View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5400_low_4 (Length: 683)

Name: NF5400_low_4
Description: NF5400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5400_low_4
NF5400_low_4
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-667)||(15196016-15196670)
chr1 (13-667)||(15216434-15217088)
chr1 (15-530)||(15195367-15195882)
chr1 (15-530)||(15215785-15216300)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (13-662)||(17563031-17563680)
chr5 (48-662)||(17570127-17570741)
chr5 (48-584)||(17690563-17691096)
chr5 (51-584)||(17683640-17684170)
chr5 (321-662)||(17701991-17702332)
chr5 (48-327)||(17621843-17622122)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (13-662)||(14764919-14765568)
chr7 (48-662)||(14757794-14758408)
chr7 (48-662)||(14749875-14750486)
chr7 (48-584)||(14661091-14661624)
chr7 (48-584)||(14652656-14653189)
chr7 (321-662)||(14627161-14627502)
[»] scaffold1961 (1 HSPs)
scaffold1961 (300-662)||(1-360)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (48-655)||(24395374-24395981)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 667
Target Start/End: Original strand, 15196016 - 15196670
Alignment:
Q  13 tcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttac 112  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15196016 tcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttac 15196115  T
Q  113 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15196116 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtccaag 15196215  T
Q  213 aagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagccc 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15196216 aagtggctcactttatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcgctcaatcaatttctgtgattcagccc 15196315  T
Q  313 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196316 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 15196415  T
Q  413 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196416 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 15196515  T
Q  513 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196516 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 15196615  T
Q  613 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaacttgttcg 667  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196616 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaacttgttcg 15196670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 667
Target Start/End: Original strand, 15216434 - 15217088
Alignment:
Q  13 tcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttac 112  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15216434 tcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttac 15216533  T
Q  113 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15216534 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtccaag 15216633  T
Q  213 aagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagccc 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15216634 aagtggctcactttatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcgctcaatcaatttctgtgattcagccc 15216733  T
Q  313 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216734 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 15216833  T
Q  413 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216834 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 15216933  T
Q  513 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216934 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 15217033  T
Q  613 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaacttgttcg 667  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15217034 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaacttgttcg 15217088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 530
Target Start/End: Original strand, 15195367 - 15195882
Alignment:
Q  15 atcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttacta 114  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15195367 atcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttacta 15195466  T
Q  115 acccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaa 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195467 acccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaa 15195566  T
Q  215 gtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15195567 gtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaataaatttctgtgattcagcccgg 15195666  T
Q  315 tagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagtt 414  Q
    |||||||| |||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  15195667 tagaactcggctggaagctgcagaaaaggattctcaaattcttgcacataaacggaaggtcctaaatccattagcatatttgttatatttctaatcactt 15195766  T
Q  415 ttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctct 514  Q
    || | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15195767 ttatgttaacaacttctccagcatagtacttgcatactaattcccaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttcgct 15195866  T
Q  515 ccacaggctcagacca 530  Q
    ||||||| ||||||||    
T  15195867 ccacaggttcagacca 15195882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 530
Target Start/End: Original strand, 15215785 - 15216300
Alignment:
Q  15 atcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttacta 114  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15215785 atcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctactcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttacta 15215884  T
Q  115 acccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaa 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215885 acccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaa 15215984  T
Q  215 gtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15215985 gtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttcttgagataatccccacaatcacagcactcaataaatttctgtgattcagcccgg 15216084  T
