View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5400_low_8 (Length: 626)

Name: NF5400_low_8
Description: NF5400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5400_low_8
NF5400_low_8
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (8-610)||(16978043-16978645)
chr2 (8-610)||(17029915-17030517)
chr2 (8-610)||(17048253-17048855)
chr2 (29-576)||(17109396-17109943)
chr2 (63-300)||(17024305-17024547)
chr2 (63-300)||(17089577-17089819)
chr2 (68-300)||(17035072-17035309)
chr2 (292-431)||(17089851-17089988)
chr2 (292-379)||(17035340-17035426)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 610
Target Start/End: Original strand, 16978043 - 16978645
Alignment:
Q  8 tggacatcatcagtagctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 107  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978043 tggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 16978142  T
Q  108 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978143 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 16978242  T
Q  208 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978243 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgatt 16978342  T
Q  308 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978343 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatg 16978442  T
Q  408 ggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978443 ggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttat 16978542  T
Q  508 ctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaaca 607  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16978543 ctaaatatttgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaaca 16978642  T
Q  608 tcc 610  Q
    |||    
T  16978643 tcc 16978645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 610
Target Start/End: Original strand, 17029915 - 17030517
Alignment:
Q  8 tggacatcatcagtagctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 107  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17029915 tggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 17030014  T
Q  108 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030015 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 17030114  T
Q  208 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17030115 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataatt 17030214  T
Q  308 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17030215 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatg 17030314  T
Q  408 ggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttat 507  Q
     |||||| | ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17030315 tgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttat 17030414  T
Q  508 ctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17030415 ctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaaca 17030514  T
Q  608 tcc 610  Q
    |||    
T  17030515 tcc 17030517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 610
Target Start/End: Original strand, 17048253 - 17048855
Alignment:
Q  8 tggacatcatcagtagctgcaactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 107  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048253 tggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaat 17048352  T
Q  108 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048353 gatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaagg 17048452  T
Q  208 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17048453 ctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataatt 17048552  T
Q  308 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17048553 gtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatg 17048652  T
Q  408 ggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttat 507  Q
     |||||| | ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17048653 tgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttat 17048752  T
Q  508 ctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaatcattgtcccaaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17048753 ctaaatatccgtggttgtcgaaatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaaca 17048852  T
Q  608 tcc 610  Q
    |||    
T  17048853 tcc 17048855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 29 - 576
Target Start/End: Original strand, 17109396 - 17109943
Alignment:
Q  29 actctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagca 128  Q
    |||||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||   ||| ||  |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17109396 actctctaacgaccttccctctcaaactgttcccgaatcttgacactcttgatgtttataagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaaca 17109495  T
Q  129 tcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttcc 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || || ||| || ||||     
T  17109496 tcttaaactcacatctctcttaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcacccaggcttcagcagttttatctttca 17109595  T
Q  229 aaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttct 328  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  17109596 aaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttct 17109695  T
Q  329 ccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatc 428  Q
    ||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||    
T  17109696 ccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatc 17109795  T
Q  429 tctctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcga 528  Q
    ||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||   ||||||||||  |||||||| |    
T  17109796 tctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaa 17109895  T
Q  529 aatctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctctt 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||    
T  17109896 aatctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctt 17109943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 300
Target Start/End: Original strand, 17024305 - 17024547
Alignment:
Q  63 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgt 162  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||    
T  17024305 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17024404  T
Q  163 cctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggag-----aatttaaaatcacttcctaa 257  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||     ||||||||||||||||||||    
T  17024405 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17024504  T
Q  258 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 300  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17024505 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17024547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 300
Target Start/End: Original strand, 17089577 - 17089819
Alignment:
Q  63 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgt 162  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||    
T  17089577 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17089676  T
Q  163 cctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaa 257  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     ||||||||||||||||    
T  17089677 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaaatttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17089776  T
Q  258 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 300  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17089777 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17089819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 68 - 300
Target Start/End: Original strand, 17035072 - 17035309
Alignment:
Q  68 ttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaa 167  Q
    |||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | || |||||||||| |  |||||||| |    
T  17035072 ttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgtcctta 17035171  T
Q  168 atttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaaatgca 262  Q
     |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  17035172 ttttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaaatgca 17035271  T
Q  263 tgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 300  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17035272 tgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17035309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 292 - 431
Target Start/End: Original strand, 17089851 - 17089988
Alignment:
Q  292 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttctta 391  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||   | |||||      
T  17089851 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct-ttaccttctcc 17089948  T
Q  392 tcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatctct 431  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || || |||||||||||    
T  17089949 tcaactcgctgaattggtctttcccaactaatacatctct 17089988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 379
Target Start/End: Original strand, 17035340 - 17035426
Alignment:
Q  292 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgct 379  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17035340 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct 17035426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University