View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5413_low_2 (Length: 896)

Name: NF5413_low_2
Description: NF5413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5413_low_2
NF5413_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-879)||(2368214-2369079)
chr6 (454-879)||(2362908-2363333)
chr6 (470-879)||(2351293-2351702)
chr6 (470-879)||(2339840-2340249)
chr6 (470-879)||(2307159-2307568)
chr6 (462-879)||(2357601-2358018)
chr6 (747-879)||(14711333-14711465)
chr6 (483-879)||(2261274-2261670)
chr6 (771-879)||(14753404-14753512)
chr6 (190-247)||(25398915-25398972)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (462-879)||(4305614-4306031)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (532-879)||(5804235-5804582)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (780-879)||(560-659)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 879
Target Start/End: Original strand, 2368214 - 2369079
Alignment:
Q  18 attaatgttggacaccttggtctccttagatacaaatattaaaacattttgatctttgataggaaggactactccttccgtgccaaagtgagtggtccat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2368214 attaatgttggacaccttggtctccttagatacaaatattaaaacattttgagctttgataggaaggactacttcttccgtgccaaagtgagtggtccat 2368313  T
Q  118 ttgttnnnnnnnnntttgttttgaaaatgaattatctatttgactttttaatgtaatatgaattacgtttaattttcaattatactctttgattaatatt 217  Q
    ||||           ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2368314 ttgtaaaaaaaaaaattgttttgaaaataaattatctatttgactttttaatgtaatatgaattacgtttaattttcaattatactctttgattaatatt 2368413  T
Q  218 aattgtattactcttaattcaacatctttcggtttatatttatgataattgtgaatatatcaatacttattaatggcactcaaaaccannnnnnnncttt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||            |||    
T  2368414 aattgtattactcttaattcaacatcttccgatttatattaatgataattgtgagtacatcaatacttgttaatgacactcaaaatttttattttttttt 2368513  T
Q  318 cacttatataannnnnnnaatatgtgtgaaattgttaaatgggtcactcatcgtgagactgagggagtaacacatacacactcttcaatgaa----gatg 413  Q
     ||||||| ||       ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||    
T  2368514 tacttatacaatttttttaatatgtgtaaaatttttaaatgggtcattcatcgtgagactgagggagtaacacatacacactcttcaatgaaaaaagatg 2368613  T
Q  414 ttaaattttcttatggaattcatacctcattgacagaacttaatcgcgggaggagttgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtac 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2368614 ttaaattttcttatggaattcatacctcattgacagaacttaatcgcgggaggagttgacacaaccagtgttacccttacatgggcaatatgtttgttac 2368713  T
Q  514 ttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttggaaaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgta 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2368714 ttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttggaaaagagaggtgtgtaagagagacagacatagacaagttggtgta 2368813  T
Q  614 tcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcggcacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgat 713  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  2368814 tcttcaagccattgtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcggcacctcgtgaattctcagagaattgcaatttagatggatatgat 2368913  T
Q  714 gtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttctta 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2368914 gtaagaaaaggaacacggttaattttgaatcttagaaagattcacactgatccaaatatttggtcaaatccattggaattcaaaccagagcggtttctta 2369013  T
Q  814 ctacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2369014 ctacccataaagacgttgatgttagaggtcatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 2369079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 454 - 879
Target Start/End: Original strand, 2362908 - 2363333
Alignment:
Q  454 taatcgcgggaggagttgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaact 553  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2362908 taatcgggggaggaattgaaacaactagcgttacccttacatgggcaatatgtttgttgcttagaaatcctctaatattgaaaaaagcaaaagaagaact 2363007  T
Q  554 tgatactcaagttggaaaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatcca 653  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2363008 tgatgctcaagttggaaaagagaggtgtgtaagaaagtcagatatagacaagttggtgtaccttcaagccatagtcaaagaaacactaagattatatcca 2363107  T
Q  654 gctggccctttatcggcacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaaga 753  Q
     ||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2363108 cctggccctttatctgtgcctcgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggatatgatgtaagaaatggaacacgattaattttgaatctttggaaga 2363207  T
Q  754 ttcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttga 853  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  2363208 ttcacactgatcctaatgtttggtcagatccattagtattcaaaccggagaggtttcttacaacgcataaagatattgattttagaggtaatcattttga 2363307  T
Q  854 gctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  2363308 gctattaccatttggaggtggtagaa 2363333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 470 - 879
Target Start/End: Original strand, 2351293 - 2351702
Alignment:
Q  470 tgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttgga 569  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  || | | |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  2351293 tgacacaagtagtgttactcttacatgggcaatatgtttactattgaaaaatcctcttgtattgaaaaaagcaaaagaagaacttgacactcacgttggc 2351392  T
Q  570 aaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcgg 669  Q
    ||||| |||  |||||  ||| | || || |  |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| | || ||| |  | |    
T  2351393 aaagaaaggcttgtaaacgagtcggatattggtaagttggtataccttcaagctatagtaaaagaaaccctaagattgcatccaccaggtcctctcgccg 2351492  T
