View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5400_high_125 (Length: 203)

Name: NF5400_high_125
Description: NF5400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5400_high_125
NF5400_high_125
[»] chr6 (23 HSPs)
chr6 (17-187)||(6432173-6432343)
chr6 (18-187)||(6410018-6410187)
chr6 (18-187)||(6394876-6395045)
chr6 (18-187)||(6415978-6416147)
chr6 (22-187)||(6423229-6423394)
chr6 (18-187)||(6426523-6426692)
chr6 (20-181)||(6589243-6589404)
chr6 (18-181)||(7119175-7119338)
chr6 (18-181)||(7131653-7131816)
chr6 (18-187)||(7994100-7994269)
chr6 (18-181)||(14820711-14820874)
chr6 (18-187)||(6402872-6403041)
chr6 (18-187)||(6594524-6594693)
chr6 (18-170)||(6596846-6596998)
chr6 (84-150)||(12102315-12102381)
chr6 (18-187)||(6585155-6585324)
chr6 (18-187)||(10579654-10579823)
chr6 (106-179)||(14802356-14802429)
chr6 (20-71)||(8913904-8913955)
chr6 (94-181)||(14818400-14818487)
chr6 (19-187)||(9411367-9411532)
chr6 (104-144)||(11936279-11936319)
chr6 (104-144)||(11948259-11948299)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (20-187)||(13470652-13470819)
chr3 (19-181)||(51113700-51113862)
chr3 (34-187)||(51120827-51120980)
chr3 (32-187)||(51764372-51764527)
chr3 (104-144)||(1657306-1657346)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (17-181)||(10614611-10614775)
chr7 (20-187)||(15092071-15092238)
chr7 (19-170)||(7977607-7977758)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (19-181)||(1524405-1524567)
chr4 (19-170)||(1600448-1600599)
chr4 (20-144)||(53761692-53761816)
chr4 (19-187)||(1548345-1548511)
chr4 (34-187)||(546925-547078)
chr4 (30-170)||(659738-659878)
chr4 (19-187)||(55908647-55908815)
chr4 (19-179)||(1552686-1552846)
chr4 (19-170)||(12116494-12116645)
chr4 (18-187)||(640927-641096)
chr4 (87-187)||(532201-532301)
chr4 (19-175)||(8187010-8187166)
chr4 (18-181)||(1519061-1519223)
chr4 (34-179)||(553499-553644)
chr4 (23-150)||(570400-570524)
chr4 (19-144)||(21834297-21834422)
chr4 (90-170)||(1537757-1537837)
chr4 (30-161)||(7225813-7225944)
chr4 (101-170)||(12121458-12121527)
chr4 (34-118)||(566270-566354)
chr4 (100-170)||(1513407-1513477)
chr4 (101-162)||(8184031-8184092)
chr4 (62-187)||(55505070-55505195)
chr4 (102-174)||(1545798-1545870)
chr4 (30-74)||(3438496-3438540)
chr4 (100-151)||(1489361-1489412)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-187)||(19468418-19468586)
chr1 (109-178)||(9586660-9586729)
chr1 (102-187)||(52082593-52082678)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (16-187)||(41889470-41889641)
chr5 (107-187)||(41901542-41901622)
chr5 (30-187)||(32267487-32267641)
chr5 (106-187)||(38267562-38267643)
chr5 (107-189)||(37937897-37937979)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (89-187)||(18315262-18315360)
chr8 (20-175)||(34936083-34936238)
chr8 (88-187)||(32151313-32151412)
chr8 (102-187)||(27922520-27922605)
chr8 (20-187)||(17636317-17636488)
chr8 (48-150)||(21235607-21235709)
chr8 (19-144)||(28246214-28246339)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-187)||(1037583-1037751)
chr2 (101-181)||(32785773-32785853)
chr2 (99-187)||(45245084-45245172)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (19-181)||(543-705)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (24-187)||(1388-1554)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (128-187)||(39196-39255)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (19-72)||(88943-88996)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 7e-85; HSPs: 23)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6432343 - 6432173
Alignment:
Q  17 atgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagt 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6432343 atgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagt 6432244  T
Q  117 tcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6432243 tcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 6432173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6410187 - 6410018
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6410187 tgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 6410088  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  6410087 cccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaaga 6410018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6395045 - 6394876
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6395045 tgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagtt 6394946  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  6394945 cccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaaga 6394876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6416147 - 6415978
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||  ||   |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6416147 tgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagtt 6416048  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| || |||||||||| |||||    
T  6416047 cccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaaga 6415978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6423394 - 6423229
Alignment:
Q  22 ggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttccca 121  Q
    ||||||| ||| |||||| ||| |||| || | |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  6423394 ggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttccca 6423295  T
Q  122 atctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||| |||| ||||| |||||    
T  6423294 agctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaaga 6423229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6426692 - 6426523
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6426692 tgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagtt 6426593  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||  |||||| ||||| |||||    
T  6426592 cccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaaga 6426523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 6589243 - 6589404
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcc 119  Q
    ||||||||| |||||| || || |||||||||||  |||  ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6589243 aaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcc 6589342  T
Q  120 caatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  6589343 catgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatct 6589404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 7119338 - 7119175
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| | |||  || ||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  7119338 tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgtt 7119239  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    | | | ||| ||||||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||  |||||||||    
T  7119238 caccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatct 7119175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 7131816 - 7131653
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| | |||  || ||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  7131816 tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgtt 7131717  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    | | | ||| ||||||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||  |||||||||    
