View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5387_low_3 (Length: 546)

Name: NF5387_low_3
Description: NF5387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5387_low_3
NF5387_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-532)||(11731595-11732119)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (27-364)||(38176907-38177244)
chr4 (24-337)||(5532570-5532883)
chr4 (8-301)||(5934646-5934939)
chr4 (18-301)||(5921186-5921469)
chr4 (172-326)||(37088712-37088861)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-347)||(53145936-53146247)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (24-345)||(34841639-34841960)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (24-343)||(45452346-45452665)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (8-328)||(45320330-45320650)
chr8 (192-296)||(40916259-40916363)
chr8 (8-120)||(40916435-40916547)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 11732119 - 11731595
Alignment:
8 gagcacagaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgt 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11732119 gagcacaaaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgt 11732020  T
108 gatatcccaccaaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagcta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11732019 gatatcccaccaaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagcta 11731920  T
208 tgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11731919 tgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctga 11731820  T
308 gtaccagcaataccaggatgcaactgctgacgaagaagattatgaggaggaggaagaagaggaaggtgctgcttaaagcatctcttgatttgtcaaaatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11731819 gtaccagcaataccaggatgcaactgctgacgaagaagattatgaggaggaggaagaagaggaaggtgctgcttaaagcatctcttgatttgtcaaaatt 11731720  T
408 gttccaaatatataaatatagttggctttggctttgcgcgagtggtatatgttaagattgtgaagcagtcaaattagattgactcgatagtgtgtatgtt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11731719 gttccaaatatataaatatagttggctttggctttgcgcgagtggtatatgttaagattgtgaagcagtcaaattagattgactcgatagtgtgtatgtt 11731620  T
508 tgtattaattacatcgtctaaactg 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
11731619 tgtattaattacatcgtctaaactg 11731595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 27 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38177244 - 38176907
Alignment:
27 gagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggcc 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| |    
38177244 gagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtc 38177145  T
127 ttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggcttt 226  Q
    ||||| ||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38177144 ttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggcttt 38177045  T
227 cttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccaggat 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||    
38177044 cttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccagcaataccaggat 38176945  T
327 gcaactgctgacgaagaagattatgaggaggaggaaga 364  Q
    || |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
38176944 gctactgctgatgaggaagagtatgaagaggacgaaga 38176907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 337
Target Start/End: Original strand, 5532570 - 5532883
Alignment:
24 gatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagg 123  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  || |||||||| || ||||  |    
5532570 gatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtctactgtctgtgatattcccccaacag 5532669  T
124 gccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggc 223  Q
    |  | || ||||| ||||| ||||| || || || || || || ||||| |||||| | || || |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||    
5532670 ggttgaaaatggcttcaacattcattggaaactccacatccattcaggaaatgttccgtagggtgagtgagcagttcactgctatgttcaggagaaaggc 5532769  T
224 tttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||     
5532770 tttcttgcattggtacactggtgaaggcatggacgaaatggaattcactgaggctgagagcaacatgaatgatctggttgctgagtatcaacagtaccaa 5532869  T
324 gatgcaactgctga 337  Q
    ||||| || |||||    
5532870 gatgccaccgctga 5532883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5934939 - 5934646
Alignment:
8 gagcacagaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgt 107  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |  || |||    
5934939 gagcacaaaggaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgt 5934840  T
108 gatatcccaccaaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagcta 207  Q
    ||||| |||||||  ||  | |||||||| || || |||||||| || |||||||| || || || |||||| | || || ||||||||||| || ||||    
5934839 gatattccaccaacagggttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgcta 5934740  T
208 tgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgt 301  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
5934739 tgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgt 5934646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5921469 - 5921186
Alignment:
18 gaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccac 117  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||||| || || |  || |||||||| ||||    
5921469 gaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccac 5921370  T
118 caaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcg 217  Q
    |||  ||  | |||||||| || || |||||||| || |||||||| || || || |||||| | || || ||||||||||| || |||||||| ||| |    
5921369 caacagggttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggag 5921270  T
218 caaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgt 301  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
