View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5398_low_1 (Length: 926)

Name: NF5398_low_1
Description: NF5398
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5398_low_1
NF5398_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (425-906)||(36358470-36358955)
chr7 (232-433)||(36357891-36358087)
chr7 (825-903)||(36347607-36347684)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (245-565)||(40050169-40050489)
chr1 (241-496)||(35649579-35649834)
chr1 (625-792)||(40050862-40051029)
chr1 (629-788)||(35637008-35637167)
chr1 (634-792)||(7127879-7128037)
chr1 (670-728)||(13182238-13182296)
chr1 (841-903)||(21183885-21183947)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (622-792)||(29848124-29848294)
chr5 (644-791)||(33091440-33091587)
chr5 (469-622)||(29847661-29847831)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (245-457)||(14028617-14028829)
chr6 (34-123)||(12636104-12636193)
chr6 (754-792)||(14028459-14028497)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (365-565)||(41267897-41268097)
chr3 (625-791)||(41267358-41267524)
chr3 (625-791)||(48305056-48305222)
chr3 (245-369)||(41270926-41271050)
chr3 (406-565)||(48307047-48307206)
chr3 (24-88)||(5411360-5411424)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (625-792)||(14462566-14462733)
chr2 (19-225)||(16644449-16644678)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (21-124)||(41495966-41496066)
chr4 (24-124)||(24899227-24899330)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 425 - 906
Target Start/End: Original strand, 36358470 - 36358955
Alignment:
Q  425 aatctaggctcacagttattttgcactattttgtggaaaatttggttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaacacttnnnnnnntgatgttg 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||     
T  36358470 aatctaggctcacagttattttgcactattttgtggaaaaattggttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaacactttcccccctgatgtta 36358569  T
Q  525 ctaatgttgcgattgattttgttgttgagtttaatcaaacaacaggggcagcaatccattgcagctgttcctagacttcataatgctcatattatccaac 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36358570 ctaatgttgcgattgattttgttgttgagtttaatcaaacaacaggggcagcaatccattgcagctgttcctagacttcataatgctcatattatccaac 36358669  T
Q  625 agtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgc-aatatggttgtaagtcttggaatggatat 723  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36358670 agtgtgtctattatgtatatttttagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaaatatggttgtaagtcttggaatggatat 36358769  T
Q  724 gcctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc---nnnnnnnnnnnnnnngattagaaggagt 820  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||    
T  36358770 gcctttcctgttagtacaactagtattgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttcaaaaaaaataaataaataaattagaaggagt 36358869  T
Q  821 ggactaaattaaaagtttaaaattaccggccatgtcttaattctaactccatttgtagttccagaaatcttagctccattcactaa 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36358870 ggactaaattaaaagtttaaaattaccggccatgtcttaattctaactccatttgtagttccagaaatcttagctccattcactaa 36358955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 232 - 433
Target Start/End: Original strand, 36357891 - 36358087
Alignment:
Q  232 gaacctgtgtaagaaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaattgaaacagcacatcatctcttcatgggatgcaattttgct 331  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36357891 gaacttgtgtaagaaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaactgaaaca-----tcatctctttatgggatgcaattttgct 36357985  T
Q  332 aagctagtttggttctcatcttgccttggaatccatgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctag 431  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36357986 aagctagtttggttctcatctagccttggaatccatgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctag 36358085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 825 - 903
Target Start/End: Original strand, 36347607 - 36347684
Alignment:
Q  825 taaattaaaagtttaaaattaccggccatgtcttaattctaactccatttgtagttccagaaatcttagctccattcac 903  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36347607 taaattaaaa-tttgaaattaccggccaagtcttaattctaactccatttgtagttccagaaatcttagctccattcac 36347684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 9e-85; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 245 - 565
Target Start/End: Original strand, 40050169 - 40050489
Alignment:
Q  245 aaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaattgaaacagcacatcatctcttcatgggatgcaattttgctaagctagtttggt 344  Q
    |||||| |||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||| ||||||||  || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  40050169 aaaggggttaaaattgagcctttatgtccgatgtgcaattctgaaactgaaacagttcaccacctcttcatggaatgcaattttgctaagttagtttggt 40050268  T
Q  345 tctcatcttgccttggaatccatgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctaggctcacagttatt 444  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||    
T  40050269 tctcatctagccttggcatccatgtcccgttacactcctctcttagtagctggcttttaaattggttagaaaagaaagataaattaggctcacagttatt 40050368  T
Q  445 ttgcactattttgtggaaaatttggttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaacacttnnnnnnntgatgttgctaatgttgcgattgatttt 544  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||| || |       ||||||||||| || |||  ||||||||    
T  40050369 ttgcactattttgtggaaaatgtggttttataggaatcaaatggtgttcaaaatggttaatacctttccccctgatgttgctactgctgcacttgatttt 40050468  T
Q  545 gttgttgagtttaatcaaaca 565  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  40050469 gttgttgattttaatcaaaca 40050489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 241 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 35649834 - 35649579
Alignment:
Q  241 taagaaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaattgaaacagcacatcatctcttcatgggatgcaattttgctaagctagtt 340  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  35649834 taagaaaggggttaaaattgagcctttgtgtccgatgtgcaattctgaaactgaaacagctcaccacctcttcatggaatgcaattttgctaagttagtt 35649735  T
Q  341 tggttctcatcttgccttggaatccatgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctaggctcacagt 440  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||  ||||||||||||    
T  35649734 tggttctcatctagccttggcatccatgtcccgttacactcatctcttagtagctggcttttaaattggttagaaaagaaagataaattaggctcacagt 35649635  T
Q  441 tattttgcactattttgtggaaaatttggttttacaggaaccaaatggtgttcaaa 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  35649634 tattttgcactattttgtggaaaatgtggttttattggaatcaaatggtgttcaaa 35649579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 625 - 792
Target Start/End: Original strand, 40050862 - 40051029
Alignment:
Q  625 agtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatg 724  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  40050862 agtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatg 40050961  T
Q  725 cctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 792  Q
    | |||||||| | ||||| |  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40050962 cttttcctgtcattgcaattcctactgtctgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 40051029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 629 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 35637167 - 35637008
Alignment:
Q  629 tgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatgcctt 728  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  35637167 tgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatgaatatgcttt 35637068  T
Q  729 tcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaa 788  Q
    |||||| | | ||| |  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35637067 tcctgtcattacaattcctactgtctgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaa 35637008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 634 - 792
Target Start/End: Original strand, 7127879 - 7128037
Alignment:
Q  634 attatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatgcctttcctg 733  Q
    |||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  7127879 attaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggatatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatgaatatgcttttcctg 7127978  T
Q  734 ttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 792  Q
    | | || || |  |||||   ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7127979 tcattgtaattcctactgtcagtaacacttctattatctaattaagatgtttgaatttc 7128037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 670 - 728
Target Start/End: Original strand, 13182238 - 13182296
Alignment:
Q  670 cataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatgcctt 728  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13182238 cataagcttgttggctatgctacgcaaaatggttgtaattcctggaatggatatgcctt 13182296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 841 - 903
Target Start/End: Original strand, 21183885 - 21183947
Alignment:
Q  841 aattaccggccatgtcttaattctaactccatttgtagttccagaaatcttagctccattcac 903  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  21183885 aattacctgccatgtcttaattcttactccattagtagttctagataatttagctccattcac 21183947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 5e-77; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 622 - 792
Target Start/End: Original strand, 29848124 - 29848294
Alignment:
Q  622 aacagtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggat 721  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29848124 aacagtgtgtccattgtttatatttctagagatttaaatgctttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcctggaatggat 29848223  T