T  7131716 cgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatct 7131653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 7994100 - 7994269
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| |||||||||  | |  ||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  7994100 tgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagtt 7994199  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    || || ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  7994200 ccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaaga 7994269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14820874 - 14820711
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  14820874 tgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagtt 14820775  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    |||||  |  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||||||||||| ||||||    
T  14820774 cccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatct 14820711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6403041 - 6402872
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||| |    |||  || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  6403041 tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagtt 6402942  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||| | ||  | ||||||||||||||| |||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  6402941 ccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaaga 6402872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 6594524 - 6594693
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||| ||   |||  || |||||||||||||||||| ||||||  ||||    
T  6594524 tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagtt 6594623  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||| |||||   |||||||| |||||    
T  6594624 cccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaaga 6594693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 170
Target Start/End: Original strand, 6596846 - 6596998
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||  |||| |||||||||| |||| | |||  ||  ||||||| || || ||| ||||||||| ||    
T  6596846 tgaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaatt 6596945  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||    
T  6596946 ccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacact 6596998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102315
Alignment:
Q  84 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaataca 150  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 12102315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 6585155 - 6585324
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||||||||||  |    |||  || ||||||||||| |||||| ||||||  ||||    
T  6585155 tgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtt 6585254  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
     || |  || |||| |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  6585255 acccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaaga 6585324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 10579654 - 10579823
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| |||||||| | | |||||| ||||  |||| ||||||||||||||| | |||  || |||||||| || | |||| ||  ||| | ||    
T  10579654 tgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaatt 10579753  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||| |||  ||||| |||||    
T  10579754 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaaga 10579823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802356
Alignment:
Q  106 aactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgat 179  Q
    |||||||||||||||||  || | |||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgat 14802356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 71
Target Start/End: Original strand, 8913904 - 8913955
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaactt 71  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  8913904 aaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgtaagattaaacatttgaactt 8913955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14818487 - 14818400
Alignment:
Q  94 ctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||  |  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||||||||||| ||||||    
T  14818487 ctacatggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatct 14818400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 9411532 - 9411367
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| ||||   |||||     |||| |||  ||||| |||||||||| ||||    
T  9411532 gaaggtattttgcaggttttaaggagatgtggtaacattagacatttgaacctagc---ttgtacttgtgtgacgctcgatggattgaactttgaggttc 9411436  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||   ||||||| ||| |||| ||||| |||||    
T  9411435 ccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaaga 9411367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 144
Target Start/End: Original strand, 11936279 - 11936319
Alignment:
Q  104 tgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  11936279 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 144
Target Start/End: Original strand, 11948259 - 11948299
Alignment:
Q  104 tgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  11948259 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Original strand, 13470652 - 13470819
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcc 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  13470652 aaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcc 13470751  T
Q  120 caatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||    
T  13470752 caatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaaga 13470819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 181
Target Start/End: Original strand, 51113700 - 51113862
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  51113700 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 51113799  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    |||| ||| |||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  51113800 ccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatct 51113862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 187
Target Start/End: Original strand, 51120827 - 51120980
Alignment:
Q  34 gttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgt 133  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| ||| ||||||||  ||  ||||  || |||||| || |||||||||||||||||||||| |||  || ||||||    
T  51120827 gttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgt 51120926  T
Q  134 tgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  51120927 tgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaaga 51120980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Original strand, 51764372 - 51764527
Alignment:
Q  32 aagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggt 131  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||  ||||||||| || || | |||  || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  51764372 aagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggt 51764471  T
