View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5387_low_27 (Length: 240)

Name: NF5387_low_27
Description: NF5387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5387_low_27
NF5387_low_27
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-223)||(20230079-20230301)
chr7 (1-223)||(20302240-20302462)
chr7 (1-223)||(20242029-20242251)
chr7 (1-175)||(20262662-20262836)
chr7 (16-223)||(20169485-20169692)
chr7 (1-137)||(20064030-20064166)
chr7 (1-223)||(20272231-20272453)
chr7 (1-223)||(20293038-20293260)
chr7 (1-223)||(20300167-20300389)
chr7 (7-223)||(20287673-20287892)
chr7 (1-223)||(20277975-20278197)
chr7 (1-47)||(20282553-20282599)
chr7 (1-108)||(19937429-19937536)
chr7 (1-108)||(19968568-19968675)
chr7 (171-223)||(20090493-20090545)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-223)||(40825249-40825471)
chr4 (1-206)||(40820598-40820803)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20230079 - 20230301
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20230079 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 20230178  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20230179 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcggcaataaaaccacaggtagaaaggaagacgggttt 20230278  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20230279 ttgaaactacagatggttaaagt 20230301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20302240 - 20302462
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| | || ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  20302240 gtgatgtttatggtatttgcggggcatttgcaatttgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccaatcaacatacagga 20302339  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| | | | | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  20302340 atggaatagaaacaattggactagtgggtgtgttaggagaagatctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaagaagatgggttt 20302439  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||| | ||||||||||||||    
T  20302440 ttgaaattgcagatggttaaagt 20302462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20242029 - 20242251
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||    || |  |  ||    
T  20242029 gtgatgtttatggtctatgtggagattttacaagctgtaattcattgagctcaccagtttgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtga 20242128  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20242129 atggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcagagacctttgctgtgtaaaagggtcaccaataaaaccacaagtagaaaggaagatgggttt 20242228  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  20242229 ctgaaactacagatggttaaagt 20242251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Original strand, 20262662 - 20262836
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||    || |  |  ||    
T  20262662 gtgatgtttatggtctctgtggagaatttacaagctgtaattcattgagctcaccggtatgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtga 20262761  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaac 175  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20262762 atggagtagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggagacctttgcagtgtgaaaggatcagcaataaaac 20262836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 20169692 - 20169485
Alignment:
Q  16 tatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacaggaatggaatagaaacaa 115  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||  || |||||||||| ||||||||| ||    |||||| |  ||||||||| | | ||    
T  20169692 tatgtggggcatttgcaagttgtaattcattgagctcaccaacatgtagctgtttgagagggtttgaacccagaaacatagaacaatggaatatacataa 20169593  T
Q  116 ctggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggtttttgaaactacagatg 215  Q
    |||||| || ||||||||| |  ||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  20169592 ctggaccggtgggtgtgttcgaaggacacctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggtttttgaaactacaaatg 20169493  T
Q  216 gttaaagt 223  Q
     |||||||    
T  20169492 attaaagt 20169485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 20064166 - 20064030
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   || |||||||||    
T  20064166 gtgatgtatatggtacatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgaacacaccaatatgcagctgtttgaaaggatttgaacctaggagcatacagga 20064067  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttagg 137  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  20064066 atggaatagaaacaactggacaggtgggtgtgttagg 20064030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20272231 - 20272453
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| ||||| || | | ||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||    || ||||  ||    
T  20272231 gtgatgtttatggtatatgtggcgcatttgcaatctgtagttcatcgacctcaccaatatgcagctgtctgaaaggatttgaacctaaaaatatacgtga 20272330  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    |||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||  || ||| ||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  20272331 atggaaaataaacaactggtctggtgggtgtgttaggaagacacctttgcagtgcgaaagggtccacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggatt 20272430  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    ||||||||||||| | |||||||    
T  20272431 ttgaaactacagacgattaaagt 20272453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20293038 - 20293260
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | ||||| || |||||||||| ||| ||||  ||    |||||| | ||    
T  20293038 gtgatgtttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaaga 20293137  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||| || | | || ||||| || |||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  20293138 atggagtaaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggttt 20293237  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||| |  |||||||||||||    
