View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5411-Insertion-1 (Length: 1109)

Name: NF5411-Insertion-1
Description: NF5411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5411-Insertion-1
NF5411-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1109)||(38397795-38398885)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1109
Target Start/End: Original strand, 38397795 - 38398885
Alignment:
Q  8 taaattgcgcactggtcataatagaaggaaccaacaatgcagttaagcgttgaggaaagaagggtaattaaaatatttaaaagttgtgttggattatgtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38397795 taaattgcgcactggtcataatagaaggaaccaacaaagcagttaagcgttgaggaaagaagtgtaattaaaatatttaaaagttgtgttggattatgtt 38397894  T
Q  108 attgatttttatgtgttgcctttagtcttagacccaaaattgaataaaatcatggcggcattatgactttcaactgtgtctatgatttattacatttaag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38397895 attgatttttatgtgttgcctttagtcttgtacccaaaattgaataaaatcatggcggcattatgactttcaactgtgtctatgatttattacatttaag 38397994  T
Q  208 tatatcccaaaatagtttccttaactaaacacaatgctgcattgagtttttcaggaaactagtgttagcaattaaatcgaatgagggaatgaagagatcg 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38397995 tatatgccaaaatagtttccttaactaaacacaatgctgcattgagtttttcaggaaactagtgttagcaattaaatcgaatgagggaatgaagagatcg 38398094  T
Q  308 ttgcggcagactaagtcaagagacataaccaaagccgtgcnnnnnnngaacaagcaaaagattgatgctaaaaagccgaagaaaccccccactgctttct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398095 ttgcggcagactaagtcaagagacataaccaaagccgtgcaaaaaaagaacaagcaaaagattgatgctaaaaagccgaagaaaccccccactgctttct 38398194  T
Q  408 tctacttcttgtaaaacttcttttattcctccttgttctttatttatgatgtttaattcttatttttaatgtgttagtataaactactctttgcattttc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398195 tctacttcttgtaaaacttcttttattcctccttgttctttatttatgatgtttaattcttatttttaatgtgttagtataaactactctttgcattttc 38398294  T
Q  508 catttgttctaaatttttatggaatatattattaatttaataagagtttagctgcattaaggtttatttgtctgtatatatgaaaaagtaacaccacaat 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38398295 catttgttctaaatttttatggaatatattattaatttaataagagtttagctgcattaaggtttatttgtctgtatatatgaaaaagtagcaccacaat 38398394  T
Q  608 tactggttcattactagaatgaacaagtatagttaatgttcctactgatctgtgtgtttcctttgaagttatactaccgcttaagttgaaggggttctgt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398395 tactggttcattactagaatgaacaagtatagttaatgttcttactgatctgtgtgtttcctttggagttatactaccgcttaagttgaaggggttctgt 38398494  T
Q  708 tgtattttacggattttgacttggttagagtgtattttgacttggaggaatggtgcagagaaggtaatcatttgttgattaaaaattagcattatcccct 807  Q
    |||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398495 tgtattttacggattttgact---------------------tggaggaatggtgcagagaaggtaatcatttgttgattaaaaattagcattatcccct 38398573  T
Q  808 caagttcaagagttgagacaaccactcatcttcacacatgtttatcattagtca-tttaaaacaattttcttctgatagtttcctttccttg-ttctac- 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  38398574 caagttcaagagttgagacaaccactcatcttcacacatgtttatcattagtcattttaaaacaattttcttctgatagtttcctttccttgtttctact 38398673  T
Q  905 ttgtcttaatgtcctctgttcattcatactactatttacagtatatttggcattgtggcaattaatctagcacagtgactgtgtgtaacaaacaattgct 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398674 ttgtcttaatgtcctctgttcattcatactactatttacagtatatttggcattgtggtaattaatctagcacagtgactgtgtgtaacaaacaattgct 38398773  T
Q  1005 tcttttttatatggaaaata-tacaatgcttc-aaattactgtgtttact-gaca-tctttttcattctgaa-ggagga-tttcggaaagagttt-aaga 1097  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  38398774 tcttttttatatggaaaatattacaatgcttcaaaattactgtgtttactggacattctttttcattctgaagggaggattttcggaaagagtttaaaga 38398873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University