Q  315 tagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagtt 414  Q
    |||||||| |||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  15216085 tagaactcggctggaagctgcagaaaaggattctcaaattcttgcacataaacggaaggtcctaaatccattagcatatttgttatatttctaatcactt 15216184  T
Q  415 ttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctct 514  Q
    || | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15216185 ttatgttaacaacttctccagcatagtacttgcatactaattcccaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttcgct 15216284  T
Q  515 ccacaggctcagacca 530  Q
    ||||||| ||||||||    
T  15216285 ccacaggttcagacca 15216300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 17563680 - 17563031
Alignment:
Q  13 tcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttac 112  Q
    |||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17563680 tcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttatcatcaccaagcatgtttac 17563581  T
Q  113 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccag 212  Q
    |||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  17563580 taacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctccaccagagtagtaatcttcgtttcagtgctagggtccaag 17563481  T
Q  213 aagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagccc 312  Q
     |||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17563480 tagtggctcactctatcaagttcctcattcagatgcatctcagccttcttgagataatccccagaaccacagcactcaataaatatctgtgattcagccc 17563381  T
Q  313 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 412  Q
    | |||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  17563380 gatagaactcagttgaagctagcagaaaaggattctcaaattcttccccataaacggaaggacctgtatcaattagcatctttgttatacttctaatcag 17563281  T
Q  413 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 512  Q
    |  ||||| ||||||||| || |||   ||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17563280 tcctctattaacaacttcgccggcacgctcactgcgtactaattccaaaagcatattcaacagtcgagtccttatctggtttgaatgaagaacattttct 17563181  T
Q  513 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 612  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  || ||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||    
T  17563180 ctccacaggttcagaccaagttcataaacagttgtcttcttgatggtttggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttgtaatg 17563081  T
Q  613 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 662  Q
    ||||  ||||||| | |||  ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  17563080 ccttattgtgatcttcccacattctgtttaattctaccagaaaggaactt 17563031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 48 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 17570741 - 17570127
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17570741 acacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatgtttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagca 17570642  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| || ||||||  || ||||||||||||     
T  17570641 tgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgctagggtccaagtagtggcacattctatctgtttcctcattcaggca 17570542  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
    | ||||| | ||||| |||||||| || |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || || | | ||    
T  17570541 cctctcaactttcttgagataatcaccgcaatcacagcactcgataaatttctgagattcagccctgtagaactcagctgaaacttgtagaaacgaagtc 17570442  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    || |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| | ||| |||| |||| ||||||   |||||||    
T  17570441 tcgaattcttgctcataaacagaagaacctaaatccattagcatctttgtaatatttttaatcagttctatattaacatcttccccagcacgttccttgc 17570342  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||  ||||||||||||| | ||||    
T  17570341 atactaattccaaaagcatattcgacagtcgagtcctgatctgttttgagtaaataacattctctgtccacaggttcaagccaagttcataaatatgtgt 17570242  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattct 647  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  17570241 cttcttggtctgtgggatataagtcttatccacgtacatcagaatgtcattaatcattcgtaatgccttattatgatcattccattttctgtttaattct 17570142  T
Q  648 ttcagaaaggaactt 662  Q
    | |||||||||||||    
T  17570141 tccagaaaggaactt 17570127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 48 - 584
Target Start/End: Original strand, 17690563 - 17691096
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17690563 acacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaatcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctaggca 17690662  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    || ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| ||||||| |||  |||||||| || | ||    ||||||||  || ||||||||| ||     
T  17690663 tgggattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagtcttagggtccaagtaatga---actctatccgtttcctcattcaagca 17690759  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
    | ||||| | ||||| |||||||||||||| ||| | |||| |||  ||||||| |||||||||  |||  | |||||| |||||||||| |||||| ||    
T  17690760 cctctcaactttcttgagataatccccacagtcaaaacacttaatatatttctgggattcagccttgtaagattcagctaaaacttgcagaaaaggagtc 17690859  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    |||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||| ||| | |||| |||| || |||   ||||||     
T  17690860 tcaaatacttgctcataaacagaaggacctaaatcaattagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgttaacatcttccccggcacgctccttga 17690959  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  17690960 atacaaactccaaaagcatattcgacaatcgattccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgt 17691059  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtac 584  Q
    ||| |||||  | |||||||||||| | |||||||||    
T  17691060 ctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtac 17691096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 51 - 584
Target Start/End: Original strand, 17683640 - 17684170
Alignment:
Q  51 cgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatgt 150  Q
    |||||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||     
T  17683640 cgacggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctcagcatgg 17683739  T
Q  151 gattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcat 250  Q
    ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| ||||||| |||  |||||||| || | ||  |   ||||||  || |||||||||||| | |    
T  17683740 gattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagtcttagggtccaagtaatgaat---tctatccgtttcctcattcaggcacct 17683836  T
Q  251 ctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctca 350  Q
    |||| | ||||| ||||||||||| || ||| | ||||| ||  ||||||  |||||||||  |||  | |||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  17683837 ctcaactttcttgagataatccccgcagtcacaacactcgatatatttctcggattcagccttgtaagattcagctaaaacttgcagaaaaggagtctca 17683936  T
Q  351 aattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcata 450  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||| ||| | |||| |||| || ||| | |||||  |||    
T  17683937 aattcttgctcataaacagaaggacctaaatcaattagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgttaacatcttccccggcacactccttaaata 17684036  T
Q  451 ctaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtctt 550  Q
    | ||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  17684037 caaactccaaaagcgtattcgacagttgagtccttatctggtttgaataaataacaatttctctccacaggttcagaccaagttcataaacaggagtctt 17684136  T
Q  551 gttggtctttgggatataagtcgtatccatgtac 584  Q
     || ||  |||||||||||||| | |||||||||    
T  17684137 ttttgtgcttgggatataagtcctttccatgtac 17684170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 321 - 662
Target Start/End: Original strand, 17701991 - 17702332
Alignment:
Q  321 tcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctat 420  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||| ||| |    
T  17701991 tcagctaaaacttgcagaaaaggagtctcaaatacttgctcataaacagaaggacctaaatcaattagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgt 17702090  T
Q  421 caacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacag 520  Q
     |||| |||| || |||   || ||   ||| ||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17702091 taacatcttccccggcacgctctttaagtacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacag 17702190  T
Q  521 gctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctg 620  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| | || |||||  |||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| ||  |||||||||        
T  17702191 gttcaaaccaagttcataaacaggtttgtttttggtgcttgggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttctaatgccttataa 17702290  T
Q  621 tgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 662  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||    
T  17702291 taatcattccatttcgtgtttaattcttcaagaaaggaactt 17702332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 48 - 327
Target Start/End: Original strand, 17621843 - 17622122
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  17621843 acacgacggaacaagttatacattctacccaagtcttcatatttatcaccacaaatcatgtttactaacccagaattttccatatggattaatctaagca 17621942  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    ||| |||||| || ||||||||| |||||| | ||| |||  ||| ||  || ||||| ||| |  | ||| |||||||||| | | |||||||||| ||    
T  17621943 tgtcattttcaataatctccttcaccaccatattagcaatagtctctttggtcctaggatccaaataatggttcactctatccaattcctcattcagccg 17622042  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctg 327  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||  |||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||    
T  17622043 cctctcagctttcttgagataatccccacaatcacaacatccaataaatttctgagtttctgccctgtagaactcagctg 17622122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 662
Target Start/End: Original strand, 14764919 - 14765568
Alignment:
Q  13 tcatcacttctcgtatttgtgatagaccaccgttgacacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttac 112  Q
    |||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14764919 tcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttatcatcaccaagcatgtttac 14765018  T
Q  113 taacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccag 212  Q
    |||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||    
T  14765019 taacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctccaccagagtagtaattttcgtttcagtgctagggtccaag 14765118  T
Q  213 aagtggctcactctatcaattacctcattcaggcgcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagccc 312  Q
     |||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14765119 tagtggctcactctatcaagttcctcattcagatgcatctcagccttcttgagataatccccagaaccacagcactcaataaatatctgtgattcagccc 14765218  T
Q  313 ggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcag 412  Q
    | |||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  14765219 gatagaactcagttgaagctagcagaaaaggattctcaaattcttcctcataaacggaaggacctgtatcaattagcatctttgttatacttctaatcag 14765318  T
Q  413 ttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttct 512  Q
    |  ||||| ||||||||| || |||   ||  ||  ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  14765319 tcctctattaacaacttcgccggcacgctcactgtgtactaattccaaaagcatattcaacagtcgagtccttatctggtttgaatgaagaacattttct 14765418  T
Q  513 ctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatg 612  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  || ||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||    
T  14765419 ctccacaggttcagaccaagttcataaacagttgtcttcttgatggtttggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaatcatttgtaatg 14765518  T
Q  613 ccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 662  Q
    ||||  ||||||| | |||  ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  14765519 ccttattgtgatcttcccacattctgtttaattctaccagaaaggaactt 14765568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 48 - 662
