaatgtttgatg 231  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19102577 gaaggagtaatgtttgatg 19102559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 276
Target Start/End: Original strand, 26156103 - 26156369
Alignment:
Q  8 tagcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactataga 107  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||  || ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26156103 tagcgaaggctgtagagattttgatgggaagtgaccaagagagcaaagcaatgagggtgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactataga 26156202  T
Q  108 ggaaggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagt 207  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    |||| || |||||  ||||||||||||    
T  26156203 agaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgatctgaaatcattgaagaaatctaaaccacttgatgagaaag-tgattagataagt 26156301  T
Q  208 caaatgaaggagtaatgtttgatgctttcaggagatgtatctgaagaagtctttcaataagatgaaaca 276  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  26156302 caaatgaaggagtagtggttgatgcttt-aggagatgtatctgatgaagactttcaataagatgaaaca 26156369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 202
Target Start/End: Original strand, 26243315 - 26243506
Alignment:
Q  11 caaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagagga 110  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26243315 caaaggctgttgagattttgatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaaaaggactatagagga 26243414  T
Q  111 aggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattaga 202  Q
     |||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||    
T  26243415 gggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctgaaatcgttgaagaaatctaaaacgcttgatgagaaagcagattaga 26243506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Original strand, 26278613 - 26278776
Alignment:
Q  13 aaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaag 112  Q
    ||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26278613 aaggctgtagagattttgatgggaattagccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaag 26278712  T
Q  113 gtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaa 176  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26278713 gtggacactcttacaacaacttgattcaattgattgatgagctgaaatcattgaagaaatctaa 26278776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 176
Target Start/End: Original strand, 26192179 - 26192345
Alignment:
Q  10 gcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagagg 109  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26192179 gcaaaggctgttgagattttgatgggaagtggacaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgcttccaagaggactatagagg 26192278  T
Q  110 aaggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaa 176  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  26192279 aaggtggacattcatacaacaacttgattcagttcattgatgagctgaaatcactgaagaaatctaa 26192345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 169
Target Start/End: Original strand, 26204802 - 26204958
Alignment:
Q  13 aaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaag 112  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26204802 aaggctgttgagatattgatgggaaatggccaagtgagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgccaagaagactatagaggaag 26204901  T
Q  113 gtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaaga 169  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26204902 gtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctaaaatcattgaaga 26204958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 110
Target Start/End: Original strand, 26302723 - 26302823
Alignment:
Q  10 gcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagagg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  26302723 gcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgctgcttccaagaggactatagagg 26302822  T
Q  110 a 110  Q
    |    
T  26302823 a 26302823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 23 - 176
Target Start/End: Original strand, 26298375 - 26298528
Alignment:
Q  23 agattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacagtc 122  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  26298375 agattttgatgggaagcggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttagcgaggctgccaagaggactatagaagaaggtggagattc 26298474  T
Q  123 ttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaa 176  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26298475 ttacaacaacttgattcaattgattgatgagctgaaatcattgaagaaatctaa 26298528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 202
Target Start/End: Original strand, 26251762 - 26251954
Alignment:
Q  10 gcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagagg 109  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  26251762 gcaatggctgttaagattttgatgggaagttgccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggcgatgcagccaaaaggacgatagagg 26251861  T
Q  110 aaggtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattaga 202  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||   ||||||||  || ||||||||||    
T  26251862 aaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctgaaatcattgaagaaatataaagcgcttggtgaaaatgcagattaga 26251954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 169
Target Start/End: Original strand, 26224439 - 26224595
Alignment:
Q  13 aaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaag 112  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||  ||||||| || ||| || || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  26224439 aaggctgttgagatattgatgggaagtggtcaagagggaaaagtgatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgcaaagaagactatagaggaag 26224538  T
Q  113 gtggacagtcttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaaga 169  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26224539 gtggagattcttacaacaacttgattcaattgattgatgagctaaaatcattgaaga 26224595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 137
Target Start/End: Original strand, 26208331 - 26208458
Alignment:
Q  10 gcaaaggccgttgagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagagg 109  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||   ||||||||| || |||||||| ||  |  ||||| |||||| ||||||| |||| || |||||| |    
T  26208331 gcaaaggctgttgagattttgatgggaagtgaagaagagagcatagcaatgaggaggagggtaaaaaaacttggttatgctgcaaagaagagtatagatg 26208430  T
Q  110 aaggtggacagtcttacaacaacttgat 137  Q
    |   ||||   |||||||||||||||||    
T  26208431 agaatggaacctcttacaacaacttgat 26208458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 216
Target Start/End: Original strand, 44904179 - 44904373
Alignment:
Q  22 gagattttgatgggaaatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacagt 121  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44904179 gagattttgttgggaaatggtcaagacagcaaagaaatgaggacgagagcaaaaaagtttggcgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacact 44904278  T
Q  122 cttacaacaacttgattcgcttgattgatgagctgaaatctttgaagaaatctaagaagcttggtgggaaagcagattagataagtcaaatgaag 216  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  44904279 cttacaacaacttggttcagttgatagatgagctgaaatcattgaagaaatccaaagcacttggtgagaaagcagattagataactgaaatgaag 44904373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University