View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5418_low_4 (Length: 670)

Name: NF5418_low_4
Description: NF5418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5418_low_4
NF5418_low_4
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (18-654)||(46629691-46630327)
chr7 (128-654)||(46637513-46638039)
chr7 (90-645)||(46618816-46619371)
chr7 (20-653)||(46642662-46643292)
chr7 (75-546)||(46176095-46176561)
chr7 (589-630)||(46176561-46176602)
chr7 (30-82)||(46638070-46638122)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-487)||(18375759-18376226)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-654)||(15769080-15769708)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 46630327 - 46629691
Alignment:
Q  18 gtttttagacaaatccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgcccttcatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaatta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630327 gtttttagacaaatccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgccctttatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaatta 46630228  T
Q  118 ataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaag 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630227 ataggcacatatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaag 46630128  T
Q  218 aagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630127 aagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagc 46630028  T
Q  318 agcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagtttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630027 agcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagtttt 46629928  T
Q  418 ctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629927 ctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttg 46629828  T
Q  518 ctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtcc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629827 ctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtcc 46629728  T
Q  618 aagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629727 aagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 46629691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 128 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 46638039 - 46637513
Alignment:
Q  128 atttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgagg 227  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||    
T  46638039 atttcaattcccttaaagcagatgactttccaccatgcaccaaactggtatcaataaccaagaatttgatatgatctttactgtaagtagaagaccgggg 46637940  T
Q  228 cttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttct 327  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||    
T  46637939 cttgaggtaacattgacgatgatcgtcagacaaatcatcttcatttgatccattttctggctcttcctcattgcagctaccaactttggcttcttcttct 46637840  T
Q  328 tctt---taaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttg 424  Q
    ||||   | || | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  46637839 tcttctttgagcaggagaatattcggttcagcaactacttttctcaagacatcactaacagaatcaaagtaatggtcacctttcacaagttttctccttg 46637740  T
Q  425 aaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaa 524  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | || ||    
T  46637739 aaaacttctcaacaccaggaataagaaaaaccagattatcattggaggtaacatagcctcgatactttggttgctcagagtgccaacctcttcccagcaa 46637640  T
Q  525 gcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaa 624  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||| | ||| |||||  |||||||||||    
T  46637639 gcggggccaaacagcttcccagaagagatcattacttttggttttgctcagccgaaa---tcctgtcaaatattgaattatctcactaagtccaagagaa 46637543  T
Q  625 gacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 654  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  46637542 gacaaagatttgcaagctggtgctggaaac 46637513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 90 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 46619371 - 46618816
Alignment:
Q  90 atctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatg 189  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  46619371 atctacctcaactttaggcaccgaattaacaggcacagatttcaattcccttaaagcagatgactttccaccatgcaccaaactggtatcaataaccatg 46619272  T
Q  190 aatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagct 289  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| | ||| | ||||| | |||||||||  |||||  | |    
T  46619271 aatttgatatgatctttactgtaagtagaagatcggggcttgaggtaacaatagcgatgatccttagacagatcatcttcatttgatccattttcgggat 46619172  T
Q  290 cttcctcattgcagctaccgactttag---cagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactga 386  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |   |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  46619171 cttcctcattgcagctaccaaatttggcttctccttcttcttctttgagcacgagaatattcggttcagcaactacttttctcaagacatcactaacaga 46619072  T
Q  387 atcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcga 486  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||    
T  46619071 atcaaagtaatggtcacctttcacaagttttctcctcgaaaacttctcaacaccgggaataagaaaaaccagataatcattggaagtaacatagcatcga 46618972  T
Q  487 tactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctc 586  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||    
T  46618971 tactttggttgctcagagtgccaacctcttgccagtaagcggggccaaacagcctcccagaagagatcattacttttggttttgctcagccgaaa---tc 46618875  T
Q  587 ctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggt 645  Q
    |||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  46618874 ctgtcaaatattgaattatctcactaggtccaagagaagacaaagctttgcaagctggt 46618816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 20 - 653
Target Start/End: Original strand, 46642662 - 46643292
Alignment:
Q  20 ttttagacaaatccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgcccttcatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaattaat 119  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||  ||||  | ||||||||||  ||| ||||||||||||||   ||||||||||  | ||||||||     
T  46642662 ttttagacatatccttgctatgttttacattccttgtataactttgcccttcatcgtttataccagcagcatctggctcaactttacgaactgaattaac 46642761  T
Q  120 aggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaa 219  Q
    ||||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||| | |||| || |||| ||||| || ||||||||| |||| | | ||    
T  46642762 aggcacaaatttcaaatccctgaaatcagatggctttcctttatgcaccaaactggtatcaatacccattaattttatatgatctttattgtaggtaaaa 46642861  T
Q  220 gatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcag 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | |||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    |||||||       
T  46642862 gatcggggcttgaggtaacattgacgatgatcatccgataaatcatcttcatttgttcccttttctggctgttcctcattgcagctgtgaactttaga-- 46642959  T
