View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5423-Insertion-2 (Length: 1032)

Name: NF5423-Insertion-2
Description: NF5423
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5423-Insertion-2
NF5423-Insertion-2
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (640-1030)||(20693257-20693649)
chr6 (8-309)||(20692491-20692790)
chr6 (341-470)||(20692955-20693086)
chr6 (696-993)||(32115786-32116083)
chr6 (694-993)||(357428-357727)
chr6 (694-989)||(4206307-4206602)
chr6 (693-947)||(34304639-34304894)
chr6 (694-952)||(29337797-29338048)
chr6 (727-993)||(12401428-12401694)
chr6 (700-892)||(45386-45577)
chr6 (825-993)||(33220552-33220721)
chr6 (698-764)||(28008754-28008820)
chr6 (785-886)||(7200374-7200475)
chr6 (699-764)||(14538655-14538720)
chr6 (908-957)||(28008912-28008961)
chr6 (870-989)||(959681-959801)
chr6 (910-987)||(45604-45681)
chr6 (731-820)||(24016564-24016652)
chr6 (788-867)||(22986143-22986222)
chr6 (788-867)||(23802172-23802251)
chr6 (860-936)||(34415590-34415667)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (694-993)||(28516998-28517297)
chr7 (694-993)||(4501355-4501654)
chr7 (694-989)||(43856975-43857261)
chr7 (694-979)||(45613553-45613838)
chr7 (694-853)||(32585385-32585543)
chr7 (802-947)||(5825414-5825560)
chr7 (752-952)||(3676778-3676978)
chr7 (858-993)||(21326712-21326848)
chr7 (694-892)||(19277492-19277688)
chr7 (698-844)||(47679372-47679516)
chr7 (693-891)||(10905305-10905500)
chr7 (910-993)||(32584698-32584781)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (693-993)||(35310545-35310845)
chr5 (694-993)||(3113876-3114173)
chr5 (694-993)||(27336790-27337089)
chr5 (694-952)||(433430-433688)
chr5 (694-947)||(38446309-38446562)
chr5 (693-890)||(15291733-15291932)
chr5 (694-891)||(13166621-13166817)
chr5 (785-993)||(33691857-33692065)
chr5 (718-993)||(32269534-32269807)
chr5 (698-867)||(26212298-26212465)
chr5 (753-891)||(34335537-34335679)
chr5 (823-993)||(43129631-43129801)
chr5 (804-866)||(9841146-9841208)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (694-993)||(50000636-50000935)
chr4 (695-952)||(3330088-3330345)
chr4 (694-891)||(16957736-16957932)
chr4 (752-993)||(31847184-31847422)
chr4 (693-891)||(25504493-25504691)
chr4 (694-947)||(132530-132781)
chr4 (777-986)||(12053517-12053725)
chr4 (709-993)||(12918099-12918382)
chr4 (694-951)||(53170646-53170894)
chr4 (735-989)||(26521589-26521843)
chr4 (700-810)||(34952452-34952561)
chr4 (751-892)||(30940507-30940647)
chr4 (785-948)||(25706651-25706815)
chr4 (839-993)||(53619683-53619838)
chr4 (694-762)||(48506751-48506819)
chr4 (694-891)||(56461824-56462014)
chr4 (825-993)||(55933303-55933472)
chr4 (818-933)||(18534560-18534673)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (694-993)||(34644663-34644962)
chr1 (694-993)||(28040838-28041137)
chr1 (694-995)||(37931930-37932230)
chr1 (694-938)||(38731732-38731979)
chr1 (694-891)||(29169505-29169701)
chr1 (694-865)||(22347103-22347273)
chr1 (823-993)||(42919956-42920127)
chr1 (825-993)||(25375674-25375843)
chr1 (694-993)||(19035544-19035843)
chr1 (718-936)||(4861724-4861942)
chr1 (832-891)||(45659495-45659554)
chr1 (695-820)||(37917808-37917932)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (694-993)||(39434764-39435063)
chr8 (785-988)||(25021615-25021819)
chr8 (694-993)||(500324-500623)
chr8 (694-993)||(24125125-24125424)
chr8 (694-888)||(42921838-42922031)
chr8 (694-993)||(37517191-37517485)
chr8 (773-993)||(35739776-35739996)
chr8 (694-763)||(10189870-10189939)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (695-892)||(41867620-41867816)
chr2 (694-993)||(20142451-20142750)
chr2 (694-993)||(4412777-4413076)
chr2 (710-947)||(27502504-27502741)
chr2 (694-952)||(9685126-9685384)
chr2 (694-952)||(17344776-17345034)
chr2 (694-993)||(5532516-5532822)
chr2 (694-996)||(28225094-28225396)
chr2 (695-947)||(44686562-44686813)
chr2 (694-932)||(18744665-18744903)
chr2 (785-996)||(23484739-23484951)
chr2 (696-783)||(33612254-33612340)
chr2 (698-993)||(3825824-3826123)
chr2 (695-754)||(13146854-13146913)
chr2 (825-931)||(19161624-19161731)
chr2 (802-891)||(10579597-10579686)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (694-892)||(52741222-52741419)
chr3 (694-891)||(29861997-29862193)
chr3 (694-952)||(53785847-53786104)
chr3 (698-993)||(44198864-44199159)
chr3 (730-891)||(39582976-39583136)
chr3 (694-891)||(49018163-49018359)
chr3 (752-952)||(7900996-7901190)
chr3 (694-862)||(52411613-52411780)
chr3 (693-993)||(38146153-38146458)
chr3 (693-796)||(35236423-35236525)
chr3 (774-937)||(37992485-37992649)
chr3 (843-938)||(7501870-7501966)
chr3 (730-867)||(43123368-43123504)
[»] scaffold0186 (2 HSPs)
scaffold0186 (694-891)||(19921-20117)
scaffold0186 (910-993)||(10461-10544)
[»] scaffold0224 (1 HSPs)
scaffold0224 (823-993)||(18204-18375)
[»] scaffold0148 (1 HSPs)
scaffold0148 (780-889)||(33453-33561)
[»] scaffold1768 (1 HSPs)
scaffold1768 (802-993)||(2-194)
[»] scaffold0490 (1 HSPs)
scaffold0490 (910-993)||(6431-6513)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 640 - 1030
Target Start/End: Original strand, 20693257 - 20693649
Alignment:
Q  640 atgagttactacatactaacatacacccaaaaatatataaataagtacagacatgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttg 739  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||     
T  20693257 atgagttactacatcctaacatacacccaaaaatatataaataagtacaaacatgttcattgtaaggagcttcttgactttaagtacaaacatgacttta 20693356  T
Q  740 ttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatcca 839  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20693357 ttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagtgggagtatcggtaaagaaggagactcttgtgaactttttgattgaccaactagataaaagatcca 20693456  T
Q  840 cacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgctatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcgga 939  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  20693457 cacttaggcctgcagatattatggtgtacagatgggtaggaggaaaacatgctatgtgaacttgatcagggtttcaccactcgtgggattagaggtctga 20693556  T
Q  940 gcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaatatatag-ttatttgtaacg-ttcaaccttaatttaatt 1030  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20693557 gcttttacagtagaacatacggccctaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaatatatagtttatttgtaacgtttcaaccttaatttaatt 20693649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 20692491 - 20692790
Alignment:
Q  8 taaacctcacttatactcaagtctaataatcttggattggtcctgactttactatatttctaatctatatcaaattttgtcaatataacgaaagttaaca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20692491 taaacctcacttatactcaagtctaataatcttggattggtcctgactttactatatttctaatctaaatcaaattttgtccatataacgaaagttaaca 20692590  T
Q  108 nnnnnnnnnnataccaatgaagttaacactgttacattagtaaatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacttttttaaatatcctgtcttaaaaa 207  Q
              ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                        ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  20692591 ttttttgtt-ataccgatgaagttaacactgttacattagtaaatgtgaaaaaagataaagaagagaaaaacaacttttttaaatatcttgtcttaaaga 20692689  T
Q  208 gacataattgtctaacaaccctctttacatcgatgccatggaaagcctgtgaaaaaagtgatacatggcaccttgtgtctataagaaagagatgcctctt 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20692690 gacataatggtctaacaaccctctttacatcgatgccatggaaagcctgtg-aaaaagtgatacatggcaccttgtgtctataagaaagagatgcctctt 20692788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 341 - 470
Target Start/End: Original strand, 20692955 - 20693086
Alignment:
Q  341 gagtttagggtaaaattcttctcaaaccttttcaaagtaaaaacttacttct--aaaattagctgaggatatgtcactaaacttgatgatataattagct 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20692955 gagtttagggtaaaattcttctcaaaccttttcaaagtaaaaacttacttctgtaaaattagctgaggatatgtcactaaacttgatgatataactagct 20693054  T
Q  439 aattttgtctccctcactctaaatttctaatg 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20693055 aattttgtctccctcactctaaatttctaatg 20693086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 696 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 32116083 - 32115786
Alignment:
Q  696 tcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaagga 795  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||| ||    
T  32116083 tcattgtgaggagcttcccaactttaagtacatacatgactttgttagggatgtactttttgatatatttt-gacgggcgggagtatcagtgaagaaaga 32115985  T
Q  796 gactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tat 894  Q
    | | | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |    
T  32115984 ggcgcatgtgaacttcctgactgacctactagatagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatggtgtacagatgagtaggaggaaaacatgcatgt 32115885  T
Q  895 gtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    || ||| ||| | | |||||| ||||  |||||||||| |||||   ||||||  ||| |||| ||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  32115884 gtagacttgaccggggtttcatcacttatgggattaggtgtcgggcattttacgttaggacatgcagccttaaaagttgcgtcaaacaaagtggccaaa 32115786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 357428 - 357727
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||| || |||  || ||||| |  |||| ||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  357428 gttcattgtaaggagatttctggtttaaagtacatgcatgcctttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgggcgggagtatcagtgaagaag 357526  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | ||||||||||| |||| ||||  |||||||| |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |    
T  357527 gaggcccttgtgaactttttgactgacacactagatagaagatcgacacttaggtatgcagatgttatggtgtatggatgggttggagcaaaacatgcat 357626  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||  |||| ||||| | | | |||| ||||||||||||    
T  357627 gtgtggacttgactggagtttcaccacttgtgggtttaggggtcggtgcttttacggtaggacaggcagccctaaaagcttcgtcaagcaaagtggccaa 357726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 694 - 989
Target Start/End: Original strand, 4206307 - 4206602
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||| ||||||||| ||||   ||||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||  || || | |||| |||| |||||||||    
T  4206307 gttcactgtaaggagtttccgagctttaagtacatacatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-agacgtgtgggaatatcagtgaagaag 4206405  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||| ||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  4206406 gaggcacccgtgaacttcttgattgacccactagataaaagatcaacactcaagcctgcggatgttatggtgtacaaatgggttggaggaaaacatgcat 4206505  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggc 989  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||| |||| |||| ||||  |||| || || |||| |||||||||    
T  4206506 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggcatcagaccttttacggtaggacatgcagccttaaaagtggcgtcaagcaaagtggc 4206602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 693 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 34304894 - 34304639
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgt-catttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaaga 791  Q
    |||||| |||||||||||||  | ||||||||| |  |||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||  ||||  || |||||||| |||||||    
T  34304894 tgttcactgtaaggagcttctcggctttaagtacatgcatgactttgttagggatgtactttttttatatattc-aggcaggcaggagtatcagtgaaga 34304796  T
Q  792 aggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||||||| | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||  ||||||||||||||    
T  34304795 aggagacgcatgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggcctgcggatgttatggtgtacggatgggctggaggaaaacatgc 34304696  T
Q  892 -tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
     | ||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  34304695 atgtgtggacttgattggggtttcaccacttgtgggtttaggagtcggggcttttac 34304639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 694 - 952