T  20293238 ttgaaattgaagatggttaaagt 20293260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20300167 - 20300389
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||| ||||||| |||| |||| |||| ||||||||| |||| | ||  | |||||||||| |||||||||||  ||||| ||   |   ||||| ||    
T  20300167 gtgatggttatggtatatgcggggtatttgcaagctgtagttcactaagttcaccaatttgcacctgtttgaaagaatttgaacccaagtcgatacaaga 20300266  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||| | | || |||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||| || |||    
T  20300267 atggaatagaaacaattggactggtgggtgtgtcaggaggacagcttttcagtgttaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatggattt 20300366  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||| | | ||||||||||||||    
T  20300367 ttgatattgcagatggttaaagt 20300389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Original strand, 20287673 - 20287892
Alignment:
Q  7 tttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacaggaatggaa 106  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||     ||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||   ||||| |||||| |||||    
T  20287673 tttatggtatatgtggggcattcgcaagctgtagttcattgaagttaccaatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtggaa 20287772  T
Q  107 tagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtaga---aaggaagacgggtttttg 203  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||||| |||  ||||| |||||||||| |   |||||||| || ||||||    
T  20287773 tagacacaactggactggtgggtgtgttagaaggatacttttgcagtgtgaaagggtcaataataacaccacaagtacaaagaaggaagatggatttttg 20287872  T
Q  204 aaactacagatggttaaagt 223  Q
    ||| |  |||||||||||||    
T  20287873 aaattgaagatggttaaagt 20287892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 20277975 - 20278197
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||  | | ||||| || | |||| ||| ||| ||||| ||    |||||||| ||    
T  20277975 gtgatgtttacggtatatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgttctcaccaatatgtatctgtctgagaggatttgaacctagaaacatacaaga 20278074  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||||| || | |||||||| || |||||||||||| | |   | ||||||||||  |||   | ||||||||||||| | ||||||||||| | ||||    
T  20278075 atggaatggacataactggaccggtgggtgtgttaggagaaccactttgcagtgtagtagggataacaataaaaccacacggagaaaggaagatgcgttt 20278174  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||| |||||| ||| |||||    
T  20278175 ttgaaattacagacggtgaaagt 20278197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Original strand, 20282553 - 20282599
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattg 47  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20282553 gtgatgcttatggtatatgtggggcatttgcaagctgtaattcattg 20282599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 19937429 - 19937536
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| |||||||    ||| ||||||||||||||   ||| | ||||| || |||||||||||||||||||| ||   ||||| | ||||    
T  19937429 gtgatgtttatggtgtatgtggacattttgcaagctgtaattcacaaagctcaccaatatgtagctgtttgaaagggtttgagccaaggaacaaagagga 19937528  T
Q  101 atggaata 108  Q
    ||||||||    
T  19937529 atggaata 19937536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 19968568 - 19968675
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| |||||||    ||| ||||||||||||||   ||| | ||||| || |||||||||||||||||||| ||   ||||| | ||||    
T  19968568 gtgatgtttatggtgtatgtggacattttgcaagctgtaattcacaaagctcaccaatatgtagctgtttgaaagggtttgagccaaggaacaaagagga 19968667  T
Q  101 atggaata 108  Q
    ||||||||    
T  19968668 atggaata 19968675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 20090545 - 20090493
Alignment:
Q  171 aaaaccacaagtagaaaggaagacgggtttttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||    
T  20090545 aaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagt 20090493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 40825471 - 40825249
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||     || || ||||| ||||||| ||| ||||| ||   ||||| ||||||    
T  40825471 gtgacgtttatggtatatgtggggcattttcaagctgtagttcattgaagttaccgatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacagga 40825372  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
     ||||||||| |||||||||| || |||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||| | |||  ||||| || ||||||| ||||||||| ||||||    
T  40825371 gtggaatagacacaactggacaggtgggtgtgttagaaggacacttttgcagtgtgaaaaggtcaataataagacaacaagtacaaaggaagatgggttt 40825272  T
Q  201 ttgaaactacagatggttaaagt 223  Q
    |||||| | ||||||||||||||    
T  40825271 ttgaaattgcagatggttaaagt 40825249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 40820803 - 40820598
Alignment:
Q  1 gtgatgtttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacagga 100  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| || ||||||| ||||||| || |||||||| | ||| ||||  ||    |||||| | ||    
T  40820803 gtgatgtttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttattgagctcgccaatatgtagctgttttagaggatttgtacccagaaacatagaaga 40820704  T
Q  101 atggaatagaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcagcaataaaaccacaagtagaaaggaagacgggttt 200  Q
    ||||| || | | || ||||| ||  ||||||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||    
T  40820703 atggagtatacataattggacgggtcggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggttt 40820604  T
Q  201 ttgaaa 206  Q
    ||||||    
T  40820603 ttgaaa 40820598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University