View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5410-Insertion-3 (Length: 1029)
Name: NF5410-Insertion-3
Description: NF5410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5410-Insertion-3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 862; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1012
Target Start/End: Original strand, 11327128 - 11328140
Alignment:
| Q |
7 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327128 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
11327227 |
T |
|
| Q |
107 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327228 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
11327327 |
T |
|
| Q |
207 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgttcattgaaagtttgagata |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
11327328 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgtccattgaaggtttgagata |
11327427 |
T |
|
| Q |
307 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327428 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
11327527 |
T |
|
| Q |
407 |
gggaaacttggcataactgcgatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcatgatgcagaaaattcacaatgaaagataaagaaacttccatt |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327528 |
gggaaacttggcataactgcaatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcttgatgtagaaaattcacagtgaaagataaagaaacttccatt |
11327627 |
T |
|
| Q |
507 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327628 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
11327727 |
T |
|
| Q |
607 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgtt-nnnnnnnnnngtgttacttaacatgaatcagtaaaatacatatggctgttatcggaaaaatgtta |
705 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11327728 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgttaaaaaaaaaaagtgttacttaatatgaatcagtaaaatatatatggctgttatcggaataatgtta |
11327827 |
T |
|
| Q |
706 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattacacgaccaaggaatcaggatttcttctattttggggtatccgagcttgactgtccagc |
805 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327828 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattacacgaccaaggaatcaggatttcttctattttggggtatccgagcttgactgtccagc |
11327927 |
T |
|
| Q |
806 |
tttcctcttgattcctagaaagtgctcaacctagcataggtgtcaagtctccaggaagatccttctc-actgtagcaaaaccacttttccggtcactagt |
904 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11327928 |
tttcctcttgattcctagaaagtgctcaacctagcataggtgtcaagtctccagcaagatccttctcaactgtagcaaaaccacttttccggtcactagt |
11328027 |
T |
|
| Q |
905 |
ttgtccgggtttaacacga-cactaagaacgacatagggtgtgttcgtac-agcttgaactt-cctcattcttcac---aatagcaatggtgtaatctga |
998 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11328028 |
ttgtctgggtttaacacgaccactaagaacgacatagggtgtcttcgtacaagcttgaacttccctcattctttccgtaaatagcaatggtgt-atctga |
11328126 |
T |
|
| Q |
999 |
actctgcatttgct |
1012 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |
|
|
| T |
11328127 |
attctgcatttgct |
11328140 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1012
Target Start/End: Original strand, 11485149 - 11486161
Alignment:
| Q |
7 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485149 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
11485248 |
T |
|
| Q |
107 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485249 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
11485348 |
T |
|
| Q |
207 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgttcattgaaagtttgagata |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
11485349 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgtccattgaaggtttgagata |
11485448 |
T |
|
| Q |
307 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485449 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
11485548 |
T |
|
| Q |
407 |
gggaaacttggcataactgcgatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcatgatgcagaaaattcacaatgaaagataaagaaacttccatt |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485549 |
gggaaacttggcataactgcaatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcttgatgtagaaaattcacagtgaaagataaagaaacttccatt |
11485648 |
T |
|
| Q |
507 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485649 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
11485748 |
T |
|
| Q |
607 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgtt-nnnnnnnnnngtgttacttaacatgaatcagtaaaatacatatggctgttatcggaaaaatgtta |
705 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11485749 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgttaaaaaaaaaaagtgttacttaatatgaatcagtaaaatatatatggctgttatcggaataatgtta |
11485848 |
T |
|
| Q |
706 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattacacgaccaaggaatcaggatttcttctattttggggtatccgagcttgactgtccagc |
805 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485849 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattacacgaccaaggaatcaggatttcttctattttggggtatccgagcttgactgtccagc |
11485948 |
T |
|
| Q |
806 |
tttcctcttgattcctagaaagtgctcaacctagcataggtgtcaagtctccaggaagatccttctc-actgtagcaaaaccacttttccggtcactagt |
904 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11485949 |
tttcctcttgattcctagaaagtgctcaacctagcataggtgtcaagtctccagcaagatccttctcaactgtagcaaaaccacttttccggtcactagt |
11486048 |
T |
|
| Q |
905 |
ttgtccgggtttaacacga-cactaagaacgacatagggtgtgttcgtac-agcttgaactt-cctcattcttcac---aatagcaatggtgtaatctga |
998 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11486049 |
ttgtctgggtttaacacgaccactaagaacgacatagggtgtcttcgtacaagcttgaacttccctcattctttccgtaaatagcaatggtgt-atctga |
11486147 |
T |
|
| Q |
999 |
actctgcatttgct |
1012 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |
|
|
| T |
11486148 |
attctgcatttgct |
11486161 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 838 - 909
Target Start/End: Original strand, 37371877 - 37371949
Alignment:
| Q |
838 |
agcataggtgtcaagtctccaggaagatccttctca-ctgtagcaaaaccacttttccggtcactagtttgtc |
909 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
37371877 |
agcataggtgtcaagcctccaggaagatctttctcaactgtagcaaaaccacttttcgggtcactagtttgtc |
37371949 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 785 - 837
Target Start/End: Original strand, 37371164 - 37371216
Alignment:
| Q |
785 |
atccgagcttgactgtccagctttcctcttgattcctagaaagtgctcaacct |
837 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
37371164 |
atccgagcttgattgttcagcttttctcttgattcccagaaagtgctcaacct |
37371216 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University