Target Start/End: Original strand, 29337797 - 29338048
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||  |||||  ||||| |||| | |||||||    
T  29337797 gttcattgtaagtagcttcctagctttaagtacacacataactttgttagggatgccatttatgatatatta-aggcg--cgggaatatcagcgaagaag 29337893  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |||   ||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  29337894 gaggg-cttttgaacttctggattgacccactagatagaagttcgacacttaggcctgcagatgttatggtgtgcagatgggtaggaggaaaacatgcat 29337992  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
     ||||||| |||||   |||| |||||||    |||||| |||||| |||||||| ||||    
T  29337993 gtgtggacttgatcgaggttttaccactc----gattagtggtcggggcttttacggtag 29338048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 727 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 12401694 - 12401428
Alignment:
Q  727 aaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaacta 826  Q
    |||||||||||||||||   |||  |||||||||||||  ||||| ||| ||||||  |||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||| ||||    
T  12401694 aaacatgactttgttagaaatgtactttttgatatattc-aggcgggcgagagtattagtgaagaaggaggcgcctgtgaacttcctgactgacctacta 12401596  T
Q  827 gataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgg 925  Q
    ||||  ||||| | ||||| | ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||  | |||||||||||  |||    
T  12401595 gatagcagatcaagacttaagtctgcaaatgttatggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgcatgtgtagacttgattggggtttcaccacttatgg 12401496  T
Q  926 gattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||||| || || | |||||||  |||| |||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  12401495 gattatggttcagggcttttatggtaggacaagcagcactaaaagttgcgtcaaacaaagtggccaaa 12401428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 700 - 892
Target Start/End: Original strand, 45386 - 45577
Alignment:
Q  700 tgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagac- 798  Q
    |||||||||||||  |  |||||||| | ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| | | || |||||| |||| || ||||||||| |     
T  45386 tgtaaggagcttctcgggtttaagtacatacatgactttgttagggatgtactttttgatatattct-gacgggcgggaatatcagttaagaaggaggcg 45484  T
Q  799 tcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgct 892  Q
    |||| |||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||||||  ||||||||||||    
T  45485 tctt-tgaactttctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcagatgtgatggtgtacggatgggtagatggaaaacatgct 45577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 825 - 993
Target Start/End: Original strand, 33220552 - 33220721
Alignment:
Q  825 tagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgt 923  Q
    |||||| |||||  ||||| |||||||||||| ||||| ||||  |||| || |||||||||||||| | |||| |  |||   | ||||||||||| ||    
T  33220552 tagatagaagattgacactcaggcctgcagatgttatgatgtacggatgagttggaggaaaacatgcatgtgtgaatttgactggggtttcaccacttgt 33220651  T
Q  924 gggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  33220652 gggtttaggggtcggggcttttacggtaggacagacagctctaaaagctgcatcaagcaaagtggccaaa 33220721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 698 - 764
Target Start/End: Original strand, 28008754 - 28008820
Alignment:
Q  698 attgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatatt 764  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||    
T  28008754 attgtaaggagctttctgactttaagtacaaacatgactttattagggatgtccttcttgatatatt 28008820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 785 - 886
Target Start/End: Original strand, 7200374 - 7200475
Alignment:
Q  785 gtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaa 884  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||| || ||||||||   ||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  7200374 gtgaagaaggaggcgcctgtgaacttcttgtctgaccaacttgatgaaagatcgacccttaggccaatagatattattgtgtacgggtgggtaggaggaa 7200473  T
Q  885 aa 886  Q
    ||    
T  7200474 aa 7200475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 699 - 764
Target Start/End: Original strand, 14538655 - 14538720
Alignment:
Q  699 ttgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatatt 764  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||| |||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  14538655 ttgtaaggagcttcttgactttaagtacatacataactttgttagagatgtcctttttgatatatt 14538720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 908 - 957
Target Start/End: Original strand, 28008912 - 28008961
Alignment:
Q  908 gagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacat 957  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  28008912 gagtttcaccactcgtgggattaggggtcggggcttttacggtaggacat 28008961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 870 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 959801 - 959681
Alignment:
Q  870 gatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaa 968  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||   ||||||||||||  |||||||||| |||||  ||||||| |||| ||| ||| | |||||    
T  959801 gatgggtaggaggaaaacatgcatgtgtggacttgattgaagtttcaccacttatgggattaggtgtcgggccttttacggtaggacaaacaaccctaaa 959702  T
Q  969 ggttgcatcaaacaaagtggc 989  Q
     ||||  |||| |||||||||    
T  959701 agttgtgtcaagcaaagtggc 959681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 910 - 987
Target Start/End: Original strand, 45604 - 45681
Alignment:
Q  910 gtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtg 987  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||  |||| ||||| | |||||||| |||||||    
T  45604 gtttcaccacttgtgggattaggtgtcggaccttttaccgtaggacaggcagctctaaaagctgcatcaagcaaagtg 45681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 731 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 24016652 - 24016564
Alignment:
Q  731 atgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgac 820  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |||||||  ||| | ||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||    
T  24016652 atgactttgttaaggatgtcattttttatatattc-aggtgggcgagagtatcggtgaggaaggagacgcctgtgaacttcctgactgac 24016564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 788 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 22986222 - 22986143
Alignment:
Q  788 aagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgta 867  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||| |||||| || |||| ||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||    
T  22986222 aagaaggaggcacatgtgaacttcttgtttgacccacaagatgaaagatcgacatttaggccaacagatgttatggtgta 22986143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 788 - 867
Target Start/End: Original strand, 23802172 - 23802251
Alignment:
Q  788 aagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgta 867  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||| |||||| || |||| ||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||    
T  23802172 aagaaggaggcacatgtgaacttcttgtttgacccacaagatgaaagatcgacatttaggccaacagatgttatggtgta 23802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 860 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 34415667 - 34415590
Alignment:
Q  860 atggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtc 936  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||| || ||||  | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  34415667 atggtgtatggatgggtaggaggaaaacatacatttgtgaacttgattggggtttcaccacacgttggattaggggtc 34415590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 109; Significance: 3e-54; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 28516998 - 28517297
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28516998 gttcattgtaaggagcttctcagctttaagtacaagcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgagcgggagcatcggtgaagaag 28517096  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatg-ct 892  Q
    ||| | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| |||||||||||||  |    
T  28517097 gaggcgcctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggcctgcaaatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgtat 28517196  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| ||| | ||||| | ||| |||| ||||||||||||    
T  28517197 gtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtgggggcttttacagtaggacagacaaccctaaaagctgcgtcaagcaaagtggccaa 28517296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 4501654 - 4501355
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||| |||||| |||  |||||||||||||  ||    |||||||||||  |||||||     
T  4501654 gttcattgtaaggagcttcccgactttaagtacacacacgactttattagggatgtactttttgatatattc-agataggcgggagtatcaatgaagaaa 4501556  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |||   |||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||  ||||| ||||| || ||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |    
T  4501555 gaggtgcttgtgaacttcctgaatgacccactagatagaagataaacactcaggccagcggatgttatggtgtacggataggtaggaggaaaacatgcat 4501456  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||| ||| ||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  4501455 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggtgtcgggccttttaccgtaggacaaacaaccctaaaagctgcgtcaaacaaagtggccaa 4501356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 694 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 43857261 - 43856975
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||     |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || || || |||||||  |||||| ||    
T  43857261 gttcattgtaaggagtttcctgactt-----ataaacatgactttattagggttgtcctttttgatatattcaag-cgggcaggagtattagtgaaggag 43857168  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |     | |||||  ||||||  ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||| | |    
T  43857167 gc----cctgtgagtttcttggctgacccactagatagaagatcaacacttaggcctgcagatgttatggtgtacggatgggtaggagaaaaacatacat 43857072  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggc 989  Q
      |||||| |||   | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| || |||| | ||| |||| |||||||||    
T  43857071 gcgtggacttgacgggggtttcaccacttgtgggattaggggtcggggcttttacagtaggacagacaacattaaaagatgcgtcaatcaaagtggc 43856975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 694 - 979
Target Start/End: Original strand, 45613553 - 45613838
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||| |||| | ||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||  || || || |||||||| |||||||||    
T  45613553 gttcattgtaaggaacttcccggctttcagtacagacacgactttgttagggatgtactttttgatatattc-agacgggcaggagtatcagtgaagaag 45613651  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |||||   |||||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||   ||||||||||||||||||||| |    
T  45613652 gagacgtctgtgaacttcctgactgacccgctagaaagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatgatgtacgaatgggtaggaggaaaacatgcat 45613751  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaa 979  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| || |||||||| |||||  ||||| | |||| ||| ||| | ||||| ||||| ||||    
T  45613752 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtaggattaggtgtcgggcctttttccgtaggacagacaaccctaaaagttgcgtcaa 45613838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 694 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 32585543 - 32585385
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||  |||||||||    
T  32585543 gttcatggtaaggagcttctcgactttaagtacaggcatgactttgttaggggtgtgccttttgatatattc-aggtgggcaggagtataagtgaagaag 32585445  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgca 853  Q
    ||| | | |||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  32585444 gaggcgcatgtgaactttctgaatgacctactagataaaagattgacacttaggcctgca 32585385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 802 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 5825560 - 5825414
Alignment:
