View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5394_low_3 (Length: 469)

Name: NF5394_low_3
Description: NF5394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5394_low_3
NF5394_low_3
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (19-459)||(4630835-4631272)
chr7 (19-323)||(4845762-4846066)
chr7 (18-323)||(4711821-4712126)
chr7 (19-447)||(4863842-4864267)
chr7 (19-452)||(4636772-4637202)
chr7 (54-459)||(4662899-4663301)
chr7 (19-323)||(4666982-4667286)
chr7 (19-448)||(4783585-4784011)
chr7 (19-323)||(4816014-4816315)
chr7 (19-323)||(4653564-4653865)
chr7 (19-460)||(4696940-4697378)
chr7 (253-448)||(4672595-4672790)
chr7 (19-233)||(4672837-4673048)
chr7 (247-448)||(4643590-4643791)
chr7 (19-226)||(4643848-4644052)
chr7 (266-323)||(4647570-4647625)
chr7 (394-448)||(4816386-4816440)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-459)||(18925492-18925929)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 4631272 - 4630835
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631272 tatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 4631173  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    |||||  |||||||||||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  4631172 atccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgc 4631076  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4631075 gagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgag 4630976  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630975 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 4630876  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcctatg 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4630875 ctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcttatg 4630835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 4845762 - 4846066
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845762 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 4845861  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4845862 atccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgc 4845961  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     ||||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845962 aagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4846061  T
Q  319 tttga 323  Q
    |||||    
T  4846062 tttga 4846066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 323
Target Start/End: Original strand, 4711821 - 4712126
Alignment:
Q  18 atatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaa 117  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  4711821 atatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaa 4711920  T
Q  118 tatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactg 217  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4711921 tatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactg 4712020  T
Q  218 ccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtga 317  Q
    | |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712021 caagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtga 4712120  T
Q  318 gtttga 323  Q
    ||||||    
T  4712121 gtttga 4712126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4864267 - 4863842
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4864267 tatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4864168  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    ||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||| ||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4864167 atccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4864071  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     |||||||| |||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864070 aagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4863971  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    |||||   ||  |||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||     
T  4863970 tttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggtt 4863871  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattat 447  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4863870 ctcgtatggttcctgttcataaggattat 4863842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 4637202 - 4636772
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  4637202 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctctttacttggagaaagagt 4637103  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    | |||  ||||||||||||||  | |  |    || | ||||  |||  |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4637102 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4637006  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     |||||||| |||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637005 aagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4636906  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    |||||   |   || |   || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | | | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  4636905 tttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtg 4636806  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattatgttgt 452  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4636805 ctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgt 4636772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 54 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 4663301 - 4662899
Alignment:
Q  54 aagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgat 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| || ||||   |||    
T  4663301 aagtgatgatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gat 4663205  T
Q  154 catctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattaca 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||| | |||  ||||||||||| |    
T  4663204 catctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattata 4663105  T
Q  254 atgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagt 353  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||   ||  || | | || ||||||||||| |    
T  4663104 atgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaat 4663005  T
Q  354 ctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtg 453  Q
     ||||||||||| |||| | | | | ||| ||| |||  ||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  4663004 gtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcataaggattatggtgtg 4662905  T
Q  454 cctatg 459  Q
     |||||    
T  4662904 actatg 4662899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4667286 - 4666982
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4667286 tatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4667187  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    ||||| | ||  ||||||||  || ||||  |||||||| |||||||||| | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4667186 atccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4667087  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| || ||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4667086 aagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgag 4666987  T
Q  319 tttga 323  Q
    |||||    
T  4666986 tttga 4666982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 4783585 - 4784011
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  4783585 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagt 4783684  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    | |||  ||||||||||||||  | |  |    || | ||||  |||  |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4783685 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgc 4783781  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783782 aagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4783881  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    |||||   |   || | | |  | ||||||||| | |||||||||||||||| | | | | | |||||  |    |||||||||||||||||||||||||    
T  4783882 tttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtg 4783981  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattatg 448  Q
    ||| | ||||||||  ||||||||||||||    
T  4783982 ctcctttggttcctgttcataaggattatg 4784011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 4816014 - 4816315
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  4816014 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagt 4816113  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    | |||  ||||||||||||||  | |  |    || | ||||  |||  |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4816114 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgc 4816210  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816211 aagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4816310  T
Q  319 tttga 323  Q
    |||||    
T  4816311 tttga 4816315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4653865 - 4653564
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||     ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| |||||| |||    
T  4653865 tatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaacaat 4653766  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    |||||   ||||||||||||| || || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||| | |||||    
T  4653765 atccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgc 4653669  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  4653668 gagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaa 4653569  T
Q  319 tttga 323  Q
    |||||    
T  4653568 tttga 4653564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 460
Target Start/End: Original strand, 4696940 - 4697378
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||   | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4696940 tatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4697039  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    ||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||| ||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4697040 atccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgc 4697136  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     ||||||  |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4697137 aagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgag 4697236  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    |||||   |   || | | ||  |||||||||||||||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||| |||||||||||    ||||||  |     
T  4697237 tttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatattcatagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtacta 4697336  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcctatgc 460  Q
    ||| ||||||||||  |||||| ||||||| |||| ||||||    
T  4697337 ctcctatggttcctgttcataaagattatgctgtgtctatgc 4697378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 253 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672595
Alignment:
Q  253 aatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagag 352  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   || |   ||  |||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  353 tctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatg 448  Q
     |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4672690 cctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctgatgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatg 4672595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4673048 - 4672837
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||    
T  4673048 tatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaat 4672949  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    |||||  ||||||||||||||  |||   |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||    
T  4672948 atccacttagtgtatcaagtgagtat---atgcatcatctcaactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgc 4672852  T
Q  219 cagaagttatggaat 233  Q
     ||||||||||||||    
T  4672851 aagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 247 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643590
Alignment:
Q  247 gattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtg 346  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |   |||| | || ||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtg 4643692  T
Q  347 atagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggatta 446  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| | | | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  4643691 atagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggatta 4643592  T
Q  447 tg 448  Q
    ||    
T  4643591 tg 4643590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4644052 - 4643848
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||| ||||||  || |||||||| |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  4644052 tatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaat 4643953  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    ||||    || ||||||| || ||||| |    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  4643952 atccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgc 4643856  T
Q  219 cagaagtt 226  Q
     |||||||    
T  4643855 aagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647570
Alignment:
Q  266 attttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 323  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttga 4647570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 394 - 448
Target Start/End: Original strand, 4816386 - 4816440
Alignment:
Q  394 gctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatg 448  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||||||    
T  4816386 gctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatg 4816440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Original strand, 18925492 - 18925929
Alignment:
Q  19 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 118  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  18925492 tatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaat 18925591  T
Q  119 atccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgc 218  Q
    |||||   |||||||||| || || |  |    || |||| |||||| |||||||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| ||||| |||||    
T  18925592 atccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgc 18925688  T
Q  219 cagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgag 318  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  18925689 aagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgag 18925788  T
Q  319 tttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtg 418  Q
    |||||   |   ||||   |||||||||||||||| ||||||||||| |||| | | | | | |||||   ||| |||||||||||    ||||||||||    
T  18925789 tttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtg 18925888  T
Q  419 ctcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgcctatg 459  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  18925889 ctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtgactatg 18925929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University