View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5404_high_1 (Length: 800)

Name: NF5404_high_1
Description: NF5404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5404_high_1
NF5404_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-783)||(19765225-19766017)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 783
Target Start/End: Original strand, 19765225 - 19766017
Alignment:
Q  1 tgtcttatatataatataataaaagcatactgttctaaactgatcctgaaacattatggtccttcccttagattcttatgtaaagtg----------agt 90  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||| || | ||| ||||||||| || |||||  ||||||| || |||||||||||||          |||    
T  19765225 tgtcttatatatcatagaataaaagcatactgtgctcacctgctcctgaaaccttttggtctgtcccttatatgcttatgtaaagtgccactctctgagt 19765324  T
Q  91 agattaacttacctgaaaaagtatttaattatatgaataatgctcactttgtttgtaaaaacatatttcaggtgaatttccccgaacatgccgctattcc 190  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19765325 agattaacttacctgaataagtatttaattatatgaataatgctcactttgtttgtaaaaacatatttcaggtgaatttccccgaacatgccgccattcc 19765424  T
Q  191 tacatttgttaacttaacttacctgaaaataaattccttgaactaccgttggcgttttttagttgagatactaaagcactgccctaagcttgaaaaacta 290  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19765425 tacatttgataacttaacttacctgaaaataaattccttgaactaccgttggcattttttagttgaagtactaaagcactgccttaagcttgaaaaacta 19765524  T
Q  291 aaccttaatgaggtttgttaaatatcatattattacaaatttatcttttcacaacacatctgtagcttttgttttaatttcatacacattactaacaggc 390  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19765525 atccttaatgaggtttgttaaatatcatattattacaaatttatcttttcataacacatctttagcttttgatttaatttcatacgcattactaacaggc 19765624  T
Q  391 tggtggccatggtgcaacaagcgaaacatggagtagaaaagatgataaggaacaatgggtcgaccctaaagttgtcccggaatgtctgtcatcacattta 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19765625 tggtggccatggtgcaacaagcgaaacatggagtagaaaagatgataaggaacaatgggtcgaccctaaagttgtcccggaatgtctgtcatcacattta 19765724  T
Q  491 aaaagttgtgatctttacacattcttaggccttgaaggagagcttcatctagcatgctacatattgaagaatgcaagagttttggaagagatgatgatat 590  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19765725 aaaagttgcgatctttacacattcttaggccttgaaggagagcttcatctagcatgctacatattgaagaatgcaagagttttggaagagatgatgatat 19765824  T
Q  591 ggaatgttggacacactgaagtaaaaaggtcaatattctcatgcctgaaggcctctgcaaaatgccgagttattttgaagcatgtatgttattctatcct 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19765825 ggaatgttggacacactgaagtaaaaaggtcgatattctcatgcctgaaggcctctgcaaaatgccgagttattttgaagcatgtatgttattctatcct 19765924  T
Q  691 taatttgtgctaggttcatttgttgtctcaactattcttaatttataacatatttctcctgtttacatgttatacataatcattgatcactgt 783  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19765925 taatttgtgctaggttcatttgttgtctcaactattcttaatttataacatatttctccagtttacatgttatacataatcattgatcactgt 19766017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University