Q  722 atgcctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 792  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29848224 atgcctttcctgttactgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 29848294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 644 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 33091587 - 33091440
Alignment:
Q  644 tttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatgcctttcctgttagtgcaac 743  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||     
T  33091587 tttctagagatttaaatggattagcatataggtttgttggctatgttatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatgcttttcctgttattgcaat 33091488  T
Q  744 tagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaattt 791  Q
    |  |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33091487 tcctactgtctgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaattt 33091440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 469 - 622
Target Start/End: Original strand, 29847661 - 29847831
Alignment:
Q  469 gttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaacacttnnnnnnntgatgttgctaatgttgcgattgattttgttgttgagtttaatcaaac---- 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |       |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||        
T  29847661 gttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgataaatacatttccccctgatgttgctaatgctgcaactgattttgttgttgagtttaatcaaactgtg 29847760  T
Q  565 -------------aacaggggcagcaatccattgcagctgttcctagacttcataatgctcatattatcca 622  Q
                 | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29847761 cctgtcaagaagcatcagggacagcaatacattgcagctgctcctagacttcataatgctcatattatcca 29847831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 1e-56; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 245 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 14028829 - 14028617
Alignment:
Q  245 aaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaattgaaacagcacatcatctcttcatgggatgcaattttgctaagctagtttggt 344  Q
    |||||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  14028829 aaaggggttaatattgagcctttgtgtccgatgtgcaattctaaaactgaaacagctcaccacctcttcatggaatgcaattttgctaagttagtttggt 14028730  T
Q  345 tctcatcttgccttggaatccatgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctaggctcacagttatt 444  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||||    
T  14028729 tctcatctagccttggcatccatgtcccgttacactcctctcttagtagctggcttttaaattggttagaaaagaaagataaattaagctcacaattatt 14028630  T
Q  445 ttgcactattttg 457  Q
    |||||||||||||    
T  14028629 ttgcactattttg 14028617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 12636193 - 12636104
Alignment:
Q  34 aacatgattactcacctctaaaatatacaatataattaactcatcataatctttatccacttggactattatattctcttggacctatct 123  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12636193 aacatgatgactcacctctaaaatatataatgtaattaactcattataatctttatctacttggaatattatattctcttggacctatct 12636104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 754 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 14028497 - 14028459
Alignment:
Q  754 tgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 792  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14028497 tgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 14028459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 6e-49; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 365 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 41268097 - 41267897
Alignment:
Q  365 catgtccctttacaatcctctcttagtagctggcttttaagttggttaggaaagaaggacaatctaggctcacagttattttgcactattttgtggaaaa 464  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41268097 catgtcccgttacactcctctcttagtagctggcttttaaattggttagaaaagaaagataaattaggctcacagttattttgcactattttgtggaaaa 41267998  T
Q  465 tttggttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaacacttnnnnnnntgatgttgctaatgttgcgattgattttgttgttgagtttaatcaaac 564  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||| || |       ||||||||||| || |||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  41267997 tgtggttttataggaatcaaatggtgttcaaaatggttaatacctttccccctgatgttgctactgctgcacttgattttgttgttgattttaatcaaac 41267898  T
Q  565 a 565  Q
    |    
T  41267897 a 41267897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 625 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 41267524 - 41267358
Alignment:
Q  625 agtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatg 724  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  41267524 agtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatactatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatg 41267425  T
Q  725 cctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaattt 791  Q
    | |||| ||||| ||||| |  ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41267424 cttttcgtgttattgcaattcctactatctgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaattt 41267358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 625 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 48305222 - 48305056
