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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5410_high_2 (Length: 654)
Name: NF5410_high_2
Description: NF5410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5410_high_2 |
 |  |
|
| [»] scaffold0038 (2 HSPs) |
 |  |  |
|
| [»] scaffold0061 (1 HSPs) |
 |  |  |
|
| [»] scaffold0017 (1 HSPs) |
 |  |  |
|
| [»] scaffold0001 (1 HSPs) |
 |  |  |
|
Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:
Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 112593 - 112198
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
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| T |
112593 |
agtgtaaaagttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
112494 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
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|
| T |
112493 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
112394 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
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| T |
112393 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
112294 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
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|
|
| T |
112293 |
tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
112198 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 111182 - 110977
Alignment:
| Q |
39 |
cgtataagttaagagtaaaaatt-gactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacat |
136 |
Q |
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| T |
111182 |
cgtataagctaagagtaaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaactttaagatcaattcaaacat |
111083 |
T |
 |
| Q |
137 |
ttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttt |
235 |
Q |
| |
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| T |
111082 |
ttgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattgtgatgagctgatactataaaactttctacattaatattcaaaataaacattgtt |
110983 |
T |
 |
| Q |
236 |
acatta |
241 |
Q |
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|||||| |
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| T |
110982 |
acatta |
110977 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 16273297 - 16273692
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16273297 |
agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
16273396 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
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||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16273397 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
16273496 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16273497 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgaatatta |
16273596 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16273597 |
tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
16273692 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 22824605 - 22825001
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataa-ttatattt |
99 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
22824605 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataaattatattt |
22824704 |
T |
 |
| Q |
100 |
tcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat |
199 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22824705 |
tcaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgactgattttgatgagctgatactat |
22824804 |
T |
 |
| Q |
200 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22824805 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
22824904 |
T |
 |
| Q |
300 |
atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22824905 |
atactgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaatctaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
22825001 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 28321484 - 28321089
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28321484 |
agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
28321385 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
28321384 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
28321285 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
28321284 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgaatatta |
28321185 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28321184 |
tgttgtattcactgtagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
28321089 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 16274712 - 16274916
Alignment:
| Q |
39 |
cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt |
137 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16274712 |
cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt |
16274811 |
T |
 |
| Q |
138 |
tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
16274812 |
tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttatacactaacattcaaaataaacattgtta |
16274911 |
T |
 |
| Q |
237 |
catta |
241 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
16274912 |
catta |
16274916 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 22825783 - 22825987
Alignment:
| Q |
39 |
cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt |
137 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22825783 |
cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaactttaagatcaattcaaacatt |
22825882 |
T |
 |
| Q |
138 |
tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta |
236 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
22825883 |
tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaatattgtta |
22825982 |
T |
 |
| Q |
237 |
catta |
241 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
22825983 |
catta |
22825987 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28320076 - 28319871
Alignment:
| Q |
39 |
cgtataagttaagagtaaaaatt-gactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacat |
136 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28320076 |
cgtataagctaagagtaaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacat |
28319977 |
T |
 |
| Q |
137 |
ttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttt |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| || |
|
|
| T |
28319976 |
ttgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattgtgatgagctgatactataaaactttctacattaatattcaaaataaacattgtt |
28319877 |
T |
 |
| Q |
236 |
acatta |
241 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
28319876 |
acatta |
28319871 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 432 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 16002839 - 16002739
Alignment:
| Q |
432 |
ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg |
531 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
16002839 |
ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccagattcttcaagtcactcttccggtctcccctttaccggataagtgtg |
16002740 |
T |
 |
| Q |
532 |
t |
532 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
16002739 |
t |
16002739 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 16274512 - 16274545
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac |
34 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16274512 |
agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac |
16274545 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 32968029 - 32968424
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32968029 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattagatttgaataattatatttt |
32968128 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
32968129 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatctcaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatacaata |
32968228 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32968229 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
32968328 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32968329 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaagaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
32968424 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 10024531 - 10024136
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10024531 |
agtgtaaaggtgactcttactatttttaacaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
10024432 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10024431 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgatttcatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
10024332 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10024331 |
aaatttctacattaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcctaaaactcatttgagtatta |
10024232 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10024231 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatttttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
10024136 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 42394581 - 42394975
Alignment:
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1 |
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100 |
Q |
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| T |
42394581 |
agtgtaaaagttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
42394680 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
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| T |
42394681 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaatcacattcaaagtcacaaagatgattgattttgatgagctgatactata |
42394780 |
T |
 |
| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
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| T |
42394781 |
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42394880 |
T |
 |
| Q |
301 |
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397 |
Q |
| |
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|
| T |
42394881 |
tgttgtattcactatagcaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaggtat-ttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
42394975 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 42396012 - 42396216
Alignment:
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39 |
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137 |
Q |
| |
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| T |
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cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt |
42396111 |
T |
 |
| Q |
138 |
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236 |
Q |
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| T |
42396112 |
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42396211 |
T |
 |
| Q |
237 |
catta |
241 |
Q |
| |
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||||| |
|
|
| T |
42396212 |
catta |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 241
Target Start/End: Original strand, 32969797 - 32969968
Alignment:
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71 |
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170 |
Q |
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|
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32969896 |
T |
 |
| Q |
171 |
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241 |
Q |
| |
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| T |
32969897 |
catgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaacattgttacatta |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10023299 - 10023087
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31 |
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129 |
Q |
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10023299 |
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T |
 |
| Q |
130 |
caaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaa |
228 |
Q |
| |
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| T |
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10023100 |
T |
 |
| Q |
229 |
catgtttacatta |
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Q |
| |
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|
|
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
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Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 10023491 - 10023458
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Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 42395812 - 42395845
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| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac |
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Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 19047095 - 19046700
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Q |
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T |
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200 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
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300 |
Q |
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T |
 |
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tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Original strand, 39833018 - 39833381
Alignment:
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100 |
Q |
| |
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|
|
| T |
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T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39833118 |
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T |
 |
| Q |
201 |
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299 |
Q |
| |
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|
| T |
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T |
 |
| Q |
300 |
atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatctt |
363 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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39833318 |
atgctgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatctt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 26240053 - 26239658
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| Q |
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100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
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T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
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caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgatttaatattaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatcctata |
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T |
 |
| Q |
201 |
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300 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
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26239754 |
T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
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tgatgaattcaaaatagtaaacaaataaaaaataacttatatttataaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
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137 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
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cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctataaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt |
19045584 |
T |
 |
| Q |
138 |
tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
19045583 |
tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaacattgtta |
19045484 |
T |
 |
| Q |
237 |
catta |
241 |
Q |
| |
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||||| |
|
|
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19045483 |
catta |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 241
Target Start/End: Original strand, 39834721 - 39834924
Alignment:
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138 |
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|
||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
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gtataagctaagagtaaaaatatagtcctataaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacattt |
39834820 |
T |
 |
| Q |
139 |
gattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgtttac |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
39834821 |
gattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacaccaacattcaaaataaacattgttac |
39834920 |
T |
 |
| Q |
238 |
atta |
241 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
39834921 |