Target Start/End: Original strand, 14757794 - 14758408
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14757794 acacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatgtttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagca 14757893  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| || ||||||  || ||||||||||||     
T  14757894 tgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgctagggtctaagtagtggcacattctatctgtttcctcattcaggca 14757993  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
    | ||||| | ||||| |||||||| || |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || || | | ||    
T  14757994 cctctcaactttcttgagataatcaccgcaatcacagcactcgataaatttctgagattcagccctgtagaactcagctgaaacttgtagaaacgaagtc 14758093  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    || |||||||||   ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| | ||| |||| |||| ||||||   |||||||    
T  14758094 tcgaattcttgctcttaaacagaagaacctaaatccattagcatctttgtaatatttttaatcagttctatattaacatcttccccagcacgttccttgc 14758193  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||  ||||||||||||| | ||||    
T  14758194 atactaattccaaaagcatattcgacagtcgagtcctgatctgttttgagtaaataacattctctgtccacaggttcaagccaagttcataaatatgtgt 14758293  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattct 647  Q
    ||| ||||||| |||||||||| || |||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14758294 cttcttggtctgtgggatataattcttatccacgtacatcagaatgtcattaatcattcgtaatgccttattatgatcattccattttctgtttaattct 14758393  T
Q  648 ttcagaaaggaactt 662  Q
    | |||||||||||||    
T  14758394 tccagaaaggaactt 14758408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 48 - 662
Target Start/End: Original strand, 14749875 - 14750486
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||    
T  14749875 acacgatggaacaagttatacattctacccaaatcgttatatttatcaccacaaagcatgtttactaacccagaattctgcaattggattaatctaagca 14749974  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    |||||||||| ||  ||||||||   | || | |||||||||||| ||  || | ||  ||| | || ||||||| ||||||  || |||||||||| ||    
T  14749975 tgtgattttcaatagtctccttc---agcatattagtaatcttctcttttgtcccagtatccaataaatggctcagtctatctgtttcctcattcagccg 14750071  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
    | |  || | ||||| | |||||| || |||||| |  | ||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  14750072 ctttgcaactttcttgaaataatcaccgcaatcagaaaaatcaacaaatttctgggattcagccctatagaactcagctgaaacttgtaaaaaaggagtc 14750171  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    |||||||||| |  ||||||  | |||||||||||||||||||| |||| || || ||||||| ||| ||||| |||| ||||  ||||||  ||||||     
T  14750172 tcaaattcttcctcataaacaaagggacctaaatccattagcatctttgatagatttctaatcggttctctattaacatcttccgcagcatgctccttga 14750271  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||| ||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  14750272 atacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattctctctccacaggttcagaccaagtttataaacatgtgt 14750371  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattct 647  Q
    ||| ||| ||| ||||| ||||||| |||||   | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14750372 cttcttgatctgtgggaaataagtcatatccgcatgcatcaaaatgtctctaatcattcgtaatgcctcattatgatcattccattttgtgtttaattct 14750471  T
Q  648 ttcagaaaggaactt 662  Q
    |  ||||||||||||    
T  14750472 tcaagaaaggaactt 14750486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 48 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 14661624 - 14661091
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  14661624 acacgacggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctcagca 14661525  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    || ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| ||||||| |||  |||||||| || | ||  |   ||||||  || ||||| ||||||     
T  14661524 tgggattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagtcttagggtccaagtaatgaat---tctatccgtttcctcagtcaggca 14661428  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
    | ||||| | ||||| ||||||||| | || ||| ||||||||||  ||||||  |||||||||  |||  | |||||| |||||||||| |||||| ||    
T  14661427 cctctcaactttcttgagataatcctcgcagtcacagcactcaatatatttctcagattcagccttgtaagattcagctaaaacttgcagaaaaggagtc 14661328  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||| ||| | |||| |||| || |||   ||||||     
T  14661327 tcaaattcttgctcataaacagaaggacctaaatcaattagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgttaacatcttccccggcacgctccttga 14661228  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||| ||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  14661227 atacaaactccaaaagcgtattcgacagtcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaacaggagt 14661128  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtac 584  Q
    ||| || ||  |||||||||||||| | |||||||||    
T  14661127 cttttttgtgcttgggatataagtcctttccatgtac 14661091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 48 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 14653189 - 14652656
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||  | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  14653189 acacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctcagca 14653090  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctagggtcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggcg 247  Q
    || ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| ||||||| |||  |||||||| || | ||    ||||||||  || ||||||||||||     
T  14653089 tgggattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagtcttagggtccaagtaatga---actctatccgtttcctcattcaggca 14652993  T
Q  248 catctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattc 347  Q
      ||||| | ||||| |||||||||||||| ||| | |||| |||  ||||||| |||||||||  |||  | |||||| |||||||||| |||||| ||    
