View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5395-Insertion-2 (Length: 1022)

Name: NF5395-Insertion-2
Description: NF5395
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5395-Insertion-2
NF5395-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-1007)||(39940366-39941408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1007
Target Start/End: Original strand, 39940366 - 39941408
Alignment:
Q  8 actgcatggtttgtcaaattctgtgttccatggtgcaaatattggtaattcattctgttactttgctgctcaacannnnnnnnnnnnnnnnagggggtta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||    
T  39940366 actgcatggtttgtcaaattctgtgttccatggtgcaaatattggtaattcattctgttactttgctgctcaacattttttattttattttagggggtta 39940465  T
Q  108 attggtgcattcattccatcatataagtgattttagaagtaagtggtaataagattttaacacttcgacgaatataattgatt----------gaaaatg 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||    
T  39940466 attggggcattcattccatcatataagtgattttagaagtaagtggtaataagattttaacacttcgacgaatataattgattagtattgattgaaaatg 39940565  T
Q  198 tgtatggaataa----------------atctaataataatgattgcttgtttaacagcaagaatttgggctcattgtgggatgatgtgggtaaggcaat 281  Q
    ||||||||| ||                | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39940566 tgtatggaaaaatctcaataatagtaataactaataataatgattgcttgtttgacagcaagaatttgggctcattgtgggatgatgtgggtaaggcaat 39940665  T
Q  282 ggaaaatgaaaatgaaatagagattggagaagttgattgcggcacggataaagctgtttgttctaaagttgatattcattcatatcctacctttaaggtt 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39940666 ggaaaatgaaaatgaaatagagattggagaagttgattgcggcacggataaagctgtttgttctaaagttgatattcattcatatcctacctttaaggtt 39940765  T
Q  382 ttctatgatggagaagaagttgccaaatatcaaggtaaccatccttctacaaaatatatggtttctattggattctgctcaattatcctgtattaatttt 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39940766 ttctatgatggagaagaagttgccaaatatcaaggtaaccatccttctacaaaatatatggtttctattggattctgctcaattatcctgtattaatttt 39940865  T
Q  482 acttaattcgcatgctcaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaatatgttagtatct-------atatgttagtgttatgttgtggacttgtgggg 574  Q
    |||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39940866 acttaattcgcatgctcaaga-tttattttttttttcctttttcggaatatgttagtatctatatcacatatgttagtgttatgttgtggacttgtgggc 39940964  T
Q  575 tgggggatagaaccctgaatctttcaggtaactttgaatggctatataaccatttatgacctgttggactaaatttcctaagtacctatatcccacaaaa 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39940965 tgggggatagaaccctgaatctttcaggttactttgaatggctatataaccatttatgacttgttggactaaatttcctaagtacctatatcccacaaaa 39941064  T
Q  675 tagttgtcttttattttaaagttctcttcaattatatctttcagagaaaataaaataaaaactaattaaatttaacaatgca-------tgtcatgggtt 767  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  39941065 tagttgtcttttattttaaagttctcttcaattatatctttgagagaaaataaaataaaaactaattaaatttaacaatgcatatcaagtgtcatgggtt 39941164  T
Q  768 ttgtaaggggaatatccaagaattgggtactgaannnnnnnnnnncactggttgatgtttgctttatccatggggtataacctatgaagcactgatacca 867  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39941165 ttctaaggggaatatccaagaattgggtactgaa--tttttttttcactggttgatgtttgctttatccatggggtataacctatgaagcactgatacca 39941262  T
Q  868 atacggacaccaaacacgacactaacac-aacactggtga-ttaag-aaatgtaagtgattgaatgtaa-cacatgtgtcactgtcgggcactgaacagt 963  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39941263 atacggacaccaaacacgacactaacacaaacactagtaatttaagaaaatgtaagcgattgaatgtaaccacatgtgtcactgtcggtcactgaacagt 39941362  T
Q  964 gaataca-ctttaataatatgatgtg-tgatgctaaatagattata 1007  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39941363 gaatacacctttaataatatgatgtgttgatgctaaatagattata 39941408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University