View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5418_low_9 (Length: 600)

Name: NF5418_low_9
Description: NF5418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5418_low_9
NF5418_low_9
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (16-584)||(46629691-46630259)
chr7 (58-584)||(46637513-46638039)
chr7 (20-575)||(46618816-46619371)
chr7 (27-583)||(46642739-46643292)
chr7 (16-476)||(46176106-46176561)
chr7 (519-560)||(46176561-46176602)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-417)||(18375826-18376226)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-584)||(15769146-15769708)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 46630259 - 46629691
Alignment:
Q  16 cagcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630259 cagcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacatatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaac 46630160  T
Q  116 catgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630159 catgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttct 46630060  T
Q  216 agctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630059 agctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactg 46629960  T
Q  316 aatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629959 aatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcg 46629860  T
Q  416 atactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcct 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629859 atactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcct 46629760  T
Q  516 cctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46629759 cctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 46629691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 58 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 46638039 - 46637513
Alignment:
Q  58 atttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgagg 157  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||    
T  46638039 atttcaattcccttaaagcagatgactttccaccatgcaccaaactggtatcaataaccaagaatttgatatgatctttactgtaagtagaagaccgggg 46637940  T
Q  158 cttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttct 257  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||    
T  46637939 cttgaggtaacattgacgatgatcgtcagacaaatcatcttcatttgatccattttctggctcttcctcattgcagctaccaactttggcttcttcttct 46637840  T
Q  258 tctt---taaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttg 354  Q
    ||||   | || | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  46637839 tcttctttgagcaggagaatattcggttcagcaactacttttctcaagacatcactaacagaatcaaagtaatggtcacctttcacaagttttctccttg 46637740  T
Q  355 aaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaa 454  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | || ||    
T  46637739 aaaacttctcaacaccaggaataagaaaaaccagattatcattggaggtaacatagcctcgatactttggttgctcagagtgccaacctcttcccagcaa 46637640  T
Q  455 gcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaa 554  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||| | ||| |||||  |||||||||||    
T  46637639 gcggggccaaacagcttcccagaagagatcattacttttggttttgctcagccgaaa---tcctgtcaaatattgaattatctcactaagtccaagagaa 46637543  T
Q  555 gacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 584  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  46637542 gacaaagatttgcaagctggtgctggaaac 46637513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 46619371 - 46618816
Alignment:
Q  20 atctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatg 119  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  46619371 atctacctcaactttaggcaccgaattaacaggcacagatttcaattcccttaaagcagatgactttccaccatgcaccaaactggtatcaataaccatg 46619272  T
Q  120 aatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagct 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| | ||| | ||||| | |||||||||  |||||  | |    
T  46619271 aatttgatatgatctttactgtaagtagaagatcggggcttgaggtaacaatagcgatgatccttagacagatcatcttcatttgatccattttcgggat 46619172  T
Q  220 cttcctcattgcagctaccgactttag---cagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactga 316  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |   |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  46619171 cttcctcattgcagctaccaaatttggcttctccttcttcttctttgagcacgagaatattcggttcagcaactacttttctcaagacatcactaacaga 46619072  T
Q  317 atcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcga 416  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||    
T  46619071 atcaaagtaatggtcacctttcacaagttttctcctcgaaaacttctcaacaccgggaataagaaaaaccagataatcattggaagtaacatagcatcga 46618972  T
Q  417 tactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctc 516  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||    
T  46618971 tactttggttgctcagagtgccaacctcttgccagtaagcggggccaaacagcctcccagaagagatcattacttttggttttgctcagccgaaa---tc 46618875  T
Q  517 ctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggt 575  Q
    |||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  46618874 ctgtcaaatattgaattatctcactaggtccaagagaagacaaagctttgcaagctggt 46618816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 27 - 583
Target Start/End: Original strand, 46642739 - 46643292
Alignment:
Q  27 tcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaaccatgaatttga 126  Q
    ||||||||||  | |||||||| ||||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||| | |||| || |||| ||||| |    
T  46642739 tcaactttacgaactgaattaacaggcacaaatttcaaatccctgaaatcagatggctttcctttatgcaccaaactggtatcaatacccattaatttta 46642838  T
Q  127 tgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttctagctcttcctc 226  Q
    | ||||||||| |||| | | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | |||||| || ||||||| ||| ||||||    
T  46642839 tatgatctttattgtaggtaaaagatcggggcttgaggtaacattgacgatgatcatccgataaatcatcttcatttgttcccttttctggctgttcctc 46642938  T
Q  227 attgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactgaatcaaagtaa 326  Q
