View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5403-Insertion-2 (Length: 986)

Name: NF5403-Insertion-2
Description: NF5403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5403-Insertion-2
NF5403-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-986)||(45496218-45497206)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-986)||(1676991-1677979)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 854; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 986
Target Start/End: Original strand, 45496218 - 45497206
Alignment:
Q  7 aataatagctctcagcaggaacctccagcacataattcctcccttccccatgcacctattcctcctaagaaatatcttcctcaccccatgatcacaagaa 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496218 aataatagctctcaacaggaacctccagcacataattcctcccttccccatgaacctattcctcctaagaaatatcttcctcaccccatgatcacaagaa 45496317  T
Q  107 ccaaaactggaaaattaaaaccaaaagtgtttctcactgaacttgcccccaagactgtgaaaactgctctatttgatcccaggtggctacaagctatgaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45496318 ccaaaactggaaaattaaaaccaaaagtgtttctcactgaacttgcccccaagactgtgaaaactgctctatctgatcccaggtggctacaagctatgaa 45496417  T
Q  207 aactgagtacaaagctttgattgataacaaaacatgggatcttgttcctcttcctccacacaagaaagctattggctgcaagtgggtttatagagttaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496418 aactgagtacaaagctttgattgataacaaaacatgggatcttgttcctcttcctccacacaagaaagctattggctgcaagtgggtttatagagttaaa 45496517  T
Q  307 gaaaacccagatggatctgttaacaaatttaaagccagattagtggctaagggtttcagtcaaacacttggatgtgattacactgaaactttctctcctg 406  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496518 gaaaatccagatggatctgttaacaaatttaaagccagattagtggctaagggtttcagtcaaacacttggatgtgattacactgaaactttctctcctg 45496617  T
Q  407 taataaaacctgtcactatcaagctcattctcaccattgctatcactcataaatgggaaattcaacaaattgatatcaacaatgagtttttgaatggttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  45496618 taataaaacctgtcactatcaggctcattctcaccattgctatcacttataaatgggaaattcaacaaattgatatcaacaatgcctttttgaatggttt 45496717  T
Q  507 tcttcaagaggaagtgtatatgtctcaacctcagggatttgaagctgctaataaatctctggtgtggaagctgaacaagtcactctatggcttaaagaaa 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45496718 tcttcaagaggaagtgtatatgtctcaacctcagggatttgaagctgctaataaatctctggtgtgcaagctgaacaagtcactctatggcttaaagcaa 45496817  T
Q  607 gcaccacgtgcatggtatgagaggctaaccagtgcactaattcagtttggtttcactaaaagttgttgtgatccatcattacttatctataatcaaaa-- 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||      
T  45496818 gcaccacgtgcatggtatgagaggctaaccagtgcactaattcagtttggtttcactaaaagttgttgtgatccatcattacttatctacaatcacaatg 45496917  T
Q  705 ----ttgaatctatctgttcatatatgtggatgacattctcatcactggttcctctacatctcaagtgcacgagctcattcaaaaacttaatcacatatt 800  Q
        ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496918 gagcttgcatctatctgttaatatatgtggatgacattctcatcactggttcctctgcatctcaagtgcatgagctcattcaaaaacttaatcacatatt 45497017  T
Q  801 tgctcttaagcaacttgggaaacttgattacttcttaggcattgaggttcaatatttgtcatcagtggcactgttacttactcagtccaagtacattcat 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45497018 tgctcttaagcaacttgggaaacttaattacttcttaggcattgaggttcaatatttgtcatcaggggcactgttacttactcagtccaagtacattcat 45497117  T
Q  901 gatttactatgt-aagctgacatgg-aaactctaactcaattggctctcc-atggttagtagctgcagacggagcaatttgggtactga 986  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| || ||||||||    
T  45497118 gatttactatgtaaagctgacatggaaaactctaactcaattggctctccaatggttagtagctgcaaactgagcaaatttggtactga 45497206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 986
Target Start/End: Original strand, 1676991 - 1677979
Alignment:
Q  7 aataatagctctcagcaggaacctccagcacataattcctcccttccccatgcacctattcctcctaagaaatatcttcctcaccccatgatcacaagaa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1676991 aataatagctctcagcaggaacctccagcacacaattcctcccttccccatgcacatattcctcctaagaaatatcttcctcaccccatgatcacaagaa 1677090  T
Q  107 ccaaaactggaaaattaaaaccaaaagtgtttctcactgaacttgcccccaagactgtgaaaactgctctatttgatcccaggtggctacaagctatgaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1677091 ccaaaactggaaaattaaaaccaaaagtgtttctcactgaacttgcccccaagactgtgaaaactactctatctgatcccaggtggctgcaagctatgaa 1677190  T
Q  207 aactgagtacaaagctttgattgataacaaaacatgggatcttgttcctcttcctccacacaagaaagctattggctgcaagtgggtttatagagttaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1677191 aactgagtacaaagctttgattgataacaaaacatgggatcttgttcctcttcctccacacaagaaagctattggctgcaagtgggtttatagagttaaa 1677290  T
Q  307 gaaaacccagatggatctgttaacaaatttaaagccagattagtggctaagggtttcagtcaaacacttggatgtgattacactgaaactttctctcctg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1677291 gaaaacccagatggatctgttaacaaatttaaagccagattagtggctaagggtttcagtcaaacacttggatgtgattacactgaaactttctctcctg 1677390  T
Q  407 taataaaacctgtcactatcaagctcattctcaccattgctatcactcataaatgggaaattcaacaaattgatatcaacaatgagtttttgaatggttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1677391 taataaaacctgtcactatcaggctcattctcaccattgctatcacttataaatgggaaattcaacaaattgatatcaacaatgcctttttgaatggttt 1677490  T
Q  507 tcttcaagaggaagtgtatatgtctcaacctcagggatttgaagctgctaataaatctctggtgtggaagctgaacaagtcactctatggcttaaagaaa 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  1677491 tcttcaagaggaagtgtatatgtctcaacctcagggatttgaagctgctaataaatctctggtgtgcaagctgaacaaatcactctatggcttaaagcaa 1677590  T
Q  607 gcaccacgtgcatggtatgagaggctaaccagtgcactaattcagtttggtttcactaaaagttgttgtgatccatcattacttatctataatcaaaa-- 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  1677591 gcaccacgtgcatggtatgagaggctaaccagtgcacaaattcagtttggtttcactaaaagtcgttgtgatccatcattacttatctacaatcaaaatg 1677690  T
Q  705 ----ttgaatctatctgttcatatatgtggatgacattctcatcactggttcctctacatctcaagtgcacgagctcattcaaaaacttaatcacatatt 800  Q
        ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1677691 gagcttgcatctatctgttaatatatgtggatgacattctcatcactggttcctctgcatctcaagtgcatgagctcattcaaaaacttaatcacatatt 1677790  T
Q  801 tgctcttaagcaacttgggaaacttgattacttcttaggcattgaggttcaatatttgtcatcagtggcactgttacttactcagtccaagtacattcat 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1677791 tgctcttaagcaacttgggaaacttgattacttcttaggcattgaggttcaatatttgtcatcaggggcactgttacttactcagtccaagtacattcat 1677890  T
Q  901 gatttactatgt-aagctgacatgg-aaactctaactcaattggctctcc-atggttagtagctgcagacggagcaatttgggtactga 986  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  1677891 gatttactatgtaaagctgacatggaaaactctaactcaattggctctccaatggttagtagctgcagactgagcaaatttggtactga 1677979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University