Q  802 tgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggac 900  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||   |||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  5825560 tgtgaactttctgattgacccactagatagaagatcgacacataggcctgcggatgttatggtgtacgaatgggttggaggaaaacatgcatgtgtggac 5825461  T
Q  901 ctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
     |||   | ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  5825460 ttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtcgaggcttttac 5825414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 752 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 3676978 - 3676778
Alignment:
Q  752 tttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctg 851  Q
    |||||||||||||  || || |||||| ||||  ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||| | |||||| || ||| ||||| |||| ||    
T  3676978 tttttgatatattc-agacgggcgggaatatcaatgaagaaggaggcacctgtgaacttcctgactgacccaatagatagaaaatcaacactcaggcttg 3676880  T
Q  852 cagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagt 950  Q
     |||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||    
T  3676879 tagatgttatggtgtagggatgggtaggtggaaaacatgcttgtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggtgtcggtccttttaccgt 3676780  T
Q  951 ag 952  Q
    ||    
T  3676779 ag 3676778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 858 - 993
Target Start/End: Original strand, 21326712 - 21326848
Alignment:
Q  858 ttatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta-tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaaca 956  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||  ||| ||  ||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||    
T  21326712 ttatggtgtacagatgggtaggtggaaaacatacttgtgtagatttgattggagtttcaccacttgtgggattaggtgtcggaccttttaccgtaggaca 21326811  T
Q  957 tacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
     ||||| ||||| |  || |||| |||||||||||||    
T  21326812 aacagccctaaaagccgcgtcaagcaaagtggccaaa 21326848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 694 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 19277688 - 19277492
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||| || || | ||||||||| | | ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |  || || || ||| |||| |||||||||    
T  19277688 gttcattgtaagtagttttccgactttaag-acatacatgactttgttagggatgttcttttttatatactc-agacgggcaggaatatcagtgaagaag 19277591  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgct 892  Q
    ||| | | | | |||||| ||| ||||  |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19277590 gaggcacctataaacttcctgactgacgcactagatagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatggtctacggatgggtaggtggaaaacatgct 19277492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 698 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 47679516 - 47679372
Alignment:
Q  698 attgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggaga 797  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |  || ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||     
T  47679516 attgtaagaagcttcccgactttaagtacat-cacgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgggcgggggtatcagtgaagaaggagt 47679419  T
Q  798 ctcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacactt 844  Q
    | | |||||||||  ||| ||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  47679418 cgcgtgtgaactttctgactgacgcactagatagaagatcgacactt 47679372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 693 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 10905500 - 10905305
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaa 792  Q
    ||||||||||||||||||||  |  |||||||||||  |||| ||| |||||  |||  ||||||||||||   |||   ||||||||||| ||||||||    
T  10905500 tgttcattgtaaggagcttctcgggtttaagtataagtatgagttttttaggaatgtactttttgatatatcc-aggaaggcgggagtatcagtgaagaa 10905402  T
Q  793 ggagactcttgtgaactt-cttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||||   | | ||||||| |||| |||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  10905401 ggaggagcctatgaactttcttg-ttgatccactagatataagatcgacacttaggcctgcagatgt--tggtgtacggatggataggaggaaaacatgc 10905305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 910 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 32584781 - 32584698
Alignment:
Q  910 gtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||| |||| |||| || | |||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  32584781 gtttcacctcttgtgggattaggggtcggggattttacggtaggacatgcaaccctaaaaattgcatcaaacaaagtggtcaaa 32584698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 2e-52; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 693 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 35310845 - 35310545
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaa 792  Q
    ||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||||||| ||||||| ||||||||    
T  35310845 tgttcattgtaaggagctttccagctttaagtacagacatgactttgttagggatgtcctttttgatatattcg-ggcgagcgagagtatcagtgaagaa 35310747  T
Q  793 ggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc- 891  Q
    |||| | | |||||||||| | | ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||     
T  35310746 ggaggcgcctgtgaacttcctaactgacccactagatagaagatcaacacttaggcttgcggatgttatgatgtacggatgggttggaggaaaacatgca 35310647  T
Q  892 tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggcca 991  Q
    | ||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||| | ||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  35310646 tgtgtggacttgattggggtttcaccacttgtgggtttaggggtcggggcttttacggtaggacagacaaccctaaaagatgcgtcaagcaaagtggcca 35310547  T
Q  992 aa 993  Q
    ||    
T  35310546 aa 35310545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 3113876 - 3114173
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||  | ||||||||||| |||||||||    
T  3113876 gttcattgtaaggagctttctggctttaagtacaaacatgactttgttagggatgtcctttttgatatattc-agctgggcgggagtatcagtgaagaag 3113974  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta 893  Q
    ||| | | |||||||||   || || || |||||||| |||||| |||||||| | ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||   |  |     
T  3113975 gaggcccctgtgaacttgccgactg-cccactagatagaagatcaacacttagtcatgcagatgttatggtgtacaaatgggtaagaggaaacactcatt 3114073  T
Q  894 tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||| ||| ||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| |||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3114074 tgtagacttgaccagtatttcaccactcatgggattaggggtcggggcttttacggtaggacaggcagccctaaaagttgcatcaaacaaagtggccaaa 3114173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 27337089 - 27336790
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||   |  |||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||     
T  27337089 gttcattgtaaggaacttcccggctttaagtacatacttgactttgttagggacatactttttgatatattc-aggcgagcaggagtatcagtgaagaaa 27336991  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||  ||| |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |    
T  27336990 gaagctcctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggcctgcggatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgcat 27336891  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||    
T  27336890 gtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtgggggcttttacaataggacagacagccctaaaagttgcgtcaagcaaagtggtcaa 27336791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 694 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 433688 - 433430
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||||||||||||| |||  | |||||||||||  || || |||||| |||||||||||||     
T  433688 gttcattgtaaggagcttcccaactttaagtacaggcatgactttgttagggatgtactatttgatatattc-agacgggcgggaatatcggtgaagaaa 433590  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | |  ||||||||  ||| || || |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |    
T  433589 gaggcgcccgtgaactttctgactggcccactaaatagaagatccacacttaggcatgcggatgttatggtgtacagatgggttggaggaaaatatgcat 433490  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
     ||||||| ||| | | ||||||||||  ||||| ||| |||| || |||||||| ||||    
T  433489 gtgtggacttgaccggggtttcaccacctgtgggtttaagggtaggggcttttacggtag 433430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 694 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 38446562 - 38446309
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  38446562 gttcattgtaaggagcttcccaactttaagtacatgcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgggcgggagtatcagtgaagaag 38446464  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | | |||||| ||  ||| |||||  ||||||| || ||| |||||||||| |||| || ||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| |    
T  38446463 gaggcgcatgtgaattttctgactgaccctctagatagaatatcgacacttaggcatgcaaatgttatggtgtacggatgggttggagtaaaacatgcat 38446364  T
Q  893 atgtggacctga-tcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
     ||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||    
T  38446363 gtgtggacttgactgag-gtttcaccacttgtgggtttaggagttggggcttttac 38446309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 693 - 890
Target Start/End: Original strand, 15291733 - 15291932
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtat---cggtgaa 789  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| || ||  | ||||||||||   | |||||    
T  15291733 tgttcattgtaaggagcttcccggctttaagtacaaacatgactttgttagggacgtactttttgatata-ttcagatgggcgggagtatcagcagtgaa 15291831  T
Q  790 gaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacat 889  Q
    ||||||  | | ||||||||||   | ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||  || ||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  15291832 gaaggaagcgcctgtgaacttcccaactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcgaatgttatggtgtacggctgggtaggaggaaaacat 15291931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Original strand, 13166621 - 13166817
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||||| || || ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||  ||||| |||| |||||| |||||||||    
T  13166621 gttcattgtaaggagctttgtagctttaaatacaagcatgactttgtaagggatgtactttttgatatattc-aggcgggcggaagtatcagtgaagaag 13166719  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||  | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||| ||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||    
T  13166720 gaagcgcctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaagcatgcggatgttatggtctacggatgggttggaggaaaacatgc 13166817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 785 - 993
Target Start/End: Original strand, 33691857 - 33692065
Alignment:
Q  785 gtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaa 884  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||  ||| |||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||  ||||||| |||||||    
T  33691857 gtgaagaaggaggcgcttgcgaactttctgactgaccc-ctagatagaagatcgacacttaagcctgcaaatgttatggtgtacggatgggttggaggaa 33691955  T
Q  885 aacatgc-tatgtggacctga-tcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaaca 982  Q
    ||||||| | ||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||  |||  ||||| | ||| |||| ||    
T  33691956 aacatgcatgtgtggacttgactgag-gtttcaccacttgtgggtttaggggtcggggcttttacggtaggacaggcaggcctaaaagctgcgtcaagca 33692054  T
Q  983 aagtggccaaa 993  Q
    |||||||||||    
T  33692055 aagtggccaaa 33692065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 718 - 993
Target Start/End: Original strand, 32269534 - 32269807
Alignment:
Q  718 tttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgatt 817  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||  || |||||||||||| | ||||||||| || | | |||||  ||| | | |    
T  32269534 tttaagtacaatcatgactttgttagggatgtaattttttatatattc-agacgagcgggagtagcagtgaagaagaaggcgcatgtga--ttcctaact 32269630  T