    |||||||||    |||||||    |||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46642939 attgcagctgtgaactttaga---ttcttcctcttcaagctcaagaatattcggttcagctaccactttgttcaagacatcgctaacagaatcaaagtaa 46643035  T
Q  327 tggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcgatactttgttt 426  Q
    || | ||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| | ||| ||||| ||| ||    
T  46643036 tgatcacctttcacaagttttctcctcgaaaacttatcaacaccaggaataagaaagaccagataatctttggaggtaacatagccttgatacattggtt 46643135  T
Q  427 gctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcctcctgtcaaaga 526  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  46643136 gctcagagtgccaacctcttgccagtaatcgaggccaaacagcttcccagaagagatcgtcacttttggttttgctcagctgaaatcctcctgtcaagga 46643235  T
Q  527 ttgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaa 583  Q
    ||| | ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||    
T  46643236 ttgaattatatcactaggtccaaaagaagacagagctttgcaagtttgtgctgaaaa 46643292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 476
Target Start/End: Original strand, 46176106 - 46176561
Alignment:
Q  16 cagcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaac 115  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||| | | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||    
T  46176106 cagcatctacatcaacttcacacactgaatttacaagcacatatttcaatacccttagatcagatggctttccgccatgcaccaaactggtatcaataac 46176205  T
Q  116 catgaatttgatgtgatctttactgtaaga-agaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttc 214  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| |  || ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  46176206 catgaattttatatgatctttattgtaggttagcagatttgggcttgaggtaacattgacgatgatcgtcagataaatcatcttcatttgatcccttttc 46176305  T
Q  215 tagctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaact 314  Q
    | | |||||||||||| ||||||| ||||||||      ||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||     
T  46176306 tggttcttcctcattgtagctaccaactttagc------ttcttcttcgagcacgagaatattaggttcagctactactttgctcaagacatcactaaca 46176399  T
Q  315 gaatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctc 414  Q
     ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||| | | ||||    
T  46176400 taatcaaagtaatgatcacctttcacaagttttctccttgaaaacttctcaacaccaggaatgagaaaaaccaaataatcttgggaggtaagatagcctc 46176499  T
Q  415 gatactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccag 476  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||    
T  46176500 gatactttggttgctcagagtgccaacctcttgccaacaagcggggccaaacagcttcccag 46176561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 519 - 560
Target Start/End: Original strand, 46176561 - 46176602
Alignment:
Q  519 gtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaa 560  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46176561 gtcaaagattgtattatttcactcggtccaagagaagacaaa 46176602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 417
Target Start/End: Original strand, 18375826 - 18376226
Alignment:
Q  17 agcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  18375826 agcatctacatcaactttactcactgaattaataggctcatatttcaattcccttagatcagatggctttctgtcatgcaccaaactggcttcagtaacc 18375925  T
Q  117 atgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttcta 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  18375926 atgaatttcatgtgatctttactgtaagtagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatcctttttcta 18376025  T
Q  217 gctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18376026 gctcttcctcattgcagctaccgactttagctgcttcttcttctttgaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaaaacatcgctaactga 18376125  T
Q  317 atcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcga 416  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  18376126 atcaaagtaatggtcacctttcactagttttcttcttgaaaacttctcaaccccgggaataagaaaaaccagataatcatcgaaggtagcatatcctcga 18376225  T
Q  417 t 417  Q
    |    
T  18376226 t 18376226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 584
Target Start/End: Original strand, 15769146 - 15769708
Alignment:
Q  16 cagcatctacatcaactttactcaatgaattaataggcacgtatttcaattcccttagatcagatggctttccgtcatgcaccaaactagcatcagtaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | |||| ||||    
T  15769146 cagcatctacatcaactttactcactgaattaacaggcatagatttcaactcccttagatcagatggatttccgccacgtaccaaactggtatcaataac 15769245  T
Q  116 catgaatttgatgtgatctttactgtaagaagaagatcgaggcttgaggtaacattggcgatgatcgtcagataaatcatgtccatttgatctcttttct 215  Q
    |||||| || ||  |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||| |||||||    
T  15769246 catgaactttatacgatcattattgtaagtagaagatcggggcttgaggtaacattggcgatgatcatcagatacatcatcttcatttgatcccttttct 15769345  T
Q  216 agctcttcctcattgcagctaccgactttagcagcttcttcttctttaaggacgagaatattcggttcagctactacttttttcaagacatcgctaactg 315  Q
     || |||||||||| |||||||| ||||   |||||||||| ||    || ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||| |    
T  15769346 ggcccttcctcattacagctaccaactt---cagcttcttcctcg---agcacgagaatattcggttcagctgctactttgctcaagacatcactaacag 15769439  T
Q  316 aatcaaagtaatggttacctttcactagttttctccttgaaaacttctgaacaccaggaataagaaaaaccagataatcatcggaggtaacacatcctcg 415  Q
    ||||||||||||| | |||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| | | |||||    
T  15769440 aatcaaagtaatgatgaccttttacaagtttcctcctcgaaaacttctcaacaccaggaataagaaaaaccaaataatctttggaggtaatatagcctcg 15769539  T
Q  416 atactttgtttgctcagagtgccatcctcttgctagtaagcgcggccaaacagcttcccagaagagttcattatttttggttttgctcagccgaaatcct 515  Q
    || ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  15769540 attctttggttgctcagagtgccaacctcttgccagtaagcgaggccaaacagcttcccagaagagatcattacatttggttttgctcagccgaaaccct 15769639  T
Q  516 cctgtcaaagattgtaatatatcactcggtccaagagaagacaaagatttgcaagttggtgctgaaaac 584  Q
    || ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  15769640 ccagtcaaagattgtattatatcactaagtccaagagaagacaaagctttgcaagttggtgctaaaaac 15769708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University