View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5413_low_7 (Length: 543)

Name: NF5413_low_7
Description: NF5413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5413_low_7
NF5413_low_7
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (19-532)||(3585079-3585592)
chr6 (19-532)||(3575626-3576139)
chr6 (19-528)||(3572346-3572855)
chr6 (19-532)||(3563647-3564160)
chr6 (19-532)||(3569295-3569808)
chr6 (204-528)||(13275583-13275903)
chr6 (19-120)||(3577894-3577995)
chr6 (19-118)||(13275987-13276086)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-379)||(38356815-38357175)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 532
Target Start/End: Original strand, 3585079 - 3585592
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3585079 ccattaagataacttggacagcccaaatagcaaggatgctttgtgcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttg 3585178  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585179 agatcctgccttaaaccacacagcctcaccgaatttcacaccattgcgagccaagagttctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 3585278  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  3585279 ctatgaatgacctcgagttcacggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccagcagtatcccaaccataatcaccaggaaattctcccgtga 3585378  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgtttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  3585379 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactggcttccagaaggagcagtcttcttggtggttgtttt 3585478  T
Q  419 cctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 518  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3585479 cctcatggtgattcttcccatcacaaggtctggagtcgaaggggaaagcttgattgcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 3585578  T
Q  519 gccattgtagtatt 532  Q
    ||||||||||||||    
T  3585579 gccattgtagtatt 3585592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 19 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3576139 - 3575626
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  3576139 ccattaagataacttggacagcccatatagcaaggatactttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtcctccctcactaaagatttg 3576040  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
    |||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||||    
T  3576039 agatcctgccttgaaccacacagcctcgccgaatttcacaccattgcgagacaagagctcggggaagacacatcccaaagctcctaacatagcccatcta 3575940  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||||| ||||| |||| ||| |  ||||    
T  3575939 ctgtggatgacctcgagttcacggttcttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagcccagcagtgtcccaaccatagtcaccaggaaattcaccagtga 3575840  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgtttt 418  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    | |||||||| ||||||||||    
T  3575839 gataagatggagcttcaccagagaatggacccaagtatttgacacgatctggaccgtaccacgggcttccagaagggacgttcttcttgttggttgtttt 3575740  T
Q  419 cctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 518  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |    
T  3575739 cctcatggtgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgattgccttcccaaccattgttgaagaagagagagccattgttgatgta 3575640  T
Q  519 gccattgtagtatt 532  Q
    |||||| |||||||    
T  3575639 gccattctagtatt 3575626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3572855 - 3572346
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3572855 ccattaagataacttggacagcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttggatttcccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttg 3572756  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
    |||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  3572755 agatcctgccttgaaccacacggcctcaccgaatttaacaccattgcgagccaagagctcagggaagacacatcccaaggctcccaacatagcccaccta 3572656  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||| |  || ||||| || || |||||||| ||| || ||||||  ||||| |||||||||| ||| |  || |    
T  3572655 ctgtgaatgacctctagttcacggtttttagagaaggtctccggatcagcagaaagtccagcagtgtcccatccatagtcaccgggaaattcaccagtaa 3572556  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgtttt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |    |||||||||||||||||||    
T  3572555 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccatgggcttccagaaggaacattcttcttggtggttgtttt 3572456  T
Q  419 cctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 518  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  3572455 cctcatggtaattcttcccatgacaaggtctggagtagagggggaaagcttgattgccttcccaaccaatgatgaagaagagagagacattgttgaagca 3572356  T
Q  519 gccattgtag 528  Q
    ||||| ||||    
T  3572355 gccatggtag 3572346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3564160 - 3563647
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  3564160 ccattaagataacttggacagcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttg 3564061  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
     ||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| |||| |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3564060 ggatcctgccttgaaccatacagcctcgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatcta 3563961  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||||| ||| || ||||| |||| ||| |  ||||    
T  3563960 ctgtggatgacctcgagttcacggtttttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccaaccgtagtcaccaggaaattcaccggtga 3563861  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgtttt 418  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |   | |||||||||||||| |||    
