View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5408_low_1 (Length: 671)
Name: NF5408_low_1
Description: NF5408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5408_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 667
Target Start/End: Original strand, 1078190 - 1078840
Alignment:
| Q |
18 |
acaccatacatgaacttatatttgtgattatgtattggccattggtcattgc-acagttctgttgaaactaatggaggctgtgcagttgttctcatgcta |
116 |
Q |
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| T |
1078190 |
acaccatacatgaacttatatttgtgattatgtattggccattggtcattgccacagttcagttgaaactaatggaggctgtgcagttgttctcatgcta |
1078289 |
T |
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| Q |
117 |
acttattaacaagcaattgttttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtg |
216 |
Q |
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| T |
1078290 |
atttattaacaagcaattgttttgtcatatattttattaataggaattatctataaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcacttgtattgtg |
1078389 |
T |
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| Q |
217 |
atacgaatatgagccaaaaatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagttta |
316 |
Q |
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| T |
1078390 |
atccgaatatgagccaaaaatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagttta |
1078489 |
T |
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| Q |
317 |
tttactttctcatgtagcttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacccatcattcaaattattaaatcattgaatcacagacatttttca |
416 |
Q |
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| T |
1078490 |
tttactttctcatgtagcttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacccatcattcaaattattaaatcattgaatcatagacatttttca |
1078589 |
T |
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| Q |
417 |
ataatcacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaat |
516 |
Q |
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| T |
1078590 |
ataatcacagacataaaggttgttgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaat |
1078689 |
T |
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| Q |
517 |
ttaacgcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttctgaattggttattgtagatatag |
616 |
Q |
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| T |
1078690 |
ttaacgaatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctgaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttctgaattggttattgtagatatag |
1078789 |
T |
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| Q |
617 |
acaaaattttattccgtcattgtcattattatgcatagtttcatctcagtc |
667 |
Q |
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| T |
1078790 |
acaaaattttattccgtcattgtcattattatgcatagtttcatttcagtc |
1078840 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 5708068 - 5707503
Alignment:
| Q |
38 |
tttgtgattatgtattggccattggtca-ttgcacagttctgttgaaactaatggaggctgtgcagttgttctcatgctaacttattaacaagcaattgt |
136 |
Q |
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| T |
5708068 |
tttgtgattatgtattggctattggtcaattccacggtccagttgaaactaatggaggttgtgtagttgtgctcatgctagtttattaacaagcaattgt |
5707969 |
T |
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| Q |
137 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
235 |
Q |
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| T |
5707968 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataaggctgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
5707869 |
T |
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| Q |
236 |
a-tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
334 |
Q |
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| T |
5707868 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
5707769 |
T |
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| Q |
335 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
421 |
Q |
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| T |
5707768 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
5707669 |
T |
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| Q |
422 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
521 |
Q |
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| T |
5707668 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaatgtcttcatatctactactatttaatttaac |
5707569 |
T |
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| Q |
522 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
588 |
Q |
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| T |
5707568 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
5707503 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 38 - 588
Target Start/End: Original strand, 2887355 - 2887918
Alignment:
| Q |
38 |
tttgtgattatgtattggccattggtca-ttgcacagttctgttgaaactaatggaggctgtgcagttgttctcatgctaacttattaacaagcaattgt |
136 |
Q |
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| T |
2887355 |
tttgtgattatgtattggctattggtcaattccacggtccagttgaaactaatggaggttgtgtagttgtgctcatgctagtttattaacaagcaattgt |
2887454 |
T |
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| Q |
137 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
235 |
Q |
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| T |
2887455 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataagattgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
2887554 |
T |
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| Q |
236 |
-atgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
334 |
Q |
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| T |
2887555 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccatattttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactctctcatgtagc |
2887654 |
T |
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| Q |
335 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
421 |
Q |
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| T |
2887655 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
2887754 |
T |
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| Q |
422 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
521 |
Q |
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| T |
2887755 |
cacag-gacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaat-tcttcatatctactactatttaatttaac |
2887852 |
T |
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| Q |
522 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
588 |
Q |
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| T |
2887853 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
2887918 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 38 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 16184693 - 16184130
Alignment:
| Q |
38 |
tttgtgattatgtattggccattggtca-ttgcacagttctgttgaaactaatggaggctgtgcagttgttctcatgctaacttattaacaagcaattgt |
136 |
Q |
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| T |
16184693 |
tttgtgattatgtattggctattggtcaattccacggtccagttgaaactaatggaggttgtgtagttgtgctcatgctagtttattaacaagcaattgt |
16184594 |
T |
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| Q |
137 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
235 |
Q |
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| T |
16184593 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataagattgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
16184494 |
T |
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| Q |
236 |
a-tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
334 |
Q |
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| T |
16184493 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccatattttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactctctcatgtagc |
16184394 |
T |
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| Q |
335 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
421 |
Q |
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| T |
16184393 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
16184294 |
T |
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| Q |
422 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
521 |
Q |
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| T |
16184293 |
cacag-gacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaat-tcttcatatctactactatttaatttaac |
16184196 |
T |
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| Q |
522 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
588 |
Q |
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| T |
16184195 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
16184130 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 494 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 28068634 - 28068468
Alignment:
| Q |
494 |
cttcatctctactactatttaatttaacgcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttc |
593 |
Q |
| |
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|||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28068634 |
cttcttctgtactactatt-aatttaaatcatttgaggggaacatgtggatttgtatttaaccctgaaacatgtgagctgcaattttcttattct----- |
28068541 |
T |
|
| Q |
594 |
tgaattggttattgtagatatagacaaaattttattccgtcattgtcattattatgcatagtttcatctcagtc |
667 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28068540 |
-gatttggttattatagatatatacaaaattgtattctgtcattgtcattattatgcatagtttcatttcagtc |
28068468 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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