View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5418_low_1 (Length: 979)

Name: NF5418_low_1
Description: NF5418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5418_low_1
NF5418_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (61-969)||(998317-999225)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 839; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 61 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 999225 - 998317
Alignment:
Q  61 cattctacattataattgtttgaatttcatattctactagagcttatgcattgtatgaatttcatatgacaggaaattgctagacatatctagtatttct 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  999225 cattctacattataattgtttgaatttcatattctactagagcttatgcattgtatgaatttcatatgacaggaaattgctagacatatctagtatttct 999126  T
Q  161 ggtagatctctatgttattttcttcacaatgtttgattctggttacaagtcacagtatattgaaggtcagaaggagaaatttgtgaggtatttttatttt 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  999125 ggtagatctctatgttattttcttcacaatgtttgattctggttacaagtcacagtatattgaaggtcagaaggagaaatttgtgaggtatttttatttt 999026  T
Q  261 tggatataacatatcaatgtgattggttannnnnnnattcttttcttatctcaactctccggttctcgagggaaagggactctattaacataagcatctt 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  999025 tggatataacatatcaatgtgattggttatttttttattcttttcttatctcaactctccggttctcgagggaaagggactctattaacataagcatctt 998926  T
Q  361 tcagactaatatacagtggatgatgtaggttggatgatttggattccaattcgtcaatgccatctagctcaagtgggatgaagaagttaagatttaattt 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998925 tcagactaatatacagtggatgatgtaggttggatgatttggattccaattcgtcaatgccatctagctcaagtgggatgaagaagttaagatttaattt 998826  T
Q  461 agattgtttgccttttcttattcccggtcgcgggnnnnnnnnttcgtcgaaatcgtttcgagtcggagtgaaaaagggatcagatggactaatgaatatt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998825 agattgtttgccttttcttattcccggtcgcgggaaaaaaaattcgtcgaaatcgtttcgagtcggagtgaaaaagggatcagatggactaatgaatatt 998726  T
Q  561 ggaagatcactcaaaagtggagtcacttggggagtttttccagaagatcttaaagtgtcacagaaaaaagtatttgatcctcaagataagaatcttcttt 660  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998725 ggaagatcactcaaaagtggagtcacttggggagtttttccagaagatcttaaagtgtcacagaaaaaagtatttgatcctcaagataagaatcttcttt 998626  T
Q  661 attggaacaagtttttcgagattctatgcatcctttctgtagcttgtgatcctttcnnnnnnnatcttccttatttcaaccacaaatcatattgtttagc 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998625 attggaacaagtttttcgagattctatgcatcctttctgtagcttgtgatcctttctttttttatcttccttatttcaaccacaaatcatattgtttagc 998526  T
Q  761 catagataacgatctagcgaagtttactgttatattgagaacaatatgtgattttatttatctcattcgcataagtttccaattccgcaccgccttcatt 860  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998525 catagataacaatctagcgaagtttactgttatattgagaacaatatgtgattttatttatctcattcgcataagtttccaattccgcaccgccttcatt 998426  T
Q  861 gcaccttcatctcgagtatttggaagaggtgaacttgtcatagatcctggattgatcgcaaagcgatatttacaacgctatttcattattgacttctggt 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998425 gcaccttcatctcgagtatttggaagaggtgaacttgtcatagatcctggattgatcgcaaagcgatatttacaacgctatttcattattgacttctggt 998326  T
Q  961 ctgtgctgc 969  Q
    |||||||||    
T  998325 ctgtgctgc 998317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University