Q  818 gaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcac 916  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||| |   |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||   | |||||||    
T  32269631 gacccactagatagaagatcaacactcaaatctgcagatgttatggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgcatgtgtagacttgactggggtttcac 32269730  T
Q  917 cactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||||  ||| |||||| |||||  ||||||  |||| |||| || | ||||| | |||||||| |||||||| ||||    
T  32269731 cacttctggaattaggtgtcgggccttttatggtaggacatgcaaccctaaaagctgcatcaaccaaagtggtcaaa 32269807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 698 - 867
Target Start/End: Original strand, 26212298 - 26212465
Alignment:
Q  698 attgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggaga 797  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||| | |||||| |||||||||| |||  |||||||||||||    | | | |||| |||| ||||||||||||     
T  26212298 attgtaaggagcttctcggctttaagtacatacatgattttgttagggatgtactttttgatatattca--gagggtgggaatatcagtgaagaaggagg 26212395  T
Q  798 ctcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgta 867  Q
    | | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| | ||||||||    
T  26212396 cgcctgtgaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcatgcagatgtgatggtgta 26212465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 753 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 34335679 - 34335537
Alignment:
Q  753 ttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgat-----tgaccaactagataaaagatccacacttagg 847  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||| || | | ||| ||||||||||      ||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  34335679 ttttgatatattc-aggcgggcgggagtatcagtgaagaagaaggcgcatgtaaacttcttgacccgactgacccactagatagaagatcgacacttagg 34335581  T
Q  848 cctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    | |||| || |||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  34335580 cttgcatatgttatggtgtacaaatgagtaggaggaaaacatgc 34335537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 823 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 43129801 - 43129631
Alignment:
Q  823 actagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactc 921  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||| | |||| |  |||   | |||||||||||     
T  43129801 actagatagaagatcgacacttaggcatgcagatgttatgatgtacggatggataggaggaaaa-atgcatgtgtgaaattgactggggtttcaccactt 43129703  T
Q  922 gtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| || | |||| |||  ||||| | ||| |||| |||||||| ||||    
T  43129702 gttggattaggggtcggaacttttacggttggacattcagtcctaaaagatgcgtcaagcaaagtggtcaaa 43129631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 804 - 866
Target Start/End: Original strand, 9841146 - 9841208
Alignment:
Q  804 tgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgt 866  Q
    |||||||| ||| | ||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9841146 tgaacttcctgacttacctactagatagaagatcgacacttaggcctgcggatgttatggtgt 9841208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 2e-49; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 50000636 - 50000935
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||| || |||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||  ||||||||    
T  50000636 gttcattgtaaggagcttcccgactttaaatacagacatgactttgttaaggatgtactttttgatatattc-aggcgagcaggagtatcaatgaagaag 50000734  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |    
T  50000735 gaggcgcctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggcctgcggatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgcat 50000834  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| | |||||| || |||||||| |||| ||| ||||| ||||| | ||| |||| |||||||| |||    
T  50000835 gtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggttaaggggtgggggcttttacggtaggacagacagctctaaaagctgcgtcaagcaaagtggtcaa 50000934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 695 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 3330345 - 3330088
Alignment:
Q  695 ttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaagg 794  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3330345 ttcattgtaaggagcttcccggctttaagtacaggcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgagcgggagtatcagtgaagaagg 3330247  T
Q  795 agactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-ta 893  Q
    || | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| | |||||||||| ||| |     
T  3330246 aggcacctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcaacacttaggcatgcagatgttatggtgtacggatggattggaggaaaacgtgcatg 3330147  T
Q  894 tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
    ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  3330146 tgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtgggggcttttacggtag 3330088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 16957932 - 16957736
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||  |||||||||||||  || || || |||||||| |||| | ||    
T  16957932 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtacatacatgacttttttagggatgtactttttgatatattc-agacgggcaggagtatcagtgaggtag 16957834  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||| | | |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| | |||||||||    
T  16957833 gaggcgcctgtgaacttcctgactgacccgctagataaaagatcaacacttaggcctgcagatgttatggtgtacggatgggtaggtgtaaaacatgc 16957736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 752 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 31847422 - 31847184
Alignment:
Q  752 tttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctg 851  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||   ||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  31847422 tttttgatatattc-aggcgagtgggagtatcagtgaaggaggcgcct---gtgaactttctgactgacccactagataaaagattgacacttaggcctg 31847327  T
Q  852 cagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagt 950  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| | ||||||| |||  || ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  31847326 cagatattatggtgtacagatggattggaggaaaacatgcatgtgtggacttgactagggtttcaccacttgtgggtttaggggtgggggcttttacagt 31847227  T
Q  951 agaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    || |||  |||| ||||| | ||| |||| |||||||| ||||    
T  31847226 aggacaggcagccctaaaagctgcgtcaagcaaagtggtcaaa 31847184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 693 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 25504691 - 25504493
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgt-catttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaaga 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||  |  || ||| ||| ||| |||||||    
T  25504691 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtacaaacatgactttgttagagatgtacttttttgatatattcaaa-cgggcgagagcatcagtgaaga 25504593  T
Q  792 aggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    | ||| | | ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |  ||||| || | ||| ||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  25504592 acgaggcacatgtgaacttcttgatagacccactagatagaagtttaacactcagacatgcggatgttatggtgtacggatgggtaggagaaaaacatgc 25504493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 694 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 132781 - 132530
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||| | |  ||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||| || |||||||  ||||| ||     
T  132781 gttcattgtaaggagctttccggttttaagtataatcatgactttgttagggatgt-acttttgatatattc-aggcgggcaggagtattagtgaaaaaa 132684  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||  | | |||||||||||||| ||  | |||||||| |||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| |||| |    
T  132683 gat-cgcatgtgaacttcttgactggtccactagatagaagatcgacacttcggcatgcagatgttatggtgtacagatacgtaggaggaaaatatgcat 132585  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
     |||| || |||   | ||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||    
T  132584 gtgtgaacttgactggggtttcaccacttgttggattaggggtcgggacttttac 132530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 777 - 986
Target Start/End: Complemental strand, 12053725 - 12053517
Alignment:
Q  777 gagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggt 876  Q
    ||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||| ||| ||| | |||||||| |||||| | |||| || |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  12053725 gagtatcagtgaagaagtggacgcttgtaaacttcctgactgatccactagatagaagatcgagactttggtctgcagatgttatgttgtacagatgggt 12053626  T
Q  877 aggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgca 975  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| | ||  | ||||||||| | || ||||| |||||||   |||||||||||| ||| ||||| ||||| | |||     
T  12053625 aggaggaaaacatgcatgtgtggacattattggggtttcaccattagttggattgggggtcg--acttttacagtaggacaaacagctctaaaagctgcg 12053528  T
Q  976 tcaaacaaagt 986  Q
    |||||||||||    
T  12053527 tcaaacaaagt 12053517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 709 - 993
Target Start/End: Original strand, 12918099 - 12918382
Alignment:
Q  709 cttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaac 808  Q
    ||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||| ||||||| ||  ||||| |||||    | |||||||    
T  12918099 cttcccgactttaagtacatgtatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgggcgggagcattagtgaa-aaggatggacctgtgaac 12918196  T
Q  809 ttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatca 907  Q
    ||  | | ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||  ||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| |  |||       
T  12918197 tttctaactgacccactagatagaagatcgacacttaggcctgtggatgtcatggtgtatggatgggtaagaggaaaacatgcatgtgtgtagttgactg 12918296  T
Q  908 gagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |  |||| |||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  12918297 gagtttcatcacttgtgggattaagattcggggcttttacggtaggacaaacaaccctaaaagttgcgtcaaacaaagtggtcaaa 12918382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 694 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 53170894 - 53170646
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||||||||   || |||||| | |||||||||||| |||| |||  ||||||||||   | || || || ||| |||| ||||||||     
T  53170894 gttcattgtaaggagcttccccgctctaagtacagacatgactttgt-agggatgtactttttgatat---tcagacgggcaggaatatcagtgaagaaa 53170799  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta 893  Q
    ||| |   |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||      ||||||||| ||||||||||||     
T  53170798 gaggcgtctgtgaacttcctgactgacctactagatagaagatcaacacttaggcatgcagacgttatggt------atgggtaggtggaaaacatgctt 53170705  T
Q  894 -tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagta 951  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  53170704 gtgtagacttgactggggtttcaccactcgtgggattaggtgtcggaccttttacagta 53170646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 735 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 26521843 - 26521589
Alignment:
Q  735 ctttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaag 834  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||||||| || ||  || |||||||  ||||||| ||| | | ||||| |||  ||| ||||| |||||||| |||    
T  26521843 ctttgttagggatgtactttttgatatattt-agacggacgagagtatcattgaagaatgaggcgcatgtgagctttctgactgacccactagatagaag 26521745  T
Q  835 atccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggg 933  Q
    ||| ||| ||| |||| |  |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | | ||||| |||   |||||||| |||| ||||||||||||    
T  26521744 atcgacatttaagcctacgaaggttatggtgtacagacgggtaggaggaaaacatgcatgtatggacttgactggagtttcatcacttgtgggattaggg 26521645  T
Q  934 gtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggc 989  Q
