View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5410_low_2 (Length: 654)

Name: NF5410_low_2
Description: NF5410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5410_low_2
NF5410_low_2
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (1-397)||(112198-112593)
scaffold0038 (39-241)||(110977-111182)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-397)||(16273297-16273692)
chr6 (1-397)||(22824605-22825001)
chr6 (1-397)||(28321089-28321484)
chr6 (39-241)||(16274712-16274916)
chr6 (39-241)||(22825783-22825987)
chr6 (39-241)||(28319871-28320076)
chr6 (432-532)||(16002739-16002839)
chr6 (1-34)||(16274512-16274545)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-397)||(32968029-32968424)
chr3 (1-397)||(10024136-10024531)
chr3 (1-397)||(42394581-42394975)
chr3 (39-241)||(42396012-42396216)
chr3 (71-241)||(32969797-32969968)
chr3 (31-241)||(10023087-10023299)
chr3 (1-34)||(10023458-10023491)
chr3 (1-34)||(42395812-42395845)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-397)||(19046700-19047095)
chr2 (1-363)||(39833018-39833381)
chr2 (1-397)||(26239658-26240053)
chr2 (39-241)||(19045479-19045683)
chr2 (40-241)||(39834721-39834924)
chr2 (1-34)||(19045850-19045883)
chr2 (1-34)||(39834520-39834553)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-397)||(29995958-29996353)
chr1 (39-241)||(29997373-29997577)
chr1 (402-586)||(21354109-21354293)
chr1 (1-34)||(29997173-29997206)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (1-397)||(40649-41044)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-397)||(157741-158136)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-183)||(31973202-31973384)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (402-592)||(33853128-33853318)
chr5 (116-173)||(7968153-7968211)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (432-541)||(12735052-12735161)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (432-541)||(199651-199760)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (432-541)||(10992973-10993082)


Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 112593 - 112198
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
112593 agtgtaaaagttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 112494  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
112493 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 112394  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
112393 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 112294  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
112293 tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 112198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 111182 - 110977
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaatt-gactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacat 136  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| |||| ||||||||||||||||    
111182 cgtataagctaagagtaaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaactttaagatcaattcaaacat 111083  T
137 ttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttt 235  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
111082 ttgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattgtgatgagctgatactataaaactttctacattaatattcaaaataaacattgtt 110983  T
236 acatta 241  Q
    ||||||    
110982 acatta 110977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 16273297 - 16273692
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16273297 agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 16273396  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16273397 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 16273496  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
16273497 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgaatatta 16273596  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
16273597 tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 16273692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 22824605 - 22825001
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataa-ttatattt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
22824605 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataaattatattt 22824704  T
100 tcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat 199  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
22824705 tcaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgactgattttgatgagctgatactat 22824804  T
200 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22824805 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 22824904  T
300 atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
22824905 atactgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaatctaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 22825001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 28321484 - 28321089
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28321484 agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 28321385  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28321384 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 28321285  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
28321284 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgaatatta 28321185  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
28321184 tgttgtattcactgtagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 28321089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 16274712 - 16274916
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
16274712 cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt 16274811  T
138 tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
16274812 tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttatacactaacattcaaaataaacattgtta 16274911  T
237 catta 241  Q
    |||||    
16274912 catta 16274916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 22825783 - 22825987
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| |||| |||||||||||||||||    
22825783 cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaactttaagatcaattcaaacatt 22825882  T
138 tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
22825883 tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaatattgtta 22825982  T
237 catta 241  Q
    |||||    
22825983 catta 22825987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28320076 - 28319871
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaatt-gactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacat 136  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||    
28320076 cgtataagctaagagtaaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacat 28319977  T
137 ttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttt 235  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||    
28319976 ttgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattgtgatgagctgatactataaaactttctacattaatattcaaaataaacattgtt 28319877  T
236 acatta 241  Q
    ||||||    
28319876 acatta 28319871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 432 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 16002839 - 16002739
Alignment:
432 ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg 531  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
16002839 ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccagattcttcaagtcactcttccggtctcccctttaccggataagtgtg 16002740  T
532 t 532  Q
    |    
16002739 t 16002739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 16274512 - 16274545
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
16274512 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 16274545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 32968029 - 32968424
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