Q  132 gttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||  ||||||||  |||||  ||| ||||| ||||||| |||| ||||| |||||    
T  51764472 gttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaaga 51764527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657306
Alignment:
Q  104 tgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 1657306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 7e-48; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 10614775 - 10614611
Alignment:
Q  17 atgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagt 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  ||    
T  10614775 atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgt 10614676  T
Q  117 tcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10614675 tcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatct 10614611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092238
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcc 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |    ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  120 caatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    | | ||| |||||||||| |||||| | ||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaaga 15092238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 7977758 - 7977607
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| |||||| ||||  ||  ||||| |||| ||||||||| || || |||     
T  7977758 gaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaaattcgacgttt 7977659  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
     ||| ||  |||  |||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||||||    
T  7977658 gcaaactcgaggctttgaacttgtcacatacaacagttgatgataaaacact 7977607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 1e-30; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 181
Target Start/End: Original strand, 1524405 - 1524567
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgta-taaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||  |||||  ||| || |||||||||||||||||||||    
T  1524405 gaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaa-cttcatggaatgaactttgaagtt 1524503  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||  |||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  1524504 cccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatct 1524567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600448
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||| | |||  || | ||||||| |  |||||||||||||||||||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
      || ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 144
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761816
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcc 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| | |||  || ||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  120 caatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    ||| ||  ||| |||||||||||||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtca 53761816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 1548345 - 1548511
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacat-ggaatgaactttgaagtt 117  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||    
T  1548345 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaatt 1548441  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  1548442 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 1548511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 547078 - 546925
Alignment:
Q  34 gttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgt 133  Q
    ||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||| || ||||| ||  |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||  || |||||     
T  547078 gttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtgg 546979  T
Q  134 tgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||||||  |||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  546978 tgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaaga 546925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 659878 - 659738
Alignment:
Q  30 tcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaag 129  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||| | |||| ||||||||||  |||  || || ||||||||  | ||| || |||||||||||||| ||  ||    
T  659878 tcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagag 659779  T
Q  130 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  659778 gtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact 659738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 55908647 - 55908815
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| |||  || |||||| |||| | |||| |||||| ||||||    
T  55908647 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 55908746  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |  |  |  ||||||| ||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  55908747 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaaga 55908815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 179
Target Start/End: Original strand, 1552686 - 1552846
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgt---ataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaag 115  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||  ||| |||||||||||||||| || ||   ||| ||| |||||||| |||| |||||||||||     
T  1552686 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttggactgaactttgaaa 1552782  T
Q  116 ttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgat 179  Q
    ||||||| ||| | |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  |||||||    
T  1552783 ttcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgat 1552846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 170
Target Start/End: Original strand, 12116494 - 12116645
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||||||| |||  |||| | || || | | ||||||||||||| ||||    
T  12116494 gaagctatctatcaaattttaaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttc 12116593  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    | ||| |  ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||    
T  12116594 caaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcact 12116645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 641096 - 640927
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||  ||||     ||| || |||| ||||||||| |||||| |     
T  641096 tgaaggaatttttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttgaacta 640997  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    || |   || ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| || |||| || |||||    
T  640996 ccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaaga 640927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 87 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532201
Alignment:
Q  87 agtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaag 186  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||  |||||||||| || ||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  187 a 187  Q
    |    
T  532201 a 532201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 175
Target Start/End: Original strand, 8187010 - 8187166