Q  320 cttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttct 419  Q
     |||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  46642960 -ttcttcctcttcaagctcaagaatattcggttcagctaccactttgttcaagacatcgctaacagaatcaaagtaatgatcacctttcacaagttttct 46643058  T
Q  420 ccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgct 519  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  46643059 cctcgaaaacttatcaacaccaggaataagaaagaccagataatctttggaggtaacatagccttgatacattggttgctcagagtgccaacctcttgcc 46643158  T
Q  520 agtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaa 619  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||    
T  46643159 agtaatcgaggccaaacagcttcccagaagagatcgtcacttttggttttgctcagctgaaatcctcctgtcaaggattgaattatatcactaggtccaa 46643258  T
Q  620 gagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaa 653  Q
     |||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  46643259 aagaagacagagctttgcaagtttgtgctgaaaa 46643292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 75 - 546
Target Start/End: Original strand, 46176095 - 46176561
Alignment:
Q  75 ttttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaacta 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  46176095 ttttttaccagcagcatctacatcaacttcacacactgaatttacaagcacatatttcaatacccttagatcagatggctttccgccatgcaccaaactg 46176194  T
Q  175 gcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaaga-agaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccattt 273  Q
    | |||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| |  || ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||    
T  46176195 gtatcaataaccatgaattttatatgatctttattgtaggttagcagatttgggcttgaggtaacattgacgatgatcgtcagataaatcatcttcattt 46176294  T
Q  274 gatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaaga 373  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||      ||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  46176295 gatcccttttctggttcttcctcattgtagctaccaactttagc------ttcttcttcgagcacgagaatattaggttcagctactactttgctcaaga 46176388  T
Q  374 catcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggt 473  Q
    |||| |||||  ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||    
T  46176389 catcactaacataatcaaagtaatgatcacctttcacaagttttctccttgaaaacttctcaacaccaggaatgagaaaaaccaaataatcttgggaggt 46176488  T
Q  474 aacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccag 546  Q
    || | | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||    
T  46176489 aagatagcctcgatactttggttgctcagagtgccaacctcttgccaacaagcggggccaaacagcttcccag 46176561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 589 - 630
Target Start/End: Original strand, 46176561 - 46176602
Alignment:
Q  589 gtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaa 630  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46176561 gtcaaagattgtattatttcactcggtccaagagaagacaaa 46176602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 46638122 - 46638070
Alignment:
Q  30 atccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgcccttcatattttttac 82  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||   ||||| |||||||||||    
T  46638122 atccttgctatggtttaccttcctcgtatatttaaaccctttatattttttac 46638070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 487
Target Start/End: Original strand, 18375759 - 18376226
Alignment:
Q  20 ttttagacaaatccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgcccttcatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaattaat 119  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18375759 ttttagacgtatccttgctatggtttactttcctcgtatatttgtgccctttatattttttaccagaagcatctacatcaactttactcactgaattaat 18375858  T
Q  120 aggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaa 219  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  18375859 aggctcatatttcaattcccttagatcagatggctttctgtcatgcaccaaactggcttcagtaaccatgaatttcatgtgatctttactgtaagtagaa 18375958  T
Q  220 gatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18375959 gatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatcctttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagctg 18376058  T
Q  320 cttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttct 419  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18376059 cttcttcttctttgaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaaaacatcgctaactgaatcaaagtaatggtcacctttcactagttttct 18376158  T
Q  420 ccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgat 487  Q
     ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  18376159 tcttgaaaacttctcaaccccgggaataagaaaaaccagataatcatcgaaggtagcatatcctcgat 18376226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 20 - 654
Target Start/End: Original strand, 15769080 - 15769708
Alignment:
Q  20 ttttagacaaatccttgctatggtttactttcctcatatatttgtgcccttcatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcaatgaattaat 119  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  15769080 ttttagacatatccgtgctatggtttactttcctcgtatattttcgccctttatattttttaccagcagcatctacatcaactttactcactgaattaac 15769179  T
Q  120 aggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaa 219  Q
    |||||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | |||| |||||||||| || ||  |||| ||| |||||| ||||    
T  15769180 aggcatagatttcaactcccttagatcagatggatttccgccacgtaccaaactggtatcaataaccatgaactttatacgatcattattgtaagtagaa 15769279  T
Q  220 gatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcag 319  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| ||||   |||    
T  15769280 gatcggggcttgaggtaacattggcgatgatcatcagatacatcatcttcatttgatcccttttctggcccttcctcattacagctaccaactt---cag 15769376  T
Q  320 cttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttct 419  Q
    ||||||| ||    || ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| || ||||| ||    
T  15769377 cttcttcctcg---agcacgagaatattcggttcagctgctactttgctcaagacatcactaacagaatcaaagtaatgatgaccttttacaagtttcct 15769473  T
Q  420 ccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgct 519  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  15769474 cctcgaaaacttctcaacaccaggaataagaaaaaccaaataatctttggaggtaatatagcctcgattctttggttgctcagagtgccaacctcttgcc 15769573  T
Q  520 agtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaa 619  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  15769574 agtaagcgaggccaaacagcttcccagaagagatcattacatttggttttgctcagccgaaaccctccagtcaaagattgtattatatcactaagtccaa 15769673  T
Q  620 gagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 654  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  15769674 gagaagacaaagctttgcaagttggtgctaaaaac 15769708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University