Alignment:
Q  625 agtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatg 724  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  48305222 agtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatg 48305123  T
Q  725 cctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaattt 791  Q
    | |||||||| | ||| | |  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48305122 cttttcctgtcattgcgattcctactgtccgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaattt 48305056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 245 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 41271050 - 41270926
Alignment:
Q  245 aaagggattaaaattgaacctctgtgtcctatgtgtaattctgaaattgaaacagcacatcatctcttcatgggatgcaattttgctaagctagtttggt 344  Q
    |||||| |||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  41271050 aaaggggttaaaattgagcctttatgtccgatgtgcaattctgaaactgaaacagctcaccacctcttcatggaatgcaattttgctaagttagtttggt 41270951  T
Q  345 tctcatcttgccttggaatccatgt 369  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||    
T  41270950 tctcatctagccttggcatccatgt 41270926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 406 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 48307206 - 48307047
Alignment:
Q  406 ttggttaggaaagaaggacaatctaggctcacagttattttgcactattttgtggaaaatttggttttacaggaaccaaatggtgttcaaactgattaac 505  Q
    |||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| | |  ||||     
T  48307206 ttggttagaaaagaaagataaattaggctcacagttattttgca-tattttgtgaaaaatgtggttttataagaatcaaatggtgttcagaatagttaat 48307108  T
Q  506 a-cttnnnnnnntgatgttgctaatgttgcgattgattttgttgttgagtttaatcaaaca 565  Q
    | |||       ||||||||||| || |||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48307107 accttttccccctgatgttgctactgctgcacttgattttgttgttgattttaatcaaaca 48307047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 5411424 - 5411360
Alignment:
Q  24 atccttctagaacatgattactcacctctaaaatatacaatataattaactcatcataatcttta 88  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||  ||  ||||||||||||||||||    
T  5411424 atccttctagaacatgatgactcgcctctaaaatatctaatgcaaccaactcatcataatcttta 5411360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 625 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 14462733 - 14462566
Alignment:
Q  625 agtgtgtctattatttatatttctagagttttaaatgttttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcttggaatggatatg 724  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  14462733 agtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatg 14462634  T
Q  725 cctttcctgttagtgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 792  Q
    | |||||||| | ||||| |  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14462633 cttttcctgtcattgcaatttctactgtctgtaacacttctattatctaatgaagatgtttgaatttc 14462566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 225
Target Start/End: Original strand, 16644449 - 16644678
Alignment:
Q  19 tatatatccttctagaacatgattactcacctctaaaatataca----atataattaactcatcataatctttatccacttggactattatattctcttg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||    
T  16644449 tatatatccttctagaacatgattactcacctctataatatagatagaatacaattaactcatcataatctttatctacttgaattgttatattctcttg 16644548  T
Q  115 gacctatctt--------------------tacttctaaagattttccacagacaaggtctatctccatctgttgatacaaacttcaaattttgacaaca 194  Q
     |||||||||                    | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16644549 aacctatcttgggtcattacattgacttgcttcttctaaacattttccaca-acaaggtctatctccatctgttgatagaaacttcaaattttgacaaca 16644647  T
Q  195 gatcaacccgtttatggaattcaacagtgaa 225  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16644648 gatcaacccttttatggaattcaacagtgaa 16644678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 41496066 - 41495966
Alignment:
Q  21 tatatccttctagaacatgattactcacctctaaaatatacaatataattaactcatcataatctttatcca-cttggactattatattctcttggacct 119  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  41496066 tatattcttctagaacatgatgactaatctctaaaatata---tgcaattaactcatcataatctttatttagcttgg-ctattatattctcttggacct 41495971  T
Q  120 atctt 124  Q
    |||||    
T  41495970 atctt 41495966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 24899330 - 24899227
Alignment:
Q  24 atccttctagaacatgattactcacctctaaaata--tacaatataattaactcatcataatcttt-atccacttggactattatattctcttggaccta 120  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||  || |||  ||||||||||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||| ||||  |||    
T  24899330 atccttttaaaacatgatgactcacctctaaaatatgtataattcaattaactcatcataatctttaatctagttgagctattatattctattgggtcta 24899231  T
Q  121 tctt 124  Q
    ||||    
T  24899230 tctt 24899227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University