5921269 aaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgatcttgt 5921186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 172 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 37088861 - 37088712
Alignment:
172 agatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcac 271  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||    ||  | |    
37088861 agatgttcaagagagttagcgagaagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgtattggtacgctggtgagggaatggaagaa----agcaccc 37088766  T
272 tgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccaggat 326  Q
     |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||| |||||    
37088765 cgaggctgagagtaacatgaatgatttggtggctgagtacca-caatactaggat 37088712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 36 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 53146247 - 53145936
Alignment:
36 atcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggccttaagatgg 135  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||    | ||||||     
53146247 atcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgt 53146148  T
136 catcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattg 235  Q
    | || ||||| || || || || ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||  |||||||||| || ||||||||    
53146147 cgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcattg 53146048  T
236 gtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccaggatgcaactgct 335  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| | || || |||||||| ||||||||||||||||  |||    
53146047 gtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtaccaacaataccaggatgcaatagct 53145948  T
336 gacgaagaagat 347  Q
    || || ||||||    
53145947 gaggaggaagat 53145936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 345
Target Start/End: Original strand, 34841639 - 34841960
Alignment:
24 gatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagg 123  Q
    |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||  | || |  |    
34841639 gatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagtgtttgtgacattgctcctagag 34841738  T
124 gccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggc 223  Q
    | ||    ||||| || || || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || || ||||| || || |||||||||||| | |||||    
34841739 gtctctccatggcctccacctttatcggtaactcaacctcaattcaggaaatgtttaggagggtgagcgagcaatttaccgctatgtttaggaggaaggc 34841838  T
224 tttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||||||    
34841839 tttcttgcattggtacactggtgaaggcatggatgaaatggaattcacagaagcagagagcaacatgaatgacctcgtgtctgagtaccagcagtaccag 34841938  T
324 gatgcaactgctgacgaagaag 345  Q
    ||||| |||||||| |||||||    
34841939 gatgccactgctgatgaagaag 34841960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 45452665 - 45452346
Alignment:
24 gatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagg 123  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||  || ||||||||||| ||||  |    
45452665 gatgagcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgatatccctccaactg 45452566  T
124 gccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggc 223  Q
    | ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || || || || || ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |  | || ||    
45452565 gtcttaaaatggcttctacttttattggtaactccacatctattcaagaaatgtttaggagggtgagtgagcaattcacggctatgttccgcagaaaagc 45452466  T
224 tttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccagcaataccag 323  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||     
45452465 tttcttgcattggtatactggagagggtatggatgagatggagtttactgaagcagaaagcaacatgaatgaccttgtctcagagtaccagcaataccaa 45452366  T
324 gatgcaactgctgacgaaga 343  Q
    ||||| ||||| || |||||    
45452365 gatgctactgcagatgaaga 45452346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 328
Target Start/End: Original strand, 45320330 - 45320650
Alignment:
8 gagcacagaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgt 107  Q
    ||||||| | ||||| ||||| ||| | || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| || |||    
45320330 gagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctgt 45320429  T
108 gatatcccaccaaagggccttaagatggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagcta 207  Q
    ||| ||||||| |  ||||||  |||||| || || ||  | || ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | || |    
45320430 gatgtcccacctagaggcctttcgatggcttcgacatttgttggcaattcgacatctatacaggagatgtttaggagagtgagtgaacagttctctgcca 45320529  T
208 tgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctga 307  Q
    |||| ||  | || || |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||||||||||||    
45320530 tgttcagaaggaaagcattcttgcattggtataccggagaaggaatggatgaaatggaatttactgaagcagaaagcaatatgaatgatcttgttgctga 45320629  T
308 gtaccagcaataccaggatgc 328  Q
     || || ||||||||||||||    
45320630 atatcaacaataccaggatgc 45320650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 40916363 - 40916259
Alignment:
192 gagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatga 291  Q
    |||||||| || | |||||||| | | ||||| || ||||||||||| |||| ||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
40916363 gagcagtttactgttatgtttaagagaaaggcatttttgcattggtatactgctgaaggaatggatgagatggagtttactgaggctgagagtaatatga 40916264  T
292 atgat 296  Q
    |||||    
40916263 atgat 40916259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 40916547 - 40916435
Alignment:
8 gagcacagaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgt 107  Q
    ||||||| | ||||| ||| | |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || || || |||    
40916547 gagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgt 40916448  T
108 gatatcccaccaa 120  Q
    ||||| || ||||    
40916447 gatattccgccaa 40916435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University