View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5418-Insertion-8 (Length: 760)
Name: NF5418-Insertion-8
Description: NF5418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5418-Insertion-8 |
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| [»] scaffold0393 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 2412214 - 2411467
Alignment:
| Q |
7 |
aaaatgatttcatgaaaatgtgaaatgacataaatttcaaatcaatagggcttatagagtattataaagggtgttgtatcatgtattgcttgaattaatg |
106 |
Q |
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| T |
2412214 |
aaaatgatttcatgaaaatgtaaaatgacataaatttcaaatcaatagggcttatagagtattataaagggtgttgtatcatgtattgcttgaattaatg |
2412115 |
T |
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| Q |
107 |
tgcagggggactcatgttcaagttacctgcaagcaatcttcagtatgtgacatctataacattcttacttacaacctattccaagtatatggcagttaca |
206 |
Q |
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| T |
2412114 |
tgcagggggactcatgttcaagttacctgcaagcaatcttcagtatgtgacatctataacattcttacttacaacctactccaagtatatggcagctaca |
2412015 |
T |
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| Q |
207 |
aagcatacatttaactgtggtggcgtctttgtcactccaaataccttaagaactgttgcgaaaagacaggcaagtcttattattattttaacaaaaaagt |
306 |
Q |
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| T |
2412014 |
aagcatacatttaactgtggtggcgtctttgtcactccaaataccttaagaactgttgcgaaaagacaggcaagtcttaatattattttaacaaaaaagt |
2411915 |
T |
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| Q |
307 |
tgtaacaatctcctctcctctttgttaataaaatttgttgtaaaatttcaggtagactatatattaggtgaaaatccacttagaatgtcctatatggtag |
406 |
Q |
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| T |
2411914 |
tgtaacaatctcctctcctctttgttaataaaatttgttgtaaaatttcaggtagactatatattaggtgaaaatccacttagaatgtcctatatggtag |
2411815 |
T |
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| Q |
407 |
gttatggtccatattttcccaagagaattcaccacagaggatcttcattgccttcactatcagttcatccacagacaataggatgtgatggaggtttcaa |
506 |
Q |
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| T |
2411814 |
gttatggtccatattttcccaagagaattcaccacagaggatcttcattgccttcactatcagttcatccacagacaataggatgtgatggaggtttcaa |
2411715 |
T |
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| Q |
507 |
tccgtttttccattcaatgaatcagaaccctaatatattggttggagccatagttggaggtccaaaccaaaacgatggatttccggatgaccgtggtgat |
606 |
Q |
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| T |
2411714 |
tccgtttttccattcaatgaatcagaaccctaatatattggttggagccatagttggaggtccaaaccaaaacgatggatttccggatgaccgtggtgat |
2411615 |
T |
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| Q |
607 |
tatagtcattcagaaccagcaacttacatcaatggtgggattgttggacctttagcgtactttgctggtaacaattaatgttagatttgactttgatagc |
706 |
Q |
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| T |
2411614 |
tatagtcattcagaaccagcaacttacatcaatggtgggattgttggacctttagcgtactttgctggtaacaattaatgttagatttgactttgatagc |
2411515 |
T |
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| Q |
707 |
aaggttaaaaacagaacactgctatcaaagtgtagatactatctcatc |
754 |
Q |
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| T |
2411514 |
aaggttaaaaacagaaatctgctatcaaagtgtagatactatctcatc |
2411467 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0393 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0393
Description:
Target: scaffold0393; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 116 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 14490 - 13845
Alignment:
| Q |
116 |
actcatgttcaagttacctgcaagcaatcttcagtatgtgacatctataacattcttacttacaacctattccaagtatatggcagttacaaagcataca |
215 |
Q |
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| T |
14490 |
actcatgttcaagttacctgcaagcaatcttcagtatgtgacatctataacattcttacttacaacctattccaagtatatggcagctacaaagcacaca |
14391 |
T |
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| Q |
216 |
tttaactgtggtggcgtctttgtcactccaaataccttaagaactgttgcgaaaagacaggcaagtcttattattattttaacaaaaaagttgtaacaat |
315 |
Q |
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| T |
14390 |
tttaactgtggtggcgtctttgtcactccgaataccttaagaactgttgcgaaaagacaggcaagtcttattattattttaacaaaaaagttgtaacaat |
14291 |
T |
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| Q |
316 |
ctcctctcctctttgttaataaaatttgttgtaaaatttcaggtagactatatattaggtgaaaatccacttagaatgtcctatatggtaggttatggtc |
415 |
Q |
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| T |
14290 |
ctcttctcctttttgctgataaaatttgttgtaaaatttcaggtagacaatatattaggtgaaaatccacttagaatgtcctatatggtaggttatggtc |
14191 |
T |
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| Q |
416 |
catattttcccaagagaattcaccacagaggatcttcattgccttcactatcagttcatccacagacaataggatgtgatggaggtttcaatccgttttt |
515 |
Q |
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| T |
14190 |
catattttcccaagagaattcaccacagaggatcttcattgccttcactatcagttcatccgcagacaataggatgtgatggaggtttcaatccgttttt |
14091 |
T |
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| Q |
516 |
ccattcaatgaatcagaaccctaatatattggttggagccatagttggaggtccaaaccaaaacgatggatttccggatgaccgtggtgattata----g |
611 |
Q |
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| T |
14090 |
ccattcaatgaatcagaaccctaatatattggttggagccatagttggaggtccaaaccagaacgacggatttccggatgatcgcggtgattatagtcag |
13991 |
T |
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| Q |
612 |
tcattcagaaccagcaacttacatcaatggtgggattgttggacctttagcgtac-tttgctggtaacaattaatgttaga-tttgactttgatagcaag |
709 |
Q |
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| T |
13990 |
tcattgagaaccagcaacttacatcaatggtgggattgttggacctttagcgtacttttgccggtagcaattaatgttagattttgactttgatagcaag |
13891 |
T |
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| Q |
710 |
gtt-aaaaacagaacactgctatcaaagtgtagatactatctcatc |
754 |
Q |
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| T |
13890 |
gttaaaaaacagaacactgctatcgaagtgtagatattgtctcatc |
13845 |
T |
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