T  14652992 tctctcaactttcttgagataatccccacagtcaaaacacttaatatatttctgggattcagccttgtaagattcagctaaaacttgcagaaaaggagtc 14652893  T
Q  348 tcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgc 447  Q
    |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||||||| ||| | |||| |||| || |||   |||||      
T  14652892 tcaaatacttgctcataaacagaaggacctaaatccatcagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgttaacatcttccccggcacgctccttaa 14652793  T
Q  448 atactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgt 547  Q
    |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  14652792 atacaaactccaaaagcgtattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggttcaaaccaagttcataaacaggtgt 14652693  T
Q  548 cttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtac 584  Q
    ||| |||||  | |||||||||||| | |||||||||    
T  14652692 ctttttggtgctggggatataagtcctttccatgtac 14652656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 321 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 14627502 - 14627161
Alignment:
Q  321 tcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctat 420  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||| ||| |    
T  14627502 tcagctaaaacttgcagaaaaggagtctcaaatacttgctcataaacagaaggacctaaatcaattagcatctttgtaacatttctaatcagttctctgt 14627403  T
Q  421 caacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacag 520  Q
     |||| |||| || |||   || ||  |||| ||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14627402 taacatcttccccggcacgctctttaaatacaaactccaaaagcgtattcgacaatcgattccttatctggtttgaataaataacattttctctccacag 14627303  T
Q  521 gctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctg 620  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| | || |||||  |||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||  ||  |||||||||        
T  14627302 gttcaaaccaagttcataaacaggtttgtttttggtgcttgggatataagtcctgtccatgtacatcagaatgtctctaataatttctaatgccttataa 14627203  T
Q  621 tgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 662  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||    
T  14627202 taatcattccatttcgtgtttaattcttcaagaaaggaactt 14627161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1961 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: scaffold1961
Description:

Target: scaffold1961; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 300 - 662
Target Start/End: Original strand, 1 - 360
Alignment:
Q  300 tgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgtta 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1 tgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggattctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatattcgtta 100  T
Q  400 tatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttgcatactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaata 499  Q
    | | ||||||||||||| ||| ||| |||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  101 tttttctaatcagttttttattaacgacttcctcagcatagtccttgcatattaatcccaaaagcatattcaaaaatcgagtccttatctggtttgaata 200  T
Q  500 aataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtgtcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctcta 599  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||| | |||||||| |||||  || ||||| ||||||||||    
T  201 aataacattttctctccacaggttcagaccaagttcataaacaggtgtc---ttggtcattgagttataagtcctatccgcgtgcattataatgtctcta 297  T
Q  600 atctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 662  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  298 atcattcgtaatgcctttctgtgatcattccattttctgtttaattctttcagaaaggaactt 360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 48 - 655
Target Start/End: Original strand, 24395374 - 24395981
Alignment:
Q  48 acacgacggaacaggttatacattctactcagatcttcatatttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 147  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  24395374 acacggcggaacaagttatacatcctacccaaatcttcatatttatcatcacaaagcatgttgactaaaccagaattctccatatggattaacctgagca 24395473  T
Q  148 tgtgattttcgatcatctccttctccaccacaatagtaatcttcttttgagtgctaggg-tcccagaagtggctcactctatcaattacctcattcaggc 246  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||  || |||||||||||| ||| || ||| |||  | | ||||  |||||||| ||| |||||||||| |    
T  24395474 tgtgattttcaatcatctgcgtctccaccactttattaatcttcttttcagt-ctcgggatccatgtaatggccaactctatccatttcctcattcagac 24395572  T
Q  247 gcatctcagccttctttagataatccccacaatcatagcactcaatcaatttctgtgattcagcccggtagaactcagctgaaacttgcagcaaaggatt 346  Q
    || | ||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||| | || |||||  || | || ||||||||||||||||| || ||| ||      
T  24395573 gcctttcagctttcttaagataatcaccacaatcacaacactcaatgaatctttgggattctacctgataaaactcagctgaaacttgaagaaaatgagc 24395672  T
Q  347 ctcaaattcttgcatataaacggaaggacctaaatccattagcatatttgttatatatctaatcagttttctatcaacaacttctccagcatagtccttg 446  Q
    |||||| |||||   |||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |    |||||||| |||||| ||||     ||  |     
T  24395673 ctcaaaatcttgaccataaacagctggacctaaatccattagcatttttgttatatttctcattatccctctatcaataacttcaccagtgcgttcactc 24395772  T
Q  447 catactaataccaaaagcatattcgacaatcgagtccttatctggtttgaataaataacattttctctccacaggctcagaccaagttcataaacaggtg 546  Q
      ||||||| ||| |||  | |||  ||  |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  |||| || ||||||| |||||| |    
T  24395773 tgtactaattccagaagtgtgttcagcagccgagtcctgatctggttggaataaatgacactttctctccacagattcagcccgagttcatgaacaggag 24395872  T
Q  547 tcttgttggtctttgggatataagtcgtatccatgtacattaaaatgtctctaatctttcgtaatgccttgctgtgatcattccattttctgtttaattc 646  Q
    |||| ||||   |||| ||  | ||  | ||||||||||| |  || ||||||||| || | ||||| ||| | |||||||||||||| ||||| | |||    
T  24395873 tctttttggcgcttggaatgaatgttctgtccatgtacatcagtatatctctaatcatttgcaatgctttgttatgatcattccatttcctgttcagttc 24395972  T
Q  647 tttcagaaa 655  Q
    || ||||||    
T  24395973 ttccagaaa 24395981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University