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||| |  |||   |||||||||||||||| |||  || |||   |||    ||||||||||||||| ||     
T  8187010 gaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaattt 8187109  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatg 175  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  8187110 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatg 8187166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 1519061 - 1519223
Alignment:
Q  18 tgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagtt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |   |||  |||||||||| ||| | ||   ||| || | |||| |||| ||||||||||||||||    
T  1519061 tgaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgaaggattaggcatttgaactgagcattttaattaagagaggagctgcatg-aatgaactttgaagtt 1519159  T
Q  118 cccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||  || |||| ||||||||||    
T  1519160 cccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatct 1519223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 553644 - 553499
Alignment:
Q  34 gttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgt 133  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||| ||   |||  || ||||||| ||| |  | |||||||| |||||| ||| ||| ||||||    
T  553644 gttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgt 553545  T
Q  134 tgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgat 179  Q
    |||||||||||  |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||    
T  553544 tgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgat 553499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570400
Alignment:
Q  23 gtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaa 122  Q
    |||||| ||||||||||||   ||||||||||||||  ||||||||||||||  | ||   ||||||||| || | |||| ||||||||||||||| |||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaag---atgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaa 570428  T
Q  123 tctgaaggtgttgaacttgtcaaataca 150  Q
     ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  570427 actcgaggtgttgaacttgtcatataca 570400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 144
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    ||||||||||   |||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||| |   ||||   ||||||||||||||| | || ||||||| |||||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 170
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537837
Alignment:
Q  90 gaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||  ||||||||  |||||||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacact 1537837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 161
Target Start/End: Original strand, 7225813 - 7225944
Alignment:
Q  30 tcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaag 129  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||| |||  || |||||||||||     |||||||||||||||| | |  || ||    
T  7225813 tcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggag 7225912  T
Q  130 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatga 161  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  7225913 gtcttgaacttgtcacatacaagagttgatga 7225944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 170
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121527
Alignment:
Q  101 gaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacact 12121527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 566354 - 566270
Alignment:
Q  34 gttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||  |   |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  566354 gttttaaggatatgttgtaacattacacatttgaacttaagcagctgtagaaatgtgaagctacgtggaatgaactttgaagttc 566270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 100 - 170
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513477
Alignment:
Q  100 ggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacact 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||  |||||  ||| |||||||||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacact 1513477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 101 - 162
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184092
Alignment:
Q  101 gaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgat 162  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgat 8184092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 187
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505195
Alignment:
Q  62 atttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatga 161  Q
    |||||||| ||||||| |||  || |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||  ||| | ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  162 tgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    || |||||||||||||| || |||||    
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaaga 55505195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 1545870 - 1545798
Alignment:
Q  102 aatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttat 174  Q
    |||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||    |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  1545870 aatgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacactttat 1545798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 74
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438540
Alignment:
Q  30 tcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagc 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagc 3438540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 151
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489412
Alignment:
Q  100 ggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaa 151  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaa 1489412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 9e-29; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 19468418 - 19468586
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||  |||  ||||| ||||||||| | |||  || |||||| |||| |||| ||||||||| |||||    
T  19468418 gaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttc 19468517  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19468518 ccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaaga 19468586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9586729 - 9586660
Alignment:
Q  109 tttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtga 178  Q
    |||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  9586729 tttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtga 9586660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 52082678 - 52082593
Alignment:
Q  102 aatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||||| ||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||   || ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  52082678 aatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaaga 52082593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 60; Significance: 8e-26; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Original strand, 41889470 - 41889641
Alignment:
Q  16 gatgaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaag 115  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||  ||| | ||||||||||| ||   |||  || ||||||||||| || |||||||||| |||    
