View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5413-Insertion-3 (Length: 853)

Name: NF5413-Insertion-3
Description: NF5413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5413-Insertion-3
NF5413-Insertion-3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-853)||(21917851-21918682)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 853
Target Start/End: Original strand, 21917851 - 21918682
Alignment:
Q  8 gtcaagctacgtttacaatcacatacactattaaaacgtaaagctattcctataagctaaatcagaagttagaggatataatatatctctcgttatcttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21917851 gtcaagctacgtttacaatcacatacactattaaaacgtaaagctattcctataagctaaatcagaagttagaggatataatatatctctcgttatcttg 21917950  T
Q  108 gaaacatcgtggtttttggagagtgatggatgaatgtataattgattaaggaaatacattagaaaactagcaaacaaagcttaaccccaacataacttta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21917951 gaaacatcgtggtttttggagagtgatggatgaatgtataattgattaaggaaatacattagaaaactagcaaacaaagcttaaccccaacataacttta 21918050  T
Q  208 catttgattgtttcacccttttacaatttgtagttcaaacaattacatttgtttatgaaccataacttgagacaatgaaacgacaaaatggttcaatttc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21918051 catttgattgtttcacccttttacaatttgtagttcaaacaattacatttgtttatgaaccataacttgagacaatgaaacgacaaaatggttcaatttc 21918150  T
Q  308 catgtctcaatggatcggtaaactttctaactaaatcgcacttacatgttttctatccatttacaagccaactcacttaacacctttctcttttattcct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21918151 catgtctcaatggatcggtaaactttctaactaaatcgcacttacatgttttctatccatttacaagccaactcacttaacacctttctcttttattcct 21918250  T
Q  408 taaaatatcttatatccaatcacaaatacacaatccctctttatttgagtggtgataaagagatgtataaagagatgttttgaggtgagagagagaggat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21918251 taaaatatcttatatccaatcacaaatacacaatccctctttatttgagtggtgataaagagatgtataaagagatgttttgaggtgagagagagaggat 21918350  T
Q  508 ggcttggtcagatttttcttttaaacaaaatgacacatgggttgccacatagggacgccacattgggtgtatgaggaaaaaagatgtacatgaaccattg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21918351 ggcttggtcagatttttcttttaaacaaaatgacacatgggttgccacata-------------gggtgtatgagggaaaaagatgtacatgaaccattg 21918437  T
Q  608 ttattttattttacttaaaataatcatattaaaatagtcaaatgtttagtgttcgctctctcttcttcatcctctcgccaaaatatcacagtcatatctt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21918438 ttattttattttacttaaaataatcatattaaaatagtcagatgtttagtgttctctctctcttcttcatcctctcgccaaaatatcacagtcatttctt 21918537  T
Q  708 ttatccttaacatctaaattacattgacgagatgtaattgtggtggtggtggtgtgcttggtttctcatcgcaccaaccacaaattgtagggggagtcga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  21918538 ttatccttaacatctaaattacattgacgagatgtaattgtggtggtggtggtgtgcttggtttctcatcgcaccaaccacaaattgta-ggggagtcaa 21918636  T
Q  808 ttggtactggtggatacagatgagatcgccatccatagcttcctca 853  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21918637 ttggtactggtggatacagatgagatcgccatccatagcttcctca 21918682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University