View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5411-Insertion-4 (Length: 748)
Name: NF5411-Insertion-4
Description: NF5411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5411-Insertion-4 |
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| [»] chr1 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 748
Target Start/End: Original strand, 11327128 - 11327870
Alignment:
| Q |
7 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
106 |
Q |
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11327128 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
11327227 |
T |
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| Q |
107 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
206 |
Q |
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| T |
11327228 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
11327327 |
T |
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| Q |
207 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgttcattgaaagtttgagata |
306 |
Q |
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| T |
11327328 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgtccattgaaggtttgagata |
11327427 |
T |
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| Q |
307 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
406 |
Q |
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| T |
11327428 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
11327527 |
T |
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| Q |
407 |
gggaaacttggcataactgcgatgaatgaagcctaagatgasgtctacatgatgatcatgatgcagaaaattcacaatgaaagataaagaaacttccatt |
506 |
Q |
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11327528 |
gggaaacttggcataactgcaatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcttgatgtagaaaattcacagtgaaagataaagaaacttccatt |
11327627 |
T |
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| Q |
507 |
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606 |
Q |
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11327628 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
11327727 |
T |
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| Q |
607 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgtt-nnnnnnncaagtgttacttaacatgaatcagtaaaatacatatggctgttatcggaaaaatgtta |
705 |
Q |
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| T |
11327728 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgttaaaaaaaaaaagtgttacttaatatgaatcagtaaaatatatatggctgttatcggaataatgtta |
11327827 |
T |
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| Q |
706 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattac |
748 |
Q |
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11327828 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattac |
11327870 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 748
Target Start/End: Original strand, 11485149 - 11485891
Alignment:
| Q |
7 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
106 |
Q |
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11485149 |
aaaaattgcatcatatgaaaatggatttgcagtaaatttagccgttgaattcaactttacttgatgagtaaattcttggccatggaatatcttcaaaata |
11485248 |
T |
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| Q |
107 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
206 |
Q |
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| T |
11485249 |
taacaaaaatcaatgttaaaatgaaaattaacactgatgctacaactcaaaatcaataaccatagcatacataaattttgtaacgaattaaagcaagaat |
11485348 |
T |
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| Q |
207 |
gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgttcattgaaagtttgagata |
306 |
Q |
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| T |
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gagagtaaaattatgagaatgctcttcactgcttctgagttcactccggatatatgaaaattgaaaacagtaagcacatgtccattgaaggtttgagata |
11485448 |
T |
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| Q |
307 |
tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
406 |
Q |
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| T |
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tccatcacaaaaataactagattagagcatagatataagaggtgaacattacatcaattaacaaagaaaaacgtagggtttcgatcatagtgatgaatgc |
11485548 |
T |
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| Q |
407 |
gggaaacttggcataactgcgatgaatgaagcctaagatgasgtctacatgatgatcatgatgcagaaaattcacaatgaaagataaagaaacttccatt |
506 |
Q |
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gggaaacttggcataactgcaatgaatgaagcctaagatgaggtctacatgatgatcttgatgtagaaaattcacagtgaaagataaagaaacttccatt |
11485648 |
T |
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507 |
ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagcactactaaac |
606 |
Q |
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ggaacacgtgagagaaaaagttgatcgattttctttggtgaaaaacgtgggagagaaagttccaagcgtctaatataaaaaattaacagtactactaaac |
11485748 |
T |
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| Q |
607 |
tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgtt-nnnnnnncaagtgttacttaacatgaatcagtaaaatacatatggctgttatcggaaaaatgtta |
705 |
Q |
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tagtaaaaaccgataacatattttcataaatgttaaaaaaaaaaagtgttacttaatatgaatcagtaaaatatatatggctgttatcggaataatgtta |
11485848 |
T |
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| Q |
706 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattac |
748 |
Q |
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11485849 |
cgaaatagtagtagtgttgcatccttgaaatgcttaatattac |
11485891 |
T |
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