Q  670 cacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaa 769  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |     
T  2351493 cacctcgtgaattctcagagaattgcactattggtggttaccatgttagaaaaggaactcggttaatgctaaatctttggaagattcaaactgatcctag 2351592  T
Q  770 tgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttgga 869  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2351593 tgtttggtcagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagttgttgatgttagaggtaatcattttgaactactaccatttgga 2351692  T
Q  870 ggtggtagaa 879  Q
     |||||||||    
T  2351693 agtggtagaa 2351702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 470 - 879
Target Start/End: Original strand, 2339840 - 2340249
Alignment:
Q  470 tgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttgga 569  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |  | |  ||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  2339840 tgacacaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggc 2339939  T
Q  570 aaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcgg 669  Q
    |||||||| ||| |||| |||   || ||| | || ||| | || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | || ||| | || |    
T  2339940 aaagagagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagtcaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccg 2340039  T
Q  670 cacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaa 769  Q
     ||| |||||||| ||| ||||||| | ||||||||| ||| | || | ||| ||||| || |||||   |||||||||||||||||| || ||||| |     
T  2340040 gaccacgtgaattctcaaagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagattcaaacagatcctag 2340139  T
Q  770 tgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttgga 869  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||  ||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2340140 tgtttggccagatccattagagttcaaaccagaaaggttttttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttgga 2340239  T
Q  870 ggtggtagaa 879  Q
     |||||||||    
T  2340240 agtggtagaa 2340249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 470 - 879
Target Start/End: Original strand, 2307159 - 2307568
Alignment:
Q  470 tgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttgga 569  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| || | |  ||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||     
T  2307159 tgacacaaccagtgtcacccttacatgggcactatgtttgctattgaacaatcctcttgtaatggaaaaagcaaaagaagaactcgacgctcaaattggc 2307258  T
Q  570 aaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcgg 669  Q
    |||||||| |||||| | ||| |||| ||| | || |||   || |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| | |  ||| | || |    
T  2307259 aaagagagatgtgtatgtgagtcagatataaataaattgacataccttcaagctatagtcaaagaaacactacgattatatccacccgctcctctttcag 2307358  T
Q  670 cacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaa 769  Q
     |||||||||||| || |||||||| | |||||| || ||| |||| | ||| ||||| || |||||   ||||||||||| |||| |||| ||||| ||    
T  2307359 gacctcgtgaattctcggagaattgtactttaggaggttatcatgttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaggattaacacggatcctaa 2307458  T
Q  770 tgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttgga 869  Q
    | ||||| |||||||||| || |||||||||||  | |||||||| || |||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||||    
T  2307459 tatttggccagatccattagagttcaaaccagaaagatttcttaccactcataaagatgttgatgttaggggtagtaattttgtgctattgccatttgga 2307558  T
Q  870 ggtggtagaa 879  Q
     |||||||||    
T  2307559 agtggtagaa 2307568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 462 - 879
Target Start/End: Original strand, 2357601 - 2358018
Alignment:
Q  462 ggaggagttgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactc 561  Q
    |||||| ||||||||| |  | |||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||    |    
T  2357601 ggaggaattgacacaagtgctattacccttacttgggcaatatgtttgttactgaaaaatcctcatacattggaaaaagcaaaagcagaacttgacttcc 2357700  T
Q  562 aagttggaaaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccc 661  Q
    | ||||||| ||| |  ||||||| | || | || ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  2357701 acgttggaagagataaatgtgtaacaaagtcggatataaacaagttggtgtaccttcaagcgataatcaaagaaaccctaagattatatccagttggtcc 2357800  T
Q  662 tttatcggcacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacact 761  Q
    | | || ||||||||||| ||  | || ||||| |   ||||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || || ||     
T  2357801 tctctctgcacctcgtgagtttaccgaaaattgtaacataggtggttatgatgtcataaaaggaactcgactaatcttaaatctttggaaaatccaaaca 2357900  T
Q  762 gatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattac 861  Q
    || |  ||||||||||| ||||||||  | || ||||||||  | |||||||  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||| |||||| | ||||    
T  2357901 gaccataatgtttggtcggatccattaaagtttaaaccagaaagatttcttaacacttataaagatgttgatgttcgagggtgtcactttgagttgttac 2358000  T
Q  862 catttggaggtggtagaa 879  Q
    |||||||| |||||||||    
T  2358001 catttggaagtggtagaa 2358018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 747 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 14711465 - 14711333
Alignment:
Q  747 tggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatc 846  Q
    |||||||| || |||||||| | ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14711465 tggaagatccaaactgatcctagtgtttggccggatccattggagttcaaacctgagagatttcttacaactcataaagatgttgatgttagaggtaatc 14711366  T
Q  847 attttgagctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  14711365 attttgagcttttaccatttggaagtggaagaa 14711333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 483 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 2261670 - 2261274