32968029 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattagatttgaataattatatttt 32968128  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
32968129 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatctcaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatacaata 32968228  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32968229 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 32968328  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
32968329 tgctgaattcactatagtaaacaaataaagaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 32968424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 10024531 - 10024136
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10024531 agtgtaaaggtgactcttactatttttaacaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 10024432  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10024431 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgatttcatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 10024332  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
10024331 aaatttctacattaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcctaaaactcatttgagtatta 10024232  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
10024231 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatttttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 10024136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 42394581 - 42394975
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42394581 agtgtaaaagttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 42394680  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
42394681 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaatcacattcaaagtcacaaagatgattgattttgatgagctgatactata 42394780  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42394781 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 42394880  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||       ||||||||||||||||||||||||    
42394881 tgttgtattcactatagcaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaggtat-ttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 42394975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 42396012 - 42396216
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
42396012 cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt 42396111  T
138 tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
42396112 tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttatacactaacattcaaaataaacattgtta 42396211  T
237 catta 241  Q
    |||||    
42396212 catta 42396216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 241
Target Start/End: Original strand, 32969797 - 32969968
Alignment:
71 aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaa 170  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
32969797 aattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaa 32969896  T
171 catgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgtttacatta 241  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
32969897 catgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaacattgttacatta 32969968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10023299 - 10023087
Alignment:
31 aaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaatt 129  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||    
10023299 aaacatgacgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaatt 10023200  T
130 caaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaa 228  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||    
10023199 caagcatttgattttatcttaaccatagtcaaagtcacaaacataattaattgtgatgagctgatactataaaaccttctactctaacattaaaaataaa 10023100  T
229 catgtttacatta 241  Q
    |||  ||||||||    
10023099 cattgttacatta 10023087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 10023491 - 10023458
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
10023491 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 10023458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 42395812 - 42395845
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
42395812 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 42395845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 19047095 - 19046700
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19047095 agtgtaaaagttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 19046996  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19046995 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 19046896  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19046895 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 19046796  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
19046795 tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 19046700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Original strand, 39833018 - 39833381
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39833018 agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 39833117  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39833118 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 39833217  T
201 aaatttctacactaacattc-aaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 299  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39833218 aaatttctacactaacattcaaaaataaacatgtttacattatatgtcccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 39833317  T
300 atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatctt 363  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39833318 atgctgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatctt 39833381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 26240053 - 26239658
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26240053 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaaaagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 26239954  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
26239953 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgatttaatattaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatcctata 26239854  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26239853 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 26239754  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
26239753 tgatgaattcaaaatagtaaacaaataaaaaataacttatatttataaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 26239658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 19045683 - 19045479
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaattgactccta-aaattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
19045683 cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctataaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt 19045584  T
138 tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||    
19045583 tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacactaacattcaaaataaacattgtta 19045484  T
237 catta 241  Q
    |||||    
19045483 catta 19045479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 241
Target Start/End: Original strand, 39834721 - 39834924
Alignment:
40 gtataagttaagagtaaaaattgactccta-aaattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacattt 138  Q
    ||||||| |||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||    
39834721 gtataagctaagagtaaaaatatagtcctataaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacattt 39834820  T
139 gattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgtttac 237  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||    
39834821 gattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttctacaccaacattcaaaataaacattgttac 39834920  T
238 atta 241  Q
    ||||    
39834921 atta 39834924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 19045883 - 19045850