    ||| || ||||||  |||| ||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  26521644 gtcagaccttttatggtaggacaaacaaccctaaaagttgcgtcaaacaaagtggc 26521589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 700 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 34952561 - 34952452
Alignment:
Q  700 tgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagact 799  Q
    |||||||||||||   |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||||||| |     
T  34952561 tgtaaggagcttctctactttaagtacatacatgactttgttagggatgtcatttttgatata-ttaaggcgggcgagagtatcagtgaagaaggaggcg 34952463  T
Q  800 cttgtgaactt 810  Q
    | |||||||||    
T  34952462 catgtgaactt 34952452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 751 - 892
Target Start/End: Original strand, 30940507 - 30940647
Alignment:
Q  751 atttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcct 850  Q
    ||||||||||||||  || || |||||| |||| |||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30940507 atttttgatatattc-agacgggcgggaatatcagtgaagaaggaggcacctgtgaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactaaggcct 30940605  T
Q  851 gcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgct 892  Q
     |  || ||||||||||   ||||||||| ||||||||||||    
T  30940606 acgaatgttatggtgtacgaatgggtaggtggaaaacatgct 30940647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 785 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 25706815 - 25706651
Alignment:
Q  785 gtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaa 884  Q
    |||||||||||| | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |  || |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  25706815 gtgaagaaggaggcgcatgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaagcctacgtatgttatggtgtacagatgggtaggagaaa 25706716  T
Q  885 aacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttaca 948  Q
    ||||||| | ||||||| ||||  | ||||||| ||  || |||||| ||||| | |||||||||    
T  25706715 aacatgcatgtgtggacttgatttgggtttcactacctgtcggattaagggtcagggcttttaca 25706651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 839 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 53619838 - 53619683
Alignment:
Q  839 acacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcg 937  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||  |||| || |||||||||||||| | ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| |||| ||| |    
T  53619838 acacttaggcctgcatatgttatggtgtacggatgagttggaggaaaacatgcatgtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttagaggtgg 53619739  T
Q  938 gagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    | ||||||||||||| |||  || | ||||| | ||| |||| |||||||||||||    
T  53619738 gggcttttacagtaggacaggcaaccctaaaagctgcgtcaagcaaagtggccaaa 53619683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 694 - 762
Target Start/End: Original strand, 48506751 - 48506819
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatata 762  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||  |||||||||||    
T  48506751 gttcattgttaggagcttcctgactttaagtacatacatgactttgttacggatgtattttttgatata 48506819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Original strand, 56461824 - 56462014
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    |||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |||    
T  56461824 gttcactgtaaggagcttcctggttttaagtataggtgtgactttgttagggatgtactttttgatata-ttcaggcgtgcaggagtatcagtgaataag 56461922  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    |||      ||||| ||| ||  ||| | |||||||| |||||| ||||||| || |||  || ||||||||||  |||| ||||| |||||||||||    
T  56461923 gag------gtgaaattcctggctgatccactagatagaagatcgacacttaagcatgcgaatgttatggtgtacggatgagtaggtggaaaacatgc 56462014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 825 - 993
Target Start/End: Original strand, 55933303 - 55933472
Alignment:
Q  825 tagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgt 923  Q
    |||||| |||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||  | | || |  | | | | |||||||| || ||    
T  55933303 tagatagaagatcgacacttaggtccgcagatgttatggtctacggatgggttggaggaaaacatgaatgtctgaatttaaccggggtttcaccccttgt 55933402  T
Q  924 gggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||| ||| ||||| | |||||||| |||| |||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  55933403 gggtttaagggtcagggcttttacggtaggacagtcagccctaaaagttgcgtcaaacaaagtggccaaa 55933472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 818 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 18534673 - 18534560
Alignment:
Q  818 gaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcac 916  Q
    |||| |||||||  |||||| |||||||||||| || || ||||||| ||  ||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| | |||||   |    
T  18534673 gacccactagattgaagatcgacacttaggcctacaaatgttatggtatacggatgggtagaaggaaaacatgcatgtgtggacttgaccggagtt---c 18534577  T
Q  917 cactcgtgggattaggg 933  Q
    ||||||| |||||||||    
T  18534576 cactcgttggattaggg 18534560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 4e-47; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 34644962 - 34644663
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||  ||| | ||||||||||| |||||||||    
T  34644962 gttcattgtaaagagcttcccgactttaagtacaggcatgactttattagggatgtactttttgatatattc-aggagggcgggagtatcagtgaagaag 34644864  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||  | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||  ||| ||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |    
T  34644863 gaagcgcgtgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggtatgcggatgttatggtgtatggatgggctggaggaaaacatgcat 34644764  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||  || | ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  34644763 gtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtcggggcttttacggtaggacaagcaaccctaaaagttgcgtcaaacaaagtggccaa 34644664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 28040838 - 28041137
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||| ||| |||| |  |||||||| | ||||||||||||||||| |||   ||||||||||||| || || ||| || |||| |||||||||    
T  28040838 gttcattgtaatgagtttcccggatttaagtacatacatgactttgttagggatgtaccttttgatatattt-agacgtgcgagaatatcagtgaagaag 28040936  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| |   |||||||||| ||| | ||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  28040937 gaggcgtctgtgaacttcctgactaacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcagatgttatggtgtacagatgggtaggtggaaaacatgctt 28041036  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   | ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||| | |  |||| |||||    || |||||||||||||||||    
T  28041037 gtgtagacttgactggggtttcactacttgtgggattaggtgtcggaccttttaccgtaggataggcagctctaaaatccgcgtcaaacaaagtggccaa 28041136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 694 - 995
Target Start/End: Original strand, 37931930 - 37932230
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatga-ctttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaa 792  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||| ||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  37931930 gttcattgtaaggagcttctcgactttaagtatatg--tgaactttgttagggatatcctttttgatgtattt-aggcgggcgggagtataagtgaagaa 37932026  T
Q  793 ggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc- 891  Q
    |||||| ||| |||||||  |||  |||| | |||||| || ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||| | ||||  |||||||||||||||     
T  37932027 ggagacgcttttgaactttctgaccgacccattagatagaaaatcgacacttaggcctgcggatgttatgatgtacatatggacaggaggaaaacatgca 37932126  T
Q  892 tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggcca 991  Q
    |  |||||| ||||    ||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||  |||| |||| ||| ||    
T  37932127 tgcgtggacttgattgaggtttcaccacttgtgggattaggggccaaggcttttacagtaagacagacagccctaaaagttgtgtcaagcaaaatggtca 37932226  T
Q  992 aata 995  Q
    ||||    
T  37932227 aata 37932230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 694 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 38731979 - 38731732
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgat-atat-tttaggcgagcgggagtatcggtgaaga 791  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||  | |||| |||||||  | ||||||||| |||||||    
T  38731979 gttcattgtaaggagcttcttggctttaagtacaaatatgactttgttagggatgtcatttttttttatatatttaggcaggtgggagtatcagtgaaga 38731880  T
Q  792 aggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    |||||   | | |||||||| | | ||||| |||||||| |||||| | | |||  | |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||    
T  38731879 aggaggtccctatgaacttccttactgacccactagatagaagatcgatagttaaacttgcagatattatggtgtgcggatgggtaggaggaaaatatgc 38731780  T
Q  892 -tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcgg 938  Q
      |||||||  |||  || |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  38731779 aaatgtggatttgactagggtttcaccactcgttgatttaggggtcgg 38731732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Original strand, 29169505 - 29169701
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| ||||  | ||||||||| | ||| |||||||| |||| |||  |||||||||||||  || || ||  ||||||| |||||||||    
T  29169505 gttcattgtaaggaacttctcggctttaagtacagacacgactttgtaagggatgtattttttgatatattc-agacgggcatgagtatcagtgaagaag 29169603  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||| | | |||||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  29169604 gaggcgcctgtgaacttcctgactgacccgctagaaagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatggtgtacggataggtaggaggaaaacatgc 29169701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 694 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 22347273 - 22347103
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||| |||||||||||| |||  ||||||| || ||| ||  | |||||| |||| |||||||||    
T  22347273 gttcattgtaaggagcttaccggctttaagtatagacataactttgttagggatgtactttttgacat-tttcagatgggcgggaatatcagtgaagaag 22347175  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtg 865  Q
    ||| | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||  ||||||||    
T  22347174 gaggcacctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcagacgttatggtg 22347103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 823 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 42920127 - 42919956
Alignment:
Q  823 actagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta-tgtggacctgatcagag-tttcaccact 920  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |  ||||| | ||||  ||| |||||| |||    
T  42920127 actaaataaaagatcaacatttaggcttgcagatgttaaggtgtacagatgggtaggaggaaaacatatttgtgtgggcttgatt-gagatttcactact 42920029  T
Q  921 cgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    |||||||||| |||||||||||||||   ||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  42920028 cgtgggattacgggtcggagcttttatgataggacaaacaaccctaaaagttgcatcaaacaaagcggccaaa 42919956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 825 - 993
Target Start/End: Original strand, 25375674 - 25375843
Alignment:
Q  825 tagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgctat-gtggacctgatcagagtttcaccactcgt 923  Q
    |||||| |||||  ||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||||||| |  |||||  ||| ||| ||||||| ||||||    
T  25375674 tagatagaagattgacacttaggtctgcagatgttatggtatacggatgggtagaaggaaaacatgcaagcgtggatttgaccagggtttcactactcgt 25375773  T
Q  924 gggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
     |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||| | | ||| ||||| |||| ||||||| |||||    
T  25375774 cggattaggggtcagagcttttacggtaggacagacaactccaaaagttgcgtcaagcaaagtgaccaaa 25375843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 19035843 - 19035544
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||| |||  |||||||||||  | || || | | || |||  |||||||||    
