View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5388-Insertion-3 (Length: 985)

Name: NF5388-Insertion-3
Description: NF5388
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5388-Insertion-3
NF5388-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-951)||(40063318-40064271)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 798; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 798; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 40064271 - 40063318
Alignment:
Q  7 aattagtgccctaaggagtataagccaaacacttgttcaagtaataaatgcataattttttatacaaaagtggtcttttttattccttaaacaatggatc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40064271 aattagtgccctaaggagtataagccaaacacttgttcaagtaataaatgcataattttttatacaaaagtggtcttttttattccttaaacaatggatc 40064172  T
Q  107 aaggacttgttattatttgttt-attaattaatacatgtgttgacaaactaatcattttttgttgttgttgataatctacactcttatcgtctaatgtaa 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40064171 aaggacttgttattatttgttttattaattaatacatgtgttgacaaactaatcattttttgttgttgttgataatctacactcttatcgtctaatataa 40064072  T
Q  206 agaatattcttagtaagtgaacataagatataaggatagaagtttttctgatagaaaggattgaagttgataatatatatgttgattcgttaaataaaag 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40064071 agaatattcttagtaagtgaacataagatataaggatagaagtttttctgatagaaaggattgaagttgataatatatatgttgattcgttaaataaaag 40063972  T
Q  306 gcaaaatgtatggtacctaaacttcaatgaatcaccca-ccccaaacaacgacgattcatgatacctatcggaagtaaaagctcacactcctcctcattt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063971 gcaaaatgtatggtacctaaacttcaatgaatcacccacccccaaacaacgacgattcatgatacctatcggaagtaaaagctcacactcctcctcattt 40063872  T
Q  405 ttatgagggagacaatgatctgatatattggtacacaattctnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatgtgagtgtataaaaattcatctcattaa-tttcctt 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  40063871 ttatgagggagacaatgatctgatatattggtacacaattctaaaaaagaaaagaaaaattaatgtgagtgtataaaaactcatctcattaattttcctt 40063772  T
Q  504 tgttgtcctcgaattgatgtaagtcacaatctcattcatgagaaaagggatgacaatgagcttccacctttaaaagatgacatgggtcattgttggt--- 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  40063771 tgttgtcctcgaattgatgtaagtcacaatctcattcatgagaaaagggatgacaatgagcttccacctttaaaagatgacatgggtcattgttggtatt 40063672  T
Q  601 -atttagagtgattttcaagttttggtccactttataatccatttatcaaaatgttgaaaaactaaaataaattatgacacttattattagatcatattt 699  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063671 aatttagagtgattttcaagttttggtccactttataatccatttatcaaaatgttgaaaaactaaaataaattatgacacttattattagatcatattt 40063572  T
Q  700 ttatgttagtacgtacttacagttactgtgtaaannnnnnnnggttctatcttagttaatcaaattgaacgctatttattcttaattaatccaagggatg 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063571 ttatgttagtacgtacttacagttactgtgtaaa-tttttttggttctatcttagttaatcaaattgaacgctatttattcttaattaatccaagggatg 40063473  T
Q  800 tacat-aaaaaacatatttatcatagaaaataagattgctctcgtttaactataataattaattctgaaactcaatcagttttctacatgctagaatata 898  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063472 tacataaaaaaacatattaatcatagaaaataagattgctctcgtttaactataataattaattctgaaactcaatcagttttctacatgctagaatata 40063373  T
Q  899 ttgacagaatgaagaactg-atat-acgtgtttacattcttcttcccatgccaac 951  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40063372 ttgacagaatgaagaactgaatataacgtgtttacattcttcttcccatgccaac 40063318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University