View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5415_low_2 (Length: 245)

Name: NF5415_low_2
Description: NF5415
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5415_low_2
NF5415_low_2
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-241)||(30020361-30020601)
chr2 (1-241)||(30121271-30121511)
chr2 (1-241)||(30103042-30103282)
chr2 (1-241)||(30040094-30040334)
chr2 (1-241)||(30109572-30109812)
chr2 (1-241)||(30234232-30234472)
chr2 (1-241)||(30078779-30079007)
chr2 (1-241)||(30136288-30136516)
chr2 (2-195)||(30009128-30009321)
chr2 (2-195)||(30065625-30065818)
chr2 (6-195)||(30168612-30168801)
chr2 (6-189)||(30276943-30277126)
chr2 (2-162)||(30787720-30787880)
chr2 (6-162)||(30249370-30249526)
chr2 (8-195)||(30187162-30187349)
chr2 (10-162)||(30221185-30221337)
chr2 (2-66)||(31803003-31803067)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 30020601 - 30020361
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020601 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 30020502  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020501 agttgtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 30020402  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020401 ttaataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 30020361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30121271 - 30121511
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121271 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 30121370  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121371 agttgtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 30121470  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121471 ttaataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 30121511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30103042 - 30103282
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103042 accaattctggacaatattttcaatctcttcaccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 30103141  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103142 agttgtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 30103241  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103242 ttaataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 30103282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30040094 - 30040334
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30040094 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatc 30040193  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  30040194 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagtta 30040293  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30040294 gtaataactcccatgataacatccatggtcacccctttgct 30040334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30109572 - 30109812
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30109572 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatc 30109671  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  30109672 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagtta 30109771  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30109772 gtaataactcccatgataacatccatggtcacccctttgct 30109812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30234232 - 30234472
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30234232 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatc 30234331  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  30234332 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagtta 30234431  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30234432 gtaataactcccatgataacatccatggtcacccctttgct 30234472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 30079007 - 30078779
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079007 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 30078908  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  30078907 agttgtcatcttggtaaggttgcccttgtaat------------caaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcagtcttagtagcaaagtta 30078820  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30078819 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 30078779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30136288 - 30136516
Alignment:
Q  1 accaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136288 accaattctggacaatattttcaatctcttccccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatc 30136387  T
Q  101 agttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagtta 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30136388 agttgtcatcttggtaaggttgcccttgtaat------------caaattgacgacgaatagcttcaaccgtaaattcagcagttttagtagcaaagtta 30136475  T
Q  201 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136476 ataataactcccatgacaacatccatggtcacccctttgct 30136516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 30009321 - 30009128
Alignment:
Q  2 ccaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatca 101  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||| ||||||||||| |  |||||||||    
T  30009321 ccaattttggacaacattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgtttttaattccctccaacttctggacatca 30009222  T
Q  102 gttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 195  Q
    ||| ||||| |  |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||| ||| ||||||| |||||| |||||    
T  30009221 gttttcatctttttaaggtagtccttgtagtagagtatgtaacgaaattgacgtccaataggtgcaaccataatttcagcaattttagcagcaa 30009128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 30065818 - 30065625
Alignment:
Q  2 ccaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatca 101  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  30065818 ccaattttggacaacattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgttttttattccctccatcttttggacatca 30065719  T
Q  102 gttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 195  Q
    ||| ||||| |  |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||| ||| |||||||  ||||| |||||    
T  30065718 gttttcatctttttaaggtagtccttgtagtagagtatgtaacgaaattgacgtccaataggtgcaaccataatttcagcaaatttagcagcaa 30065625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 30168801 - 30168612
Alignment:
Q  6 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 105  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||||  | |||||||| ||||     
T  30168801 ttctgaacaatattctcaatctcttctccgttgcttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactagcttttgttccctccagcttttggacattagttt 30168702  T
Q  106 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 195  Q
    |||||||   |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || | |||||| |||||| |||||    
T  30168701 tcatcctttcaaggtttcgcttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgaccaataggtacaaccatatactcagcaattttagcagcaa 30168612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 30277126 - 30276943
Alignment:
Q  6 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 105  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||| | | | ||    
T  30277126 ttctggacgatattttcaatctcttctccattccgtctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgtcttttaatccctccagattttggatagcggctg 30277027  T
Q  106 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttag 189  Q
    ||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | ||||||| |  |||||||||||||| | ||||||    
T  30277026 tcacccttaaaaggttgcccttgtaatatattatgtaaccaaattgttgtccaataggtgcaaccgtaaattcagaaattttag 30276943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30787880 - 30787720
Alignment:
Q  2 ccaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatca 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||   | ||||||  ||| ||||  | || ||| ||     
T  30787880 ccaattttggacaatattttcaatctcttctccgttccttctagccttatccacggtgtgttgcatgctatcttttgatccttccagctttttgacctcg 30787781  T
Q  102 gttgtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 162  Q
    ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30787780 gttctcatcctttcaaggttgcccttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgtccaatag 30787720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 6 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30249526 - 30249370
Alignment:
Q  6 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||||   | ||||||  ||| |||| || || ||| ||||||     
T  30249526 ttctgcacaatattttcaatctcttgcccgttccttctagcctcatcaacggtgtgttgcacgctatcttttgatccttccagatttttgacctcagttc 30249427  T
Q  106 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 162  Q
    |||||||   |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30249426 tcatcctttcaaggtttctcttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgtccaatag 30249370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 195
Target Start/End: Original strand, 30187162 - 30187349
Alignment:
Q  8 ctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtc 107  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||| |||| || |  | |||||||||||||  |    
T  30187162 ctggacaaacttttcaatctcttctccattatttctagcctcgtcaactttgcgttgcacactatcttttgttccttctagcttttggacatcagtttcc 30187261  T
Q  108 atcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 195  Q
    |||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || | |||||| |||||| |||||    
T  30187262 atcctttgaaggttgtccttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgaccaataggtacaaccatatactcagcaattttagcagcaa 30187349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30221337 - 30221185
Alignment:
Q  10 ggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtcat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |   ||||||  ||| || |  | |||||| ||| || ||||    
T  30221337 ggacaatattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacactgtgctgcacatgatcttttgatccttcgagcttttggacctcaattttcat 30221238  T
Q  110 cctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 162  Q
    |||   |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30221237 cctttgaaggtttcctttgtagtatagtatgtaaccaaattgacaaccaatag 30221185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 31803067 - 31803003
Alignment:
Q  2 ccaattctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgca 66  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||    
T  31803067 ccaattgtggacaagattttcaattttttctccgttccttatagcctcatcaactgtgtgttgca 31803003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University