T  41889470 gatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaag 41889569  T
Q  116 ttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||  || ||||||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  41889570 ttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaaga 41889641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 107 - 187
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901622
Alignment:
Q  107 actttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaaga 41901622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 32267641 - 32267487
Alignment:
Q  30 tcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaag 129  Q
    |||| ||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||  || |||||| ||| |   |||||||||||||||||||||  || ||    
T  32267641 tcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaactttgaagttcccaaattggag 32267545  T
Q  130 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    || |||||||||||| | ||||  ||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  32267544 gtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaaga 32267487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 187
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267643
Alignment:
Q  106 aactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||| |||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaaga 38267643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937897
Alignment:
Q  107 actttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaagatg 189  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| || |||||||  || ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatg 37937897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 8e-23; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 89 - 187
Target Start/End: Original strand, 18315262 - 18315360
Alignment:
Q  89 tgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  18315262 tgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaaga 18315360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 175
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936238
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcc 119  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||| ||||||| |||| ||| |||||  ||||||||| || ||  |||||| |||||| |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  120 caatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatg 175  Q
     || ||  |||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatg 34936238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 32151412 - 32151313
Alignment:
Q  88 gtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||  ||||||  || ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  32151412 gtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaaga 32151313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922520
Alignment:
Q  102 aatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaaga 27922520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Original strand, 17636317 - 17636488
Alignment:
Q  20 aaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatgga----atgaactttgaag 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||  |||  ||||||||||||| |   |||  || |||||| |||||| ||    |||||||||||||    
T  17636317 aaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaag 17636416  T
Q  116 ttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||  || ||||||||||||||||| | ||| | ||| | |||||| || | |||||||||| |||||    
T  17636417 ttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaaga 17636488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 21235709 - 21235607
Alignment:
Q  48 ttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaat 147  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||  | ||   ||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  21235709 ttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatat 21235610  T
Q  148 aca 150  Q
    |||    
T  21235609 aca 21235607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 144
Target Start/End: Original strand, 28246214 - 28246339
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| |   ||||  || | |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  28246214 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttc 28246313  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtca 144  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||    
T  28246314 ccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 3e-19; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 1037583 - 1037751
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| | |  || |||||| |||| | |||| |||||| ||||||    
T  1037583 gaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 1037682  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |  |  |  ||||||| ||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  1037683 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaaga 1037751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 181
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785853
Alignment:
Q  101 gaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatct 32785853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 187
Target Start/End: Original strand, 45245084 - 45245172
Alignment:
Q  99 tggaatgaactttgaagttcccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  45245084 tggaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaaga 45245172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 181
Target Start/End: Original strand, 543 - 705
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 118  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||   || ||||||||| |||||||| |||  || |||||| |||| | |||| |||||| ||||||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  119 ccaatctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatct 181  Q
    |  |  |  ||||||| ||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||||    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatct 705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 187
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1554
Alignment:
Q  24 tatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||  |||  |   ||| | |||  || ||||||||||| |||||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  124 ctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgt---taatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||  ||   | ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaaga 1554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 39255 - 39196
Alignment:
Q  128 aggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttaatgatgaaacactttatgtgatcttaaaga 187  Q
    |||||||||||||| ||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39255 aggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaaga 39196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 88996 - 88943
Alignment:
Q  19 gaaggtatttatcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaactta 72  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  88996 gaaggtattgatcagattttaaggagatgttgtaagattagacatttgaactta 88943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University