T  19035843 gttcattgtaaggagcttcccgactttaagtacagacatgaatttgttagggatgtactttttgatata-ctcagacgggtgagaatataagtgaagaag 19035745  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |||   | |||||||||| |||  |||| ||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||  || |||||||  |||||||||| |||| |||||| |    
T  19035744 gaggtgcctgtgaacttcctgaccgacccactagataaaagatcaacactcaggtatgtggacgttttggtgtacggatgggtaggtggaacacatgctt 19035645  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   |  |||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||  |||| ||||| | ||| |||| ||||||||||||    
T  19035644 gtgtagacttgactgggatttcaccagttgtgggattaggtgtcggaccttttaccgtagggcaggcagccctaaaagctgcgtcaagcaaagtggccaa 19035545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 718 - 936
Target Start/End: Original strand, 4861724 - 4861942
Alignment:
Q  718 tttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgatt 817  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  | |  ||||||| |||||  ||  || ||| |||||| |||||||| ||| |  |||||||||||||||||    
T  4861724 tttaagtatagacatgactttgttaggaatatactttttgacatattcaagtgga-cggaagtatcagtgaagaatgaggcgtttgtgaacttcttgatt 4861822  T
Q  818 gaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcac 916  Q
    || | | || ||| |||||| ||||||  |||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||   | |||||||    
T  4861823 gatctattaaatagaagatcgacacttcagcctacagatgttatggtgtacggatgggtaggagaaaaacatgcatgtgtggatttgactggtgtttcac 4861922  T
Q  917 cactcgtgggattaggggtc 936  Q
    |||| || ||||||||||||    
T  4861923 cacttgttggattaggggtc 4861942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 832 - 891
Target Start/End: Original strand, 45659495 - 45659554
Alignment:
Q  832 aagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    |||||| ||||| |||| |||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45659495 aagatcaacactcaggcatgcacatgttatagtgtacagatgggtaggaggaaaacatgc 45659554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 695 - 820
Target Start/End: Original strand, 37917808 - 37917932
Alignment:
Q  695 ttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaagg 794  Q
    |||||||||||||| |||  || || || || | |||||||||||||||   |||| || ||||||||||  |||||  || || ||| |||||||||||    
T  37917808 ttcattgtaaggagattcacgatttcaaatacatacatgactttgttagatatgtccttcttgatatatta-aggcgcacgagattattggtgaagaagg 37917906  T
Q  795 agactcttgtgaacttcttgattgac 820  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||    
T  37917907 agacacttgtgaatttcttgcttgac 37917932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 93; Significance: 9e-45; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 39435063 - 39434764
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  39435063 gttcattgtaaagaacttcccggctttaagtacaggcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcgagcgggagtatcagtgaagaag 39434965  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | | |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||  ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |    
T  39434964 gaggcgcctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacacttaggtctgtcgatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgcat 39434865  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     |||| || |||   | ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||   ||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  39434864 gtgtgtacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtggaggcttttacagtaggacaggaagctctaaaagttgcgtcaagcaaagtggccaa 39434765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 785 - 988
Target Start/End: Original strand, 25021615 - 25021819
Alignment:
Q  785 gtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaa 884  Q
    |||||||||||  | | |||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  25021615 gtgaagaaggaagcgcatgtgaacttcttgtctgacccactagatagaagatcgtcacttaggcctgcagatgttatggtgtacggatgggtaggaggaa 25021714  T
Q  885 aacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaa 983  Q
    ||||||| | ||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| ||||| ||||  |||| |||    
T  25021715 aacatgcatgtgtggacttgaccggagtttcaccacttgtgggattaggggtcgatgtttttacagtatgacatacagccctaaaagttgtgtcaagcaa 25021814  T
Q  984 agtgg 988  Q
    |||||    
T  25021815 agtgg 25021819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 500623 - 500324
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |  ||||| |||||||||| |||  |||||||||||||  || |  ||| ||||||| |||||||||    
T  500623 gttcattgtaaggagcatcccgactttaagtacatgcatgattttgttagggatgtactttttgatatattc-agacatgcgagagtatcagtgaagaag 500525  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||  |   |||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |    
T  500524 gaagcgtatgtgaacttcctgatttacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatgttgtatggatgggtagaaggaaaacatgcat 500425  T
Q  893 atgtggacctga-tcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggcca 991  Q
     ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||| ||  ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  500424 gtgtagacttgagtgag-gtttcaccacttgtgggattaggtgtcgggccttttacggtaggaccgacagccctaaaagttgcgtcaagcaaagtggcca 500326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 24125424 - 24125125
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| || || |||| ||  |||||| ||    
T  24125424 gttcattttaaggagcttcccgactttaagtacaaacatgactttgttagggatgtactttttgatata-tttagacgggcaggagcattagtgaagtag 24125326  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| |   ||| |||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||  || |||||||| |||||||||| |    
T  24125325 gaggcgtctgtcaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcatatgttatggtctactgacgggtaggaagaaaacatgcat 24125226  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||| | ||||   ||||||| || | |||  |||| ||||| | |||||||| |||| |||||||    
T  24125225 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattatgcgtcgtgccttttacggtgggacaagcagccctaaaagctgcatcaagcaaaatggccaa 24125126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 694 - 888
Target Start/End: Original strand, 42921838 - 42922031
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||| || ||| || ||||||||| | ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||  ||||| | || ||||||||||||||||    
T  42921838 gttcattgtaagaagtttcttggctttaagtacatacatgacttcgttagggatgttctttttgatatattc-aggcgggaggaagtatcggtgaagaag 42921936  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaaca 888  Q
    ||||| | | |||||||||||| | ||  |||| ||| |||||  ||||||| |  || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42921937 gagacccctatgaacttcttgacttactcactatatagaagattgacacttacgtatgtagatgttatggtgtacagatgggtaggaggaaaaca 42922031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 37517485 - 37517191
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || || |  |||| | |||| | |||||||    
T  37517485 gttcattgtaaggagcttcccgactttaagtacagacatgactttgttagggatgtactttttgatata-ttcagacaggcggaaatatcagcgaagaag 37517387  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatg-ct 892  Q
    ||| | | |||||||||| |     ||| |||||||| |||||| ||||| | ||||||| || | ||||||||  |||||||||| |||||| |||  |    
T  37517386 gaggcgcctgtgaacttcct-----acccactagatagaagatcaacactcatgcctgcaaatgtgatggtgtacggatgggtaggtggaaaatatgttt 37517292  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   | ||||| ||||| || |||||||| || ||| ||||||| |||| ||| ||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  37517291 gtgtagacttgactggggtttcgccacttgttggattaggcgtaggaccttttaccgtaggacagacagctctaaaagctgcatcaagcaaagtggccaa 37517192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 773 - 993
Target Start/End: Original strand, 35739776 - 35739996
Alignment:
Q  773 gcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagat 872  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   | |||||||||  ||| ||||| | | | || |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  ||    
T  35739776 gcgggagtatcagtgaagaaggaggtgcctgtgaactttctgactgacccatttggtagaagatcaacacttaggcatgcagatgttatggtgtatgaat 35739875  T
Q  873 gggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggt 971  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||   | ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||    
T  35739876 gggtaggaggaaaacatgcatgtgtggacttgactggggtttcaccactagtgggatta-aggtcgggccttttacggtaggacagacatccctaaaagt 35739974  T
Q  972 tgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||  | || |||||||||||||    
T  35739975 tgtgttaagcaaagtggccaaa 35739996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 694 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 10189939 - 10189870
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatat 763  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  10189939 gttcattgtaaggagcttcacggctttaagtacaaacatgactttgttaagaatgtcatttttgatatat 10189870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 695 - 892
Target Start/End: Original strand, 41867620 - 41867816
Alignment:
Q  695 ttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaagg 794  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||||||| |||  |||||||||||||  |  || |||||| |||| ||||||||||    
T  41867620 ttcattgtaaggagcttcccggctttaagtacagacgtgactttgttagggatgttctttttgatatattc-atacgggcgggaatatcagtgaagaagg 41867718  T
Q  795 agactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgct 892  Q
    || | | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41867719 aggcacctgtgaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatggtgtacagatgggtaggtggaaaacatgct 41867816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 20142451 - 20142750
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||  || || |||||| |||| |||||||||    
T  20142451 gttcattgtaaggagcttccaggctttaagtacagacatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-agacgggcgggaatatcagtgaagaag 20142549  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta 893  Q
    ||| |   | |||||||| ||| ||||| | |||||| |||||| ||||| |  |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||     
T  20142550 gaggcgtctatgaacttcctgactgacccagtagatagaagatcaacactcaaacctgcagacattatggtgtacggatgggtaggtggaaaacatgctt 20142649  T
Q  894 -tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| ||||  | | ||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||| |||| |||  |||| ||||| | | | |||| ||||||||||||    
T  20142650 gtgtagacttgattggggcttcaccacttgtgggattaggtgtcgtaccttttaccgtaggacaggcagctctaaaagcttcgtcaagcaaagtggccaa 20142749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Original strand, 4412777 - 4413076
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||  | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||  |  || |||||| |||| |||||||||    
T  4412777 gttcattgtaaggagctttccggctttaagtgcagacatgactttgttagggatgtactttttgatatattcaaa-cgggcgggaatatcagtgaagaag 4412875  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |    
T  4412876 gaggcacctgtgaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcctgcggatgttatggtgtacggatgggtaggtggaaaacatgctt 4412975  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||| | ||| || ||||||| |||| |||  || | ||||| | ||  |||| ||||||||||||    
T  4412976 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattaagtgtcagaccttttaccgtaggacaggcaaccctaaaagctgtgtcaagcaaagtggccaa 4413075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 710 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 27502741 - 27502504
Alignment:
Q  710 ttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaact 809  Q
    |||||| ||||| ||| | |||||| |||||||| | |||  |||||||||||||  ||  |||||||||||||  ||||||||||| | | ||||||||    
T  27502741 ttcctgtctttatgtacagacatgattttgttagagatgtactttttgatatattcaagt-gagcgggagtatcactgaagaaggaggcgcctgtgaact 27502643  T
Q  810 tcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcag 908  Q
    |  ||| ||||| |||||||  |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||   |    
