View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5406-Insertion-2 (Length: 936)

Name: NF5406-Insertion-2
Description: NF5406
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5406-Insertion-2
NF5406-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-935)||(39109852-39110780)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (560-718)||(31321749-31321907)
chr4 (560-718)||(31334002-31334160)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 851; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 851; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 935
Target Start/End: Original strand, 39109852 - 39110780
Alignment:
Q  8 actacaaaatccaaacattggaagaaaccttcatctccatccagttcaatttgcttggggctatttccctgaaaacatgacaaacttaagtggtaataac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39109852 actacaaaatccaaacattggaagaaaccttcatctccatccagttcaatttgcttggggctatttccctgaaaacatgacaaacttaagtggtaataac 39109951  T
Q  108 catgaaggaggaatcataacttctatacacaaagtacttgctgagaactccacgccaaaaatcattatagaagcacctgctttaggacctggatcatttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39109952 catgaaggaggaatcataacttctatacacaaagtacttgctgagaactccacgccaaaaatcattatagaagcacctgctttaggacctggatcatttt 39110051  T
Q  208 cagtattagtcccatggatctcaggactggatatgaaagacagaatggcgaaatatgcaagaactgctaacctttttgcattggttagagacataggatc 307  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110052 cagtattagttccatggatctcaggactcgatatgaaagacagaatggcaaaatatgcaagaactgctaacctttttgcattggttagagacataggatc 39110151  T
Q  308 aggagaagtaagaagtgaaggaaaaatttcttatagactcgatcaaatgaacagagaaaatcttagaattggattaaggaagtctttaaggattttggtt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110152 aggagaagtaagaagtgaaggaaaaatttcttatagacttgatcaaatggacagagaaaatcttagaattggattaaggaagtctttaaggattttggtt 39110251  T
Q  408 gcggcgggagctgttgaggttggaacttataggagtgatggacaaaaaatcaaatgtgaagggatcaaagaagaagaactggaggagtttcttgatactg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110252 gcggcgggagctgttgaggttggaacttataggagtgatggacaaaaaatcaaatgtgaagggatcaaagaagaagaactggaggagtttcttgatactg 39110351  T
Q  508 tcacggttgtcgggggaccgcggtccagaagtgaactttggacaatgtttagttctgcacatcaaatgggaagttgtagaatgggtaagaatgaagaaga 607  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110352 tctcggttgtcgggggaccacggtccagaagtgaactttggacaatgtttagttctgcacatcaaatgggaagttgtagaatgggtaagaatgaagaaga 39110451  T
Q  608 gggtgcagttgatgagaatggagaaagttgggaagcaaaagggttgtatgtgtgtgatggaagtgttttgcctagtgcagttggtgttaaccctatggta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110452 gggtgcagttgatgagaatggagaaagttgggaagcaaaagggttgtatgtgtgtgatggaagtgttttgcctagtgcagttggtgttaaccctatggta 39110551  T
Q  708 accattcaatctatagcatactgtattgctaataaaattgcagaatcacttaaggaagaatagacagagattgatgaataataatgaagtttgtattatt 807  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39110552 accattcaatctacagcatactgtattgctagtaaaattgcagaatcacttaaggaagaatagacagagattgatgaataataatgaagtttgtattatt 39110651  T
Q  808 tc-ataaaagaatttcattgaaaatgtacatgtacttttcg-ttttttacatgatgtaactagtattgctgggtgttaaccaaataaagtttcatgt-aa 904  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  39110652 tcaataaaagaatttcattgaaaatgtacatgtacttttcgtttttttacatgatgtaactagtattgct-ggtgttaacaaaataaagtttcatgtaaa 39110750  T
Q  905 tgtgtcaaagtttattatgcggagactaact 935  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39110751 tgtgtcaaagtttattatgc-gagactaact 39110780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 560 - 718
Target Start/End: Original strand, 31321749 - 31321907
Alignment:
Q  560 ttctgcacatcaaatgggaagttgtagaatgggtaagaatgaagaagagggtgcagttgatgagaatggagaaagttgggaagcaaaagggttgtatgtg 659  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||||| |||     
T  31321749 ttctgctcatcaaatggggagttgtagaatgggagtgaatgaaaaggaaggtgctgttgatgaaaatggtgagagttgggaagctgaagggttgtttgtt 31321848  T
Q  660 tgtgatggaagtgttttgcctagtgcagttggtgttaaccctatggtaaccattcaatc 718  Q
    |||||||  |||||| | || | ||| ||||||||||| |||||| | || ||||||||    
T  31321849 tgtgatgctagtgttcttccaactgctgttggtgttaatcctatgatcactattcaatc 31321907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 560 - 718
Target Start/End: Original strand, 31334002 - 31334160
Alignment:
Q  560 ttctgcacatcaaatgggaagttgtagaatgggtaagaatgaagaagagggtgcagttgatgagaatggagaaagttgggaagcaaaagggttgtatgtg 659  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||||| |||     
T  31334002 ttctgctcatcaaatggggagttgtagaatgggagtgaatgaaaaggaaggtgctgttgatgaaaatggtgagagttgggaagctgaagggttgtttgtt 31334101  T
Q  660 tgtgatggaagtgttttgcctagtgcagttggtgttaaccctatggtaaccattcaatc 718  Q
    |||||||  |||||| | || | ||| ||||||||||| |||||| | || ||||||||    
T  31334102 tgtgatgctagtgttcttccaactgctgttggtgttaatcctatgatcactattcaatc 31334160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University