T  3563860 ggtaggatggggcttcaccggagaatgggcccaagtacttgacacggtctggaccgtaccaaggacttccagaaggaacagacttcttggtggttgcttt 3563761  T
Q  419 cctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 518  Q
    ||||||  ||| |||||||| | ||| |||| | ||||| ||||||||||||||| |||| || || | ||||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  3563760 cctcattgtgactcttcccaccccaatgtcttgggtggatggggaaagcttgattgccttccctacaaatgatgaagaagagagagacattgttgaagcc 3563661  T
Q  519 gccattgtagtatt 532  Q
    |||||| |||||||    
T  3563660 gccattttagtatt 3563647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 3569808 - 3569295
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3569808 ccattaagataacttggactgcccatatagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttg 3569709  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
     ||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||  |||| |||| |||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3569708 ggatcctgccttgaaccacacggcctcaccgaattgtacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatcta 3569609  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||||| ||| || ||||| || | ||| |  ||||    
T  3569608 ctgtggatgacctcgagttcacggttcttggcaaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccaaccgtagtcaccagggaattcacctgtga 3569509  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtcttcttggtggttgtttt 418  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| | |  || ||||||||||||||||||    
T  3569508 ggtaggatggggcttcaccggagaatgggcccaagtacttcacacggtctggaccgtaccatgggcttccagacggaacggacttcttggtggttgtttt 3569409  T
Q  419 cctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagagagccattgttgaagca 518  Q
    ||||||  ||| |||||||| | ||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |||| || || | ||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  3569408 cctcattgtgactcttcccaccccaatgtcttgagtggatggggaaagtttgattgccttcccgacaaatgatgaagaagagagggacattgttgaagca 3569309  T
Q  519 gccattgtagtatt 532  Q
    |||||||| |||||    
T  3569308 gccattgtggtatt 3569295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 204 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 13275903 - 13275583
Alignment:
Q  204 aacatagcccatctactgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgg 303  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| || | | || |||||||||||| |    
T  13275903 aacatggcccatctagagtggataacctcaagttcacggttttttgcaaatgtctctggatcagcagaaagtccagcagtattccaaccataatcaccag 13275804  T
Q  304 gaatttctctcgtgaggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtaccactagcttccagaagaagaggtctt 403  Q
    | | ||| |  || | ||||||||| || |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    ||||| ||||||      ||    
T  13275803 ggaattcaccagtcaagtaagatggggcctcaccaaagaatgggcccaggtacttgacacggtctggaccataccatggacttcctgaagaa---acttt 13275707  T
Q  404 cttggtggttgttttcctcatgatgattcttcccatcacaaggtctggagtggaaggggaaagcttgatttcctttccaaccattgatgaagatgagaga 503  Q
    ||| |||||||||||  ||||| |||  ||||| ||  |||||||| | || || |||  ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13275706 ctttgtggttgtttt-ttcatggtgacccttccaataccaaggtcttgggtagaggggttaagtttgattgcctttccaaccaatgatgaagaagagaga 13275608  T
Q  504 gccattgttgaagcagccattgtag 528  Q
    | ||||||||| |||||||||||||    
T  13275607 gacattgttgaggcagccattgtag 13275583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3577995 - 3577894
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||    
T  3577995 ccattaagatagctaggacaacccaaatagcaaggatgctttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagccctccatcactaaagatttg 3577896  T
Q  119 ag 120  Q
    ||    
T  3577895 ag 3577894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 13276086 - 13275987
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||| ||||||||||||    |||| || ||||||||||||||| |||| || || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  13276086 ccatcaagataacttggcaggcccatatggcaaggatgctttgtgcatgtacaagacttgggttgcccaaatagtctagcccaccctcactaaagatttg 13275987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 38357175 - 38356815
Alignment:
Q  19 ccattaagataacttggacaccccaaatagcaaggatgctttgttcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcaataaagatttg 118  Q
    |||| ||||||||||||  | |||| || ||||| ||||| ||  ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  38357175 ccatcaagataacttgggtagcccagatggcaagaatgctctgagcatggaccaaacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcgctaaagatctg 38357076  T
Q  119 agattctgccttaaaccatatagcctcaccgaatttcacacaattgtgagccaagagctctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatcta 218  Q
     ||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  38357075 ggatccggccttgaaccatacagcctcaccgaatttaacaccattgcgagacaaaagctctgggaaaacacatcccaaggctcccaacatagcccaccta 38356976  T
Q  219 ctgtggatgacctcgagttcatggtttttggcaaatgtctctgggtcggcagaaagcccaacattgtcccgaccataatcaccgggaatttctctcgtga 318  Q
    || |||||||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||  || || ||||| || |  ||||  || |    
T  38356975 ctatggatgacttcaagttcacggttcttggcgaatgtctctgggtcagcagaaagtccagcagtgtcccatccgtagtcacctgggaactctccagtca 38356876  T
Q  319 ggtaagatggagcttcaccagagaatggacccaagtacttgacacggtctggaccgtacca 379  Q
     |||||| || |  |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  38356875 agtaagacgggggctcaccagagaatgggcctaagtacttaacacggtctgggccgtacca 38356815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University