T  27502642 ttctgactgacccactagatgcaagatcgacacttaggcctgcggatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgcatgtgtggacctgaatgg 27502543  T
Q  909 agtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27502542 ggtttcaccacttgtgggtttaggggtcagagcttttac 27502504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 694 - 952
Target Start/End: Original strand, 9685126 - 9685384
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||  || || |||| |||||  |||||||||    
T  9685126 gttcattgtaaggagcttcccggctttaagtacagacatgactttgttagggatgtacttttcgatatattc-agacgggcggaagtattagtgaagaag 9685224  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatg-ct 892  Q
    ||| ||  |||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||  | ||||||||| ||||||||||  |    
T  9685225 gaggcttctgtgaacttcctgactgacccactagatagaaggtcaacactcaggcctgcaaacattatggtgtgcatatgggtaggtggaaaacatgatt 9685324  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||    
T  9685325 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggtgtcagaccttttaccgtag 9685384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 694 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 17345034 - 17344776
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||  || || || |||||||| |||||||||    
T  17345034 gttcattgtaaggaacttcctggctttaagtacagacacgactttgttagggatgtactttttgatatattc-agacgggcaggagtatcagtgaagaag 17344936  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| | | |||||||||  ||| |||||  ||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  17344935 gaggcgcctgtgaactttctgactgacccgctagaaagaagatcaacactcaggcatgcggatgttatggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgcat 17344836  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
     ||| ||| |||   | ||||||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||    
T  17344835 gtgtagacttgactggggtttcacaacttgtgggattaggtgtcagaccttttaccgtag 17344776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 694 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 5532822 - 5532516
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| | |||||||| | |||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  5532822 gttcattgtaaggagcttcatggctttaagtacaaacataaatttgttagagatgtcatttttaatata-ttcagacgagcgggagtatcagtgaagaag 5532724  T
Q  794 gagactcttgtgaact-------tcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaa 886  Q
    ||| | | ||||||||       || ||| ||||| |||||||| |||||| |||   | | |||||||| |||| |||||| ||  |||||||| ||||    
T  5532723 gaggcccctgtgaacttccttagtcctgactgacccactagatagaagatcgacatcgaagtctgcagatgttatagtgtatggactggtaggagaaaaa 5532624  T
Q  887 catgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaag 985  Q
    ||||| | |||| || | | | |||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||| |||| |||| |||| ||||| | ||| |||| |||||    
T  5532623 catgcatgtgtgaacttaaccggagtttcaccactcataggattaggggtcggggattttacggtaggacatgcagccctaaaagctgcgtcaagcaaag 5532524  T
Q  986 tggccaaa 993  Q
    ||| ||||    
T  5532523 tggtcaaa 5532516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 694 - 996
Target Start/End: Complemental strand, 28225396 - 28225094
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    ||||||||||||||| || | | ||||||||| |  |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||| |    
T  28225396 gttcattgtaaggagttttccggctttaagtacaggcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggtggtcgggagtatcggtgaagagg 28225298  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    |||   | |||||||||  ||| | ||| |||||||| || ||| |||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |    
T  28225297 gaggtgcctgtgaactttctgacttacccactagatagaatatcgacacttaggcctacggatgttatggtgtacggatgggttggaggaaaacatgcat 28225198  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| |||   | ||||||| ||| ||||| ||||| ||  | |||||||| |||| ||| ||| |  |||| | ||| |||| ||||||| ||||    
T  28225197 gtgtggacttgaatggggtttcactacttgtgggcttaggagttagggcttttacggtaggacaaacaactttaaaagctgcgtcaagcaaagtgaccaa 28225098  T
Q  993 atat 996  Q
    ||||    
T  28225097 atat 28225094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 695 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 44686813 - 44686562
Alignment:
Q  695 ttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaagg 794  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| |  ||| | ||||||||   |||  |||||||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||    
T  44686813 ttcattgtaaggagcttcccggctttaagtacatgcatcattttgttagatatgtactttttgatatattc-agacgggcgggagtatcagtgaagaagg 44686715  T
Q  795 agactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-ta 893  Q
    ||   | |||||||||  ||| ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||| ||| |||||||||| | || | | ||| |||||||||| |     
T  44686714 aggggcctgtgaactttgtgactgatctactagatagaagattgacacttaggcctgcggatgttatggtgtacaaat-gtttggacgaaaacatgcatg 44686616  T
Q  894 tgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttac 947  Q
    ||||||| |||   | ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  44686615 tgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggtttaggggtcggggcttttac 44686562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 694 - 932
Target Start/End: Original strand, 18744665 - 18744903
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| | |  ||||||||||| || || || || |||||||| || ||||||    
T  18744665 gttcattgtaaggaacttcctgcctttaagtacatacacgactttgttagggatatactttttgatata-ttcagacgggcaggagtatcagtaaagaag 18744763  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
     ||   | |||||| ||| ||| |||||  ||||| | || ||| ||||| |||||||| | | ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  18744764 aaggtgcctgtgaatttcctgactgacccgctagaaagaatatcaacactcaggcctgcgggtgttatggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgcat 18744863  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattagg 932  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| |||||||||||    
T  18744864 gtgtagacttgactggggtttcaccacttgtgggattagg 18744903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 785 - 996
Target Start/End: Original strand, 23484739 - 23484951
Alignment:
Q  785 gtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaa 884  Q
    |||||||||||| |   |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||| ||||| | || |||| || ||||| ||||  |||||||||||||||    
T  23484739 gtgaagaaggaggcgtctgtgaacttcctgattgacctactatatagaagatcaacactcaagcatgcatatgttatgatgtacggatgggtaggaggaa 23484838  T
Q  885 aacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaa 983  Q
    ||||||| | ||| ||| ||||  | ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||| || || | |||   ||| ||||| | | | ||||||||    
T  23484839 aacatgcatgtgtagacttgattggggtttcaccacttgtgggattaagtgtcgggcctttaacggtgggacaactagccctaaaagctacgtcaaacaa 23484938  T
Q  984 agtggccaaatat 996  Q
    |||||||||||||    
T  23484939 agtggccaaatat 23484951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 696 - 783
Target Start/End: Original strand, 33612254 - 33612340
Alignment:
Q  696 tcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatc 783  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| |||| |||  ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  33612254 tcattgtaaggagcttccagattttaagtacatacatgactttgtcagggatgttctttttgatata-ttcaggcgagcgggagtatc 33612340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 698 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 3826123 - 3825824
Alignment:
Q  698 attgtaaggagcttcctgactttaagta----taaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||    || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| || || |||||     
T  3826123 attgtaaggagctttccgactttaagtacatttatacatgcctttgttagagatgtcatttttgatatatttaaa-cgagcggaagtgtcagttaagaaa 3826025  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||| |   |||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||  ||| || ||  ||| ||| |||||| | ||| ||||||| ||||||||| |    
T  3826024 gaggcatctgtgaactttctgactgacccactagatagaagatcgacctttatgcttgtggatgttaaggtgtacaaatgagtaggagaaaaacatgcat 3825925  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaa 992  Q
     ||||||| ||||    |||||||| || ||||||||||||||| |  ||||||| |||  ||| | ||| ||||| | ||| |||| |||||||| |||    
T  3825924 gtgtggacttgattgaggtttcaccccttgtgggattaggggtcaggacttttacggtatgacagagagccctaaaagctgcgtcaagcaaagtggtcaa 3825825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 695 - 754
Target Start/End: Original strand, 13146854 - 13146913
Alignment:
Q  695 ttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcattt 754  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  13146854 ttcattgtaaggagctttctgacttaaagtacaaacatgactttgttaaggatgtcattt 13146913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 825 - 931
Target Start/End: Original strand, 19161624 - 19161731
Alignment:
Q  825 tagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgt 923  Q
    |||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||  || ||||||||||| ||    
T  19161624 tagatagaagatcaacactcaggcatgcggatgttatgatgtaaggatgggtaggaggaaaacatgcatgtgtagacttgaatagggtttcaccacttgt 19161723  T
Q  924 gggattag 931  Q
    | ||||||    
T  19161724 gagattag 19161731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 802 - 891
Target Start/End: Original strand, 10579597 - 10579686
Alignment:
Q  802 tgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||||  |||||| |||||||||||  || || ||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  10579597 tgtgaacttcttgtctgacctaccagatggaagatcgacacttaggccaacaaatgttatggtgtacgagtgggtaggaggaaaacatgc 10579686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 694 - 892
Target Start/End: Original strand, 52741222 - 52741419
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || || || |||||| |||| |||||||||    
T  52741222 gttcattgtaaggagcttcccgactttaagtacagacatgactttgttagggatgtaatttttgatata-ttcagacgggcgggaatatcagtgaagaag 52741320  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgct 892  Q
    ||| |   |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| || | ||||||| || |||| ||  |||||||||| ||||||||||||    
T  52741321 gaggcgtatgtgaacttcctgactgacccactagatagaagatcaacactcagacttgcagatgttgtggtatacggatgggtaggtggaaaacatgct 52741419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 29862193 - 29861997
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgacttt-aagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaa 792  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |  |||||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||  ||||||||||  ||||||||    
T  29862193 gttcattgtaaggagcttc-tgagttttaagtacaggcatgactttgttagggatgtactttttgatatattc-aggcaggcgggagtattagtgaagaa 29862096  T
Q  793 ggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
     ||| | | |||||||||||||  || || |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29862095 agaggcacatgtgaacttcttgtctggcccactagatagaagatcgacacttaggcatgcagatgttatggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgc 29861997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 694 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 53786104 - 53785847
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||  || || || |||||||| |||||||||    
T  53786104 gttcattgtaaggagcttccgg-ctttaagtacagacacgactttgttagggatgtactttttgatatattc-agacgggcaggagtatcagtgaagaag 53786007  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-t 892  Q
    ||  | | |||||||||| | | |||||  ||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||| || |||||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  53786006 gaagcgcatgtgaacttcctaactgacccgctagaaataagatcaacactcaggcatgcggatgttttggtgtacggatgggtaggaggaaaacatgcat 53785907  T
Q  893 atgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtag 952  Q
     ||| ||| |||   | ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||||    