atta |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
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Q |
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|
|
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agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 39834520 - 39834553
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac |
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Q |
| |
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|
|
| T |
39834520 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 29995958 - 29996353
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Q |
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|
| T |
29995958 |
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T |
 |
| Q |
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caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
200 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
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caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata |
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T |
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| Q |
201 |
aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
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T |
 |
| Q |
301 |
tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29996258 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 29997373 - 29997577
Alignment:
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|
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T |
 |
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tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
29997473 |
tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttatacactaacattcaaaataaacattgtta |
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T |
 |
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catta |
241 |
Q |
| |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 402 - 586
Target Start/End: Original strand, 21354109 - 21354293
Alignment:
| Q |
402 |
aaggcgaatctttcttttgttattgctaacggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactc |
501 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| | |
|
|
| T |
21354109 |
aaggctaatctttcatttgtcatggctgatggtaaatggaacattccccgcattatacttgatttcccgttagtggctgcccaaattatgctagtcaccc |
21354208 |
T |
 |
| Q |
502 |
ttccggtttccccattgccggataagtgtgtgtggattcactcaacggatggtgagctctctgctaaacttgccttccaattcct |
586 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
21354209 |
ttccggtttccccattgtcggataagtgcatctgaattcactcattagatggtgaactctcggccaaactagctttccaattcct |
21354293 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 29997173 - 29997206
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac |
34 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29997173 |
agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac |
29997206 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:
Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 41044 - 40649
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41044 |
agtgtaaaggtgactcttattatttt-agcaaacatgtcgtataagttaagagtcaaaatcgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
40946 |
T |
 |
| Q |
101 |
caa-taataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat |
199 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40945 |
caaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattcattttgatgagttgatactat |
40846 |
T |
 |
| Q |
200 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40845 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
40746 |
T |
 |
| Q |
300 |
atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40745 |
gtgttgaattcataatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
40649 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0017 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:
Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 157741 - 158136
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
157741 |
agtgtaaaggtgactcttattatttt-agcaaacatgtcgtataagttaagagtcaaaatcgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
157839 |
T |
 |
| Q |
101 |
caa-taataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat |
199 |
Q |
| |
|
||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
157840 |
caaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattcattttgatgagttgatactat |
157939 |
T |
 |
| Q |
200 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
157940 |
aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttaaattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt |
158039 |
T |
 |
| Q |
300 |
atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga |
397 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
158040 |
gtgttgaattcataatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga |
158136 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Original strand, 31973202 - 31973384
Alignment:
| Q |
1 |
agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31973202 |
agtgtaaaggtgactctaattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt |
31973301 |
T |
 |
| Q |
101 |
caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgatttt |
183 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31973302 |
caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgatttt |
31973384 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 402 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 33853318 - 33853128
Alignment:
| Q |
402 |
aaggcgaatctttcttttgttattgctaacggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactc |
501 |
Q |
| |
|
||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| | |||| |
|
|
| T |
33853318 |
aaggctaatctcgcttttgttattactaatggtaaatggaaaattcctcgaattattcttgatttcccgttagtggctgcacaaattatgcaaattactc |
33853219 |
T |
 |
| Q |
502 |
ttccggtttccccattgccggataagtgtgtgtggattcactcaacggatggtgagctctctgctaaacttgccttccaattcctttatcc |
592 |
Q |
| |
|
| || || ||||| |||| |||||||||||| ||| | || || ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
33853218 |
tcccagtctcccctttgctggataagtgtgtttgggtccattctccggatggagagctctttgctaaacttgcgttccaatttcttaatcc |
33853128 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 173
Target Start/End: Original strand, 7968153 - 7968211
Alignment:
| Q |
116 |
cttttagatcaattcaaacatttga-ttttatcttaaccacattcaaagtcacaaacat |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
7968153 |
cttttagatcaatagaagcatttgacttttatcttaaccacatttaaagtcacacacat |
7968211 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 12735161 - 12735052
Alignment:
| Q |
432 |
ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg |
531 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |
|
|
| T |
12735161 |
ggtaaatggaacattcctcgaattattcttgatttcccgttagtggctgcccagattatgcaagtcactcttccggtctcccctttgccggataagcgtg |
12735062 |
T |
 |
| Q |
532 |
tgtggattca |
541 |
Q |
| |
|
| ||| |||| |
|
|
| T |
12735061 |
tttggcttca |
12735052 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0001 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:
Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 199760 - 199651
Alignment:
| Q |
432 |
ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg |
531 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
199760 |
ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccaaattcttcaagtcactcttctggtctcccctttgccagataagtgtg |
199661 |
T |
 |
| Q |
532 |
tgtggattca |
541 |
Q |
| |
|
| ||| |||| |
|
|
| T |
199660 |
tttggcttca |
199651 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 10993082 - 10992973
Alignment:
| Q |
432 |
ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg |
531 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||| |
|
|
| T |
10993082 |
ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccagattcttcaagtcactcttccggtctcccctttaccggacaagtgtg |
10992983 |
T |
 |
| Q |
532 |
tgtggattca |
541 |
Q |
| |
|
| ||| |||| |
|
|
| T |
10992982 |
tttggcttca |
10992973 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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