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
19045883 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 19045850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 39834520 - 39834553
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
39834520 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 39834553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 29995958 - 29996353
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29995958 agtgtaaaggttactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 29996057  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 200  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29996058 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactata 29996157  T
201 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
29996158 aaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgaatatta 29996257  T
301 tgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
29996258 tgttgtattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 29996353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 241
Target Start/End: Original strand, 29997373 - 29997577
Alignment:
39 cgtataagttaagagtaaaaattgactcctaa-aattctattggatttgaataattatattttcaataataaatacagcttttagatcaattcaaacatt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
29997373 cgtataagctaagagtaaaaatagagtcctattaattctattggatttgattaattatattctcattaacaatcacaacttttagatcaattcaaacatt 29997472  T
138 tgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactataaaa-tttctacactaacattcaaaataaacatgttta 236  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
29997473 tgattttatcttaaccatattcaaagtcacaaacatgattaattatgatgagctgatactataaaactttatacactaacattcaaaataaacattgtta 29997572  T
237 catta 241  Q
    |||||    
29997573 catta 29997577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 402 - 586
Target Start/End: Original strand, 21354109 - 21354293
Alignment:
402 aaggcgaatctttcttttgttattgctaacggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactc 501  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||   | |||||| |    
21354109 aaggctaatctttcatttgtcatggctgatggtaaatggaacattccccgcattatacttgatttcccgttagtggctgcccaaattatgctagtcaccc 21354208  T
502 ttccggtttccccattgccggataagtgtgtgtggattcactcaacggatggtgagctctctgctaaacttgccttccaattcct 586  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  | || |||||||||   |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||    
21354209 ttccggtttccccattgtcggataagtgcatctgaattcactcattagatggtgaactctcggccaaactagctttccaattcct 21354293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 29997173 - 29997206
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaac 34  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
29997173 agtgtaaagttgactcttattatttttagcaaac 29997206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 41044 - 40649
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41044 agtgtaaaggtgactcttattatttt-agcaaacatgtcgtataagttaagagtcaaaatcgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 40946  T
101 caa-taataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat 199  Q
    ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
40945 caaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattcattttgatgagttgatactat 40846  T
200 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40845 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 40746  T
300 atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
     || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
40745 gtgttgaattcataatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 40649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 157741 - 158136
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
157741 agtgtaaaggtgactcttattatttt-agcaaacatgtcgtataagttaagagtcaaaatcgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 157839  T
101 caa-taataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgattttgatgagctgatactat 199  Q
    ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
157840 caaataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattcattttgatgagttgatactat 157939  T
200 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttacattatatgctccaaagtataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
157940 aaaatttctacactaacattcaaaataaacatgtttaaattatatgccccaaaatataaagttgttttgagtaatttatcttaaaactcatttgagtatt 158039  T
300 atgctgaattcactatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaagnnnnnnncaataatatctataaatcaaacga 397  Q
     || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
158040 gtgttgaattcataatagtaaacaaataaaaaataacttatgtttgtaaactaaaaagtatcttaag-ttttttcaataatatctataaatcaaacga 158136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Original strand, 31973202 - 31973384
Alignment:
1 agtgtaaaggtgactcttattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31973202 agtgtaaaggtgactctaattatttttagcaaacatgtcgtataagttaagagtaaaaattgactcctaaaattctattggatttgaataattatatttt 31973301  T
101 caataataaatacagcttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgatttt 183  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31973302 caataataatcacaacttttagatcaattcaaacatttgattttatcttaaccacattcaaagtcacaaacatgattgatttt 31973384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 402 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 33853318 - 33853128
Alignment:
402 aaggcgaatctttcttttgttattgctaacggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactc 501  Q
    ||||| |||||  ||||||||||| |||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||   ||| | ||||    
33853318 aaggctaatctcgcttttgttattactaatggtaaatggaaaattcctcgaattattcttgatttcccgttagtggctgcacaaattatgcaaattactc 33853219  T
502 ttccggtttccccattgccggataagtgtgtgtggattcactcaacggatggtgagctctctgctaaacttgccttccaattcctttatcc 592  Q
    | || || ||||| |||| |||||||||||| ||| | || ||  ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||    
33853218 tcccagtctcccctttgctggataagtgtgtttgggtccattctccggatggagagctctttgctaaacttgcgttccaatttcttaatcc 33853128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 173
Target Start/End: Original strand, 7968153 - 7968211
Alignment:
116 cttttagatcaattcaaacatttga-ttttatcttaaccacattcaaagtcacaaacat 173  Q
    |||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
7968153 cttttagatcaatagaagcatttgacttttatcttaaccacatttaaagtcacacacat 7968211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 12735161 - 12735052
Alignment:
432 ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg 531  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||    
12735161 ggtaaatggaacattcctcgaattattcttgatttcccgttagtggctgcccagattatgcaagtcactcttccggtctcccctttgccggataagcgtg 12735062  T
532 tgtggattca 541  Q
    | ||| ||||    
12735061 tttggcttca 12735052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 199760 - 199651
Alignment:
432 ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg 531  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||    
199760 ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccaaattcttcaagtcactcttctggtctcccctttgccagataagtgtg 199661  T
532 tgtggattca 541  Q
    | ||| ||||    
199660 tttggcttca 199651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 432 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 10993082 - 10992973
Alignment:
432 ggtaattggaatatccctcgcatcattctggattttccgttagtggctgcccaaattgcacaagtcactcttccggtttccccattgccggataagtgtg 531  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||    
10993082 ggtaagtggaacattcctcgaattattcttgacttcccgttagtggctgcccagattcttcaagtcactcttccggtctcccctttaccggacaagtgtg 10992983  T
532 tgtggattca 541  Q
    | ||| ||||    
10992982 tttggcttca 10992973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University