T  53785906 gtgtagacttgactggggtttcaccactagtgggattaggtgtcgggccttttaccgtag 53785847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 698 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 44199159 - 44198864
Alignment:
Q  698 attgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggaga 797  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||| | ||||||||||||||  | |||  ||||| |||||||  || || || ||  ||||  |||||||||||     
T  44199159 attgtaaggagttttccgactttaagtacagacatgactttgttacagatgtatttttttatatattc-agacgggcagggatatcaatgaagaaggagg 44199061  T
Q  798 ctcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgcta-tgt 896  Q
      | |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||  || |||||||||||| |||| ||||| |||||||||| || |||    
T  44199060 tgcctgtgaacttcgtgactgacccactagatagaagatcaacactcaggcttgtggacattatggtgtatggatgagtaggtggaaaacatgttagtgt 44198961  T
Q  897 ggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
     ||| |||   | ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||  |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  44198960 agacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggtgtcggaccttttaccgtaggtcaggcagctctaaaagttgcgtcaagcaaagtggccaaa 44198864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 730 - 891
Target Start/End: Original strand, 39582976 - 39583136
Alignment:
Q  730 catgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagat 829  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| ||||| || |   | ||||||||||| |||||||||||| |   |||||||||  ||||||||| |||||||    
T  39582976 catgactttgttagggatgtaattttttatatacttaataag-gcgggagtatcagtgaagaaggaggcgtatgtgaactttctgattgacccactagat 39583074  T
Q  830 aaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    | |||||| |||||||||| ||| ||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  39583075 agaagatcgacacttaggcatgcggatgttatagtgtacggatgggtaggaggaaaacatgc 39583136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 49018359 - 49018163
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || || || || |||||||||||||||||     
T  49018359 gttcattgtaagaaacttcctgattttaagtacatacatgactttgttagggatgtgctttttgatata-ttcagacgggcaggagtatcggtgaagaat 49018261  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
     ||      ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||  ||||| |||| ||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||    
T  49018260 aaggtgtcagtgaacttcctgactgacccactagatagaagattaacactcaggcatgcagatgttatggtgtacggattggtacgaggaaaacatgc 49018163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 752 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 7901190 - 7900996
Alignment:
Q  752 tttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctg 851  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||  ||| ||||  |||||||| |||||| ||||      | |    
T  7901190 tttttgatatattt-aggcgggcggaagtatcgatgaagaaggagacgcctgtgaactttctgactgactcactagatagaagatcaacac------ccg 7901098  T
Q  852 cagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagt 950  Q
     | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||   | ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  7901097 tatatgttatggtgtatagatgtgtaggaggaaaacatgcatgtgtggacttgactggggtttcaccacttgtgggattaggggttgggtcttttacggt 7900998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 694 - 862
Target Start/End: Original strand, 52411613 - 52411780
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||  ||  || |  ||||||| |||||||||    
T  52411613 gttcattgtaaggagcttctcagctttaagtattgacatgactttattagggatgtcctttttaatatattcaagcgga-caagagtatcagtgaagaag 52411711  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatg 862  Q
    |||||  |||||||||| || | ||||| |||||||| |||||  || ||||||||||||||| |||||    
T  52411712 gagacgtttgtgaactttttaactgacccactagatagaagattgacgcttaggcctgcagatgttatg 52411780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 693 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 38146458 - 38146153
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgtt-agggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaaga 791  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||||||||||||  |||||||||| || | |  |||| |||||||||||||| ||| | || |||||||  |||||||    
T  38146458 tgttcatcgtaaggagctatccgactttaagtatgcacatgactttttttaagaatgtcctttttgatatattt-aggtgggcaggagtataagtgaaga 38146360  T
Q  792 aggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatg----gtgtatagatgggtaggaggaaaac 887  Q
    | |||   |||||||||||  | | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | ||| |||     |||||| ||| || |||||||||     
T  38146359 atgaggtgcttgtgaactttctcactgaccaactagatagaagatcgacacttaggcctgatgttatgatgtacattgtatatatgagtcggaggaaaat 38146260  T
Q  888 atgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagt 986  Q
    |||| | || |||| ||    | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| ||||| |  ||||||| ||||||    
T  38146259 atgcatgtgaggacttgcatggggtttcacgacttgtgggattaggggtcggagctttgagggtaggacatgcagccctaaaagcggcatcaatcaaagt 38146160  T
Q  987 ggccaaa 993  Q
    || ||||    
T  38146159 ggtcaaa 38146153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 693 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 35236525 - 35236423
Alignment:
Q  693 tgttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaa 792  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| | |  ||||||||||||| || |||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  35236525 tgtttattgtaaggatcttcctgactttaagcacatgcatgactttgttaaggatgtacttttttatata-tttaggcgggcgggagtatgagtgaagaa 35236427  T
Q  793 ggag 796  Q
    ||||    
T  35236426 ggag 35236423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 774 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 37992649 - 37992485
Alignment:
Q  774 cgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatg 873  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||  || |||||||||  | | ||||| ||| |||| |||||  ||||||||| ||| |||| ||||| ||||  ||||    
T  37992649 cgggaatatcagtgaaaaaggagggtcatgtgaactttctcactgacccacttgatagaagatggacacttaggtctgtagatgttatgatgtacggatg 37992550  T
Q  874 ggtaggaggaaaacatg-ctatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcg 937  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||| ||||| | |||||| ||||| || |||||| |||||    
T  37992549 ggtaggaggaaaacatgtgtgtgtggacttgatcggggtttcatcactcatgagattagaggtcg 37992485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 843 - 938
Target Start/End: Original strand, 7501870 - 7501966
Alignment:
Q  843 ttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggacctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcgg 938  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||  ||| ||||| |||||||||||| | ||| ||| | | ||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  7501870 ttaggcctgcagatgttatggtatacggattggtagaaggaaaacatgcatgtgtagacttaaccagggtttcaccactcgtgggtctaggggtcgg 7501966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 730 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 43123504 - 43123368
Alignment:
Q  730 catgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagat 829  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| |  || ||||||| ||| | |||||||| | | |||||||||||  ||||| || ||||    
T  43123504 catgactttgttagggatgtccttttttatata-tttaggtggacgagagtatctgtgtaaaaggagacgcctatgaacttcttgtctgacccacaagat 43123406  T
Q  830 aaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgta 867  Q
      |||| | |||||||||||  || || ||||||||||    
T  43123405 ggaagaccgacacttaggccaacaaatgttatggtgta 43123368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 58; Significance: 7e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 694 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 20117 - 19921
Alignment:
Q  694 gttcattgtaaggagcttcctgactttaagtataaacatgactttgttagggttgtcatttttgatatattttaggcgagcgggagtatcggtgaagaag 793  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||| | || |||||||||||||  |||| |||||||||||||  ||| | | |  |||||| |||||||||    
T  20117 gttcattgtaaggagcttcctagctataagtacatacttgactttgttaggaatgtcctttttgatatattc-aggagggtgaaagtatcagtgaagaag 20019  T
Q  794 gagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc 891  Q
    ||| |   | |||||||||| | ||||| |||||||| |||||  |||||||| |||| |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  20018 gaggcctctctgaacttcttaactgacccactagatagaagatgaacacttagacctgtagatgttatggtgtacggataggtaggaggaaaacatgc 19921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 910 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 10544 - 10461
Alignment:
Q  910 gtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||  |||| ||||| ||||| ||||  ||| ||||||||    
T  10544 gtttcaccactcgtgggattaggggttggggcttttacagttggacaagcagccctaaaagttgcgtcaagtaaaatggccaaa 10461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0224 (Bit Score: 53; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0224
Description:

Target: scaffold0224; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 823 - 993
Target Start/End: Original strand, 18204 - 18375
Alignment:
Q  823 actagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacat-gctatgtggacctga-tcagagtttcaccact 920  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||   | ||||| | ||| | ||| |||||| |||    
T  18204 actaaataaaagatcaacatttaggcttgcagatgttaaggtgtacagatgggtaggaggaaaacatatttgtgtgggcttgattgaga-tttcactact 18302  T
Q  921 cgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    |||||||||| |||||||||||||||   ||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  18303 cgtgggattacgggtcggagcttttatgataggacaaacaaccctaaaagttgcatcaaacaaagcggccaaa 18375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0148 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0148
Description:

Target: scaffold0148; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 780 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 33561 - 33453
Alignment:
Q  780 tatcggtgaagaaggagactcttgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtagg 879  Q
    |||| |||||||||||| | | |||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||||  ||||||||||    
T  33561 tatcagtgaagaaggaggcgcctgtgaacttcttgactg-cctactagatagaagatcaacactcaggcatgcggatgttatggtgtacggatgggtagg 33463  T
Q  880 aggaaaacat 889  Q
    ||||||||||    
T  33462 aggaaaacat 33453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1768 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1768
Description:

Target: scaffold1768; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 802 - 993
Target Start/End: Original strand, 2 - 194
Alignment:
Q  802 tgtgaacttcttgattgaccaactagataaaagatccacacttaggcctgcagatattatggtgtatagatgggtaggaggaaaacatgc-tatgtggac 900  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||| ||||  ||||| || ||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | | | |||    
T  2 tgtgaacttcctgactgacccactagatagatgatcaacacgcaggcccgcggatgttatgatgtacggatgggtaggaggaaaacatgcatgtatagac 101  T
Q  901 ctgatcagagtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
     |||   | ||||||||||| ||||||||| | |||||  ||||||| |||| |||  |||| |||||   ||| |||| |||||||||||||    
T  102 ttgactggggtttcaccacttgtgggattaagtgtcgggccttttactgtaggacaggcagccctaaaaactgcgtcaagcaaagtggccaaa 194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0490 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0490
Description:

Target: scaffold0490; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 910 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 6513 - 6431
Alignment:
Q  910 gtttcaccactcgtgggattaggggtcggagcttttacagtagaacatacagcactaaaggttgcatcaaacaaagtggccaaa 993  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||||    
T  6513 gtttcaccacttgtgggattaggg-tcggaccttttaccgtaggacagacagccctaaaagttgcgtcaagtaaagtggccaaa 6431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University