Alignment:
Q  483 gttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttggaaaagagaggtgtg 582  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||  || | ||||||||||   |||| | ||||||||||||||||||  | | |||| ||||| |||| || |       
T  2261670 gttacccttacatgggtaatttgtttactattgagaaatcctcatgtattagcaaaagcaaaagaagaactcaacaatcaaattggagaagaaagattca 2261571  T
Q  583 taagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcggcacctcgtgaatt 682  Q
    |||  ||  |||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  | || ||| | || ||||||||||||||    
T  2261570 taaatgactcagacataaataagttggtatatcttcaagcaatagtcaaagaaaccctaagattgtatcctccaggtcctctctcagcacctcgtgaatt 2261471  T
Q  683 atcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagat 782  Q
      ||||  |||| |  |||||||| |||  | | | |||||||||  |  | ||   |||||||||||| ||||| || ||||||| | ||||| |||||    
T  2261470 cacagaagattgtacgttaggtggctatcgtatcaaaaaaggaactagacttatcacaaatctttggaaaattcaaaccgatccaagtatttggccagat 2261371  T
Q  783 ccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    ||||| || |||||||||||  | |||||||| || || ||| |||||||||  |  ||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  2261370 ccattagagttcaaaccagaaagatttcttaccactcacaaaaatgttgatgccaagggtcaacattttgagttgttaccatttggaagtggtagaa 2261274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 771 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 14753512 - 14753404
Alignment:
Q  771 gtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggag 870  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||| || | | | |||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | ||||||||||||     
T  14753512 gtttggccggatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatcattttgagtttttaccatttggaa 14753413  T
Q  871 gtggtagaa 879  Q
    |||| ||||    
T  14753412 gtggaagaa 14753404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 247
Target Start/End: Original strand, 25398915 - 25398972
Alignment:
Q  190 ttttcaattatactctttgattaatattaattgtattactcttaattcaacatctttc 247  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||    
T  25398915 ttttcaattatatactttaattaatattaattgcatcactcacaattcaacatctttc 25398972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 462 - 879
Target Start/End: Original strand, 4305614 - 4306031
Alignment:
Q  462 ggaggagttgacacaactagtgttacccttacatgggcaatatgtttggtacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactc 561  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||   |||||||||  || | ||||||||| ||||||||||||| |  |    
T  4305614 ggaggagttgacacaactagtgtcacccttatatgggcaatgtgtttgttactggaaaatcctcttgtaatagaaaaagcacaagaagaacttgacatcc 4305713  T
Q  562 aagttggaaaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccc 661  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||    
T  4305714 aagttggcaaagagaggtgtgtaaaagagtcggatatagacaagttggtataccttcaagcgatagtcaaagaaaccctaaggttatgtccacccgcccc 4305813  T
Q  662 tttatcggcacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttaaatctttggaagattcacact 761  Q
    | | || | ||| ||||| ||  ||||||| |  | ||||||||| |||||||| | |||||||||  |  ||||  | ||||| |||||||| || |||    
T  4305814 tctctcaggaccacgtgagttcacagagaactcaaatttaggtggttatgatgtcaaaaaaggaactagactaatcatgaatctatggaagatccatact 4305913  T
Q  762 gatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattac 861  Q
    ||||| || ||||||| ||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  4305914 gatcctaaggtttggttagaacctttagagttcaaaccagaacggtttcttactactcataaaggtgttgatgttaagggtcatcattttgagttattac 4306013  T
Q  862 catttggaggtggtagaa 879  Q
    |||||||| |||||||||    
T  4306014 catttggaagtggtagaa 4306031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 532 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 5804582 - 5804235
Alignment:
Q  532 tggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttggaaaagagaggtgtgtaagagagccagacatagacaagttggtgtatcttcaagccatagtcaa 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| | ||| |  ||| |||| |||   |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  5804582 tggaaaaagcaaaagaagaacttgacactcatgttggtagagagagatttgtgaatgagtcagatataattaagttggtataccttcaagctatagtcaa 5804483  T
Q  632 agaaaccctaagattatatccagctggccctttatcggcacctcgtgaattatcagagaattgcagtttaggtggatatgatgtaagaaaaggaacacgg 731  Q
     ||||| || ||||| |||||| |||  ||| ||   | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| | ||||||||| ||     
T  5804482 ggaaacactgagattgtatccatctgctcctctaggcggacctcgtgaattctcagagaattgcactttaggtggttatcatgttacaaaaggaactcga 5804383  T
Q  732 ttaattttaaatctttggaagattcacactgatccaaatgtttggtcagatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttg 831  Q
    |||||   ||||||||||||||| || || ||||  | ||||||| || ||||||| || || || |||||  |||||||||| || ||||||||| |||    
T  5804382 ttaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcttagtgtttggccaaatccattagattttaagccagaaaggtttcttacaactcataaagatattg 5804283  T
Q  832 atgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||    
T  5804282 atgttaggggtaatcattttgaactacaaccatttggaagtggtagaa 5804235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 780 - 879
Target Start/End: Original strand, 560 - 659
Alignment:
Q  780 gatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagatgttgatgttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 879  Q
    ||||||||||| ||||| || | | | |||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||    
T  560 gatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatcattttgagtttttaccatttggaagtggaagaa 659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University