View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5422-Insertion-1 (Length: 1052)

Name: NF5422-Insertion-1
Description: NF5422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5422-Insertion-1
NF5422-Insertion-1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (4-887)||(34223739-34224618)
chr8 (988-1046)||(34224727-34224789)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 805; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 805; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 887
Target Start/End: Original strand, 34223739 - 34224618
Alignment:
Q  4 aacaagaacttcaacaaatccaagtgaaagtacaccttcaaatgcttctcttacacttcttgaatctgaacaatcaattcttattgcaaacacctgtgcc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  34223739 aacaagaacttcaacaaatccaagtgaaagtacaccttcaaatgcttctcttacacttcttgaatctgaacaatcaattcttatagcaaacacttgtgcc 34223838  T
Q  104 ttttcttcccttgctatttcatccgcaaatcttgataacctccctgcatcacatcacatcacatatatcctttcagctaaatcaaacatgaataatagta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34223839 ttttcttcccttgctatttcatccgcaaatcttgataacctccctgcatcacatcacat-----atatcctttcagctaaatcaaacatgaataatagta 34223933  T
Q  204 atattttgtattattatgtttaagcagatacaactgtgtaatttataaaagaaagttgagtcaacgataatagtaacgtgtt-atccaaaaagtatgtta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34223934 atattttgtattattatgtttaagcagatacaactgtgtaatttataagagaaagttgagtcaactataatagtaacgtgtttatccaaaaagtatgtta 34224033  T
Q  303 taggattaacatataatagaagaaaatacattcatacctaagtcacgggcgaggatggcgacggtgtaaccttcatgagcaaacttgcgagcgatggaga 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34224034 taggattaacatataatagaagaaaatacattcatacctaagtcacgggcgaggatggcgacggtgtaaccttcatgagcaaacttgcgagcgatggaga 34224133  T
Q  403 ggccgagattagggccgacgccaactatggctgcaatattaccacgtgagcttgccatgttcctcatcgtgcacctccacctaaatagtggttacaaata 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34224134 ggccgagattagggccgacgccaactatggctgcaatattacctcgtgagcttgccatgtttctcatcgtgcacctccacctaaatagtggttacaaata 34224233  T
Q  503 gcaaaactatggaaggagggaatgaaagaataaagatttggcctaaggttacaaataaagaatgtatataggaatgggaagtgaatactaacctatacta 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34224234 gcaaaactatggaaggagggaatgaaagaataaagatttggcctgaggttacaaataaagaatgtatataggaatgggaagtgaatactagcctatacta 34224333  T
Q  603 taggtagcaagtagcaagcaaaaataaaagtatggaagtggcaaagtagtggtaggtggaattaatggagagaaagagatggggagttatacaagtagtg 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34224334 taggtagcaagtagcaagcaaaaataaaagtaaggaagtggcaaagtagtggtaggtggaattaatggagagaaagagatggggatttatacaagtagtg 34224433  T
Q  703 gagtggggtgagatactggaaaagtagagtatttgacatatatttttagagtcaccttctaattttggtatgttttttcatatcctattatgctaaatat 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34224434 gagtggggtgagatactggaaaagtagagtatttgacatatatttttagagtcaccttctaattttggtatgttttttcatatcctattatgctaaatat 34224533  T
Q  803 agcaaattgatggacaaacacaagttaacattactctaaaaatattacagacagcaaaaatcagttttgggttctcacatagctg 887  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34224534 agcaaattgatggacaaacacatgttaacattactctaaaaacattacagacaacaaaaatcagttttgggttctcacatagctg 34224618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 988 - 1046
Target Start/End: Original strand, 34224727 - 34224789
Alignment:
Q  988 tttcatttctactcaattg-caatggtgagagtggtgct-gc--aagacgacgtcgacatgtg 1046  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||    
T  34224727 tttcatttctactcaattggcaatggtgagagtggtggttgccaaagacgacgtcgacatgtg 34224789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University